양도차익과 양도차손이 함께 발생한 경우, 차가감할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심1998서 2447(1999.12.31) 주 문 심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1996사업연도 중 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○외 16필지 토지 4,199.4㎡와 같은곳 ○○○동 필지 및 상가건물(이하 "과세대상부동산"이라 한다) 및 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 토지 11,130.3㎡와 아파트 11,251.53㎡(이하 "건설임대부동산"이라 한다)를 양도하였는 바, 당해 사업연도 법인세 신고시 건설임대부동산의 건물에서 발생한 양도차손을 양도차액이 발생한 과세대상부동산과 건설임대부동산의 토지에 안분하여 차감한 후 특별부가세 과세표준(2,055,126,225원)과 세액(411,025,240원)을 산출하고, 그 세액에서 조세감면규제법 제67조를 적용하여 건설임대부동산의 토지에서 발생한 양도차익에 대한 특별부가세 200,632,870원을 감면시켜 특별부가세 210,392,370원과 감면에 따른 관련 농어촌특별세 40,126,570원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 이 건 건설임대부동산은 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정된 후의 것) 제59조의 2 제1항 및 같은법시행령 제124조의 3 제5항에 의하여 특별부가세 과세대상이 아니라고 보고 이 건 과세대상부동산만을 대상으로 하여 특별부가세 과세표준 및 세액을 산출하고 1998.4.10 청구법인에게 1996사업연도 법인세(특별부가세) 225,821,920원을 부과하면서 기 영수한 관련 농어촌특별세 40,126,570원을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.9 심사청구를 거쳐 1998.9.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구법인이 양도한 건설임대부동산은 임대주택법에 의한 건설임대주택으로서 5년 이상 임대한 주택을 분양할 경우에 해당하며 그 주택 및 주택에 부수되는 토지에 대하여, 법인세법시행령 제124조 의 3 제5항에서는 "특별부가세 과세대상에서 제외한다."고 규정하면서, 동시에 조세감면규제법 제67조 제1항에서는 "양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다."고 규정하고 있어 두 개의 법률이 규정하는 내용이 다른 바, 본 심판청구는 청구법인에게 두 개의 법률 중 어느 것을 우선 적용하여야 할 것인가 하는 문제라 하겠다. 법인세법시행령 제124조 의 3의 규정을 전체적으로 보면 특별부가세 과세소득의 범위를 규정한 것이라 할 수 있겠으나 그 중 제5항은 건설임대부동산의 양도차익은 과세소득의 범위에서 이를 제외토록 한 것으로서, 이는 조세감면규제법 제67조 제1항의 규정에 따른 감면시 감면의 종합한도 규정이나 한시법인 조세감면규제법을 보완한 것으로써 보다 확실한 조세지원을 위한 것으로 보아야 한다. 그런데 처분청의 주장과 같이 건설임대부동산은 법인세법시행령 제124조 의 3이 우선적으로 적용되어야 한다고 보아 건설임대부동산의 양도시 발생할 수 있는 양도차손을 다른 양도차익에서 차감할 수 없도록 본다면, 법인세법상 양도차손익 통산규정의 취지를 위반하고 조세감면규제법 제67조 제1항을 사문화시키는 부당한 적용이라 할 것이다. 따라서 이 건 과세대상부동산과 건설임대부동산의 양도에 따른 특별부가세 과세표준 계산은 법인세법시행령 제124조 의 2 제1항 규정 및 법인세법 기본통칙 7-2-1…59의 2 규정과 대법원 판례(대법원 87누935, 1989.9.6)의 근본취지에 비추어, 이 건 과세대상부동산의 양도차손은 감면대상인 건설임대부동산의 양도차익에서 안분하여 차감할 수 없고 과세대상부동산의 양도차익에서만 차감하여야 하며, 감면대상인 건설임대부동산 중 건물의 양도차손은 과세대상부동산의 양도차익과 건설임대부동산 중 토지의 양도차익에서 안분하여 차감하고, 이를 특별부가세 과세표준으로 삼아 산출한 특별부가세액에서 위와 같이 안분된 후의 감면대상인 건설임대부동산 중 토지의 양도차익이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 공제하여 이 건 특별부가세를 부과하여야 한다. 