매입세액공제 여부

심판청구번호 국심1998중 1823(1999. 5.14) 기분 부가가치세 337,050원, 96년 제2기분 부가가 치세 1,860,290원 및 97년 제1기분 2,132,420원의 부과처분은 청구외 ○○○산업(주)로부터 교부받은 아래 각 세금계산서 의 매입세액 중 당해 과세기간의 매출세액에서 미공제된 매 입세액을 추가 공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 교 부 일 세금계산서(공급가액) 매 입 세 액

96. 4. 30

96. 5. 28 (소계)

96. 7. 13

96. 7. 31

96. 8. 31

96. 10. 14

96. 10. 31

96. 11. 5

96. 11. 30

96. 12. 31 (소계)

97. 1. 23

97. 1. 31

97. 2. 6

97. 3. 6

97. 3. 31 (소계) 436,363,636원 3,425,155원 (439,788,791원) 2,893,150원 572,727,273원 5,348,316원 4,340,342원 772,909,091원 3,233,741원 10,168,431원 9,431,422원 (1,381,051,766원) 2,991,780원 8,916,663원 1,162,000,000원 17,209,202원 20,035,890원 (1,211,153,535원) 43,636,363원 342,515원 (43,978,878원) 289,315원 57,272,727원 534,831원 434,034원 77,290,909원 323,374원 1,016,843원 943,142원 (138,105,175원) 299,178원 891,666원 116,200,000원 1,720,920원 2,003,589원 (121,115,353원)

