2개년도 이상 법인세 경정 결정시에 감면세액이 증감되었을 경우 기업합리화 적립금을 어떻게 적립 하여야 하는지 여부(취소)

[주 문] 의정부세무서장이 97.10.16 청구법인에게 부과처분한 92.1.1～12.31 사업년도 법인세 34,153,660원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 92, 93, 95사업연도 (1.1～12.31) 법인세 신고시, 세액공제 및 감면세액과 소득공제등(이하 “감면세액”이라 한다)으로 각각 119,858,523원, 134,705,401원, 73,464,196원을 공제받고, 기업합리화적립금으로 92사업년도에 120백만원과 93사업연도에 140백만원 및 95사업연도에 100백만원을 각각 적립한 바 있다. 처분청은 95.7월 청구법인에 대하여 92, 93사업연도에 대한 법인세 조사를 실시하여 92사업연도에는 감면세액을 45,623,310원을 증액하고, 93사업년도에는 39,293,221원을 감액 결정하는등 하여 법인세를 각각 66,398,170원, 22,438,510원을 부과처분한 바 있다. 처분청은 국세청장의 감사지적에 의하여 청구법인의 93사업년도 초과적립된 39,293,221원은 임의적립금으로 보고 92사업연도분 증액결정된 감면세액 45,623,310원과 95사업연도에 청구법인이 초과적립한 기업합리화 적립금 26,535,804원(청구법인의 95년도 감면세액은 73,464,196원이나 100백만원을 기업합리화 적립금으로 적립하였음)과의 차액 19,087,506원(처분청은 계산착오로 동 차액을 21,744,233원으로 보아 과세)을 기업합리화적립금으로 과소적립하였다 하여 97.10.16 청구법인에게 92사업년도 법인세 34,153,660원을 부과 처분한 바 있다. 청구법인은 이에 불복하여 97.11.26 심사청구를 거쳐 98.1.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 국세청장은 기업합리화적립금이란 당초 신고한 감면세액에 상당하는 금액만을 기업합리화적립금으로 보고 그 나머지 초과분은 임의적립금으로 본다고 하고 있어 경정 등으로 감면세액이 늘어나게 되면 그 늘어난 세액만큼은 경정연도에 추가로 적립금으로 설정하여야 하고 반대로 감소된 경우에는 자동적으로 임의적립금이 된다는 주장이나, 경정되는 연도가 동시에 둘 이상인 경우에는 감면세액의 증감분을 서로 상계하여 그 잔액만을 추가로 설정함이 타당할 것이다. 이는 동일한 내용의 다른 불복청구 사례의 국세심판결정례(96부 1249, 97.4.14)도『…법인세 과세표준과 세액이 경정됨에 따라 당해 사업연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 경정일이 속하는 사업연도의 잉여금처분시에 적립하여야 할 것이나 2개 사업연도 이상에 대한 과세표준과 세액이 동시에 경정됨으로써 1개 사업연도에는 적립대상 적립금이 증액되고 다른 사업연도에 감액된 경우에는 서로 상계한 잔액에 해당하는 금액을 추가로 적립하는 것이 타당하다』라고 하고 있어 이건 감면세액의 증액과 감액을 서로 상계한 잔액 6,330,089원을 경정연도인 95사업연도에 추가로 적립하면(95사업연도의 초과적립금 26,535,804원 중에서 포함되어 있음) 세액을 감면받기 위한 사후요건인 적립금의 설정에 아무런 잘못이 없으므로 청구법인이 기업합리화 적립금을 과소적립하였다는 이유로 세액을 추징함은 부당하므로 이 건 과세를 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법이 기업합리화적립금의 적립을 규제하는 목적은 정부가 중요산업 등의 육성을 위한 조세특례로서 내국법인에게 각종 소득공제나 세액 공제의 혜택을 주는 금액이 주주배당 등의 방법으로 투자자에게 귀속되거나 그밖에 사외로 유출되는 것을 방지하려는데 있고, 따라서 법인은 법 소정의 규정에 따라 적법하게 감면세액에 상당하는 금액을 이익금 처분을 통하여 기업합리화적립금으로 적립하여 사내에 유보하여야 하고 다만 당해 사업연도에 과다하게 적립한 기업합리화적립금을 임의적립금으로 보는 것(같은뜻: 조세감면규제법 기본통칙 5-1-8…9, 법인 22601-2217, 1987.8.18 직세 1234-26, 1977.1.7)이라고 해석하고 있는 바 이 건의 경우 처분청이 청구법인에 대한 법인세조사 결정시 ’92사업연도는 감면세액이 증액되었음을 알 수 있고, ’93사업연도는 감액되었음을 알 수 있으나 기업합리화적립금은 각 사업연도별로 각각 별도로 적립하여야 하고 적립하여야 할 금액을 초과하였을 경우에는 그 초과액은 임의적립금으로 보도록 하고 있으므로 청구법인의 경우 비록 ’92사업연도에는 감면세액이 증액결정되었고, ’93사업연도에는 감액결정되었다 하더라도 이는 각각의 사업연도가 별개에 해당하므로 청구법인이 증액결정된 ’92사업연도의 증액결정금액에 상당하는 ’95사업연도의 기업합리화적립금은 ’92사업연도의 증액분 45,623,310원과 ’95사업연도에 대한 청구법인의 법인세신고시 ’95사업연도의 감면세액 76,464,196원 합계 122,087,506원에 상당한 금액을 적립하여야 하나 청구법인은 ’95사업연도에 기업합리화적립금으로 1억원만을 적립하였음이 확인되고 있는 바, 22,087,506원의 기업합리화적립금이 과소되었다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 ’95사업연도에 법 소정의 기업합리화 적립금을 과소적립한 금액에 상당하는 감면세액을 추징함은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2개년도 