주식의 양도시 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리가 포함되어 있는 경우 이는 무체재화의 공급으로 과세대상에 해당함
주식의 양도시 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리가 포함되어 있는 경우 이는 무체재화의 공급으로 과세대상에 해당함
심판청구번호 국심1998중 2592(1999. 3.12) 羞�부가가치세 26,339,190원의 부과처분과 청구법인이
○○세무서장에게 1995.3.31 신고한 1994사업연도 법인세 추 가분 1,296,230원 및 특별부가세 17,098,170원의 자진납부분은 각각 1994.3.15 청구법인이 청구외 (주) ○○○기업에게 양 도한 청구외 (주) ○○○화물터미날 주식 14,125주의 양도가 액을 부가가치세가 포함되지 아니한 금액인 184,190,000원으 로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정결정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
청구법인은 국제간 해상화물 및 항공화물 운송주선업을 영위하는 영리내국법인으로 청구법인외 31개 항공화물 운송주선법인들과 공동출자를 통하여 1987.11.19 설립한 창고보관업을 주업으로 하는 (주) ○○○화물터미날(이하"청구외법인"이라 한다)의 주식 14,125주(이하 "쟁점주식"이라 한다) 및 같은 법인의 창고시설의 이용에 관한 권리(이하 "쟁점이용권"이라 한다)를 1994.3.15 202,609,000원(이하 "쟁점대금"이라 한다)에 청구외 (주) ○○○기업(이하 "쟁점외법인"이라 한다)에 양도한 후 법인세 특별부가세 17,098,170원 및 유가증권처분이익의 계상으로 인한 법인세 추가분 1,296,230원을 각각 자진신고납부하였다. 처분청은 쟁점대금에 쟁점주식의 가액 뿐만 아니라 쟁점이용권의 양도에 따른 대가도 포함된 것으로 보아 1998.4.22 청구법인에게 1994년 제1기분 부가가치세 26,339,190원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.20 심사청구를 거쳐 1998.10.13 심판청구를 제기하였다.
(1) 쟁점대금은 청구외법인의 쟁점주식양도대금과 쟁점이용권의 양도대금을 합한 금액인데, 주식은 화폐와 같이 부가가치의 창출을 위하여 투입되는 자본에 해당될 뿐 경제활동으로 인하여 창출된 부가가치라고 볼 수 없으며 또한 부가가치세법에 의하면 영리목적 유무를 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 한하여 부가가치세를 부과하여야 할 것인바, 청구법인은 쟁점이용권과 같은 권리를 공급하는 것을 사업으로 하고 있는 것은 아니고 단지 자신의 사업인 항공화물 운송주선업을 영위하기 위하여 보유하고 있던 쟁점이용권을 1회적으로 타인에게 처분한 것에 불과하므로 이러한 경우 부가가치세를 부과할 수 없는 것이라 인정되는 한편, 쟁점주식이 주식형태의 특정시설물이용권이라 하더라도 이는 주식의 성질을 동시에 갖추고 있으므로 부가가치세를 과세할 수 없음에도 처분청이 주식 측면은 부인하고 특정시설물이용권 측면만 강조하여 그 거래가액 전체를 과세대상에 포함시킨 것은 세법의 유추·확대해석으로 위법·부당하여 취소되어야 한다.
(2) 만약 처분청의 논리와 같이 쟁점주식을 쟁점이용권이 포함된 주식에 해당된다고 보아 쟁점주식의 양도를 주식형태의 특정시설물에 대한 이용권의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 것이 타당하다고 한다면, 청구법인이 이미 신고납부한 특별부가세는 환급하여 주는 것이 적법한 부과권의 행사일 것이다.
(3) 청구법인이 쟁점주식을 일괄 양도한 후 수령한 쟁점대금에는 10%의 부가가치세가 포함되어 있으므로 동대금에서 이를 차감한 금액인 184,190,000원(공급가액)을 과세표준으로 하여 기납부된 법인세, 특별부가세 및 당초처분의 과세표준 및 세액을 경정결정하는 것이 타당하다.
