매입세액이 업무무관 매입세액으로 불공제대상인지의 여부

파주세무서장이 98.6.17 청구법인에게 매입세액을 불공제하여 97년 1기분 부가가치세 4,803,900원, 97년 2기분 부가가치세 125,868,050원 및 98년 1기분 부가가치세 126,023,260원 합계 256,695,210원을 결정고지한 처분은, 97년 1기분 매입세액 3,764,106원, 97년 2기분 매입세액 109,615,278원 및 98년 1기분 매입세액 110,218,640원 합계 223,598,024원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정한다. <취소할 고지세액> 기분 본세 가산세 합계 97년1기 97년2기 98년1기 계 3,764,106 109,615,278 110,218,640 223,598,024 376,420 10,961,528 11,021,864 22,359,802 4,140,516 120,576,806 121,240,504 245,957,826

청구법인은 주택신축판매업을 영위하는 법인으로서 경기도 파주시 ○○○동 ○○○외 185필지에 아파트 2,944세대를 신축분양하기 위하여 97.10월 신축공사에 착수하였는 바, 당해 사업지역이 군사보호지역인 관계로 사전 합의에 의하여 인근 군부대에 도로등 군시설을 건설하여 무상으로 기증하고 이와 관련하여 수취한 매입세금계산서의 매입세액 72,772,005원(이하 "쟁점매입세액①"이라 한다)과, 아파트 신축부지의 지상물 철거공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서의 매입세액 173,185,821원(이하 "쟁점매입세액②"라 하고 쟁점매입세액① 및 ②를 합하여 "쟁점매입세액")을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 쟁점매입세액①은 업무와 관련이 없는 면세관련 매입세액으로, 쟁점매입세액②는 토지관련 매입세액으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하고 98.6.17 청구법인에게 97년 1기분 부가가치세 4,803,900원, 97년 2기분 부가가치세 125,868,050원 및 98년 1기분 부가가치세 126,023,260원 합계 256,695,210원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.8.13 심사청구를 거쳐 98.11.11 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 이 건 아파트신축분양사업은 사업지역이 도시계획상의 군사보호지역으로서 군사시설보호법에 의하여 군부대와의 합의가 필수요건인 바, 제시한 합의각서의 내용과 같이 택지개발사업으로 인하여 발생되는 군사작전 제한사항 해소를 위하여 군사시설을 보완하는 것이 아파트신축분양의 승인요건이므로 동 군사시설의 건설을 위하여 매입한 레미콘등 건축자재는 자기사업과 관련된 경비로서 동 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하며(같은 뜻: 국세청심사결정 심삼 부가 98-535, 98.10.23), 아파트신축공사와 관련하여 당해 토지위에 건축되어 있는 기존의 건축물을 철거하는 공사는 토지만을 사용할 목적으로 시행되는 공사가 아니고 아파트 신축을 위한 일련의 토목공사인 지반 굴착공사(터파기 공사)와 같은 지상물 철거공사이므로 기존건축물의 확장 내지는 용도변경으로서 이와 관련된 경비는 건축물에 대한 자본적 지출에 해당됨에도 토지에 대한 자본적 지출로 보아 동 매매세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 목적사업은 아파트를 신축하여 분양하는 것으로서 건설업자가 레미콘등 아파트신축에 필요한 재화를 취득하고 건설공사 용역을 공급받아 아파트를 신축하여 이 중 몇 가구를 국가·지방자치단체등에 무상으로 공급하였다면 무상 기증한 몇 가구에 소요된 레미콘등 재화와 건설공사 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나, 청구법인의 경우와 같이 군부대에 군시설 일부를 무상으로 신축 기증하기 위하여 공급받은 레미콘과 건설공사 용역의 공급대가에 대한 쟁점매입세액①은 무상으로 기증하는 군시설물을 건설하기 위한 것으로 청구법인의 목적사업과 직접 관련이 없는 것이고, 무상으로 기증하는 군시설물은 관계법령에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이므로 쟁점매입세액①을 불공제한 처분은 정당하며(같은 뜻: 부가 46015-967, 97.5.1외), 관계법령에 의하면, 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 토지관련 매입세액이란 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라고 규정하고 있고, 토지에 대한 자본적 지출에 대하여는 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나 자기소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로 보아야 하며(법인세법 기본통칙 2-10-1...16 제1호), 여기서 "토지만을 사용할 목적"이란 건축물이 있는 토지를 취득함에 있어서 기존건축물을 철거하고 당해 토지의 전부를 새로운 건축물의 대지 또는 다른 용지로 사용하기 위한 것을 의미하는 바(법인 22601-887, 89.3.9), 청구법인이 지상물이 있는 토지를 취득하여 지상물은 사용하지 아니하고 토지만을 아파트 신축용 부지로 사용하기 위하여 지상물을 철거하였으므로 지상물 철거 공사비는 토지에 대한 자본적 지출에 해당하며, 이와 관련된 쟁점매입세액②를 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 청구법인이 건설하여 무상으로 기증한 군시설 공사에 관련된 쟁점매입세액①이 업무무관 매입세액으로 불공제대상인지의 여부와,

