공통매입세액 안분계산

심판청구번호 국심1998전 1310(1999. 6.17) 기분 부가가치세 16,627,280원 및 1997년 제1기분 부가 가치세 7,894,230원과 1997년 제2기 예정분 부가가치세 4,767,240원의 환급결정처분은, 청구법인이 백화점 등에 청구 법인 명의로 계산서를 교부하여 납품한 1996년 제2기분 97,878,779원과 1997년 제1기분 239,428,560원을 청구법인의 면세공급가액에서 제외한 후 청구법인의 공통매입세액의 안 분계산 및 납부세액을 재계산하여 그 과세표준과 세액을 경 정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 충청북도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○에 소재하는 영농조합법인으로 과세·면세사업을 겸영하는 사업자인 바, 청구법인이 1995년 제1기분부터 1997년 제2기 예정분까지 부가가치세 신고시 총공급가액에서 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 공제한 공통매입세액을 처분청은 각 과세기간의 부가가치세 확정신고시의 면세공급가액의 비율로 정산하여 안분계산하고, 청구법인이 1994년 제2기분부터 1997년 제1기분까지 부가가치세 신고시 기공제받은 감가상각자산에 대한 공통매입세액에 대하여 총공급가액에서 면세공급가액의 비율이 당초 과세기간보다 증가한데 대한 납부세액을 재계산 한 후 1997.12.17 청구법인에게 1995년 제1기분 부가가치세 16,942,460원, 1996년 제1기분 부가가치세 765,510원, 1996년 제2기분 부가가치세 16,627,280원, 1997년 제1기분 부가가치세 7,894,230원 합계 42,229,480원을 결정고지하고 1997년 제2기 예정분 부가가치세 4,767,240원을 환급통보하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.2.13 심사청구를 거쳐 1998.5.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

① 청구법인이 백화점등에 조합원인 농민 또는 조합원이 아닌 농민을 위하여 판매알선하거나 ㅇㅇ군청과 함께 기획판매를 하지만 청구법인의 조합원인 농민들의 농산품출품이 많아 농산물의 수집, 대금수령, 대금배분만을 청구법인이 대행하였을 뿐 청구법인 명의의 계산서를 발행하였다 하여 이를 청구법인의 면세공급가액으로 보아 공통매입세액의 안분계산 및 정산을 하고 납부세액을 재계산함은 부당하다.

② 청구법인의 과세사업에 사용된 운반용차량과 저온창고용 건물등의 고정자산의 취득에 대한 매입세액은 전액공제되어야 한다.

• 나. 국세청장 의견 청구법인이 1995년 제1기분부터 1997년 제2기분까지 과일등 농산물을 판매하고 계산서를 발행·교부한 사실과 면세수입금액에 대하여 부가가치세 및 법인세를 자진신고한 사실이 관계서류에 의하여 확인되며, 청구법인은 ㅇㅇ군청의 주관으로 서울지역 백화점등에 농산물을 기획판매한 9개 참가업체의 하나로서 청구법인이 농산물을 판매한 사실 등이 계산서등에 확인되는 반면, 청구법인은 농민에게 실질적으로 수입금액이 귀속된 사실에 대한 객관적인 거래증빙을 제시하지 못하고 있다. 청구법인이 자체 농산물을 저온저장창고에 보관 및 차량운반을 통하여 연중 판매하는 면세사업등과 농민등에게 농산물의 저온저장 및 차량운반 용역을 제공하고 대가를 받는 과세사업등에 사용되는 저온저장창고 및 운반용차량등의 매입세액은 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다. 처분청은 청구법인이 1995년 제1기분부터 1997년 제2기분까지 각 과세기간별로 공제신고한 매입세액을 당해 재화 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액이 '확정되는 과세기간'의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 공통매입세액을 안분 및 정산하였고, 1994.10.30 개업일부터 1997년 제1기분까지 취득한 감가상각자산의 매입세액을 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율보다 증가한 부분에 대하여 각 과세기간별로 납부세액을 재계산하여 과세한 사실이 관계서류에 의하여 확인되므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인 명의로 백화점 등에 농산물을 납품한 금액을 청구법인의 면세공급가액으로 보아 공통매입세액의 안분계산 및 납부세액의 재계산에 의하여 과세한 처분이 정당한지와

② 납부세액 재계산의 대상이 되는 감가상각자산중 운반용 차량과 저온창고가 과세사업에만 사용되고 있었는지를 가리는데 있다.

