공통매입세액의 안분계산 여부

심판청구번호 국심1998서 2479(1999. 6. 8) “∞【�374,632,000원의 부과처분은 부가가치세매입세 액 불공제액을 154,530,915원으로 하여 그 세액을 경정한다.

청구법인은 충청북도 ○○○군 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 외 18필지의 토지 139,370㎡를 매입하여 토지기반 조성공사를 하여 지상에 건물 5,358.75㎡(23동) 및 구축물을 신축하고 토지를 포함한 전체부동산(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 국방부가 사용하던 다른 토지와 건물을 양여받는 조건으로 1995.9.5 국방부에 기부채납하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 토지조성 공사를 하고 지상건물을 신축하면서 1992.1기∼1994.2기 부가가치세 신고시 위 신축공사와 관련하여 공제받은 총매입세액을 공통매입세액으로 하고, 기부채납시에 감정평가한 쟁점부동산의 토지가액과 건물 및 구축물의 가액으로 안분계산한 토지분 관련 매입세액 340,575,000원을 불공제하여 1995.2기분 부가가치세 374,632,000원을 1998.4.15 청구법인에게 경정 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.13 심사청구를 거쳐 1998.9.23 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 매입세액의 안분계산은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없을 때 하는 것으로 이 건 군부대공사(일명 ○○○계획건설공사)의 토지관련매입세액은 1992.12.31 이전에 발생한 매입세액 160,000,000원 뿐이며, 1993.1.1 이후에 발생된 그 나머지의 매입세액 458,183,280원은 건축물과 구축물등 과세사업에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제되어야 한다. 이러한 사실은 청구법인 및 공사시공자(○○○개발 주식회사)가 건설교통부장관에게 제출한 공사내역서와 해당군부대에서 보관중인 관련서류(지반조사 및 지내력 시험의뢰, 설계기본요구조건, 설계도면검토결과, 군입회관의 공사입회일지, 건물·구축물·조경 및 기타시설에 대한 군부대의 준공검사서류등 ○○○계획공사 관련서류)에 의하여서도 확인되는 바, 처분청은 매입세액에 대한 실지귀속 여부를 확인하지 아니하고 단지 과세사업과 토지관련 매입세액을 구분기장되지 아니하였다하여 3년이라는 장기간에 걸쳐 시행된 건축물과 구축물 및 기타시설물 공사의 준공시점까지 발생된 매입세액(619,183,280원) 전부에 대하여 공통매입세액으로 보아 이건 과세한 처분은 부당하다.

(2) 토지관련 매입세액이 구분되지 않는 경우에도 공사계약 당시에 작성된 공사도급내역서(건설교통부 건경 58110-337, 1999.2.22 참조)에 의하면 토목공사, 건축공사, 설비공사, 전기공사, 조경공사별로 공사금액이 명확히 구분되므로 토목공사를 제외한 기타 공사관련 매입세액은 전액 공제가능한 매입세액이며, 다만, 토목공사 관련 매입세액은 과세공급가액(건축물 및 시설물등)과 면세공급가액(토지)에 공통으로 관련된 매입세액으로서 안분계산하여야 할 것이나, 토목공사 관련 총매입세액 275,000,030원중 1992년도에 발생한 매입세액 160,000,000원은 부과제척기간이 경과되었으므로 동 금액을 차감한 115,000,030원을 배부대상 공통 매입세액으로 보아 정산하여야 한다.

• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산의 토지조성관련 공사대금은 청구외 ○○○개발(주)가 토목공사를 실시하고 기성청구한 16억원이므로 토지분 관련 매입세액은 1억6천만원으로 구분 가능한데도 안분계산한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인은 쟁점부동산의 신축공사를 청구외 ○○○개발(주)에 1992.5.1 도급금액 48억원(부가가치세 별도)에 도급을 주었고 1993.4.1 토목공사와 관련하여 도급금액 13억원(부가가치세 별도)을 추가하였는바, 총 도급금액은 61억원이다. 면세되는 토지와 과세되는 건물 및 구축물을 함께 공급하는 경우 토지와 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라하고 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세공급가액이 총 공급가액에서 차지하는 비율로 안분계산하여 면세관련 매입세액을 계산하는 것인 바, 첫째, 청구법인은 총공사비에 대한 매입세액을 면세대상인 토지분 관련매입세액과 과세대상인 건물 및 구축물 관련 매입세액으로 구분기장하지 아니하였고, 둘째, 쟁점부동산 중 토지가액과 건물 및 구축물의 가액이 기부채납시점에서 감정평가에 의하여 확정되었으며, 셋째, 청구법인이 이건 관련 기부채납시의 부가가치세 매출세액을 쟁점부동산의 과세가액과 면세가액을 감정평가액에 의하여 계산하여 당초신고 납부하였던 세액중에서 건물 및 구축물에 해당하는 부가가치세를 제외한 나머지 세액을 경정 청구에 의하여 환급 받았다. 또한, 청구법인은 쟁점부동산을 신축하면서 토지분관련 매입세액은 160백만원이라고 주장하나 이는 일괄도급공사를 수주한 시공회사가 1992.12.28 청구한 공사대금으로 청구법인이 구분기장하지 아니함에 따라 이 공사금액이 토지분관련공사에 국한된 것이라는 사실이 객관적으로 확인되지 아니한다. 이와 같은 내용을 종합하여 보면 처분청이 공제받은 매입세액을 공통매입세액으로 하고 청구법인이 경정청구시 적용한 감정가액을 기준으로 안분계산한 토지분 관련 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 국방부에 기부채납(1995.9.5)한 쟁점부동산에 대하여 토지조성공사 및 건물·구축물 신축시 공제받은 총매입세액중 부가가치세 면세분(토지조성 공사대금)에 대한 매입세액이 구분이 되지 않는 것으로 본 처분의 당부