설령, 위와 같이 볼 수 없다고 하더라도 비록 1997.4.1 삭제되기는 하였으나 이 건 양도당시에는 분명히 존재하였던 법인세법 기본통칙 7-2-1…59의 2 규정을 신뢰하여 이에 따라 특별부가세를 성실하게 신고납부한 청구법인의 신고내용을 인정하여 이 건 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 이 건 건설임대부동산을 양도한 경우 법인세법시행령 제124조 의 3 제5항 보다 조세감면규제법 제67조를 우선 적용하여 건설임대부동산의 건물에서 발생한 양도차손을 다른 토지·건물에서 발생한 양도차익에서 차감하어야 한다는 주장이므로 이를 살펴보면, 건설임대부동산의 경우에 법인세법을 적용하면 토지·건물을 과세대상에서 제외하므로 토지에서 양도차익이 발생하고 건물에서 양도차손이 발생하였더라도 건물의 양도차손은 다른 과세대상 토지 등의 양도차익에서 공제가 불가능한 반면, 조세감면규제법을 적용할 경우에는 산출세액에서 감면하므로 양도소득을 계산함에 있어 건물의 양도차손은 토지 등의 양도차익에서 공제가 가능함을 알 수 있다. 이러한 경우는 어느 법을 먼저 적용할 것인지가 문제되는 바, 법인세법은 법인세의 과세소득 범위와 세액의 계산과 납부절차 등을 정한 법이고, 조세감면규제법은 조세의 감면과 그 규제를 정한 법이어서 조세감면규제법은 과세대상인지 여부를 규정할 수 없고, 법인세법이 정한 과세대상 중에서 감면대상을 정한 법이라고 할 것이므로 비록 조세감면규제법이 법인세법보다 특별법적인 지위에 있다고 하더라도 과세대상인지 여부를 판단함에 있어서는 법인세법을 먼저 적용하여야 할 것이다. 따라서 당초부터 과세대상에서 제외한 건설임대부동산의 분양으로 인하여 건물에서 발생한 양도차손은 과세대상인 토지 등의 양도차익에서 공제할 수 없다고 판단되므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 특별부가세 과세대상 부동산을 양도차익이 발생하고 건설임대부동산(주택)은 양도차손이 발생한 경우, 건설임대부동산이 조세감면규제법 제67조 제1항의규정에 의거 특별부가세 감면대상이라 하더라도 법인세법시행령 제124조 의 3 제5항의 규정에 의거 특별부가세 과세대상이 아니라면 위 부동산의 양도차손익을 차가감할 수 없는 것 인지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정된 후의 것) 제59조의 2 제1항에서 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제11조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도에 있어서 법 및 다른 법률에 의하여 법인세를 면제하는 경우에는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 법 제22조 및 법 제22조의 2의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 법인세가 면제되는 소득(이하 이 조에서 "면세소득"이라 한다)이 법 제8조의 규정에 의한 당해 사업연도의 과세표준금액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액을 면제한다고 규정하고, 같은법시행령 제124조의 2 제1항에서 법인이 각 사업연도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제59조의 2 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제59조의 2 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제59조의 2 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다고 규정하면서, 같은법시행령 제124조의 3 제5항에서 「주택을 신축하여 판매하는 경우(임대주택법에 의한 건설임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함한다)에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 다음 각호의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지는 제1항 및 제3항에 규정한 토지 및 건물에서 제외한다.

