[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 대전광역시 동구 OO동 OOOOO에서 OOO 가정과의원을 운영하는 자로서 95년 귀속 종합소득세를 외부조정계산서를 첨부하여 소득금액 22,307,761원, 세액 3,103,695원으로 하여 OO.5.31. 자진신고하였다. 처분청은 청구인의 종합소득세신고서를 서면분석한 후 보정자료제출을 요구(97.11.10.)하였으며, 청구인이 제출(97.11.24.)한 보정자료를 검토하여 업무와 관련없는 잡손실 등 합계 73,486,923원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비불산입하여 98.1.13. 청구인에게 95년 귀속 종합소득세 35,261,850원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.3.4. 이의신청, 98.4.10. 심사청구를 거쳐 98.6.22. 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 처분청은 청구인이 자진신고납부한 95년 귀속 종합소득세에 대하여 서면분석한 후 보정사항을 청구인으로부터 제시받고 필요경비로 계상한 쟁점금액을 부인하여 과세하였으나, 처분청이 청구인에게 서면분석 검토 안내를 한 97.11월 당시는 95년도 장부와 증빙이 보관되어 있지 아니한 상태이었는 바, 청구인이 사업장에 장부를 보관하고 있지 않았던 이유는 97년 여름 병원시설공사중 공사인부의 부주의로 물에 젖어서 대부분이 훼손되어 더 이상 보관할 가치가 없다고 판단하여 공사쓰레기와 함께 멸실시킨 것으로 청구인은 서면분석 검토 안내에 따라 추가 신고할 수 있는 장부와 증빙서류가 없었기 때문에 처분청은 소득세법 제80조 제3항 단서와 같은법시행령 제143조 제1항 제1호의 규정에 의하여 추계조사결정함이 타당한 데도 쟁점금액을 신고소득에 가산하여 결정고지한 것은 부당하다. 청구인이 처분청의 보정요구에 대하여 97.11.24. 회신한 자료는 장부와 증빙에 의하여 작성한 것이 아니고 회신하지 아니하는 경우의 불이익을 우려하여 임의로 작성하여 제출한 것으로서 과세증빙으로서의 효력이 없고, 또한 처분청의 과세처분에 의한 소득금액은 표준소득율에 의한 소득금액의 231%가 되며 다른 동종업종의 275%가 되어 과세형평이 현저히 침해되어 국세기본법 제18조 제1항에서의 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 규정에 비추어 보아도 당초 신고소득에 쟁점금액을 가산하여 과세한 처분은 부당하므로 장부 및 증빙의 멸실에 따라 95년 귀속 청구인의 종합소득금액을 추계조사결정하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 처분청의 과세관계기록에 의하면 청구인은 95년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고시 손익계산서 등 재무제표 및 조정계산서를 첨부하여 신고한 반면, 처분청은 위 신고내용을 서면분석하여 97.11.10. 청구인에게 보정을 요구하였고, 청구인은 그 보정요구에 대하여 97.11.24. 95년도말 재료재고명세서(9,712,410원) 및 영업외비용중 잡손실계정명세를 첨부하여 회신(처분청 접수번호 672호)하고 있음이 확인되고 있다. 이 건 청구에서 청구인은 “97.7월 중순경 부주의로 장부를 분실하였다”는 청구인 명의의 장부분실확인서를 근거로 추계결정사유에 해당한다고 주장하나, 97.7월경 장부를 분실한 것이 사실이라면 97.7월 후인 처분청의 서면분석결과 보정요구에 답하여 97.11.24. 95년도말 재료재고명세 및 잡손실계정명세를 첨부하여 회신할 수 없다고 보여지는 점에서 장부 및 증빙을 분실하였다는 주장을 사실로 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 소득세의 경우 OO.1.1. 이후 신고분부터 신고납세제도로 전환되어 납세의무는 신고에 의하여 확정되고 그 효력이 발생되는 것이며 그 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에 과세표준과 세액을 경정하는 것이므로 장부 및 증빙을 분실하였다는 주장을 전제로 추계결정사유에 해당한다는 청구주장 또한 인정하기 어렵다고 판단된다. 처분청의 서면분석결과 보정요구에 대하여 청구인은 97.11.24. 회신과 이 건 청구에서 매출원가를 과대계상한 것이 아니고 소득세신고시 사업과 관련된 필요경비의 일부를 장부에 계상하지 않았다고 주장하고 있으나 청구인은 국세기본법 제45조의2에 규정한 경정청구를 할 수 있음에도 경정청구를 한 사실이 없으며 단지 처분청이 결정한 소득금액 93백만원이 같은 업종의 표준소득율을 적용한 추계소득(40백만원)에 비하여 230%라는 사실만을 근거로 국세기본법 제18조의 제1항의 “과세의 형평과 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하여야 한다”는 세법해석의 기준에 반하는 처분이라고는 볼 수 없으므로 처분청의 이 건 과세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구인이 외부조정계산서를 첨부하여 자진신고한 종합소득세에 대하여 처분청이 서면분석에 의한 보정서류를 제시받아 필요경비불산입되는 금액을 소득금액에 가산하여 종합소득세를 과세한 경우 장부가 멸실되었다는 청구주장을 인정하여 추계조사결정하여야 하는지 여부를 가리는 데 있다.
