[요지] 법인세경정으로 인하여 공제감면세액이 증가된 사실을 몰랐다는 청구주장은 그 신빙성이 없고, 청구법인이 구 조세감면규제법 제91조 제2항의 규정에 의하여 94사업년도와 95사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 적립하지 아니한 93사업년도의 감면세액에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 미납부가산세를 적용하여 법인세를 추징한 당초 처분은 적법함
[요지] 법인세경정으로 인하여 공제감면세액이 증가된 사실을 몰랐다는 청구주장은 그 신빙성이 없고, 청구법인이 구 조세감면규제법 제91조 제2항의 규정에 의하여 94사업년도와 95사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 적립하지 아니한 93사업년도의 감면세액에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 미납부가산세를 적용하여 법인세를 추징한 당초 처분은 적법함
[참조결정] 국심1996부1249
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분의 개요
(1) 청구법인은 충북 진천군 문백면 OO리 O OOO 소재 농공단지 내에서 레미콘 제조업을 영위하기 위하여 89.7.14 설립된 영리내국법인으로서 중소기업창업지원법 제25조의 규정에 해당하는 창업중소기업이다.
(2) 94.3.31 청구법인은 93.1.1～93.12.31사업년도(이하 “93사업년도”라 한다)에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 구 조세감면규제법 제15조 제1항의 창업중소기업에 대한 조세특례 규정에 따라 창업년도를 합하여 5차년도의 감면비율 50%와 최저한세를 적용하여 계산한 6,157,201원을 공제감면세액으로 신고하였고, 처분청은 95.12월 청구법인에 대한 93사업년도 법인세조사시 레미콘 매출누락 등 합계 금 136,732,413원을 각 사업년도 소득금액계산상 익금에 산입하여 법인세과세표준 및 세액계산을 함에 따라 당해연도의 창업중소기업에 대한 공제감면세액도 당초 청구법인이 신고한 6,157,201원에서 29,328,561원으로 증액한 세액으로 하여 이를 산출세액에서 공제한 후 95.12.16 청구법인에게 93사업년도 법인세 28,869,070원을 경정결정고지하였다.
(3) 그 후 처분청은 97.7.16 청구법인이 93사업년도에 공제감면받은 세액 상당액(6,157,201원＋23,171,360원=29,328,561원, 이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 처분가능이익이 발생한 그 다음연도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 적립하지 않았다 하여 적립하지 아니한 감면세액에 대하여 세액감면을 배제하고 미납부가산세를 적용하여 97.7.16 청구법인에게 93사업년도 법인세 38,976,460원을 추징하였다.
(4) 청구법인은 이에 불복하여 97.9.13 심사청구를 거쳐 98.1.14 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 구 조세감면규제법 제15(창업중소기업에 대한 조세특례) 제1항에서 중소기업창업지원법 제25조 제1항의 규정에 해당하는 농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 창업일이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도의 개시일로부터 3년내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고,
(2) 같은법 제91조(기업합리화적립금의 적립) 제1항에서 제15조(창업중소기업에 대한 조세특례)의 규정에 의하여 세액감면을 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하면서, 같은조 제2항에서는 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액감면을 적용하지 아니하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있으며(법 제91조는 93.12.31 전면개정시 법 제123조로 조문변경),
(3) 같은법시행령 제65조 제1항에서 법 제91조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서는 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우를, 제2호에서는 내국법인이 당해연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우를 각각 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 “처분가능이익”이라 함은 당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해연도의 이익준비금을 공제한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 제1항의 경우에 있어서는 그 다음 사업년도의 이익금처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있는바(시행령 제65조의 규정은 93.12.31 전면개정에서 제108조로 조문변경), 법인세과세표준의 경정으로 인하여 기업합리화적립금의 적립대상이 되는 감면세액이 증액되는 경우에는 당해 경정일이 속하는 사업년도의 이익금처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하여야 하는 것으로 해석된다(국심96부1249, 97.4.14·조세감면규제법기본통칙 123-108---(2) 같은뜻).
