양도차익산정시 장기보유특별공제 배제 여부

심판청구번호 국심1998서 2290(1999. 3.16) 永돔撚轢�340,462,910원의 부과처분은, ○○시 도 봉구 ○○○동 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○,

○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○ 등 총 10필지 11,691㎡에 대하여 구소득세법시행 령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제46 조의 3에서 규정하고 있는 장기보유특별공제를 적용하여 과 세표준과 세액을 경정한다.

○○○씨 ○○○파 종중(대표 ○○○) 소유인 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 외 9필지 11,691㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)는 1992.2.27 학교용지로 도시계획시설결정된 후 1992.12.16 공공용지의취득및손실보상에관한특례법에 의한 ○○시교육감의 학교용지 취득협의에 의하여 1992.12.22 소유권이전등기 되었으며, 위 종중의 대표인 청구인은 1993.1.27 쟁점토지 중 공부상 지목이 전·답 등으로 되어 있는 같은 곳 ○○○ 외 6필지 6,314㎡에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 면적(6,314㎡) 중 일부(1,476㎡)가 양도당시 나대지라 하여 이에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 1998.4.6 청구인에게 1992년도 귀속분 양도소득세 340,462,910원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.5.26 심사청구를 거쳐 1998.9.3 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 처분청은 쟁점토지 중 일부(1,476㎡)가 양도당시 나대지라는 사유를 들어 장기보유특별공제를 배제하고 과세하였으나, 쟁점토지는 ○○○씨 ○○○파 종중소유로서 1991.11.1 ○○세무서장이 쟁점토지의 일부 필지에 대하여 부과한 1990-1992년 과세기간분 토지초과이득세도 종중소유 농지 및 이미 양도된 토지라 하여 과세처분이 취소된 사실에서 알 수 있는 바와 같이 쟁점토지 중 7필지(6,314㎡)는 양도하기까지 전·답 등 농지로 사용되어 온 토지이며, 또한 쟁점토지(11,691㎡)는 ○○시 고시 제1992-54호(1992.2.27)에 의거 학교시설(○○○중학교)로 도시계획시설결정된 후 1992.12.16 ○○시 교육청에 양도(공공용지 협의취득)되었으므로 토지초과이득세법 제8조 제3항 에서 규정하고 있는 법령에 의하여 그 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당되어 농지여부에 관계없이 유휴토지가 아님에도 불구하고 이 건 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 공부상 지목이 전·답·임야·대지인 쟁점토지 중 이 건 장기보유특별공제의 대상에서 제외된 7필지 1,476㎡는 공부상 지목만 전·답으로 되어 있을 뿐, 양도시의 손실보상 매매계약서 및 보상내역에 의하면 사실상 나대지인 것으로 확인되고 있어 토지초과이득세법 제8조 제1항 제14호 에서 규정하고 있는 나지로서 유휴토지라 할 것이므로 이에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구소득세법(1994.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제23조 제2항 제2호에 의하면 토지 및 건물(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)의 양도에 있어서 그 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 규정하고 있고, 그 나목에서 보유기간이 10년이상인 자산에 대하여는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액을 장기보유특별공제액으로 하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제46조의 3에서 "법 제23조 제2항 제2호에서 '대통령령이 정하는 토지'라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(괄호안 이하생략)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있다. 한편, 토지초과이득세법(1994.12.22 법률 제4807호로 개정된 것) 제8조 제1항에 "개인이 소유하는 토지로서 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지등은 다음 각호의 1에 해당하는 토지로 한다."라고 하면서 같은항 제14호에서 "기타용도의 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지"를, 그 가목에서 "대통령이 정하는 나지·(이하생략)"을 열거하고 있고, 같은법 제8조 제3항에는 "토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지, 지상건축물의 소실·도괴 기타 대통령령이 정하는 부득이한 사유로 유휴토지등에 해당하게 된 토지에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 기간에는 이를 유휴토지등으로 보지 아니한다."라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제23조에는 "법 제8조 제3항의 규정에 의하여 유휴토지등으로 보지 아니하는 부득이한 사유 및 기간은 다음과 같다."고 하면서 그 제1호에서 "토지의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간. (이하생략)"을 열거하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 앞에 열거한 법령을 종합하여 보면 "나대지"이면서 토지초과이득세법 제8조 에 규정한 "유휴토지"에 해당되는 경우 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 바, 먼저 쟁점토지가 유휴토지인지에 대하여 살펴본다. (가) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 양도소득세를 신고하면서 쟁점토지 중 7필지 6,314㎡를 농지라 하여 장기보유특별공제를 적용하여 신고한 반면, 처분청은 이 중 1,476㎡를 나대지(유휴토지)라 하여 공제대상에서 제외하였음을 알 수 있다. (나) 한편, 청구인이 1999.3.3 제출한 심판청구취지변경청구서에 의하면 청구인은 위 7필지 6,314㎡ 뿐 아니라, 쟁점토지 전체가 법령의 규정에 의하여 그 사용이 금지 또는 제한되어 토지초과이득세법 제8조 제3항 의 규정에 의하여 유휴토지가 아니므로 농지여부에 관계없이 장기보유특별공제를 하여야 한다고 주장하고 있으며, 첨부된 경정청구서에 의하면 1998.10.15 이미 처분청에 같은 취지의 경정청구를 하였음이 확인되고 있다. (다) 1992.2.27 ○○시장의 도시계획시설(학교)결정 고시(제1992-54호)에 의하면 쟁점토지를 포함한 ○○○동 ○○○ 일대 22,142㎡에 대하여 학교신설용지로 결정된 사실이 확인되고 있고, 1992.9.29 ○○시교육감의 학교시설사업시행계획승인 고시(제1992-46호)에 의하면 ○○○동 ○○○ 일대 12,686㎡의 토지에 대하여 ○○○중학교 교사신축사업이 시행되었으며, 쟁점토지는 사용 또는 수용할 대상으로 되어 있음을 알 수 있다. (라) 1992.12.16 청구인과 매수자인 청구외 ○○시 ○○교육청 교육장간에 체결된 공공용지의 취득협의서와 이에 첨부된 ○○○중학교 보상내역에 의하면, 청구인은 쟁점토지(10필지 11,691㎡)의 협의보상가액으로 11,151,550,000원을 수령한 것으로 되어 있고, 쟁점토지 중 ○○○동 ○○○ 등 8필지 1,659㎡가 공부상의 지목과는 달리 그 현황이 "대지"로 표시되어 있음을 알 수 있다. (마) 앞의 관련법령에 열거된 바와 같이 토지의 취득후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지, 지상건축물의 소실·도괴 기타 대통령령이 정하는 부득이한 사유로 유휴토지 등에 해당하게 된 토지에 대하여는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간은 이를 유휴토지 등으로 보지 아니하는 것인 바, 쟁점토지는 청구인이 취득(1977.1.1 의제취득)한 후인 1992.2.27 도시계획시설(학교)로 결정되었을 뿐 아니라, 1992.12.16 공공용지의취득 및 손실보상에관한특례법의 규정에 의하여 ○○시교육감에게 협의양도되어 양도당시까지 그 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당하므로 나대지 및 농지여부에 관계없이 유휴토지가 아니라 할 것이다(국심 98중 845, 1998.8.22 같은 뜻).

(2) 따라서, 쟁점토지를 유휴토지라 하여 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 당초처분은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분이라고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.