양도소득에 대하여 1988.12.26 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정 적용 여부

심판청구번호 국심1998전 2954(1999. 4. 7) 은 산업기지개발촉진법에 의하여 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 고시된 ○○○지구외 6개 지구의 조성토지 중 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도(이하 "1996 사업연도"라 한다)에 분양한 ○○○도 ○○○시 ○○○동 ○○○외 1,534필지 1,595,358.4㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)의 양도차익에 대하여 당초 신고시에는 특별부가세가 50% 면제(1993.12.31 개정된 조세감면규제법 제64조 제1항 제4호 적용)되는 것으로 신고·납부하였다. 1998.3.30 청구법인은 구 법인세법(1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 것) 부칙 제16조 및 구 조세감면규제법(1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 부칙 제5조 제3항의 비과세 경과조항에 의거 구 법인세법(1988.12.26 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제59조의 3 제1항 제14호의 특별부가세 비과세 규정을 적용하여 1996 사업연도분 법인세(특별부가세) 10,443,409,690원 및 동 농어촌특별세 2,088,681,940원의 합계 12,532,091,630원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 1998.5.28 당초 신고내용이 정당하다는 이유로 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.7.27 심사청구를 거쳐 1998.11.25 심판청구를 하였다.

• 가. 청구 주장 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙 제16조(이하 "비과세 경과규정"이라 한다)에 의해 비과세 경과조치가 인정된 후 동 규정이 삭제된 사실이 없으므로 청구법인은 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 청구법인이 조성한 토지를 1990.1.1 이후에 양도함으로 인하여 얻은 양도차익에 대해 위 경과규정에 의한 비과세 와 당시 규정에 의한 50% 면제를 중첩적으로 적용할 수 있고 이 중 유리한 규정을 선택하여 적용할 수 있다고 보아야 한다. 일반적 경과규정이 납세의무자의 신뢰이익을 보호하기 위한 입법이라는 점은 다수의 대법원 판결에서 확립된 해석인 바(대법원 93누5666호, 1994.5.24, 90누2949, 1990.10.10, 88누1509, 1989.6.13등 다수), 이 건의 경우에도 비과세 경과규정에 의해 형성된 신뢰이익이 보호되어야 한다. 또한, 1989.12.30 개정된 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항은 신설된 50% 면제규정에 관한 부칙에 불과하므로 이 규정의 효력을 1989.12.26 개정된 법인세법 부칙 제16조의 경과조치에 까지 확장하여 해석하는 것은 조세법률주의에 반하는 것이 된다. 1989.12.30 개정된 조세감면규제법 부칙 제19조 제2항은 특별부가세 50% 면제를 규정한 1988.12.26 개정 법인세법 제59조 의 3 제2항 제4호를 삭제한 것이고, 이 건에 적용되는 비과세 경과규정을 삭제한 것이 아니며, 1989.12.30 개정된 조세감면규제법 제59조 제5호와 서로 모순·저촉되지 아니하므로 국세청장 의견과 같이 신법 우선의 원칙이 적용될 것도 아니다. 1993.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제7조는 종전의 같은법 제59조를 개정한 제64조에 대한 적용례를 정한 것일 뿐이고, 이 부칙 규정에 의해 비과세 경과규정이 삭제된 것은 아니므로, 1989.1.1 당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의해 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등에 대하여는 1994.1.1이후 양도하는 분이라 할지라도 비과세 경과규정을 적용하여 전액 비과세하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 1989.12.30 개정된 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항에서 특별부가세 감면의 개정규정은 1990.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하였고, 같은조 제3항에서 이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정한 것은 위 조세감면규제법의 시행일인 1990.1.1 이전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법을 적용하고, 1990.1.1. 이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이다. 비과세 경과조항은 구 법인세법 제59조 의 3 제1항 제14호를 전제로 하는 것이나 구 법인세법 제59조 의 3 제2항 제4호가 위 조세감면규제법 부칙 제19조 제2항에 의하여 삭제되었으며, 구 법인세법 부칙 제16조를 삭제하지 아니하여 비과세 경과조항과 위 조세감면규제법상 감면조항이 서로 모순·저촉하는 점은 있으나, 이 경우 신법 우선의 원칙에 따라 위 조세감면규제법상 감면조항이 우선적으로 적용되는 것이므로 구 법인세법 부칙 제16조의 규정은 개정된 조세감면규제법에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것이다. 따라서, 쟁점토지가 1989.1.1 이전에 지정된 지구의 토지라고 하더라도 이를 1990.1.1 이후에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 면제하는 것이 타당하다. 또한, 1993.12.31 전면 개정된 조세감면규제법 부칙에서 특별부가세에 관한 개정규정은 시행일인 1994.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로 이 건과 같이 1996사업연도에 양도한 토지에 대한 특별부가세 감면시 적용할 법령은 같은법 제64조 제1항 제4호의 규정이 적용되어야 하고 구 법인세법의 규정은 적용할 여지가 없다 할 것이며, 따라서 청구주장은 인정할 수 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 산업기지개발촉진법에 의하여 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 쟁점토지를 1990.1.1 이후에 양도하였을 경우 그 양도소득에 대하여서도 1988.12.26 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하는 것인지 여부
• 나. 관계법령

