사실과 다른 세금계산서 해당 여부

심판청구번호 국심1998서 2590(1999. 9.20) 산매매업(부동산임대업)을 영위하기 위하여 서울특별시 서대문구 ○○○동 ○○○ 대지 1,562.6㎡ 지상에 주상복합건물(지하 4층, 지상 13층, 연면적 11,291.82㎡)의 신축(이하 "쟁점신축공사"라 한다)과 관련하여 시공자인 청구외 ○○○종합건업주식회사(이하 "○○○종합건업"이라 한다)로부터 공급가액 300,000,000원인 매입세금계산서(이하 "1차 세금계산서"라 한다)를 교부 받아 1997년 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였고, 1998.1.31 공급가액이 630,909,091원인 매입세금계산서(이하 "2차 세금계산서"라 한다)를 교부 받아 1998.4.25 매입세액을 매출세액에서 공제하여 1998년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 경정조사를 실시하여 청구인이 교부 받아야 할 1997년 제2기분 매입세금계산서가 930,909,091원인데도 300,000,000원의 1차 세금계산서만 교부 받고 나머지 630,909,091원에 대하여는 1998년 1.31에 2차 세금계산서를 교부 받았는 바, 2차 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 그 매입세액 63,090,909원은 1998년 제1기 예정분에서 매입세액으로 공제 받을 수 없다는 이유로 1998.6.5 청구인이 신고한 1998년 제1기 예정분 부가가치세 환급세액을 환급하지 아니하였다. 청구인은 당초 1998년 제1기 예정분으로 신고한 2차 세금계산서는 잘못 교부 받은 것이라 하여 1997.12.23을 공급시기로 한 수정세금계산서(이하 "쟁점수정세금계산서"라 한다)를 다시 교부 받아 1997년 제2기분 부가가치세에서 쟁점수정세금계산서상의 매입세액을 공제하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 1998.6.5하였으나 처분청은 1998.7.10 쟁점수정세금계산서가 소급 작성된 것으로 수정세금계산서 교부시기를 일탈한 정당한 세금계산서가 아니어서 그 매입세액이 공제되지 아니한다고 환급거부처분을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.7.25 심사청구를 거쳐 1998.10.15 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 1997년 제2기분에 해당하는 세금계산서를 1998년 제1기분으로 신고하였다가 이것이 잘못된 것을 알고 이를 바로잡아 1997년 제2기분(작성일자 1997.12.23)으로 쟁점수정세금계산서를 교부 받아 1998.6.5 경정청구와 함께 제출하였는 바, 이는 적법한 경정청구 및 수정세금계산서이므로 쟁점수정세금계산서상의 매입세액을 공제하여 1997년 제2기분 부가가치세를 환급하여 주어야 함에도 처분청이 쟁점수정세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하여 그 매입세액에 대한 환급을 거부한 것은 경정청구에 관한 국세기본법 제45조의2 제1항·부가가치세법 제17조 제2항 단서 및 같은법시행령 제60조 제1항 제1호와 제1의2호의 규정에 비추어 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점신축공사의 1차 기성분 930,909,091원의 공급시기는 1997.12.20이므로 이날 자로 상기 금액에 대한 세금계산서를 교부 받았어야 함에도 300,000,000원에 대하여만 세금계산서를 교부 받고, 나머지 금액에 대하여는 1998.1.31자로 작성된 세금계산서를 교부 받았으므로 위 2차 세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 알 수 있고, 또한 쟁점수정세금계산서는 처분청이 청구인에 대하여 경정조사를 한 이후에 2차 세금계산서의 기재내용을 1차 세금계산서 작성일자로 수정하여 소급 작성된 것으로 수정세금계산서의 교부시기를 일탈하였는 바, 이 와 같이 재화와 용역의 공급시기에 교부하지 아니한 세금계산서의 경우에는 수정세금계산서 교부대상이 아니라 할 것이므로(부가 1265-887, 1983.5.10 같은 뜻임), 청구인이 1998.5.22 환급경정조사에 대한 통지를 받은 이후에 거래상대방으로부터 소급 작성된 쟁점수정세금계산서를 교부받아 1998.6.5 청구한 경정청구에 대하여, 처분청이 경정하여야 할 이유가 없다는 내용의 결과통지를 한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점수정세금계산서의 매입세액을 공제하여 환급하여 달라는 경정청구에 대하여 쟁점수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 환급을 거부한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제9조 제2항, 같은법시행령 제22조 제2호 및 같은법시행규칙 제9조 제1호에 의하면, 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우란 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우라고 규정하고, 이 경우 용역의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제16조 제1항 에서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 때에는 그 재화나 용역의 공급시기에 작성년월일 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하도록 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 에서는 제출한 세금계산서에 작성연월일 등 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 또한 부가가치세법시행령 제59조 에는 "법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정 사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만 당초 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다"고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법시행령 제60조 제1항 에서는 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 적법하게 교부 받은 세금계산서를 국세기본법 제45조의2 제2호 및 같은법시행령 제25조의3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 동 법령 제70조에 규정하는 경정기관이 확인하는 경우에는 그 매입세액을 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 쟁점수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니한데 대하여, 청구인은 시공자로부터 1997.12.23자로 쟁점수정세금계산서를 교부 받아 경정청구와 함께 제출한 정당한 세금계산서이므로 그 매입세액을 공제하여 환급하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인은 건설 및 부동산신축판매업 및 부동산임대업을 영위하는 사업자로서 서울특별시 서대문구 ○○○동 ○○○외 14필지 1,562.6㎡의 지상에 연면적 11,291.82㎡(지상 13층, 지하 4층)의 아파트 및 근린생활을 신축과 관련하여 건설업자인 ○○○종합건업과 공사금액은 9,300,000,000원으로, 공사기간을 1997.10.22∼1999.11.30으로, 공사대금은 계약금의 20% 이내에서 선급하기로 하고 나머지 70%는 매2개월 단위로 기성고 검사 후 기성율에 따라 정산하기로 계약을 체결하였음이 사업계약서에 의하여 확인되고 있다.