• 나. 관계법령 조세감면규제법 제100조 제1항에서 "다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.∼5. (이하 생략)

6. 농업경영 및 농작물의 대행용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제96조 제3항에서 "법 제100조 제1항 제6호에서 『농업경영 및 농작업의 대행용역으로서 대통령령이 정하는 것』이라 함은 농어촌발전특별조치법 제6조 의 규정에 의하여 설립되는 영농조합법인과 동법 제7조의 규정에 의하여 설립된 농업회사법인이 공급하는 농업경영 및 농작업의 대행용역을 말한다"라고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제61조 제1항에는 "사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영한 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 '공통매입세액'이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세관련 매입세액 = 공통매입세액×면세공급가액/총공급가액"이라고 규정하고, 같은조 제4항에는 "제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.(단서 생략)

1. 총매입가액에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율"이라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제61조의 2에는 "사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다.(단서 생략)

1. 제61조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우. 가산 또는 공제되는 세액 = {총공통매입세액×(1-과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액)-기공제세액}

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총공통매입세액×(1-과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적)-기공제세액}"이라고 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 시행령 제63조 제1항 에는 "납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후, 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다."고 규정하고 있으며, 제2항에서는 "제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

가산 또는 공제되는 세액 = 당해재화의 매입세액×(1-10/100×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율" 이라고 규정하고 있다.