(1) 1988.12.26 법률 제4020호로 개정되기 전의 구 법인세법 제59조 의 3 제1항 제14호는 위의 소득에 대해 특별부가세를 비과세하는 것으로 규정하였다.

(2) 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법에서, 위 제59조의 3 제1항 제14호를 삭제하고, 같은조 제2항 제4호에 특별부가세액의 100분의 50을 면제하는 것으로 규정(개정)함과 동시에 같은법 부칙 제12조 제1항에서 위 제2항 제4호의 규정은 "이 법 시행(1989.1.1)후 최초로 양도하는 분부터 적용한다."고 규정하였다. 아울러 같은 부칙 제16조에서 "이 법 시행(1989.1.1)당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호에 의한다."고 규정하였다.

(3) 1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 조세감면규제법은 위 법인세법 제59조 의 3 제2항 제4호(50% 면제규정)를 삭제하고, 이를 조세감면규제법 제59조 제1항 제5호로 옮겨 규정하면서 그 부칙 제5조 제1항에서는 조세감면규제법 제59조의 개정규정(50% 면제규정)은 "이 법 시행(1990.1.1)이후 최초로 양도하는 것부터 적용한다."고 규정하고, 같은조 제3항에서는 "이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다."고 규정하면서 같은 부칙 제19조 제2항에서는 " 법인세법 제59조 의 3 제2항 내지 제4항을 각각 삭제한다."고 규정하였다.

(4) 1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법은 종전에 조세감면규제법 제59조 제5호에 규정된 것을 제64조 제1항 제4호로 옮겨 규정하면서 그 부칙 제7조에서는 "이 법 중 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다."고 규정하였다.

• 다. 쟁점토지 양도소득에 대하여 특별부가세를 비과세하여야 하는지 여부 1988년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조에서 "이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의한다."고 규정하고 있으나, 1989년 개정된 구 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항에서 같은법 제59조의 규정은 같은법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다 하고 같은 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법 등의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 법인세법 등의 규정에 의하도록 규정하였는데, 이는 1989년 개정된 구 조세감면규제법 시행(1990.1.1)전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법 등을 적용하고, 1989년 개정된 구 조세감면규제법 시행후 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이다. 또한, 이로 인하여 1988년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정은 1989년 개정된 구 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것인 바, 청구법인이 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성한 토지를 1990.1.1 이후 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 면제하는 것이 타당하다 할 것(국심 96전848, 1997.1.22, 97전2773, 1998.5.19, 같은 뜻임)이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부통지한 것은 정당하다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.