공급시기와 세금계산서 작성교부일이 다른 경우 매입세액공제 여부

심판청구번호 국심1998서 2159(1999. 2.27) �부가가치세 20,800,000원의 부과처분은 이를 취소한

청구법인은 식품도매업을 영위하는 회사로서 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 대지 428.2㎡ 지상에 연면적 2,764.28㎡인 지하3층 지상10층 근린생활시설(이하 "○○○빌딩"이라 한다)을 신축하면서 1997.11.25 ○○○빌딩 신축건설 도급계약서상 수급자인 ○○○종합건설 주식회사(이하 "○○○건설"이라 한다)로부터 매입세금계산서 1매(작성일자 1997.8.28, 공급가액 185,000,000원. 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 1997년 제2기 부가가치세확정신고시 처분청에 제출하였다. 처분청은 1997년 제2기 부가가치세확정신고시 청구법인이 제출한 쟁점세금계산서상 매입세액 중 16,000,000원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)은 공급시기와 작성교부일자가 서로 달라 매출세액에서 불공제되는 매입세액으로 보아 이를 불공제하고 1998.3.16 청구법인에게 1997년 제2기분 부가가치세 20,800,000원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.5.11 심사청구를 거쳐 1998.8.26 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구법인은 공급시기가 1997.8.28인 쟁점세금계산서를 같은 과세기간내인 1997.11.25 ○○○빌딩 건설도급계약서상 수급자인 ○○○건설로부터 수취하여 1997년 제2기 부가가치세확정신고시 제출하였으므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점세금계산서가 비록 소급하여 작성된 것이기는 하나 공급시기와 세금계산서 작성교부일이 동일한 과세기간내이고 실지거래내용이 확인된다는 점을 들어 쟁점매입세액을 불공제함은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 1997년 제2기 부가가치세예정신고시 ○○○건설의 하수급자인 청구외 ○○○건설주식회사(이하 "○○○건설"이라 한다)로부터 교부받아 제출한 매입세금계산서 3매(공급자 ○○○건설주식회사, 공급가액 160,000,000원)에 대하여 이미 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 다음 동일한 거래에 대하여 소급하여 작성된 쟁점세금계산서상 공급가액 중 160,000,000원에 상당하는 쟁점매입세액은 그 공급시기와 세금계산서 작성교부일이 서로 다르므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 공급시기가 경과한 후에 작성일자를 소급하여 쟁점세금계산서를 작성교부하였으나 그 공급시기와 작성교부일이 동일한 과세기간에 속하는 경우 쟁점매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 (세금계산서) 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 세금계산서를 공급을 받을 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제17조(납부세액) 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 하고 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다고 규정하면서 그 제1호는 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 규정하고 있으며, 같은조 제2항은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 그 제1호의 2는 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액을 규정하고 있다.

(2) 사실관계 (가) 청구법인은 1997.2.7 ○○○건설과 ○○○빌딩을 28억원에 신축하는 건설도급계약을 체결하고, 수급자인 ○○○건설은 1997.3.6 위 도급계약에 의한 건설공사 중 토공 및 가시설공사를 ○○○건설에 공사금액을 325,000,000원으로 하여 하도급계약을 체결한 사실이 공사도급계약서에 의하여 각각 확인된다. (나) ○○○빌딩의 신축공사가 진행되는 중에 수급자인 ○○○건설의 부도로 인하여 1997.8.28 청구법인과 ○○○건설간에 ○○○빌딩신축건설 도급계약의 해약에 관한 합의서가 작성되었는바, 그 합의서 내용을 보면 ① 정산합의잔액은 42,384,104원으로 한다 ② 지하실 흙막이 시공분(시공자 ○○○건설)에 대하여는 청구법인이 처리한다 ③ 도급계약은 정산합의시점에 자동해약된 것으로 한다고 기재되어 있음을 알 수 있다. (다) 청구법인은 합의서에 따라 ○○○건설에 토공사대금 160,000,000원을 지급하고 ○○○건설로부터 매입세금계산서 3매(작성일 1997.8.28 공급가액 60,000,000원, 작성일 1997.9.5 공급가액 50,000,000원, 작성일 1997.9.10 공급가액 50,000,000원)를 교부받아 1997년 제2기 부가가치세예정신고시 처분청에 제출하였으나, 처분청은 위 매입세금계산서 3매는 위장세금계산서에 해당되는 것으로 보아 매입세액을 불공제한 후 정산합의일자인 1997.8.28자로 ○○○건설은 청구법인에게 공급가액을 227,384,104원(토공사기성금액 185,000,000원 + 합의서상 정산잔액 42,384,104원)으로 하여, ○○○건설은 ○○○건설에 공급가액을 185,000,000원(합의서상 토공사기성금액)으로 하여 세금계산서를 각각 교부하여야 한다는 내용으로 1997.12.3 ○○○건설과 ○○○건설의 관할세무서에 관련자료를 통보한 사실이 처분청의 이 건 조사복명서에 의하여 확인된다. (라) 청구법인은 1997.11.25 ○○○건설로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 1997년 제2기 부가가치세확정신고시 처분청에 제출하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서상 공급가액 185,000,000원에 상당하는 매입세액 18,500,000원 중 2,500,000원은 정상거래로 보아 매입세액을 공제한 반면에 쟁점매입세액은 공급시기와 작성교부일자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 후 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 관련기록에서 확인된다.

• 다. 쟁점매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하는지 여부 (1) 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의하여 매입세액을 공제받으려면 같은법 제16조 제1항이 규정하는 거래시기에 교부받은 세금계산서를 과세관청에 제출하여야 하겠지만, 세금계산서는 납부세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 작성교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기가 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되고 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에는 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 할 것이다(대법원 95누0634, 1995.8.11·국심 95중1022, 1995.7.1 같은 뜻).

(2) 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이, 쟁점세금계산서의 공급가액에 대한 공급시기가 1997.8.28인 점과 그 거래사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 청구법인이 비록 공급시기가 경과한 후인 1997.11.25 작성일자를 공급시기로 소급하여 ○○○건설로부터 쟁점세금계산서를 작성교부받아 ○○○세무서장에게 제출하였는바, 당초 청구외 ○○○건설(주)가 쟁점매입세액과 관련된 동일한 거래에 대하여 공급받는 자를 ○○○건설로 기재하여야 함에도 청구법인으로 잘못 기재하여 발행교부한 세금계산서와는 달리 쟁점세금계산서는 쟁점매입세액에 관련된 사실상의 거래내용에 따라 공급자인 ○○○건설이 청구법인을 공급받는 자로 기재하여 새로이 발행교부된 세금계산서이므로 청구법인이 당초 청구외 ○○○건설(주)로부터 수취한 세금계산서와는 공급자가 다른 별개의 세금계산서일 뿐만 아니라 그 쟁점세금계산서의 작성교부일과 사실상 거래시기가 1997년 제2기 과세기간으로서 동일한 점을 이 건 관련 대법원판례 등에 비추어 보면, 쟁점매입세액을 1997년 제2기 매출세액에서 불공제한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.