이상 법인세 경정 결정시에 감면세액이 증감되었을 경우 기업합리화 적립금을 어떻게 적립 하여야 하는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구조세감면규제법 제91조 제1항은 『제14조의 2·제15조·제15의 3·제17조·제18조·제19조 제3항 본문·제20조·제26조·제37조·제40조의 4·제40조의 5·제40조의 7 내지 제40조의 9·제43조·제43조의 2·제43조의 4·제44조 제4항·제5항 및 제8항·제45조 제5항·제45조의 3·제46조의 3·제55조·제71조·제71조의 2·제72조·제72조의 2·제72조의 5 또는 제72조의 7의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』라고 규정하고 있고, 동조 제2항은 『제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제65조 제1항은 『법 제91조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해 과세연도에 결산확정(법인세법 제26조 제3항의 결산확정일을 말한다)이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우』라고 규정하고 있고, 제2항은 『제1항 제1호에서 처분가능이익이라 함은 당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금을 공제한 금액을 말한다』라고 규정하고 있고, 제3항은 『제1항의 규정에 있어서는 그 다음 사업연도의 이익금처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 92, 93사업년도 법인세 신고시 감면세액을 전액 기업합리화적립금으로 적립하였고, 95사업년도에는 기업합리화적립금을 26,535,804원을 초과적립(감면세액은 73,464,196원이나 100백만원을 적립하였음)하였는 바, 처분청은 95.7월 청구법인의 92, 93 사업년도 법인세 조사를 하여 92사업년도에는 45,623,310원의 감면세액을 증액하고 93사업년도에는 39,293,221원을 감액하여 93년도의 초과 적립된 금액은 임의적립금으로 보고 92사업년도에 증액된 감면세액과 95사업년도의 감면세액의 합계액(119,087,506원)에서 95사업년도에 기업합리화적립금으로 적립한 100백만원의 차액 19,087,506원 (처분청 및 국세청장은 계산착오로 동 차액을 각각 21,744,233원, 22,087,506원으로 보았음)을 과소 적립하였다 하여 법인세를 부과한데 대해 청구법인은 동시에 2개 사업년도 이상 경정되는 경우에는 각 사업년도의 감면세액의 증감분을 서로 상계하여 그 잔액만을 추가로 적립하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(2) 조세감면규제법이 기업합리화적립금의 적립을 규제하는 목적은 정부가 중요산업 등의 육성을 위한 조세특례로서 정부가 징수하여야 할 세금을 감면 또는 공제해 주었기 때문에 그 금액을 이익금 처분에 있어서 기업합리화적립금으로서 사내에 유보시키고 세법상 그 사용에 일정한 제한을 가함으로서 당해 기업의 재무구조를 개선하고 중요산업 등의 재정적 기반을 공고히 하려는 정부의 경제정책이 조세면에 반영된 것이라 할 수 있다. 따라서 구조세감면규제법 제91조 소정의 기업합리화적립금의 적립은 당해 법문이나 규정의 취지로 보아 법인세 감면이나 또는 공제를 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 법인세의 감면이나 또는 공제를 받은 뒤에 그 감면 또는 공제를 받은 자가 그 감면 또는 공제를 받은 사업연도의 이익금처분시에 이행하여야 할 사후요건이고 감면 또는 공제된 세액상당금액의 추징을 면하기 위한 요건이라고 해석된다(대법원 85누 190, 85.9.10 같은뜻임). 위와 같은 취지에 비추어 볼 때 기업합리화적립금을 기적립한 법인이 결산확정일 이후 법인세의 과세표준과 세액이 경정됨으로써 당해 사업연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 경정일이 속하는 사업연도의 잉여금처분시에 적립하여야 할 것이나, 2개 사업연도 이상에 대한 법인세 과세표준과 세액이 동시에 경정됨으로써 1개 사업연도에는 적립대상 기업합리화적립금이 증액되고 다른 사업연도의 적립대상 기업합리화적립금은 감액된 경우에는 서로 상계한 잔액에 해당하는 금액을 추가로 적립하여야 할 기업합리화적립금으로 보는 것이 기업회계기준 및 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 회계이론과 위 구조세감면규제법 제91조의 규정 취지에 합당하다고 할 것이다(국심 96부 1249, 97.4.14 같은뜻임).

(3) 따라서 이건의 경우 청구법인의 92사업년도의 증액분 45,623,310원과 93사업년도의 감액분 39,293,221원의 서로 상계한 잔액 6,330,089원을 95사업년도에 추가로 적립하면 감면받은 세액에 대한 기업합리화적립금 적립요건을 충족하였다 할 것인 바, 청구법인은 95사업년도분에 대한 법인세 신고시 당해사업연도에 감면받은 세액보다 26,535,804원을 초과하여 기업합리화적립금을 적립하였으므로 92, 93, 사업년도에 증감된 감면세액을 상계한 잔액 6,330,089원을 감안하더라도 기업합리화적립금이 감면세액보다 초과적립된 상태이므로 청구법인이 기업합리화적립금을 과소적립하였다 하여 과세한 처분청의 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.