(1) 1994.3.15 청구법인과 쟁점외법인간에 작성된 주식양도양수계약서에 의하면 쟁점주식의 양도와 함께 주주로서 보유하고 있는 모든 권리의무가 이전되는 것으로 약정하면서 쟁점주식 및 쟁점이용권에 대한 금액을 구분하지 아니하고 있음을 알 수 있으며, 쟁점외법인 또한 별도의 구분표시없이 쟁점대금을 투자유가증권취득으로 기장한 사실이 확인된다.
(2) 한편 쟁점대금은 1주당 거래가액이 14,344원으로 1993년말 현재 순자산기준 1주당 평가액 809원과 비교하여 현저히 높은 가액이고 청구외법인이 설립된 이후 매년 계속적인 손실발생으로 상속세법의 규정에 의한 1주당 평가액이 부수로 나타나고 있는 점을 감안할 경우 쟁점대금에 쟁점이용권과 관련된 가액을 포함시켜 거래한 것으로 볼 수밖에 없다고 할 것인바, 그렇다면 청구법인은 쟁점대금에 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리인 쟁점이용권의 가액을 포함시켜 거래한 것으로 인정되므로 쟁점대금을 쟁점이용권의 양도에 따른 대가로 보아 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당한 것이고 또한 쟁점주식과 같이 특정시설물의 이용권이 포함된 주식양도의 경우 특별부가세의 과세대상으로 규정하고 있으므로 청구법인이 자진납부한 특별부가세를 환급하여 달라는 청구주장 또한 이유 없는 것이라 하겠다.
(1) 주위적 청구: 쟁점주식의 양도가 부가가치세 과세대상인지 여부
(2) 예비적 청구 1: 쟁점주식의 양도가 특별부가세 과세대상인지 여부
(3) 예비적 청구 2: 쟁점대금에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부
(3) 구 법인세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의 3【토지 등의 범위】제9항에 "법 제59조의 2 제1항에서 '주식 또는 출자지분'이라 함은 소득세법시행령 제44조 의 2 제1항 제1호·제4호 및 제5호에 규정된 자산(제44조의 2 제4호의 자산의 경우에는 동호에 규정된 주식 등에 한한다)을 말한다."라고 규정하고 있는 한편, 구 소득세법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 전면개정되기 전의 것) 제44조의 2【기타자산의 범위】제1항에 "법 제23조 제1항 제5호에서 '기타자산'이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다."라고 규정하면서, 그 제4호에 "특정시설물의 이용권·회원권 기타 명칭여하를 불문하고 당해 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권(특정법인의 주식 등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식 등을 포함한다)"라고 규정하고 있다. (4) 부가가치세법 기본통칙 1-1-1…1【과세대상】에 "부가가치세의 과세대상은 사업자가 공급하는 재화 또는 용역과 수입하는 재화로 한다."라고 규정하고, 1-1-2…1【재화의 범위】에 "재화라 함은 재산적 가치 있는 모든 유체물과 무체물을 말하므로 물·흙·퇴비 등은 재화의 범위에 포함하며, 재산적 가치 없는 것은 재화의 범위에 포함하지 아니한다."라고 규정하면서, 1-1-5…1【유가증권 등】에 "수표·어음 등의 화폐대용증권은 과세대상이 아니다."라고 규정되어 있으며, 2-1-2…6【출자지분의 과세】에 "출자자가 자기의 출자지분을 타인에게 양도하거나 법인 또는 공동사업자가 출자지분을 현금으로 반환하는 것은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이나, 법인 또는 공동사업자가 출자지분을 현물로 반환하는 것은 재화의 공급에 해당한다."라고 규정되어 있다.