청구인 ○○○, ○○○(이하 "청구인들"이라 한다)은 주택신축판매업 및 부동산임대업을 영위할 목적으로 95.1.1 사업자등록을 하고, 95.7.28 청구외 ○○○산업주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)와 건설공사 도급계약을 체결하여 서울특별시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 대지 1,757㎡ 지상에 주상복합건물 8,975.43㎡(국민주택건물 2,096.8㎡, 상가건물 6,878.63㎡이며, 이하 "이 건 건물"이라 한다)를 95년 7월에 착공하여 97년 11월 준공하였으며, 이 건 건물의 공사와 관련하여 청구외법인으로부터 별지 매입세금계산서(별지 세금계산서①∼⑮를 합하여 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 각 과세기간의 부가가치세신고시 부가가치세가 면제되는 국민주택의 면적과 부가가치세가 과세되는 상가의 면적에 의하여 과세분과 면세분의 매입세액을 안분한 후, 각 과세기간의 매출세액에서 당해 과세기간의 과세분 매입세액을 공제하여 신고하였다가 98.1.16 쟁점세금계산서상의 매입세액 전액을 당해 과세기간의 매입세액에서 공제(환급)하여 달라고 아래와 같이 경정청구하였다. 과세기간 세금계산서 매입세액 공제신고 경정청구(환급) 96년 1기 96년 2기 97년 1기 439,788,791원 1,381,051,766원 1,211,153,535원 43,978,879원 138,105,176원 121,115,353원 34,011,142원 107,518,821원 94,759,489원 9,967,737원 30,586,355원 26,355,864원 (합계) 3,031,994,092원 303,199,408원 236,289,452원 66,909,956원 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액 중 과세분과 면세분으로 안분하여 과세분 매입세액만을 공제하여 신고한 청구인들의 당초 신고가 타당하다는 이유로 청구인들의 경정청구를 부인하는 한편, 위 안분계산에 있어서 계산상의 잘못을 발견하고 98.3.20 청구인들에게 96년 제1기분 부가가치세 337,050원, 96년 제2기분 부가가치세 1,860,290원 및 97년 제1기분 2,132,420원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.4.15 심사청구를 거쳐 98.7.20 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호 의 매입세액 안분계산 규정은 교부받은 세금계산서가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 적용되는 것이지 이 건과 같이 과세분 상가(지하2층∼5층)와 면세분 국민주택(6층∼10층)이 분명히 구분되는 경우에 적용되는 규정이 아니고, 쟁점세금계산서의 발행 및 교부의무자인 청구외법인도 이 사실을 알고 먼저 건축된 상가에 대하여 세금계산서를 나중 건축된 국민주택에 대하여 계산서를 교부하였으며, 이 건 건물이 착공되어 준공될 때까지 청구외법인이 청구인들에게 교부한 세금계산서 및 계산서의 합계금액은 공사도급금액과 같으며, 세금계산서와 계산서 상의 금액비율도 상가와 주택면적의 비율과 일치하므로 쟁점세금계산서 상의 매입세액 전액을 매출세액에서 공제(환급)하여야 하고, 처분청은 이 건 건물의 총면적 8,975.43㎡ 중 청구인들이 국민주택으로 신고한 2,333.05㎡를 2,096.8㎡로 확인하고, 이 건 과세처분을 하였는 바, 면세건물 면적이 작아졌다면, 과세건물 면적이 더 커져 공제대상 매입세액도 커져야 하는 것인데 오히려 부가가치세를 추가고지 하였으므로 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 과세사업(상가)과 면세사업(국민주택)에 함께 쓸 주상복합건물을 건설하는 경우 그 건설용역은 건물의 연면적 중 각 용도의 사용예정면적비율에 따라 용역이 공급되는 것으로 보아야 하는 바, 청구인들은 이 건 건물을 도급을 주어 신축하면서 공사 초기에 해당하는 과세기간에는 세금계산서만 교부받았으므로 그 세금계산서의 건설용역은 근린생활시설(상가) 건설용역과 국민주택 건설용역이 함께 공급된 것으로 보아야 하므로 쟁점세금계산서 매입세액 중 면적비율에 따라 과세와 면세로 안분하여 과세한 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점세금계산서의 매입세액이 당해 과세기간의 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제1항의 규정에 의하면, 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하고 있고, 위 같은조 제2항의 규정에 의하면, "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 규정하면서 그 제4호에는 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액"이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항의 규정에 의하면, 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. 면세 공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ----------------- 총 공급가액』이라고 규정하고 있다. 같은법 제9조(거래시기) 제2항의 규정에 의하면, "용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다"고 규정하고 있고, 같은조 제3항의 규정에 의하면, "사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다"고 규정하고 있다. 한편, 조세감면규제법 제100조(부가가치세 면제) 제1항의 규정에 의하면, "다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다"고 규정하면서 그 제1호에는 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역"이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제96조(부가가치세 면제 등) 제1항의 규정에 의하면, "법 제100조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역은 제63조 제2항에 규정된 규모 이하의 주택과 당해 주택의 건설용역으로서 건설업법·전기공사업법 또는 소방법에 의하여 면허를 받은 자와 전기통신공사업법에 의하여 허가를 받거나 등록을 한자 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한자가 공급하는 주택건설용역으로 한다"고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 이 건 건물의 신축과 관련하여 95.7.28 청구외법인과 공사도급계약을 체결한 후, 96.9.6 및 97.10.20 등 2차례의 설계변경을 거쳐 최종적으로 공사도급금액을 6,216,000,000원으로 확정한 바 있고, 이 건 건물 총면적 8,975.43㎡ 중 상가면적을 6,642.38㎡, 국민주택면적을 2,333.05㎡로 정하여 공사를 시행하면서 그 기성고에 따라 공사대금(연체이자 포함)을 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받아 각 과세기간의 부가가치세신고를 이행함에 있어서 과세면적(상가)과 면세면적(국민주택)의 비율(74%: 26%)에 따라 쟁점세금계산서의 매입세액을 안분계산하여 과세분 매입세액상당액만을 매출세액에서 공제하여 신고하였으나, 97.5.16 청구외법인으로부터 세금계산서가 아닌 계산서를 교부받게 되자, 이미 안분하여 불공제신고한 매입세액을 포함한 쟁점세금계산서 매입세액 전액을 매출세액에서 공제(환급)하여 달라고 98.1.16 경정청구하였고, 위 사실에는 다툼이 없다.

