부가가치세과세표준의 산정이 적정한지의 여부

심판청구번호 국심1998서 2358(1999. 1.22),220원의 부과처분은 서울특별시 중구 ○○○ 가 ○○○ 소재 대지 522㎡, 건물 505.54㎡ 및 같은동 ○○○ 소재 대지 46.3㎡의 양도가액을 1,540,000,000원(청구인 지분: 770,000,000원)으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 93.6.10 경락에 의하여 취득한 서울특별시 중구 ○○○가 ○○○ 소재 대지 522.3㎡, 건물 505.54㎡ 및 같은동 ○○○ 소재 대지 46.3㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 93.6.23 청구외 ○○○ 등 5인에게 양도하고 93.7.31 실지취득가액을 1,324,000,000원으로, 실지양도가액을 1,400,000,000원으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였다. 중부지방국세청은 93.11.9∼93.12.10 기간중 쟁점부동산의 실지거래가액을 조사한 결과 실지양도가액이 1,540,000,000원임을 확인하고 이를 주소지 관할세무서장(도봉세무서장)에게 통보함에 따라 관할세무서장이 94.1.12 청구인에게 양도소득세를 결정고지한 바 있으나, 처분청은 위 거래를 부동산매매업으로 보고 검인계약서상의 양도가액 2,100,000,000원을 토지 및 건물의 과세시가표준액으로 안분하여 산출된 건물가액 130,968,558원에 대하여 98.4.15 청구인에게 93년 2기분 부가가치세 15,716,220원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.6.12 심사청구를 거쳐 98.9.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 중부지방국세청장이 쟁점부동산의 양도가액을 실지조사하여 쟁점부동산가액을 1,540,000,000원으로 결정한 사실이 있음에도 불구하고 부가가치세 과세표준 산출시에는 쟁점부동산이 토지거래신고대상에 해당되어 지방관서의 검인을 받기위하여 부득이 공시지가를 감안 최저신고가액으로 기재한 검인계약서의 매매가액을 기준으로 건물가액을 산출하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산의 검인계약서상 매매가액이 2,100,000,00원으로 기재되어 있고, 쟁점부동산의 양수인인 청구외 ○○○ 등 5인은 동 가액을 기준으로 취득세 및 등록세를 납부한 사실이 확인되고 있으며, 실지거래가액보다 검인계약서상의 매매가액을 과소 기재하는 일반적인 부동산 거래관행 등으로 보아 검인계약서상의 매매가액을 양도가액으로 하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부가가치세 과세표준의 산정이 적정한지의 여부에 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 제1항 제1호 에는 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가로 한다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제48조의 2 제3항에는 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 청구외 ○○○는 92.11.12 서울민사지방법원의 경락허가결정(최고가경매가격: 1,324,000,000원)에 의하여 쟁점부동산을 93.6.15 소유권이전등기하였다가 93.6.23 청구외 ○○○ 등 5인에게 매매를 원인으로 소유권이전등기한 후 93.7.31 자산양도차익예정신고시 매매가액을 1,400,000,000원으로, 경락잔대금 1,191,600,000원을 양수인이 대신 납부한다는 내용의 특약사항이 기재된 매매계약서(매매계약일: 93.6.10)와 쟁점부동산은 토지거래신고대상 부동산으로서 실제 부동산의 매매는 양수인 청구외 ○○○외 4인에게 1,400,000,000원에 이루어졌으나, 93.6.10 경락잔금을 납부한 관계로 부득이 공시지가 인상확정일 이후인 93.6.17 최저신고가격인 2,100,000,000원에 형식적으로 신고하게 되었다는 내용의 확인서 등을 첨부하여 실지거래가액(취득가액: 1,324,000,000원, 양도가액: 1,400,000,000원)으로 신고하였음이 등기부등본, 확인서 및 신고서 등에 의하여 확인되고, 중부지방국세청은 93.11.9∼93.12.10 기간중 쟁점부동산의 실지거래가액을 조사한 결과 실지양도가액이 1,540,000,000원임을 확인(쟁점부동산의 양수인인 청구외 ○○○의 확인서 징취)하고 이를 주소지 관할세무서장(도봉세무서장)에게 통보함에 따라, 관할세무서장은 94.1.12 조사내용에 따라 양도소득세를 결정고지하였음이 조사종결보고서 등에 의하여 확인되며, 그 후 처분청은 위 거래를 부동산매매업으로 보고 검인계약서상의 양도가액 2,100,000,000원을 토지 및 건물의 과세시가표준액으로 안분하여 산출한 건물가액 130,968,558원에 대한 부가가치세를 과세하였음이 처분청의 조사복명서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점부동산의 거래를 부동산매매업으로 보아 부가가치세를 과세한 처분에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 쟁점부동산의 양도가액에 대하여 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 쟁점부동산의 검인계약서(93.6.23 작성)를 보면, 경락잔대금 1,191,600,000원을 매수인 등이 부담하여 법원에 납부한다. 