(1) 이 건 관련기록에 의거 부과처분의 경위를 살펴보면, 청구법인은 1981.7.23 항공화물주선업을 목적으로 설립된 법인으로 동법인을 비롯한 32개 항공화물주선법인들이 공동으로 설립한 청구외법인에 대한 쟁점주식 및 동법인중 일부인 166.05㎡에 대한 쟁점이용권을 가지고 있었는데, 청구법인은 1994.3.15 쟁점주식을 쟁점대금으로 쟁점외법인에게 양도하고 그 양도일자에 대금을 수령하였는바, 이에 처분청은 청구법인이 신고한 1994사업연도 법인세 1,296,230원 및 특별부가세 17,098,170원(쟁점이용권 57,146,000원, 쟁점주식양도대금 145,462,000원)을 동법인이 전액 납부하였으므로 과세하지 아니하기로 한 반면, 청구법인이 결산서상 쟁점주식(유가증권)처분이익을 74,837,325원으로 계상하여 신고한 사실에 기초하여 동법인이 양도한 쟁점주식 및 쟁점이용권이 재산적 가치가 있는 권리로서 부가가치세법상의 과세대상인 재화에 해당한다고 보고 동법인에게 쟁점주식의 양도에 대하여 이 건 부가가치세를 부과하였음이 각각 확인된다.
(2) 한편 이 건 관련 사실관계를 보면, 청구법인을 비롯한 32개 항공화물주선법인들은 항공법상 항공화물주선업자는 국제공항이 위치한 지역에 건축법 규정에 의한 면적 165㎡ 이상의 창고를 소유(사용권의 취득 포함)하는 것이 그 등록요건으로 규정되어 있었으므로 그 등록요건을 충족시키기 위하여 1987.11.19 균등하게 출자하여 자본금 500,000,000원의 청구외법인을 설립하게 된 사실, 그리하여 청구외법인은 1987.12.31 국제공항관리공단으로부터 국유지인 서울특별시 ○○구 ○○○동 ○○○ 토지 11,700㎡에 대한 사용승인을 받아 지하 1층·지상 2층 연건평 6,376.3㎡의 창고(설립당시 신축자금 2,405,040,000원, 1993.12.31 현재 자본금 2,200,000,000원)를 신축한 다음, 1989.3.16 위 건물을 국가(서울지방항공관리국)에 기부채납하고 그 대신 20년간 건물에 대한 무상사용을 허가 받아 이를 청구법인을 포함한 32개 출자법인에 대하여 166.05㎡씩 균등하게 임대하여 온 사실, 청구외법인은 32개 출자법인들의 일탈과 타인의 참여를 방지하기 위하여 설립 당시의 정관에서 주주는 설립에 참여한 출자법인으로 제한하고 쟁점이용권의 지분은 주주의 주식소유비율에 따라 결정되고, 주주의 자격을 상실한 때에는 쟁점이용권도 상실하고, 주식과 쟁점이용권은 청구외법인의 설립에 참여한 출자 법인 상호간에는 자유로이 양도할 수 있으나 제3자에게 양도할 때는 이사회에서 과반수의 동의를 얻어야 하며 만약 이를 위반한 경우 청구외법인에게 그 효력이 미치지 아니하고 그로 인한 손해도 배상하여야 한다고 규정함으로써 주식과 쟁점이용권의 양도제한에 관한 규정을 둔 사실, 한편 청구외법인은 설립자본금이 500,000,000원에 불과한 관계로 창고신축자금 2,000,000,000원을 조달하기 위하여 출자법인들로부터 임차건물부분에 대한 20년간의 임차료를 선급받아 건축비용으로 사용하였는바 청구법인도 1988년 12월경 20년간의 선납 임차료 75,157,500원을 납입하였으며 또한 청구외법인은 위 선납임차료와는 별도로 출자법인들로부터 추가출자를 받아 1993.12.31 당시 자본금이 2,200,000,000원에 달한 사실, 그리하여 32개 출자법인들은 20년간의 선납임차료의 회계처리에 관하여 임차기간에 균분하여 매 6개월마다 수익과 비용으로 계상(쟁점주식의 양도당시 선납임차료에 대한 미상각잔액은 70,625,000원)하고 이에 따른 부가가치세는 별도로 수수한 사실, 다른 한편 1994.2.16 주주총회에서 정관 제15조(양도제한규정)가 삭제된 사실, 쟁점주식의 양수도계약서(1994.3.15 계약)를 보면 주당액면가액이 5,000원인 쟁점주식 14,125주를 주당거래가액 14,344원에 쟁점대금 202,609,000원으로 쟁점외법인에게 양도한 사실, 청구외법인의 설립후 계속된 누적적자로 상속세법상의 보충적평가방법에 의한 1주당 거래가액이 부(負)수로 산출되는 사실 등을 각각 인정할 수 있다.
