조세심판원 심판청구 법인세

특별부가세 과세표준 계산시 취득가액을 어떻게 산정해야 하는지 여부

사건번호 국심-1998-서-2230 선고일 1999.03.13

특별부가세 과세표준 신고시 취득가액을 환산가액으로 하여 과세표준과 세액을 산출하고 자진신고.납부한 것은 적법하므로 취득가액을 의제취득일 현재의 기준시가로 하여 과세표준과 세액을 산출하여 과세한 처분은 부당하다고 판단됨

심판청구번호 국심1998서 2230(1999. 3.13) 주 문 ○○○세무서장이 1998.4.9 청구법인에게 결정고지한 1994사 업연도 법인세(특별부가세) 102,421,650원 및 관련 농어촌특별 세 292,930원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1973.5.16 취득한 서울특별시 ○○○구 ○○○동 ○○○외 2필지 대지 2,438㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1994.8.3 공용절차상 협의에 의하여 ○○○구청에 2,936,256,000원에 양도하였다. 청구법인은 1994.1.1∼1994.12.31 사업연도(이하 "1994사업연도"라 한다) 법인세(특별부가세)신고시 쟁점토지의 양도가액은 실지거래가액인 2,936,256,000원으로 하고, 취득가액은 구 법인세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의 2 제9항 제1호에서 규정하고 있는 산식을 적용하여 환산한 가액(951,295,127원)으로 신고하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점토지의 양도가액은 실지거래가액인 2,936,256,000원으로 하고, 쟁점토지의 취득가액은 구 법인세법시행령 제124조의2 제14항 의 규정에 의한 1977.1.1 현재의 기준시가액인 805,665,256원으로 하여 1998.4.9 청구법인에게 1994사업연도 법인세(특별부가세) 102,421,650원 및 관련 농어촌특별세 292,930원을 결정고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.3 심사청구를 거쳐 1998.8.28 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
  • 가. 청구주장 청구법인은 1973.5.16 취득한 쟁점토지를 양도한 후 특별부가세 신고시 관련법령에 의거 정당하게 신고, 납부하였다. 즉, 양도가액은 실지거래가액인 2,936,256,000원으로 하고, 취득가액은 쟁점토지의 1977.1.1 현재의 시가를 알 수 없어 불분명하므로 구 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 제3항 및 같은 법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의 2 제14항과 구 법인세법시행령(1990.5.1 대통령령 제12995호) 부칙 제3조에 의하여 위 같은 법 시행령 제124조의 2 제9항 제1호에서 규정하고 있는 기준시가에 의한 환산가액인 951,295,127원으로 하여 신고하였던 것이다. 그런데 처분청은 쟁점토지의 양도가액은 청구법인의 신고내용을 인정하면서, 취득가액은 구 법인세법시행령(1990.5.1 대통령령 제12995호) 부칙 제3조에 의한 취득당시의 기준시가를 구하는 산식(1990.1.1 공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액/1990.1.1 과세시가표준액)에 의거 취득가액을 산정하는 잘못을 하였다. 처분청의 이러한 취득가액 산정방식은 전술한 구 법인세법시행령 제124조 의 2 제14항에 의거, 같은 조 제9항 제1호의 규정에 의하여 취득가액을 산정하도록 한 것에 명백히 위배되므로 청구법인의 신고내용을 인정하여 이 건 취소하여야 한다.
  • 나. 국세청장 의견 청구법인은 이 건 쟁점토지의 취득가액을 실지양도가액을 기준으로 환산하여 신고한 금액으로 결정함이 관련법령 및 양도가액에 비추어 합리적이며 타당하다고 주장하고 있다. 그러나 관련법령에 의하면 법인이 토지·건물 등을 양도하는 경우 이에 대한 특별부가세는 구 법인세법 제59조 의 2 제3항과 같은 법 시행령 제124조의 2 제2항 및 제14항의 규정에 의하여 실제 양도·취득가액으로 계산하는 것이 원칙이며, 1976.12.31 이전 취득자산의 경우에는 취득가액을 "1977.1.1 현재의 시가 또는 기준시가"와 "1976.12.31 이전 장부가액 + 취득일부터 1976.12.31까지의 보유기간에 생산자물가상승율을 곱하여 산출한 금액"중 큰 금액으로 산정하는 것이고 다만, 양도·취득가액이 불분명하거나 어느 하나가 불분명한 경우에만 구 법인세법 제59조 의 2 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제124조의 2 제9항의 규정에 의하여 양도·취득당시의 기준시가나 실제 양도·취득가액으로 환산한 금액으로 계산하는 것이다. 1976.12.31 이전인 1973.5.16 취득한 쟁점토지를 양도한 이 건의 경우, 양도가액은 매매계약서에 의하여 실지거래가액이 확인되고 취득가액은 장부·제증빙·재무제표 부속 토지명세서에 의하여 269,780,000원임이 분명히 확인되고 있으므로 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 쟁점토지의 1977.1.1 현재의 기준시가와 1976.12.31 이전 장부가액에 1976.12.31 이전의 취득일로부터 1976.12.31까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합한 가액 중 많은 금액인 1977.1.1 현재의 기준시가액으로 양도차익을 결정한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 1976.12.31 이전에 취득한 쟁점토지의 양도에 따른 특별부가세 과세표준 계산시 취득가액을 어떻게 산정하여야 하는지 여부
