건물의 소유주인 교회의 목사가 근무하는 교회에 건물의 일부를 임대한 경우 개인적 공급인지 여부

심판청구번호 국심1998중 0015(1999. 8.18) 제2기분 2,331,190원, 1996년 제1기분 4,783,900원, 1996년 제2기분 8,909,840원, 1997년 제1기분 35,950,690원등 합계 51,975,620원은 이를 취소한다.

청구인은 서울특별시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재 대지 678.6㎡상에 임대용건물 3,134.01㎡(지하 2층·지상 5층, 이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하면서 1995년 제2기부터 1997년 제1기분에 대한 건물신축에 따른 부가가치세 매입세액 환급신청금액 109,978,720원 중 청구인이 목사로 재직하는 ○○○교회(구 ○○○교회)가 사용하는 건물면적 1,833.82㎡(쟁점건물의 3층 일부·4∼5층, 이하 "쟁점면적"이라 한다)에 대하여는 사업과 관련없이 청구인이 개인적으로 사용한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 1997.6.5 청구인에게 1995년 2기분 부가가치세 2,331,190원, 1996년 제1기분 부가가치세 4,783,900원, 1996년 2기분 부가가치세 8,909,840원 및 1997년 1기분 부가가치세 35,950,690원, 합계 51,975,620원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1997.7.29 심사청구를 거쳐 1997.12.11 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 처분청은 청구인이 ○○○교회의 목사이므로 교회용으로 임대한 쟁점면적을 개인적 용도로 보아 관련 매입세액을 불공제하였으나, 교회는 종교단체이고 청구인은 자연인인 개인으로서 별개의 경제주체이며, 부가가치세법에 의하여 부동산임대사업자로 사업자등록을 한 사업자로서 교회로부터 전세보증금 250,000,000원(이하 "쟁점임대보증금"이라 한다)을 지급받아 1997년 제1기분 부가가치세 확정신고를 하였다. 부가가치세법 제17조 제2항 에서 매입세액불공제 대상으로 하고 있는 제2호의 "사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액"의 판단은 임차인을 기준으로 하는 것이 아니고 교회용으로 임대해 준 것이 부가가치세의 과세대상이 되는지의 여부에 달려있는 것이므로 쟁점건물의 신축과 관련된 매입세액은 당연히 공제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 설립하여 운영하고 있는 ○○○교회는 재단법인 ○○○교 ○○○총회 유지재단산하 ○○○노회에 소속된 교회로서, 청구인의 신분이 목사라는 점과 쟁점건물의 전체면적중 약 60%를 교회용으로 사용하고 있는 점등으로 보아 청구인이 쟁점건물을 신축한 것은 그 주목적이 종교시설로 사용하기 위한 것이며,

○○○교회가 주무관청의 허가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록된 단체가 아니고, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 단체도 아니므로 국세기본법 제13조 및 동법시행령 제8조의 규정에 의한 법인이라 할 수가 없으며, 청구인 자신이 주체가 되어 교회를 설립 및 운영하고 있다고 볼 수 밖에 없다. 부동산임대계약서에 의하면 임대자는 청구인이며, 임차자는 ○○○교회 대표자인 청구외 ○○○으로 되어 있으나, 동 건물의 사용자가 ○○○이 아닌 청구인 자신이며, 계약서상 임대보증금을 250,000,000원으로 약정하고 있으나 임대보증금 명목의 금전이 수수된 사실이 없고 ○○○교회 신도의 헌금으로 충당되고 있다. 그렇다면, 쟁점건물을 임대용으로 보기는 어려우므로 쟁점면적을 개인적인 용도로 보아 부가가치세 매입세액의 환급신청을 부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 소유주가 교회의 목사로서 자기가 근무하는 교회에 쟁점건물의 일부를 임대한 경우 이를 부가가치세법상의 개인적 공급으로 보아 건물신축에 따른 매입세액을 불공제한 처분이 적법타당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제13조 제1항 에는 "법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 『법인격이 없는 단체』라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (94.12.22 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한것"이라고 규정하고 있다. 같은 조 제2항에는 "제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체외 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (94.12.22 개정)