(3) 위의 사실관계 및 관련법령의 규정취지를 종합하여 이하에서 청구주장 (1), (2) 및 (3) 각각의 타당성을 검토하여 보면, (가) 우선 청구법인의 쟁점주식의 양도가 부가가치세 과세대상인지 여부(주위적 청구)에 대한 청구주장 (1)의 타당성을 살펴보면, 전시 부가가치세법 관련규정을 모아 보면, 부가가치세의 부과대상은 재화 또는 용역의 공급인 거래로서 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역(이하 "재화등"이라고 한다)을 공급하는 자(사업자)이므로(대법 91누 6221, 1992.7.28외 다수 같은 뜻임), 사업자가 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는 특별히 면세되거나 비과세한다는 별도의 규정이 없는 한 모두 부가가치세의 과세대상인 거래가 된다고 할 것이고, 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여 하는 재화등의 공급이 아니고 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 하는 재화등의 공급이라 하더라도 과세대상이 되며, 부가가치세법상 재화등의 공급에 해당하는 이상 그 공급이 사업의 계속적 유지·확장을 위한 것이든, 사업의 청산·정리 또는 폐지를 위한 것이든 이를 가리지 아니하고 과세대상이 된다(대법 95누 12132, 1996.1.23외 다수 같은 뜻임)고 할 것인바, 여기서 쟁점주식에 쟁점이용권이 포함되어 있는지 여부를 보면, 청구법인은 청구외법인 주식의 보유비율에 따라 쟁점이용권을 취득하고 쟁점주식과 쟁점이용권을 분리하여 양도할 수는 없으며 또한 주주의 자격이 상실된 때에는 동시에 쟁점이용권도 상실되고 쟁점주식 및 쟁점이용권을 제3자에게 양도할 경우 이사회 과반수의 동의를 얻어야 하는 것으로 규정되어 있으며 쟁점주식의 양도와 함께 주주로서의 모든 권리와 의무가 이전되는 것으로 약정하고 있음이 청구외법인의 정관, 동법인과 주주들간에 작성한 약정서 및 쟁점주식의 양수도계약서의 내용에 의하여 확인되는 한편, 쟁점주식의 주당거래가액은 14,344원으로 액면가 5,000원을 상회하는 가액이고 청구외법인이 설립된 이후 계속적인 손실발생으로 상속세법 규정에 의한 1주당평가액이 부(負)수로 나타나는바, 그렇다면 쟁점주식의 양도시 청구법인은 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리인 쟁점이용권의 가액을 포함시켜 같이 거래한 것이라고 인정되는바, 사정이 이러하다면, 전시법령의 규정에서 본 바와 같이 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말하는 것으로 규정하고 있는바 재산적 가치가 있는 권리의 양도의 경우 무체재화의 공급으로 부가가치세 과세대상에 해당된다고 할 것이므로 우선 청구법인이 쟁점주식을 양도한 거래행위는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당한다고 할 것이고, 또한 청구법인은 주된 사업인 항공화물 운송주선업의 영위를 위하여 설립당시부터 보유하고 있던 쟁점주식을 그 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 양도한 이 건의 경우 동 주식의 거래(양도)행위에 대하여 청구법인은 부가가치세 납세의무를 부담한다고 할 것이므로, 따라서 처분청이 청구법인이 쟁점주식을 양도한 것에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다〔청구외법인의 설립당시 공동출자한 32개 출자법인들중 하나인 청구외 (주) ○○○항공해운이 보유하던 청구외법인 주식을 양도한 것에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 심판청구결정인 국심 96서 1148, 1996.11.25 같은 뜻임〕고 