(2) (예비적청구) 토지관련 매입세액이 구분되지 아니하는 것으로 보더라도 토목공사 매입세액만을 공통매입세액으로 보고, 또한 1992.2기 과세분에 대한 매입세액(1억6천만원)을 제외한 금액을 배부대상 공통매입세액으로 보아 토지관련 매입세액을 계산할 수 있는 지 여부

• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서는 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제60조 제6항에서는 『법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다』고 규정하고 있다. 또한 같은법시행령 제61조 제1항에서는 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.(1992.12.31 단서신설) {면세산업에{}관} atop {련된{}매입세액} =공통매입세액 × { 면세공급가액} over {총공급가액{} 』} 과세기간 공제받은 매입세액 비 고 92.1기 92.2기 93.1기 93.2기 94.1기 94.2기 315,000 160,285,000 100,375,000 310,041,880 7,600 48,158,800 공사도급계약서에 의하여 확인되는 공사대금의 매입세액은 총 610,000,000원임 합 계 619,183,280

(2) 처분청의 이 건 부가가치세 과세내용을 보면, 위 매입세액 619,183,280원을 공통매입세액으로 보아 기부채납시 쟁점부동산의 감정가액을 기준으로 하여 토지관련(총감정가액의 53.842%) 매입세액을 계산하여 1995.2기(쟁점부동산의 기부채납으로 공급가액이 확정되는 때)의 부가가치세로 정산하여 경정하였다.

(3) 청구법인과 청구외 ○○○개발 주식회사 간에 체결된 이건 관련 공사도급계약내용 및 공사도급계약 내역서를 보면 다음과 같다. (가) 공사도급계약 내용(1992.5.1, 1993.4.1) ⁚ 공사명: ○○○계획 이전공사 ⁚ 공사장소: 충북 ○○○군 ○○○리 ○○○ 외 13개소 ⁚ 공사기간: 92.5.1 - 93.10.31 (연장하여 94.4.30) ⁚ 도급금액: 6,100,000,000원 (부가가치세 별도) (나) 위 공사도급계약 내역서 (단위:원) 구 분 1차 계약분 2차 계약분 합 계 비 고 토목공사 건축공사 설비공사 전기공사 조경공사 (소 계) 산재보험료 안전관리비 공과잡비 (소 계) 1,813,465,410 1,903,847,463 328,462,237 150,951,185 (4,196,726,295) 41,379,721 79,254,745 482,639,239 (603,273,705) 936,534,890 200,078,400 (1,136,613,290) 12,502,745 21,274,700 129,609,265 (163,386,710) 2,750,000,300 1,903,847,463 328,462,237 150,951,185 200,078,400 (5,333,339,585) 53,882,466 100,529,445 612,248,504 (766,660,415) 합 계 4,800,000,000 1,300,000,000 6,100,000,000 주』위 공사도급계약서 및 공사도급계약내역서는 건설교통부에서 민원처리 조사시 공사수급자인 청구외 ○○○개발(주)로부터 1994.4월경에 제출받았던 사실이 건경58110-337(1999.2.22)에 의하여 확인된다.

(4) 군부대에서 청구법인 앞으로 보내온 1993.2.12자 건축에 대한 설계기본 요구조건 통보서, 1993.3.22자 설계도면 검토결과통보서, 1993.3.24자 지반조사 및 지내력시험(의뢰) 및 공사수급자인 ○○○개발(주)에서 1993.4.12 청구법인에 보내온 건축공사착공계(예정공정표 첨부)와 1993.4.15자 군부대의 공사일지, 1993.1.20 촬영한 공사현장사진 등의 내용을 종합하여 보면 1993.4월경에 건축공사가 착공된 사실은 인정되나 토지조성 공사가 언제 마무리 되었는지는 확인하기 어려우며, 청구법인에서 이건 공사대금을 지급하고 토지조성공사 및 건축물·구축물등의 공사대금을 구분기장한 사실은 없다.