  • 나. 관련법령 구 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 제1항에서특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하면서, 제3항에서 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. 이하생략고 규정하고 있다. 구 법인세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의 2 제2항에서 법 제59조의 2 제3항에서 "취득가액"이라 함은 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액, 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하면서, 제9항 본문 및 제1호에서 「법 제59조의 2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중의 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 양도가액× { 취득당시의 기준시가} over {양도당시의 기준시가 }」를 규정하고, 제14항에서 1976년 12월31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1977년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1977년 1월 1일 현재의 기준시가로 하되, 제9항 제1호에 해당하는 경우 당해 취득가액은 제9항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 1976년 12월31일 이전의 장부가액에 1976년 12월31일 이전의 취득일로부터 1976년 12월31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1977년 1월1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다(1993.12.31.신설)고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법(1974.12.21 법률 제2686호) 부칙 제13조에서 [제59조의 2에 규정하는 토지 등으로서 1976년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1977년 1월 1일에 취득한 것으로 본다(1988.12.26 개정)]고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령 부칙(1990.5.1 대통령령 제12995호) 제1조에서이 영은 1990년 9월 1일부터 시행한다고 규정하면서, 제3조에서 이 영의 시행전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다 { 1990년 1월1일을} atop {기준으로 한 공시지가 } × { 취득당시의 과세시가표준액} over {1990년 1월1일을 기준으로 한 } atop {공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액을 } 규정하고 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 양도에 따른 법인 특별부가세 과세표준인 양도차익의 산정에 대하여 전술한 관련법령을 검토하면, 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하여 계산함이 원칙이고, 어느 한쪽이 불분명한 경우에는 확인된 어느 한쪽의 가액과 그 가액을 기준으로 한 환산가액에 의하여 계산하되, 양쪽이 다 불분명한 경우에는 양쪽 다 기준시가에 의하여 계산하여야 하는 것으로 해석된다. 이 건 쟁점토지는 1973.5.16 취득한 토지로서 취득당시 실지거래가액은 청구법인의 제장부 및 재무제표 부속 토지명세서에 의하여 269,780,000원으로 확인되고, 양도당시(1994.8.3) 실지거래가액은 2,936,256,000원으로 확인되는 바, 이 점에 관하여 청구법인도 이를 인정하고 있다. 쟁점토지는 당초 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 확인되는 경우로서 전술한 양도차익 산정에 관한 일반원칙에 따르면, 확인된 당초 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의거 양도차익을 산정하면 될 것으로 보인다. 그러나 쟁점토지는 1973.5.16 취득한 토지로서 전술한 구 법인세법시행령 제124조 의 2 제14항이 적용되어야 하므로 위 양도차익 산정에 관한 일반원칙을 그대로 적용할 수 없으며, 확인된 양도가액과 위 시행령 제124조의 2 제14항의 규정에 의거한 가액을 취득가액으로 하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것인데, 위 시행령 제124조의 2 제14항의 해석에 있어서 처분청과 청구법인은 서로 다투고 있으므로 이를 살펴본다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 1977.1.1 현재의 시가는 알 수 없는 경우에 해당하나, 쟁점토지 취득당시(1973.5.16)의 실지거래가액은 청구법인에서 보관중인 제장부 등에 의하여 확인되므로 전술한 구 법인세법시행령 제124조 의 2 제9항 제1호에서 규정한 산식의 전제가 되는 [취득가액이 분명하지 아니한 경우]에 해당되지 않는다고 보고, 따라서 쟁점토지는 위 시행령 같은 조 제14항 본문 ()내에 규정된 "제9항 제1호에 해당하는 경우"가 아니므로 그 취득가액은 1977.1.1 현재의 기준시가가 되며, 이 가액이 바로 위 시행령 같은 조 같은 항 단서조항에서 규정하고 있는 "1977년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액"이라고 보았음이 관련자료에서 확인된다. 그러나 처분청의 이러한 법적용 논리는 쟁점토지가 비록 1973.5.16 실제로 취득된 것이기는 하나 전술한 구 법인세법(1974.12.21 법률 제2686호) 부칙 제13조에 의하여 그 취득시기가 1977.1.1로 의제되며, 취득가액의 불분명 여부는 의제된 취득시기를 기준으로 판단해야 하는데도 이를 간과하고 실제취득일을 기준으로 판단한데 기인하는 것으로서 다음에 살펴보는 바와 같이 명백히 잘못된 것이라 아니할 수 없다.