판단된다. (나) 청구법인의 쟁점주식의 양도가 법인세 특별부가세 부과대상에 해당되는지 여부에 대한 청구주장 (2)의 타당성을 검토하여 보면, 위에서 인정한 바와 같이 쟁점이용권은 쟁점주식과 불가분적으로 결합되어 있었던 것인바, 따라서 쟁점주식은 구 소득세법시행령 제44조 의 2 제1항 제4호에서 규정하는 "특정법인의 주식등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우의 당해 주식"에 해당되는 것으로 볼 수 있는 한편, 청구법인은 쟁점주식을 취득하는 이외에 별도로 창고시설에 대한 임대차계약(약정)을 체결하고 선급임차료를 지급하였지만, 이는 창고시설의 신축자금 2,000,000,000원을 조달하기 위하여 출자액에 비례하는 신축자금분담액을 창고시설에 대한 임차료 명목으로 납입하기로 한 것 뿐이므로 청구법인이 선급임차료 명목으로 납입한 창고신축자금의 분담액에 대한 회계처리를 어떻게 하였던지 간에 이로써 쟁점주식의 성격이 달라질 여지가 없으며, 또한 설사 쟁점이용권이 청구법인과 청구외법인 사이에 별도로 체결한 임대차계약에 기한 것으로 본다 하더라도 주주인 출자법인들만이 쟁점이용권과 같은 창고시설이용권을 취득할 수 있도록 되어 있었던 이상, 청구법인이 쟁점주식을 소유하는 것만으로 창고시설을 배타적으로 이용하거나 다른 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권인 쟁점이용권을 부여받게 되는 경우에 해당된다고 보지 아니할 수 없다 할 것인바, 그렇다면 청구법인의 쟁점주식의 양도가 부가가치세 부과대상이라면 법인세 특별부가세의 과세대상에는 해당되지 아니한다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다. (다) 쟁점대금에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부에 대한 청구주장 (3)에 대하여 보면, 이 건 부과처분의 과세표준 및 세액결정결의서에 의하면 처분청은 당초 쟁점대금을 부가가치세가 포함되지 아니한 공급가액으로 보아 이 건 부과처분을 하였으나 쟁점주식의 양수도계약서에 부가가치세 별도라는 단서조항이 명시되어 있지 아니하였으며 또한 부가가치세 납세의무자인 청구법인과 쟁점외법인 같은 법인간의 통상적인 거래에서 당사자간에 달리 공급가액에 의한다는 약정이 없는 경우 그 거래대금은 부가가치세를 포함한 공급대가로 보는 것이 거래통념 및 상관행에 비추어 타당하다(1995.9.1 개정전 구 부가가치세법기본통칙 5-1-1…13 같은 뜻임)할 것이고, 한편 출자법인들중의 하나인 (주) ○○○항공해운에 대한 부과처분 건에서 당초 관할세무서장이 청구외법인의 주식양도대금 208,000,000원을 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세하였으나 그 후 동 양도대금에 10%의 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 인정하여 동 부가가치세를 공제한 189,090,908원(208,000,000원 × 100/110)을 공급가액으로 인정한 다음 그에 따라 법인세 추가분 및 특별부가세를 각각 감액경정한 사실이 동 법인이 제기한 행정소송에 대한 서울고등법원의 판결문(97구 3301, 1998.9.3)상에 나타나는 점 등을 종합하면, 처분청은 쟁점주식의 양도대가인 쟁점대금 202,609,000원에서 10%의 부가가치세를 공제한 금액인 184,190,000원을 과세표준으로 하여 이 건 부가가치세 부과처분시 산정된 납부세액을 경정결정하여야 하고 또한 청구법인이 이미 신고·납부한 법인세 추가분 및 법인세 특별부가세의 과세표준도 그에 맞게 정정하여 각각의 과세표준 및 세액을 경정결정하는 것이 타당하다는 이 부분 청구주장은 이유 있다고 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.