토지의 양도소득세 감면한도액을 1억원으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 88.7.21 서울특별시 노원구 OO동 OOOOOO외 4필지 대지등 882.66㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하던 중 쟁점토지가 92.12.28 사업인정고시된 택지개발사업용지로 편입된 후 토지수용법에 의거 94.6.30 서울특별시에 수용되었으며, 95.5.31 양도소득세 과세표준확정신고시 조세감면규제법 제63조 및 같은 법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의거 양도소득세 전액(164,715,911원)을 감면신청하였다. 처분청은 청구인의 위 감면신청에 대하여, 92.12.28 토지수용법에 의거 사업인정고시된 사업지역안에 있는 쟁점토지가 94.6.30 서울특별시에 수용되었다 하여 조세감면규제법 제119조의 규정을 적용, 양도소득세 감면한도액 1억원을 초과하는 부분에 상당하는 금액을 감면배제하고 98.2.6 청구인에게 94년도 귀속분 양도소득세 95,913,160원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.4.7 이의신청, 98.7.3 심사청구를 거쳐 98.9.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점토지는 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지의 양도에 해당되므로 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정에 의하여 양도소득세 전액이 면제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지는 92.12.31 이전에 사업인정고시가 된 토지이나, 94.1.1 현재 청구인이 쟁점토지를 5년 6개월 이전에 취득한 토지이고, 94년도에 양도하였으므로 양도소득세 감면한도액이 1억원임을 알 수 있는 바, 처분청이 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 1억원을 초과한 금액에 대하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도소득세 감면한도액을 1억원으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제63조 제1항에 의하면, 『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득이나 도시재개발법에 의한 도시재개발구역안의 토지등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 및 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다』라고 규정하고 있고, 같은 법 제119조에서는 『개인이 제43조·제55조·제63조 내지 제66조·제70조·제71조 및 이 법 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면 받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제16조(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제3항 제1호에서 『이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 88.7.21 청구인이 취득하여 보유하던 중 92.12.28 사업인정고시(서울특별시 고시 제92-432호 서울OO2지구택지개발계획승인)된 택지개발사업용지에 편입되어 토지수용법에 의거 94.6.29 수용 협의취득을 원인으로 94.6.30 서울특별시 앞으로 소유권이전등기가 되었고, 청구인은 94.5.30 쟁점토지에 대한 보상금 906,889,700원을 수령하였음이 쟁점토지의 등기부등본, 대한민국정부 관보【제12306호(그 5), 92.12.31】및 서울특별시도시개발공사사장이 발행한 수용편입확인서에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지의 양도에 해당되어 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 전액을 감면하여야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 위 관련법령에서 본 바와 같이 양도소득세등에 관한 경과조치를 규정하고 있는 조세감면규제법 부칙(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제16조 제3항에 따라 92.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의거 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 94년도에 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제119조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면한도액 1억원 내에서 양도소득세를 감면하는 것(국심 95부 3792, 96.5.27, 같은 뜻임)인 바, 이 건의 경우 청구인은 88.7.21 쟁점토지를 취득하여 보유하던 중 쟁점토지가 92.12.28 사업인정고시되어 택지개발사업용지에 편입된 후 토지수용법에 의거 94.6.30 서울특별시에 수용되었음이 확인되므로 처분청이 조세감면규제법 제119조의 규정을 적용, 양도소득세 감면한도액 1억원을 초과하는 부분에 상당하는 금액을 감면배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.