1. 도시계획구역 내의 토지: 5배

2. 도시계획구역 외의 토지: 10배」를 규정하고 있다.

(2) 한편, 조세감면규제법(1994.12.22 법률 제4806호로 개정되기 전의 것) 제67조 제1항에서 「대통령령이 정하는 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(임대주택건설촉진법에 의한 임대주택과 10년 이상의 임대주택의 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월1일 이후 신축한 주택

2. 1985년 12월31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월1일 현재 입주된 사실이 없는 주택」을 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세대상부동산에서 양도차익 3,130,595,925원과 양도차손 1,095,773,986원이 각각 발생하고, 이 건 건설임대부동산 중 토지에서는 2,985,376,402원의 양도차익이 발생하였으나 건물에서는 2,965,072,116원의 양도차손이 발생하였으며, 이 건 건설임대부동산(주택 및 부속토지)이 전술한 조세감면규제법 제67조 제1항 제1호와 법인세법시행령 제124조 의 3 제5항에 해당된다는 점에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 다만, 청구법인은 건설임대부동산이 특별부가세 감면대상부동산에 해당한다고 보고 과세대상부동산과 함께 특별부가세 과세표준에 포함시켜 전체 양도부동산에 대한 특별부가세액을 산출하고, 이 산출세액에서 특별부가세가 감면되는 건설임대부동산의 양도차익에 상당하는 세액을 안분하여 감면세액을 계산하여야 한다고 주장하는데 반하여, 처분청은 건설임대부동산을 특별부가세 과세대상에서 제외하여야 한다고 하고 있어 이를 살펴본다.

(2) 법인세 특별부가세의 비과세는 세법상 토지 등의 양도차익이 생긴 경우에도 이를 특별부가세의 과세표준에 포함시키지 않도록 규정하고 있어 원천적으로 특별부가세 부과를 하지 아니하는 것을 말하며, 세액의 감면 또는 면제는 토지 등의 양도차익이 생기는 경우 그 양도차익에 대한 산출세액 중 특별부가세의 감면 또는 면제되는 양도차익에 상당하는 세액을 산출하여 이를 산출세액에서 공제하여 특별부가세를 감면 또는 면제하는 제도를 말한다. 청구법인은 이 건 건설임대부동산의 경우에 전술한 조세감면규제법 제67조 제1항에서 특별부가세가 전액 감면된다고 규정하고 있으므로, 양도부동산 전체(과세대상부동산과 건설임대부동산)의 특별부가세 과세표준에 당연히 포함된다고 주장하고 있으나, 이러한 주장은 이 건 건설임대부동산이 법인세법상 특별부가세 과세대상에 포함된다는 것을 전제로 해야 성립될 수 있을 것이다. 법인세법은 법인세의 과세소득 범위와 세액의 계산과 납부절차 등을 정한 법이고, 조세감면규제법은 조세의 감면과 그 규제를 정한 법이어서 조세감면규제법은 과세대상인지 여부를 규정할 수 없고, 법인세법이 정한 과세대상 중에서 감면대상을 정한 법이라고 할 것이므로, 비록 조세감면규제법이 법인세법보다 특별법적인 지위에 있다고 하더라도 과세대상인지 여부를 판단함에 있어서는 법인세법이 먼저 적용된다 할 것이다. 따라서 조세감면규제법상에 이 건 건설임대부동산을 감면대상부동산으로 규정하고 있다고 하더라도 그 부동산이 특별부가세 과세대상에서 제외된 부동산이라면 관련 조세감면규제법상 규정을 적용할 여지가 없는 것으로 보아야 타당하다.

(3) 이러한 점에서 이 건 건설임대부동산이 특별부가세 과세대상이 되는지를 살펴보면, 특별부가세 과세표준에 관하여 규정한 전술한 법인세법 제59조 의 2 제1항의 "토지등"에는 전술한 법인세법시행령 제124조 의 3 제5항에 의하여 이 건 건설임대부동산은 제외되므로 특별부가세 과세대상이 될 수가 없는 것이다. 따라서 처분청에서 이 건 과세대상부동산만을 특별부가세 과세대상으로 보아 특별부가세 과세표준 및 세액을 산출하여 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.