(1) 94.3.31 청구법인은 93사업년도에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 구 조세감면규제법 제15조 제1항의 창업중소기업에 대한 조세특례 규정에 따라 세액감면 5차년도의 감면비율 50%와 최저한세를 적용하여 계산한 6,157,201원을 공제감면세액으로 신고하였으나, 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함에 따라 청구인이 신고한 위 공제감면세액에 상당하는 금액을 당해 사업년도에 기업합리화적립금으로 적립하지 못하였고, 그 다음 사업년도인 94, 95, 96사업년도에서도 적립하지 아니하였다가 이 건 과세처분일 후인 98.3.1 97사업년도 이익금처분시 비로소 이를 적립하였고,
(2) 95.12월 처분청은 청구법인에 대한 93사업년도 법인세조사시 적출한 레미콘 매출누락 등 합계 금 136,732,413원을 각 사업년도 소득금액계산상 익금에 산입하여 법인세과세표준 및 세액계산을 함에 따라 당해연도의 창업중소기업에 대한 감면세액을 당초 청구법인이 신고한 6,157,201원 보다 23,171,360원이 증가한 29,328,561원으로 증액한 세액으로 하여 이를 산출세액에서 공제한 후 95.12.16 청구법인에게 93사업년도 법인세 28,869,070원을 결정고지하였는 바, 청구법인은 95.12월 처분청의 93사업년도에 대한 법인세경정으로 인하여 증가한 공제감면세액 23,171,360원에 상당하는 금액을 법인세경정일이 속하는 95사업년도와 96사업년도에 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다가 이 건 과세처분일후인 98.3.1 97사업년도 이익금처분시 이를 적립하였으며,
(3) 94사업년도의 경우 창업중소기업에 대한 감면세액이 3,116,743원 발생함에 따라 청구법인은 당해연도에 위 감면세액에 상당하는 금액 3,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하였고(94사업년도의 처분가능이익은 27,848,000원), 95사업년도의 경우 중소제조업등에 대한 특별감면세액이 3,581,187원이 발생함에 따라 청구법인은 또한 당해연도에 5,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하였으며(95사업년도의 처분가능이익은 62,965,554원), 96사업년도의 경우 처분가능이익이 168,065,027원, 97사업년도의 경우 처분가능이익이 127,579,923원인 사실이 청구법인에 대한 93사업년도～97사업년도 법인세과세표준 및 세액신고서상 세액감면신청서, 공제감면세액계산서, 기업합리화적립금명세서와 이에 대한 결산부속서류 중 이익잉여금처분계산서(제5기～제9기)에 의하여 각각 확인된다.
(1) 쟁점감면세액 중 94.3.31 청구법인이 93사업년도에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 신고한 공제감면세액 6,157,201원에 대하여 보면, 93사업년도의 경우 이익금처분시 처분가능이익이 부수가 되어 위 공제감면세액에 상당하는 금액 6,157,201원을 기업합리화적립금으로 적립할 수 없다 할 것이나, 전시한 구 조세감면규제법시행령 제65조 제1항 제1호 및 제3항의 규정에 의하여 처분가능이익이 발생한 그 다음 사업년도(그 다음 사업년도라 함은 93사업년도 이후 처분가능이익이 발생한 최초의 사업년도를 말한다)로서 94사업년도 이익금처분시 동 공제감면세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 이를 적립하지 않고 있다가, 이 건 과세처분일 후인 97사업년도 이익금처분시 비로소 적립하였으므로 구 조세감면규제법 제91조 제2항에 의거 창업중소기업에 대한 세액감면규정을 적용할 수 없다 할 것이다.
(2) 처분청이 95.12.16 청구법인에 대한 93사업년도 법인세를 경정결정함에 따라 증가한 공제감면세액 23,171,360원은 93사업년도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우로서 동 공제감면세액 또한 적어도 청구법인에 대한 법인세경정일(95.12.16) 속하는 95사업년도의 이익금처분시(96.2.29) 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도(국심96부1249, 97.4.14 같은뜻) 적립하지 않고 있다가 이 건 과세처분일후인 97사업년도 이익금처분시 기업합리화적립금을 적립하였으므로 구 조세감면규제법 제91조 제2항에 의거 창업중소기업에 대한 세액감면규정을 적용할 수 없다 할 것이다. 한편, 청구법인은 93사업년도에 대한 법인세경정으로 인하여 공제감면세액이 증가된 사실을 몰랐다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면, 처분청은 93사업년도 법인세조사 종료후 청구법인에게 결정전조사내용통지서 및 소득금액변동통지서 등을 발송하였고, 창업중소기업에 대한 감면세액은 법인세 산출세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것이므로 법인세경정으로 산출세액이 증가하는 경우에는 감면세액도 따라서 증가하는 감면세액 계산구조등을 종합하여 볼 때, 법인세경정으로 인하여 공제감면세액이 증가된 사실을 몰랐다는 청구주장은 그 신빙성이 없다 할 것이다.
(3) 위와 같이 청구법인이 구 조세감면규제법 제91조 제2항의 규정에 의하여 94사업년도와 95사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 적립하지 아니한 93사업년도의 감면세액 27,193,511원【청구인이 당초 신고한 감면세액 6,157,201원＋21,036,310원(법인세경정에 의하여 증가한 감면세액 23,171,360 + 95사업년도 청구법인이 기업합리화적립금으로 적립한 금액 5,000,000원 - 95사업년도 중소제조업등에 대한 특별감면세액 3,581,187 - 동 특별감면세액에 대한 농어촌특별세 716,237원)】에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 미납부가산세를 적용하여 이 건 법인세를 추징한 당초 처분은 적법한 것으로 판단된다.