(2) 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영할 목적으로 건물을 신축함에 있어, 과세와 면세에 공할 건물의 면적이 확정되지 아니하여 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 통상, 공사 착공시부터 완공시까지 계속하여 세금계산서를 교부받으므로 시공자로부터 교부받은 모든 세금계산서를 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 동조 제4항 제3호의 규정에 의한 안분계산방법으로 과세분에 해당하는 매입세액을 산출하여 동 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이나, 신축중인 건물의 총면적 중 조세감면규제법 제100조 제1항 제1호 및 동법시행령 제96조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택면적이 포함되어 있어, 부가가치세가 과세되는 다른 면적부분과 공존하고 있는 경우에는 동 국민주택을 건축하는 시공자는 부가가치세 면세사업자이므로 국민주택의 건축면적부분에 관한 한 세금계산서를 교부할 의무가 없으므로 부가가치세 과세분 세금계산서와 면세분 계산서를 따로 구분하여 시차를 두고 발행 및 교부할 수 있는 것이라 할 것이고, 이 건 건물의 공사 초기단계에 과세분 상가의 건설용역에 해당하는 세금계산서를 공사대금 지급시기 이전에 교부한 경우 위 부가가치세법 제9조 제3항 의 규정에 의하여 당해 세금계산서를 발행, 교부한 날이 과세분 상가면적에 대한 건설용역의 공급시기라 할 것인 바, 위 사실내용과 같이 이 건 건물의 공사와 관련하여 청구외법인이 청구인들에게 발행하여 교부한 세금계산서 및 계산서의 합계금액이 청구인들이 청구외법인과 체결한 공사도급금액과 같을 뿐만 아니라, 청구외법인이 당초 체결한 공사도급금액 범위내에서 공사 초기단계에 과세분 면적상당금액에 대한 세금계산서를 먼저 발행하여 교부하고, 면세분 면적상당금액에 대한 계산서는 차후에 발행하여 교부하였음이 확인되며, 또한 쟁점세금계산서는 청구외법인이 이 건 건물의 신축과 관련하여 건설용역의 공급시기가 도래하기 전에 먼저 과세분(상가) 면적에 대한 쟁점세금계산서를 발행하여 교부한 경우인 점등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서는 공급시기 이전에 발행하여 교부한 적법한 세금계산서라 할 것이므로 동 매입세액은 전액 매출세액에서 공제(환급)하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 한편, 청구인들은 이 건 건물의 총면적 8,975.43㎡ 중 청구인들이 국민주택으로 신고한 면적 2,333.05㎡를 2,096.8㎡로 확인하고, 이 건 과세처분을 하였는 바, 면세건물 면적이 작아졌다면, 과세건물 면적이 더 커져 공제대상 매입세액도 커져야 하는 것인데 오히려 부가가치세를 추가고지 하였으므로 부당하다는 주장이나, 쟁점세금계산서의 매입세액 전액을 매출세액에서 공제(환급)하도록 결정하였으므로 심리의 실익이 없어 심리를 생략한다.

• 라. 따라서, 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 교부일 공급가액 합계 세금계산서 계산서 95.11. 2 95.12.19

96. 4.30

96. 5.28

96. 7.13

96. 7.31

96. 8.31 96.10.14 96.10.31 96.11. 5 96.11.30 96.12.31

97. 1.23

97. 1.31

97. 2. 6

97. 3. 6

97. 3.31

97. 4.17

97. 4.30

97. 5.16

97. 5.31

97. 6.30

97. 8. 8 97.10.20 218,181,818원 400,000,000원 436,363,636원 3,425,155원 2,893,150원 572,727,273원 5,348,316원 4,340,342원 772,909,091원 3,233,741원 10,168,431원 9,431,422원 2,991,780원 8,916,663원 1,162,000,000원 17,209,202원 20,035,890원 2,958,904원 17,604,284원 1,075,500,000원 20,932,540원 24,186,246원 951,369,359원 626,948,823원 218,181,818원 400,000,000원

① 436,363,636원

② 3,425,155원

③ 2,893,150원

④ 572,727,273원

⑤ 5,348,316원

⑥ 4,340,342원

⑦ 772,909,091원

⑧ 3,233,741원

⑨ 10,168,431원

⑩ 9,431,422원

⑪ 2,991,780원

⑫ 8,916,663원

⑬ 1,162,000,000원

⑭ 17,209,202원

⑮ 20,035,890원 2,958,904원 17,604,284원 20,932,540원 24,186,246원 486,306,410원 551,351,772원 1,075,500,000원 465,062,949원 75,597,051원