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것"이라고 규정하고 있다. 같은 조 제4항에는 "제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다."고 규정하고 있다. 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 에는 "재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 부과한다."고 규정하고 있고, 제3항에는 "제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 용역 및 기타 행위를 말한다"라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제2조 제1항에는 "부동산업·임대업 및 사업서비스업(단서생략)에 해당하는 역무 및 기타 행위는 법 제1조 제3항에 규정하는 용역으로 한다."고 규정하고 있으며, 같은 법 제7조 제2항에는 "사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급한 것으로 본다"라고 규정하고 있다. 같은 법 제17조 제1항 제1호에는 "사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액"이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항 제2호에는 "사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다."고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제60조 제3항에는 "법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제101조 또는 법인세법시행령 제30조 에 규정하는 바에 의한다."고 규정하고 있다. 또한, 구 소득세법 시행령 제101조 제1호 및 제2호에는 "법 제48조 제12호에서 『직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액』이라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 업무에 관련없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 거주자가 직접 사용하지 아니하고 타인(사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 토지·건물 등의 유지비·수선비·사용료와 이에 관련되는 지출금"이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 ○○○교회의 목사로서 쟁점건물의 60%에 해당되는 1,833.82㎡(쟁점면적)를 청구인이 개인적인 용도(교회)로 사용하고 있다는 점, ○○○교회가 국세기본법 제13조 및 동법시행령 제8조의 규정에 의한 법인이 아니고 청구인이 주체가 되어 교회를 설립 및 운영하고 있다는 점과, ○○○교회에 대한 임대보증금을 250,000,000원으로 약정하였으나 임대보증금 명목의 금전이 수수된 사실이 없고 ○○○교회 신도들의 헌금으로 충당되고 있는 점을 들어 쟁점면적을 건물주인 청구인의 개인적인 용도로 보아 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액중 쟁점면적분에 대한 매입세액을 불공제함이 타당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점건물을 신축하면서 부동산 임대사업을 영위하기 위하여 1995.12.20 처분청에 사업자등록(등록번호 ○○○)을 하였다. 청구인은 쟁점면적을 ○○○교회에 임대하고 1997년도 제1기 부가가치세 확정신고시 임대보증금을 250,000,000원으로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 부동산임대계약서 및 부가가치세 확정신고서에 의하여 확인된다.

(1) 먼저, 청구인이 쟁점면적을 개인적인 용도로 사용하고 있는 청구인이 주체가 되어 설립 및 운영하고 있다는 처분청의 주장에 대하여 살펴본다. 청구인과 ○○○교회와의 부동산임대계약서에 의하면, 임대자는 청구인이며, 임차인은 ○○○교회 대표자인 ○○○으로 되어있으나, 처분청은 쟁점면적의 사용자는 ○○○이 아닌 청구인 자신이고, ○○○교회가 국세기본법상의 법인이 아니며, 청구인은 ○○○교회의 목사로서 청구인이 주체가 되어 교회를 설립 및 운영하고 있다는 이유로 교회용으로 임대한 쟁점면적을 청구인의 개인적인 용도로 보았다.

○○○교회는 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 정한대로 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체가 아니고, 동 제2호에서 정한대로 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단도 아니므로 법인격이 없는 단체중 법인으로 볼 수 있는 경우에 해당되지 아니하며, 또한, 위와 같이 법인격이 없는 단체라 하더라도 같은 조 제2항 제1호 내지 제3호에서 정한대로 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고, 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하거나, 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 등의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 해당되면 법인으로 보며, 그렇지 아니하면 거주자로 보는데, ○○○교회는 이에 해당되지 아니하므로 거주자로 보아 이 법 또는 세법을 적용하여야 할 것이다.

○○○교회에 대한 임대계약서에는 ○○○교회의 대표자가 ○○○으로 되어 있으나, 임대계약서상의 대표자가 누구로 기재되어 있던지 간에 교회의 대내외적인 대표권은 담임목사에게 있다고 보아야 할 것이며, 따라서 ○○○교회가 청구인으로부터 쟁점면적을 임차함에 있어 동 교회의 재정부장인 ○○○을 대표자로 내세웠다 하더라고 ○○○교회의 대표자는 동 교회의 담임목사인 ○○○(청구인)으로 보아야 할 것이다. 다만, 쟁점건물의 소유자로서의 청구인과 ○○○교회 대표자로서의 청구인은 별개의 주체(거주자)로 보아야 할 것임에도 불구하고 ○○○교회가 법인이 아니라는 이유로 건물주로서의 청구인과 ○○○교회 대표자로서의 청구인의 신분을 동일시하여 교회용으로 임대한 쟁점면적을 청구인의 개인적인 용도로 보았으나, 이는 ○○○교회의 재산권이 목사나 교인등 어느 개인에게도 속할 수 없으며, 지분권도 인정되지 아니하며, ○○○교회의 교인들이 모여 예배, 교리탐구 및 선교활동 등에 사용되는 장소로서 교회재산은 교회공동체가 주체가 되어 취득·관리·처분이 가능하므로 그 귀속형태는 총유에 속하는 것으로 보아야 할 것임에도 불구하고 ○○○교회가 차지하고 있는 쟁점면적을 청구인이 개인적 용도로 사용하고 있다거나 청구인이 주체가 되어 설립 및 운영되고 있다고 보는 처분청의 주장은 타당성이 없다 할 것이다.