2. 아파트 신축을 위하여 구건물을 철거한 공사와 관련한 쟁점매입세액②가 토지에 대한 자본적 지출에 해당되어 불공제대상인지의 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항 제1호, 제2호 및 제2항 제2호와 제4호에는 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 하고, 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액과 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제3항과 제6항에는 『법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법시행령 제78조 또는 법인세법시행령 제30조 에 규정하는 바에 의하며, 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.』고 규정하고 있으며, 같은 법 제12조 제18호에는 『국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.』고 규정하고 있다. 또한, 소득세법시행령 제78조 제1호 에는 『사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비는 법 제33조 제1항 제13호에서 말하는 "직접 그 업무에 관련이 없다고 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 인정하는 금액"에 해당한다.』고 규정하고 있고, 법인세법시행령 제30조 제1호 에는 『법 제18조의 3 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산과 기타 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산(부동산을 제외한다)을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이와 관련되는 비용은 법 제16조 제7호에서 말하는 "직접 그 업무와 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액"에 해당한다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 군사시설 공사가 아파트 신축공사와 관련이 있는 것이므로 군사시설 공사관련 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다는 주장이고, 처분청은 업무와 관련없이 무상으로 기증한 것이므로 매입세액 불공제함이 타당하다는 의견인 바, 이에 대하여 살펴본다. 97.6.23 파주시장이 승인한 사업계획승인서에 의하여 당해 아파트신축공사의 사업 계획내용을 보면, 준주거지역인 경기도 파주시 ○○○동 ○○○외 185필지에 대지면적 112,800.36㎡, 건축연면적 426,691㎡, 31개동(14∼25층) 2,944세대(32평형∼64평형)의 아파트(○○○아파트)를 사업비 375,940백만원을 투자하여 97.10월부터 2,000.10월까지 신축하는 것으로 확인되고, 97.1.13 청구법인의 신청으로 파주시장과 육군 제○○○부대장간에 합의각서에 의하여 조건부 동의로 합의한 내용을 보면, 택지개발사업과 관련하여 군작전 여건의 보장과 상호협의사항등을 규정함으로써 동 사업을 지장없이 수행토록 함을 그 목적으로 하여 택지개발사업으로 인하여 발생되는 작전 제한사항 해소를 위하여 전술도로의 확·포장, 아파트와 진지 하단부 사이에 휀스 설치, 통신중개소·유개화 진지·급수시설·철조망·방음벽등을 설치하기로 합의함에 따라 청구법인이 이에 대하여 조건부 동의에 따른 이행각서를 파주시에 제출하고 서울특별시 서초구 ○○○동 ○○○ 소재 (주)○○○엔지니어링과 총공사비 1,493,800,000원의 군부대 시설공사 하도급 계약을 체결하여 공사를 시행하였음이 확인된다. 사실이 이러하다면, 청구법인은 자기의 사업과 관련없이 군사시설을 건설하여 국가등에 무상으로 기증한 것이 아니고 아파트신축분양을 위하여 지역적인 제한요건인 군부대의 작전에 지장을 초래하지 아니하도록 사전 합의에 의하여 군사시설을 건설하여 군부대에 무상기증하였으므로 이는 부가가치세 기본통칙 5-3-8...17호에 규정하고 있는 바와 같이 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가·지방자치단체등에 무상으로 공급하는 경우에 해당하므로 당해 재화의 취득과 관련된 쟁점 매입세액①은 매출세액에서 공제함이 타당할 것으로 판단된다.(같은 뜻: 국심 97광 2577, 98.3.25).

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 당해 아파트 신축부지상의 기존건축물 철거공사는 토지의 사용만을 위한 것이 아니고 아파트 신축을 위한 것이므로 건물에 대한 자본적 지출로 보아 철거공사 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 주장이고, 처분청은 기존건축물의 철거비용은 토지만을 사용할 목적으로 지출된 것이므로 쟁점매입세액②는 토지에 대한 자본적 지출과 관련된 매입세액으로 보아 불공제함이 타당하다는 의견인 바, 이에 대하여 살펴본다. 청구법인은 위와 같이 아파트를 신축분양할 목적으로 당해 부지에 설치되어 있던 구조물등의 지상물 철거공사를 위하여 서울특별시 강남구 ○○○동 ○○○ 소재 ○○○개발(주)에 하도급(하도급액: 3,850,000,000원)주어 철거공사를 시행하였음이 건설공사 하도급계약서 및 하도급 체결 승인요청서에 의하여 확인되고, 관련세금계산서에 의하면 97.9.9 철거공사 선급금으로 1,155,000,000원(매입세액 105,000,000원 포함), 98.1.20 기성금 2,000,000,000원(매입세액 181,818,182원 포함) 및 98.2월 기성금 695,000,000원(매입세액 63,181,818원 포함) 합계 3,850,000,000원(매입세액 350,000,000원 포함)을 지급하였음이 확인된다. 청구법인이 아파트신축부지상의 기존건축물을 철거한 것은 주된 재화인 건물(아파트)을 신축하기 위하여 기존건축물을 철거한 것으로서 이는 법인세법 기본통칙 2-10-6...16 제4호에서 규정하고 있는 바와 같이 자기소유의 토지상에 있는 기존건축물을 용도변경, 개량, 확장 및 증설을 목적으로 철거하는 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 용도변경, 개량, 확장 및 증설된 건축물에 대한 자본적 지출로 보아야 할 것이므로 기존건축물의 철거공사와 관련한 쟁점매입세액②는 매출세액에서 공제함이 타당할 것으로 판단된다.(같은 뜻: 국심 94서2768, 94.9.24외 다수)

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.