토지거래신고에 해당되는 부동산으로서 최저 신고액이 2,100,000,000원인 바, 형식상 매매대금을 2,100,000,000원으로 부득이 작성한 것이며 실제매매금액은 1,400,000,000원으로서 쌍방이 이를 확인한다는 내용의 특약사항이 기재되었다가 밑줄친 부분을 오기 정정하여 삭제한 것으로 되어 있고, 쟁점부동산의 양수인인 청구외 ○○○의 거래사실확인서(98.7.18 작성)에 의하면, 93년 12월경 중부지방국세청 부동산조사반에서 쟁점부동산에 대한 실지거래가액에 대한 조사가 있어 매매가액(1,400,000,000원)과 대신 납부한 등록세(57,113,500원), 취득세(26,480,000원), 법무사 수수료(1,620,000원), 기타 제반비용(54,786,500원)을 합하여 1,540,000,000원에 거래하였다는 확인서를 제출한 사실이 있고, 실매매가액으로 검인계약서를 작성하여 서울특별시 중구청에 제출하였으나, 쟁점부동산소재지가 토지거래허가구역으로서 새로 고시된 93년도 공시지가에 상당하는 금액 이상으로 기재된 검인계약서를 요구하여 형식적으로 공시지가를 감안 한 2,100,000,000원의 검인계약서를 다시 작성하여 등기를 필한 사실이 있다고 기재되어 있고, 쟁점부동산은 토지거래신고대상 부동산이므로 93.6.17 서울특별시 중구청에 토지등 거래계약 신고서를 제출하여 93.6.23 신고필증을 교부받았음이 토지등 거래 계약 신고필증 등에 의하여 확인되고, 쟁점부동산의 취득당시의 경락가액(1,324,000,000원)을 그 당시의 공시지가(2,622,263,760원)와 비교하면 공시지가의 50.5% 수준이고, 청구인이 주장하는 양도가액(1,540,000,000원)과 검인계약서상의 양도가액(2,100,000,000원)을 공시지가(2,666,733,760원)와 비교하면 각각 공시지가의 57.7%, 78.7% 수준임을 알 수 있다. 위 사실내용과 같이 청구인과 청구외 ○○○는 92.11.12 쟁점부동산을 1,324,000,000원에 경락받은 후 경락보증금 132,400,000원만을 납부한 상태에서 자금사정으로 경락잔대금 납부가 어려워지자 쟁점부동산의 매수인들이 경락잔대금(1,191,600,000원)은 물론 등기비용까지 대납하는 조건으로 93.6.23 쟁점부동산을 1,400,000,000원에 양도한 후 과세미달로 자산양도차익예정신고를 하였으나, 중부지방국세청장은 94.1.12 실지조사결과 실지취득가액은 경락가액인 1,324,000,000원으로, 실지양도가액은 예정신고시 제출된 매매계약서상의 매매가액인 1,400,000,000원과 매수인들이 대납한 등록세, 취득세, 법무사수수료 등 140,000,000원을 합한 1,540,000,000원으로 확인하고 이를 관할세무서장에게 통보한 바 있음이 확인되고, 청구인과 청구외 ○○○는 92.11.12 경락보증금만 납부하고 경락잔대금을 쟁점부동산의 매수인들이 대납(93.6.10)하는 조건으로 쟁점부동산을 양도(93.6.23)한 관계로 일단 경락받은 쟁점부동산을 청구인등 명의로 소유권이전등기하였다가 다시 매수인들 명의로 소유권이전등기하는 절차를 매수인들이 주도적으로 하게 되었으며, 이 과정에서 양도에 따른 검인계약서 작성시 토지거래신고지역내의 부동산거래의 경우 개별공시지가에 근접한 가액이 아닌 경우 관할구청장이 승인하지 아니하는 관계로 부득이 개별공시지가(2,666,733,760원)를 감안한 가액인 2,100,000,000원을 매매가액으로 기재하게 되었고, 이러한 내용을 검인계약서에 기재하다 보니 위와 같이 검인계약서 특약사항란에 실제 매매가액은 1,400,000,000원이나 형식상 매매가액을 2,100,000,000원으로 한다고 기재하였다가 이를 삭제하였음이 예정신고서, 검인계약서, 중부지방국세청의 조사종결보고서, 매수인들의 거래사실확인서 등에 의하여 확인되고, 매수인들이 쟁점부동산의 경락잔대금(1,191,600,000원)과 공과금 등을 대납하는데다 경락가액이 1,324,000,000원인 것을 알고 있는 상황에서 경락가액보다 776,000,000원이나 높은 가액(2,100,000,000원)으로 쟁점부동산을 매수하였다고 보기 곤란한 점 등을 종합하여 볼 때, 위 검인계약서는 관할구청장의 승인을 받기 위하여 형식상 작성한 계약서이므로 동 계약서상의 매매가액(2,100,000,000원) 또한 쟁점부동산의 실지거래가액이 아니고, 쟁점부동산의 실지거래가액은 1,540,000,000원임이 인정되므로 이를 근거로 부가가치세를 과세하여야 함에도 불구하고 실지거래가액이 아닌 검인계약서상의 매매가액(2,100,000,000원)을 기준으로 하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.