(2) 다음, ○○○교회에 대한 쟁점임대보증금(250,000,000원)이 수수된 사실이 없고 ○○○교회 신도들의 헌금으로 충당되고 있으므로 쟁점면적을 청구인의 개인적인 용도로 봄이 타당하다는 주장에 대하여 살펴본다. 쟁점건물의 건축비는 ○○○교회를 비롯한 입주업체의 임대보증금으로 충당되었으며, ○○○교회의 경우 쟁점임대보증금으로 1996.4.12∼1996.7.9 기간중 22회에 걸쳐 225,960,000원을 지급하고 24,040,000원이 미지급된 상태로 남아 있었으며, 쟁점임대보증금의 자금원은 ○○○교회 신도들의 헌금이었음이 ○○○교회에서 제출한 금전출납부의 사본, 예금통장(○○○협동조합 ○○○지점 계좌번호: ○○○, ○○○은행 ○○○지점 계좌번호: ○○○)의 사본 및 부동산임대계약서의 사본에 의해서 확인된다. 청구인이 ○○○교회로부터 쟁점임대보증금을 받았다는 증빙으로 제출한 금전출납부와 예금통장에 의하면, 아래와 같이 금전출납부와 예금통장의 입출금 내용이 반드시 일치하지는 아니하나, 그 내용이 비교적 상세하게 나타나 있고, 예금통장에 나타난 264,800천원(○○○ 4,900천원, ○○○은행 259,900천원)과 금전출납부상의 225,960천원과의 차액은 38,840천원에 불과하며, 쟁점건물의 건축비 조달재원 중 가장 큰 부분이 쟁점면적의 임대보증금이라는 점등을 감안할 때 쟁점임대보증금을 받아 건축비에 충당하였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 보아야 할 것이다.

○○○교회 임대보증금 지급내역 (단위: 천원) 일자 금전출납부 예금통장 일자 금전출납부 예금통장

○○○

○○○은행

○○○

○○○은행 1996.4.12 10,000 10,000 1996.6.4 10,000 10,000 1996.4.16 10,000 10,000 1996.6.5 5,000 5,000 1996.4.17 900 900 1996.6.11 5,000 5,000 1996.4.23 960 (-) (-) 1996.6.13 9,000 9,000 1996.4.23 2,000 2,000 1996.6.17 30,000 (60,000) 1996.4.26 3,000 (9,000) 1996.6.19 2,000 2,000 1996.5.13 58,000 58,000 1996.6.19 11,600 6,000 5,600 1996.5.15 6,000 (5/16) (400) (5,000) 1996.6.20 12,000 9,000 3000 1996.5.29 2,000 2,000 1996.6.20 6,000 6,000 1996.5.30 15,000 9,000 6,000 1996.7.9 20,000 (9,000) (9,900) 1996.5.31 3,000 3,000 1996.5.31 4,500 (10,000) 계 225,960 4,900 259,900

• 주) : ()는 금전출납부와 예금통장의 액수가 맞지 않는 것임. 한편, 처분청은 쟁점임대보증금이 ○○○교회 신도들의 헌금으로 충당되었으므로 ○○○교회의 목사인 청구인의 개인적인 용도로 밖에 볼 수 없다고 하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 교회의 주수입원은 신도들의 헌금이며, 비록 쟁점임대보증금을 계약금, 중도금 및 잔금 등의 형식으로 지급하지는 못하였다 하더라도, 헌금이 들어오는 대로 수시로 임대보증금으로 지급하여 건축비에 충당하도록 한 것을 두고 쟁점임대보증금이 수수된 사실이 없었다거나 신도들이 교회가 아닌 목사 개인에게 헌금한 것으로 보아 쟁점면적을 청구인의 개인적인 용도로 본 것은 처분청이 사실판단을 그르친 잘못이 있다 할 것이다.

(3) 사실이 이러하다면, ○○○교회에 임대한 쟁점면적을 청구인이 개인적으로 사용한 것으로 보아 이 건 부가가치세 매입세액의 환급신청을 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.