- 나. 관련 법령 소득세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 전면 개정된 것) 제80조 제2항에서 “납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준 확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 연도의 과세표준과 세액을 경정한다”고 하고 그 제1호에서 “신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때”를, 그 제2호에서 “제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때”를 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 “납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제142조 제1항에서 “법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다”고 하고, 제143조 제1항에서 “법 제80조 제3항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 사유’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 하고 그 제1호에서 “과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”를 규정하고 같은조 제3항에서 “법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다”고 하고 그 제1호에서 “수입금액에 표준소득율을 곱한 금액을 그 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법”을 규정하고 있다. 한편 국세기본법 제18조 제1항에서 “세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다”고 규정하고 제20조에서 “국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다.
- 다. 심리 및 판단 처분청이 청구인이 신고누락한 임대료 및 장려금과 과대계상된 매출원가를 총수입금액에 가산하고 업무무관 잡손실을 필요경비를 부인하여 신고소득에 가산하여 과세한 데 대해 청구인은 당초 외부조정계산서를 첨부하여 신고한 종합소득세는 장부가 멸실되어 허위로 작성된 것이고 동종 업종의 표준소득율보다 높으므로 이 건 종합소득세를 추계조사결정하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.
(1) 청구인은 대전광역시 동구 OO동 OOOOO에서 OOO 가정의학과의원을 84.3.10. 개업하여 의료업을 영위하고 있음이 동대전세무서장이 93.7.23. 발행한 사업자등록증(등록번호: OOO-OO-OOOOO)에 의하여 확인되고, 청구인은 95년 귀속 종합소득세를 외부조정계산서를 첨부하여 OO.5.31. 자진신고하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타나 있다.
(2) 처분청은 청구인의 종합소득세 신고에 대하여 증빙서류 등 보정서류제출을 요청하였고 청구인이 제출한 보정서류를 검토하여 매출원가 9,712,412원이 과대계상되었고 장려금 727,656원과 임대료 2,109,740원이 신고누락되었으며 잡손실 60,937,115원은 업무와 관련없는 청구인의 동생 채무 및 그 이자를 대신 지급한 것이 확인된다 하여 위 금액 합계 73,486,923원을 필요경비 부인하고 이를 청구인에게 알리면서 검토 후 수정신고하고 또한 이의가 있을 때에는 통지를 받은 날로부터 15일내에 우편으로 해명자료를 제출하여 시정하기 바란다는 안내서를 97.12.8. 청구인에게 송부한 사실이 처분청의 서면분석 검토결과 안내서에 나타나 있어 이 건은 장부 등 증빙을 근거로 한 실지조사방법에 의하여 과세되었음을 알 수 있다.
(3) 전시 법령에 의하면 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 비치·기장한 장부나 증빙서류중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합되는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 할 것인 바(대법원 95누 6809, OO.1.26: 같은 뜻임), 위 사실관계에 나타난 바와 같이 처분청은 청구인이 외부조정계산서를 첨부하여 95년 귀속 종합소득세를 자진신고한 데 대하여 청구인에게 관련증빙서류 등 보정자료를 제출해 줄 것을 요청하여 청구인이 제출한 보정자료를 검토하여 소득금액 및 세액을 결정하였으므로 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 할 수 없고 또한 실지조사방법에 의하여 결정한 소득금액 및 세액이 다른 동종업자의 표준소득율보다 높다고 하여 장부가 허위라고도 할 수 없으므로 이 건 장부가 허위이므로 추계조사결정하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.
- 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.