(2) 쟁점신축공사의 1997.10.21∼1997.12.20 기간분의 기성고금액 930,909,09 1원(공급가액 1,024,000,000원)에 대하여 1997.12.20자로 300,000,000원(매입세액 30,000,000원)의 1차 세금계산서를 교부 받아 이를 1997년 제2기분 부가가치세신고시 관할세무서장에게 제출하였으며 나머지 630,909,091원에 대하여는 1998. 1.31자로 2차 세금계산서(매입세액 63,090,909원)을 교부 받아 1998년 제1기 예정분으로 신고하였음이 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 1998.5월 청구인에 대하여 부가가치세 경정조사를 실시하여 1997.12.31까지의 기성고 금액 930,090,091원이 모두 1997년 제2기분에 해당되고 1998.1.31자 2차 세금계산서(매입세액 63,090,909원)는 공사계약에 따른 기성고검사시기와 다르기 때문에 당해 매입세액이 불공제됨을 1998.5.22 청구인에게 통보하고 당해 매입세액 63,090,091원을 환급하지 아니한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

(4) 한편 청구인은 제2차 세금계산서를 잘못 교부 받았음을 알고 1997.12.23을 공급시기로 한 쟁점수정세금계산서를 다시 교부 받아 1997년 제2기분으로 부가가치세를 환급해 달라는 경정청구를 1998.6.5 하였다.

(5) 전시 부가가치세법 제9조 및 제16조를 보면 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 용역이 공급된 시기에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 등의 필요적 기재사항을 기재한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 있어서 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(부가가치세법시행령 제22조)라고 규정하고 있는 바, 쟁점신축공사의 기성고가 1997.12.20 현재 930,909,091원(공급대가 1,024,000,000원)임이 확인되므로 청구인은 1997.12.20에 930,909,091원의 용역을 공급받았다고 할 것이므로 당일자로 상기 기성고 금액에 상당하는 세금계산서를 교부 받았어야 함에도 1997.12.31자(공급가액: 300,000,000원), 1998.1.31자(공급가액: 630,909,091원)로 각각 세금계산서를 교부 받았다가 1998년 6월 1998.1.31자로 작성된 세금계산서를 1997.12.23자로 수정한 수정세금계산서를 교부 받아 1997년 제2기 부가가치세 환급을 위한 경정청구를 하였음을 알 수 있다.

(6) 쟁점수정세금계산서의 경우 공급일자와 다르다는 이유만으로 매입세액의 공제를 부인할 수 없다 할 것이다. 그러나 공급일자가 속한 과세기간 종료후 과세기간을 달리하는 일자를 작성일자로 한 세금계산서를 그 작성일자가 속하는 과세기간분의 매입세액 공제를 위하여 제출하였다면 비록 그것이 그 전의 과세기간내에 있었던 실제의 거래에 관한 것이라 하더라도 이는 부가가치세법 제17조 제2항 소정의 사실과 다른 세금계산서로 보아야 할 것이고(대법원 90누 9933, 1991.4.6 같은 뜻), 또한 전시한 법령에서와 같이 수정세금계산서라 함은 재화나 용역의 공급시기에 적법하게 작성 교부된 세금계산서상의 착오 등을 수정하기 위한 것인 바, 쟁점수정계산서는 청구인이 용역을 공급받은 시기와는 다른 1998.1.31을 작성일자로 한 2차 세금계산서에 대한 것이므로 이를 적법한 수정세금계산서라 보기도 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 공제하지 아니하고 경정 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.