(5) 이 건 공사대금을 지급하고 교부받은 세금계산서 중 1992.12.31 이전분은 1992.12.28 교부받은 공급가액 16억원(부가가치세 1억6천만원 별도)임이 확인되며, 위 부가가치세 매입세액은 1992.2기 부가가치세로 신고하여 매입세액을 공제받은 사실이 확인된다.

• 라. 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구법인은 이건 신축공사대금 중 토지조성공사와 관련된 것은 1992.2기 에 지급한 1,600,000,000원 뿐이므로 총 공사대금 중 위 금액을 제외한 나머지 금액은 건축물 등의 신축공사 관련 대금이므로 그 부가가치세는 전액 매입세액 공제대상이라고 주장하고 있으나, 청구법인에서는 토지조성공사비와 건축물등 신축공사대금에 대하여 구분기장하지 아니하였고, 이 건 공사계약시에 작성된 도급계약내역서를 보면 토목공사대금은 2,750,000,300원으로 나타나고 있으며, 청구법인이 제시하고 있는 제증빙서류의 내용에서도 1992.12.31 이전에 토지조성공사가 완료되었다고 보기 어려운 바, 청구법인이 1998.12.28 지급한 공사대금 1,600,000,000원은 공사진척상황 등으로 보아 토지조성 공사대금으로는 인정된다 하겠으나 토지조성공사비가 1,600,000,000원 뿐이라는 주장은 인정하기 어렵다.
• 마. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 예비적 청구에서 이 건 공사도급계약내역서상의 토목공사대금 합계 2,750,000,300원에서 1992.2기 부가가치세 과세기간에 신고된 공사대금 1,600,000,000원을 제외한 나머지 금액으로 쟁점부동산 기부채납시의 공급가액의 비율로 안분계산하여 면세관련 매입세액을 산정하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 보면 이 건 공사도급내역서에는 토목공사, 건축공사, 설비공사, 전기공사, 조경공사 및 산재보험료 등 간접비로 구분되어 있음을 알 수 있고, 토목공사대금은 직접비기준으로 2,750,000,300원임이 확인된다. 그러나 이 건 토목공사는 주로 야산을 절개하여 계곡을 메우는 절토 및 성토공사가 주요부분을 차지하고 있고, 일부 배수공사나 구조물공사, 건축물 기반조성 공사부분이 포함되어 있다 하더라도 토목공사대금을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세공급가액비율로 배분하여 면세(토지) 관련 매입세액을 산정할 성질의 것은 아니라고 판단된다. 따라서, 토목공사대금은 건축물등의 공사에 배부되어야 할 성질의 것이 아니라 그 전부를 토지관련 공사대금으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 이에 대한 부가가치세는 매입세액불공제 하여야 할 것이다. 다만, 1992.2기에 공사대금으로 지급한 1,600,000,000원에 대한 부가가치세 매입세액 160,000,000원은 국세기본법 제26조 의 2의 규정에 의한 부과제척기간인 1998.2.25을 경과하여 1998.4.15에 이건 부과처분이 있었으므로 이 부분에 대하여는 경정의 대상이 되지 아니한다고 판단된다.

(2) 다음으로 토목공사 대금 및 이에 관련된 공사간접비에 대한 매입세액을 불공제함에 있어서 어느 과세기간의 부가가치세로 경정하여야 할 것인지에 대하여 보면, 이 건 부가가치세 면세관련 매입세액은 당초 부가가치세 신고시 청구법인 스스로 과세관련 매입세액과 면세관련 매입세액을 구분 계산하여야 하였음에도 전부 과세관련 매입세액으로 잘못 신고하여 매입세액 공제를 받았으며, 토지관련 매입세액이 총액으로는 확인되나, 어느 과세기간에 속하였는지를 구분하기 어려우므로 부가가치세법시행령 제61조 의 2(공통매입세액의 정산)의 규정을 준용하여 쟁점부동산의 국방부 기부채납시에 감정평가를 함으로써 과세 및 면세 공급가액이 확정된 1995.2기 부가가치세로 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 도급공사계약내역서 상의 토목공사금액 2,750,000,300원에다 산재보험료, 안전관리비 및 공과잡비 등 공사간접비 배부액 395,308,856원(공사간접비 합계 766,660,415원×토목공사대금 2,750,000,300원÷간접비를 제외한 총공사대금 5,333,339,585원)을 합한 금액 3,145,309,156원에서 1992.2기분에 지급한 공사대금 1,600,000,000원을 차감한 1,545,309,156원에 대한 부가가치세 154,530,915원을 매입세액 불공제액으로 하여 이건 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 바. 결론 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.이라고 규정하고, 제4항에서는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.(1992.12.31 개정)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』을 규정하고 있다. 같은 시행령 제61조의2 제1항에서는 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.(1992.12.31 신설)(이하생략)』고 규정하고, 제2항에서는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다.(1992.12.31 신설)』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계

(1) 청구법인이 이건 공사와 관련하여 당초에 부가가치세를 신고하여 매입세액으로 공제받은 내용을 보면 다음과 같다. (단위:원)