법인전환에 따른 감면 해당 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 88.8.13 취득한 인천광역시 서구 ○○○동 ○○○ 공장용지 1,486.3㎡와 89.1.9 그 지상에 신축한 건물 2,436.4㎡(이상 토지와 건물을 이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 92.10.27 (주)○○○엔지니어링(이하 "청구외법인"이라 한다)에게 현물출자(92.8.26)를 원인으로 하여 양도하고 92.9.30 및 93.5.31 조세감면규제법 제45조 법인전환에 따른 현물출자로 양도소득세 감면신청을 하였으나, 처분청에서는 쟁점부동산중 임대부분 811.8㎡는 감면 배제하여 98.1.7 92년 귀속 양도소득세 65,330,650원을 결정 고지하였고, 그후 심사결정에 따라 당초 양도소득세감면을 배제하였던 지하실면적 147.6㎡를 감면대상으로 하여 양도소득세를 10,201,500원 오류 정정 감액 결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.2.26 이의신청과 98.5.25 심사청구를 거쳐 98.9.8 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점부동산에서 89년에 ○○○엔지니어링이라는 상호로 개인영업을 하던 중 92년 8월에 법인 전환하여 현물출자방법을 택하여 청구외법인을 설립한 후 구 조세감면규제법 제45조의 규정에 의하여 양도소득세를 감면 신청하였으나 처분청에서 부분적으로 조세감면규제법의 과세요건에 부합하지 아니하므로 감면 배제함이 타당하다고 과세를 하였는바, 청구인은 법인전환이후 현물 출자한 건물 2층(664.2㎡)은 "○○○"라는 업체에 임대하고 있는 것은 사실이나 상기회사는 청구외법인 뿐만 아니라 개인영업을 하던 때부터 영업상 업무와 밀접한 관계가 있어 부득이하게 임대하고 있는 경우로서 감면 배제하여 과세한 처분은 부당하며, 구 조세감면규제법 제45조의 1의 제4항에 의하면 사업을 폐업하거나 현물출자자산을 처분하는 때에 과세한다고 하였으므로 청구인은 법인전환 후 폐업 또는 현물출자자산을 처분한 사실도 없고 부분적으로 업무상 임대를 한 것일 뿐이므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장의견 법인전환에 따른 양도소득세 감면대상 자산은 제조업 등 당해 사업에 1년 이상 사용한 사업용 자산을 말하는 것으로 임대용으로 사용하던 자산은 감면대상이 아니므로 임대부분에 대하여 감면 배제한 처분은 적법하다. 또한 청구인은 법인전환 후 사업을 폐업하거나 현물출자자산을 처분하지 아니하였다고 주장하나 이는 감면사후관리에 관한 내용이므로 이 건 양도소득세 결정과는 아무런 관련이 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 법인전환 시 현물 출자한 쟁점부동산중 임대용으로 사용하던 부분에 대하여 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제45조 제1항은 "제조업·광업·건설업·운수업 또는 수산업을 영위하는 거주자가 사업장별로 대통령령이 정하는 사업용의 자산을 현물 출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수·도 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우에 당해 자산의 현물출자 또는 사업양수·도에 따라 발생한 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다."고 하고 같은 조 제3항은 "제1항의 규정에 의하여 세액의 면제를 받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하여야 한다."라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제29조 제1항에서는 "법 제45조 제1항에서 '대통령령이 정하는 사업용의 자산'이라 함은 당해 사업에 1년 이상 사용한 사업용 자산을 말한다."라고 하고 같은 조 제3항에서는 "법 제45조 제1항의 규정을 적용 받고자 하는 내국인은 현물출자 또는 사업양수·도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(자산양도차익예정신고를 포함한다)와 함께 재무부령이 정하는 세액감면신청서를 제출하여야 한다."라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 법인전환 시 현물 출자한 쟁점부동산중 2층을 임대하고 있었으나 이는 청구외법인과 영업상 업무와 밀접한 관계가 있는 업체에 부득이하게 임대하고 있는 경우이므로 처분청이 쟁점부동산중 건물 2층을 사업용 자산의 현물출자가 아니라 하여 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 관련등기부등본 등에 의하면, 청구인은 88.8.13 쟁점부동산의 부수토지를 취득하고 89.1.9 건물을 소유권보존등기하여 92.10.27 쟁점부동산을 현물출자를 원인으로 청구외법인에 양도한 사실이 확인되고, 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 92.9.30 자산양도차익예정신고와 93.5.31 과세표준확정신고 시에 양도소득세액감면신고를 하였음을 알 수 있다.

(2) 처분청은 청구인의 양도소득세 감면신청에 대하여 97년 12월 감면세액의 적정여부를 검토하였는바, 청구인은 전자부품제조업을 영위하던 중 법인으로 전환하여 조사일 현재 정상가동중이나 쟁점부동산중 2층을 "○○○"란 업체에 임대하고 있었고 법인전환 후에도 청구외법인이 92년 16,000,000원, 93년 44,424,000원의 임대수입을 계상하여 법인세 및 부가가치세를 신고한 사실이 확인되므로 임대부분(2층 664.2㎡)에 대해서는 조세감면규제법상의 감면요건에 부합되지 아니하므로 감면 배제함이 타당하다고 하여 본 건 양도소득세를 결정하였음을 알 수 있다.

(3) 청구인은 "○○○"의 사업계획서와 법인등기부등본 등을 제시하면서 청구외법인이 "○○○"와의 합작투자계약에 의해 물품구매와 수리의 편의를 제공하고자 쟁점부동산중 건물 2층을 상기회사에 임대하고 있으며 청구인이 상기회사의 내국투자가로서 임원으로 등재되어있는 등 청구외법인의 사업과 영업상 밀접하게 연관되어 부득이하게 임대를 하고 있으므로 쟁점부동산의 건물 2층 664.2㎡도 사업용 자산이므로 양도소득세 면제대상에 해당된다고 주장하나, 청구인은 쟁점부동산중 건물 2층을 현물출자하기 전부터 "○○○"라는 업체에 임대하고 있었고, 법인전환 후 청구외법인도 계속 임대한 사실이 확인된다 할 것이어서 이는 임대에 공하던 자산이라 할 것이므로 청구인이 운영하던 전자부품제조업에 1년 이상 사용한 사업용 자산이라고 볼 수 없다 할 것이다.

(4) 위 사실을 종합해 보면, 청구인은 법인전환 시 현물 출자한 쟁점부동산중 건물 2층을 임대용으로 사용하고 있었다 할 것인 바 임대하고 있던 부분은 전시 조세감면규제법에 규정한 양도소득세가 감면되는 사업용 자산의 현물출자라고 할 수 없으므로 처분청이 쟁점부동산중 임대용으로 사용하던 부분에 대하여 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.