(3) 쟁점토지는 1973.5.16 취득한 토지이나 전술한 구 법인세법(1974.12.21 법률 제2686호) 부칙 제13조에 의하여 그 취득시기는 1977.1.1로 의제된다. 따라서 쟁점토지는 취득(1973.5.16) 당시의 거래가액은 확인되나 의제취득일인 1977.1.1 현재의 시가는 확인되지 않아 전술한 구 법인세법시행령 제124조 의 2 제14항 본문 ()내에 규정된 1977.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우에 해당하며, 이는 곧 전술한 구 법인세법 제59조 의 2 제3항에서 규정하고 있는 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다 할 것(대법원 89누6426, 1990.12.23 같은 뜻임)이다. 그러하다면, 쟁점토지는 양도가액은 확인되나 취득가액은 불분명한 경우로서 전술한 구 법인세법시행령 제124조 의 2 제9항 제1호에 해당하게 되고, 따라서 쟁점토지의 취득가액은 위 시행령 같은 조 제9항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액이 되며, 이렇게 환산한 가액이 바로 전술한 위 시행령 제124조의 2 제14항 단서조항에서 규정하고 있는 "1977년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액"이 되는 것이다. 다만, 쟁점토지의 경우에는 1976년 12월 31일 이전의 장부가액이 269,780,000원임이 확인되므로 위 시행령 같은 조 제14항의 단서규정이 적용된다 할 것인 바, 쟁점토지의 경우는 위 장부가액에 1976년 12월 31 이전의 취득일(1973.5.16)로부터 1976년 12월 31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1977년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액, 즉 위 시행령 같은 조 제9항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액에 의하여 평가한 가액보다 적은 경우에 해당되는 것이 확인되므로 위 시행령 같은 조 제9항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 보아야 하는 것이다.

(4) 그러하다면, 청구법인이 쟁점토지 양도에 따른 특별부가세 과세표준 신고시 쟁점토지의 양도가액은 실지거래가액인 2,936,256,000원으로 하고, 취득가액은 구 법인세법시행령 제124조 의 2 제9항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액인 951,295,127원으로 하여 과세표준과 세액을 산출하고 자진신고·납부한 것은 적법·타당하며, 이 건 처분(양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 의제취득일 현재의 기준시가로 하여 과세표준과 세액을 산출함)은 위와 같은 논리에 의거 부당하다고 판단된다.

  • 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)