권리의 양도차익을 산정함에 있어서 청구법인이 양도당시 지급한 지연손해금과 시설보상비를 양도비용으로서 공제하여야 하는지 및 권리의 취득당시 지급한 연체료가 취득가액에 포함되어야 하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 92.8.31 청구외 OO공사로부터 5년간 대금을 분할납부하는 조건으로 경락받아 임대사업에 공하던 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO외 1필지 대지 2,695.88㎡와 그 위 호텔 및 부대시설 13,238.74㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득할 수 있는 권리(이하 “권리”라 한다)를 95.11.27 청구외 OO개발산업주식회사(이하 “OO개발”이라 한다)에게 양도하고 97.5.31 잔금을 수령하였다. 처분청은 권리양도에 따른 양도차익을 각 사업년도 소득금액 계산시 익금에 산입하여 산출한 법인세 720,340,730원과 권리양도에 따른 특별부가세 1,360,326,840원을 합한 97사업년도 법인세 2,080,667,570원을 97. 6.25 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.8.19 심사청구를 거쳐 97.12.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 권리의 취득가액에 청구법인이 OO공사에게 지급한 연체료 491,073,264원을 매입비용으로서 포함하여야 하며, 청구법인이 OO개발에게 쟁점부동산의 명도지연에 따라 지급한 지연손해금 600,000,000원과 쟁점부동산의 임차인에게 지급한 설비보상금 321,886,979원을 양도비용으로 보아 양도가액에서 공제하여 그 양도차익을 결정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 쟁점부동산을 OO개발에게 명도지연함에 따라 지급한 지연손해금 600,000,000원은 배상금이므로 청구법인이 양도대금을 받으면서 동 지연손해금을 공제당하였다고 하더라도 이를 양도가액에서 공제할 수 없으며, 청구법인이 임차인들에게 지급한 시설보상비는 쟁점부동산을 OO개발에게 명도하기 전에 임차인을 내보내기 위하여 지출한 변상금으로 이는 청구법인과 임차인들과의 관계에서 발생한 간접비용이므로 필요경비로 인정할 수 없고(국심 88광 727, 88.9.10도 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점부동산을 매수하면서 대금을 지급기일에 납부하지 아니하여 OO공사에 지급한 연체료 491,073,264원은 계약상 지급기일 지연으로 인하여 지급한 것이므로 필요경비로 인정할 수 없다(법인세법 기본통칙 7-2-10…59의 2 참고).

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 권리의 양도차익을 산정함에 있어서 청구법인이 양도당시 지급한 지연손해금과 시설보상비를 양도비용으로서 공제하여야 하는지와

(2) 권리의 취득당시 지급한 연체료가 취득가액에 포함되어야 하는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 법인세법 제59조의 2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제3항 제1호 및 제2호는 양도차익은 양도가액에서 취득가액 및 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 공제하는 것으로 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 (1)을 본다. (가) 법인세법 제59조의 2 제3항 제2호는 토지 등을 양도하기 위하여 직접지출하는 비용을 특별부가세의 양도차익 산정시 양도가액에서 공제한다고 규정하고 있는데 이때 공제하는 비용이란 계약서작성비용·공증비용·인지대·소개비 등을 포함하는 것이라 할 것이다(법인세법 기본통칙 7-2-7…59의 2 같은 뜻임). (나) 청구법인은 권리의 양도당시 OO개발에 지급한 지연손해금을 양도차익에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 위 지연손해금은 청구법인과 OO개발이 체결한 “건물 및 부지매입계약의 매수자 변경을 위한 합의서” 제4조 6에서 약정된 명도시점에 건물을 명도하지 못할 경우 지연손해금을 지불하기로 약정하였는데 청구법인이 쟁점부동산을 약정된 기일에 OO개발에 인도하지 못함에 따라서 지급한 금원이다. 전시 법인세법령이 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 금액을 열거하고 있는데 이와 같은 양도목적물의 인도지연에 따라 지급한 금액을 공제하도록 정한 바가 없을 뿐 만 아니라 소득세법시행령도 96.12.31 제163조 제1항 제3호에 “다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다”는 단서를 신설(대통령령 제15191호)하여 연체료를 양도가액에서 공제되는 취득가액에 포함되지 아니하도록 명문화한 점 등에 비추어 볼 때에 이 부분에 대한 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다. (다) 또한 청구법인은 권리의 양도당시 동 부동산의 임차인에게 지급한 설비보상금을 양도가액에서 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 건물주가 임차인들에게 지급한 시설비 변상액은 건물주와 임차인들과의 관계에서 발생한 간접적인 지출비용으로서 양도차익 계산상 양도가액에서 공제할 수 없는 것(국심 88광 727호, 88.9.10 같은 뜻임)이므로 청구법인이 주장하는 설비보상금을 양도가액에서 공제하기는 어렵다.

(2) 쟁점 (2)를 본다. 청구법인은 청구법인이 OO공사에게 지급한 연체료 491,073,264원은 권리의 취득가액에 포함되어야 한다고 주장하고 있다. 그러나 전시 법인세법 제59조의 2 제3항 제1호는 특별부가세의 과세표준으로 하는 양도차익 산정시 취득가액은 양도가액에서 공제된다고 규정하고, 같은 법 시행령 제124조의 2 제2항에서 법 제59조의 2 제3항에서 “취득가액”이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치 할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고 있는데, 법인이 토지 등을 취득하는 경우 당초 계약상의 지급기일의 지연으로 인하여 지급하는 이자는 취득가액에 포함하지 아니하는 것이다(법인세법 기본통칙 7-2-10…59의 2 같은 뜻임). 따라서 청구법인이 권리를 취득하면서 OO공사에게 지급한 연체료는 청구법인이 OO공사와 체결한 매매계약에 따라 약정된 기일에 매매대금을 지급하지 못하여 발생한 것이므로 처분청이 전시 법인세법령에 의하여 권리의 양도차익 산정시 위 연체료를 취득가액에 포함하지 아니한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.