• 다. 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 1994.4.15 농어촌발전특별조치법 제6조 의 규정에 의하여 설립된 영농조합법인으로서 조합원인 농민이나 조합원이 아닌 농민에게 제공하는 농산물의 선별·포장용역 및 농산물을 판매하는 부가가치세 면세사업과, 농민이 아닌 농산물 판매업자에게 제공하는 선별·포장 용역 및 농민 등에게 농산물을 운반하여 주거나 농산물을 저온창고에 보관하여 주고 그 대가를 받는 용역과 농산물의 판매알선 및 농산물의 포장재를 판매하는 부가가치세 과세사업을 영위하는 겸영사업자인 바, 처분청은 청구법인이 ㅇㅇ군청의 주관으로 서울시내백화점 등에 농산물을 판매하고 계산서를 발행한 분을 청구법인의 면세공급가액으로 보아 1995년 제1기분부터 1997년 제2기 예정분 부가가치세 공통매입세액을 각 과세기간의 확정신고시의 면세공급가액 비율로 정산(별지 표1)하였고, 감가상각자산에 대한 공통매입세액에 대하여 총공급가액에서 면세공급가액의 비율이 증가함에 따른 납부세액을 재계산(별지 표2)하여 1997.12.17 청구법인에게 1995년 제1기분부터 1997년 제1기 예정분까지 부가가치세 42,229,480원을 결정고지하고 1997년 제2기분 부가가치세는 환급세액 24,032,750원을 4,767,240원으로 하여 환급통보하였다. 청구법인은 서울시내 백화점 등에 농산물(사과, 곶감, 배 등)을 납품한 것으로 하여 1996년 제2기분 97,878,779원과 1997년 제1기분 239,428,560원의 계산서를 발행한 사실이 있는 바, 청구법인의 농산물 납품거래 내역을 살펴보면 농산물 생산자인 농민이 농산물을 청구법인의 저온창고에 입고(입·출고증 발행)하고 이 때 농민과 청구법인간에 물품보관계약서 및 농산물 위탁판매수수료에 관한 약정서를 작성하며, 청구법인은 농민으로부터 판매위탁받은 농산물을 백화점 등에 납품시 청구법인 명의의 계산서를 발행(농산물 생산자인 농민은 사업자등록이 없어 계산서를 발행하지 못하며 농산물을 공급받는 백화점 등에서 영농조합법인명의의 계산서를 요구하여 청구법인 명의의 계산서를 발행하였다고 함)한후 농산물 대금을 청구법인 통장에 입금하거나 현금으로 받아 농산물 위탁농민의 위탁판매수수료·창고보관료·선과 및 포장비용 등을 공제한 후 농민에게 농산물 대금을 지급하고 있음이 계산서, 위탁판매수수료 약정서, 물품보관약정서 및 청구법인의 장부에 의하여 확인된다. 청구법인은 위 백화점 등에 납품한 금액에 대하여 부가가치세 신고시 면세공급가액으로 신고하고 법인세 과세표준 신고시 면세수입금액으로 신고한 사실이 있으나, 청구법인이 백화점등에 실질적으로 농산물을 납품하였다고 볼 수 있으려면 농민이 농산물을 청구법인의 창고에 입고할 때에 그 대금을 지급(혹은 외상매입금으로 처리)하여야 하나 이러한 사실이 확인되지 아니하는 반면 백화점 등으로부터 받은 농산물 대금을 농민에게 지급할 때에 농산물 생산 농민으로부터 위탁판매수수료와 창고보관료 등을 공제하고 지급한 사실이 청구법인의 장부 및 농민들이 제시한 확인서 등의 증빙에 의하여 확인(청구법인은 예수금 계정을 통하여 농산물 대금을 회계처리 함)되고 있다. 따라서 청구법인이 백화점 등에 농산물을 납품하고 계산서를 발행하였다고 하더라도 농산물의 실질공급자는 생산자인 농민이라 할 것이고 청구법인은 농산물 판매알선에 따른 수수료 등의 수입만 있을 따름이고 위 계산서 발행금액 자체를 청구법인이 실질적으로 납품한 금액으로 보는 것은 국세기본법 제14조 의 실질과세의 원칙에 위배된다 할 것이다. 그러므로 처분청은 청구법인이 농산물을 백화점 등에 납품한 금액(1996년 제2기분 97,878,779원과 1997년 제1기분 239,428,560원)은 청구법인의 면세공급가액에서 제외한 후 공통매입세액을 각 과세기간의 확정신고시 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 정산하여야 할 것이다.
• 라. 쟁점②에 대하여 본다. 처분청은 청구법인의 감가상각자산이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어졌다고 보아 당해자산의 취득에 따른 매입세액을 안분하여 과세사업에 사용된 매입세액을 공제하였고 그 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 당해자산 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가되었다고 하여 부가가치세법 시행령 63조 의 규정에 따라 납부세액을 재계산하였는 바, 청구법인은 다음과 같은 감가상각대상자산중 1994년 제2기분 및 1997년 제2기분에 취득한 저온창고 2동과 1994년 제2기분에 취득한 5톤트럭 및 1996년 제2기분에 취득한 포터차량은 청구법인의 과세사업에만 사용되었으므로 위 자산 취득에 따른 매입세액은 전액 공제되어야 한다고 주장하고 있다. (단위: 원) 취득일자 자산종류 용 도 공급 가액 세 액 94/2기 건물 저온창고 299,930,000 29,993,000 건물 선과(포장)장 311,433,640 31,143,364 기계장치 콘베이어부대설비 179,902,000 17,990,200 차량운반구 5톤트럭(운반용) 15,636,364 1,563,636 95/1기 차량운반구 지게차 16,300,000 1,630,000 95/2기 건물 집하장 106,990,909 10,699,901 96/1기 비품 빠렛드 45,000,000 4,500,000 96/2기 차량운반구 지게차 20,909,091 2,090,909 차량운반구 포터 7,045,455 704,545 97/2기 건물 저온창고 250,000,000 25,000,000 1,253,147,459 125,315,555 판단컨대, 쟁점저온창고별로 농산물의 입·출고된 기록이 없어 청구법인이 취득한 농산물을 위 창고에 보관하다가 판매(면세)하였는지 농민들의 농산물만을 전적으로 보관하고 그에 대한 보관수수료만을 수령(과세)하였는지를 알 수 없고, 청구법인의 차량운행일지에 의하면 부가가치세 과세대상인 타인의 농산물을 운송한 횟수가 1개월 또는 수개월에 한번정도 운행한 것으로 기록되어 있어 신빙성이 없고 위 운행시간 외에는 차량을 운행하지 아니하였다고 보기도 어려울 뿐만 아니라 청구법인은 위 운반차량이 과세사업에만 사용되어졌다고 볼 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있어, 처분청이 위 저온창고 및 운반차량이 과세 및 면세사업에 공통으로 사용되어졌다고 보아 부가가치세법 시행령 제61조 의 규정에 의거 과세사업과 면세사업의 공급가액에 따라 그 매입세액을 안분계산하였음은 적법하다 할 것이다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.