공장양도차익 감면비율계산시 감면대상 투자금액 해당 여부

심판청구번호 국심1998서 1633(1999. 6.17) �ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○에 주사무소를 두고 의약품 및 테이프를 제조하는 법인으로서 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○외 1필지 공장용지 8,472㎡(이하 "구공장"이라 함)를 1994.10.11 100억원에 양도하고 ㅇㅇㅇ공장 및 ㅇㅇㅇ공장, ㅇㅇㅇ공장 등으로 이전하였으며 구공장을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 구조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 1994사업연도의 특별부가세 2,269,453,509원을 포함하여 법인세 5,275,484,366원을 감면받았다. 처분청에서는 공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제세액 계산시 신공장가액이 구공장가액에서 차지하는 비율(투자이행비율)을 계산함에 있어서 ㅇㅇㅇ공장과 ㅇㅇㅇ공장에 투자한 금액은 신공장 투자금액으로 인정하고 ㅇㅇㅇ공장의 투자금액은 기존공장에의 증설투자라고 보아 동 투자금액을 신공장가액에서 제외하여 투자이행비율을 계산하고 1994사업연도의 법인세 3,571,440,010원을 1997.12.16 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.2.16 심사청구를 거쳐 1998.6.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 경기도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○에 소재한 청구법인의 ㅇㅇㅇ공장은 청구법인이 취득할 당시 의약품공장이 아니라 청구외 ○○○전자(주)가 운영하던 인쇄회로기판 제조공장이었으나 영등포공장의 지방이전계획의 하나로 의약품을 제조할 수 있는 보건사회부장관이 정한 우수의약품 제조 및 품질관리허가기준에 적합한 업소(이하 "KGMP업소"라 한다)의 시설을 하여 94.6.21 보건사회부 장관으로부터 적합판정을 받아 현재 의약품을 제조하고 있는 공장이다. 처분청 및 국세청 심사결정에서는 위 ㅇㅇㅇ공장의 투자금액은 기존공장의 증설투자라는 이유를 들어 신공장투자금액으로 인정하지 아니하였으나, "기존공장의 증설투자"라는 의미는 기존에 생산하던 제품을 증산할 목적으로 기계장치 등 일부의 시설만 증설하는 경우이며, 청구법인의 이 건 ㅇㅇㅇ공장 투자는 기존에 생산하던 제품을 증산할 목적으로 기계시설 등을 증설한 것이 아니라 과거에 전자부품, 회로기판을 제작하다가 휴면상태에 있는 공장을 우수의약품 제조시설을 위해 거액을 투자하여 보건사회부장관으로부터 시설에 관한 엄격한 심사를 받아 94.6.21 적합업소의 판정을 받고 청구법인이 양도한 구공장에서 생산하던 의약품을 제조하게 된 것이며, 또한 의약품제조를 위한 기계장치를 양도한 구공장에서 이전해오거나 사들인 경우로서 이는 신공장에 대한 투자임이 분명하므로 구 조세감면규제법 제42조의 대도시 지방이전 감면에 해당한다. 따라서 위 ㅇㅇㅇ공장(사업자등록번호 ○○○, 업태 및 종목: 제조 의약품)에 투자한 KGMP공장 공사대금 등 투자금액 총액 1,270,221,441원 (93년도부터 95년까지) 및 구공장에서 이전된 기계장치금액 722,631,333원 합계1,992,852,774원은 공장지방이전감면 대상이 되는 투자금액에 해당하므로 감면비율을 재계산하여 이건 법인세를 경정하여야 한다.
• 나. 국세청장의 의견 공장의 지방이전에 관련된 국세청예규에 의하면 "대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전함에 있어서 신공장을 건설하지 아니하고 지방의 기존공장건물내에 제품의 증산에 필요 기계장치 등 일부의 시설만 증설하는 경우에는 구조세감면규제법 제42조의 규정을 적용받을 수 있는 공장의 지방이전에 해당하지 않는 것"으로 해석하고 있는바(법인 22601-1282, 97.5.8 참조), 청구법인은 ㅇㅇㅇ공장 신축가액이 540,589,604원이라고 주장하나 ㅇㅇㅇ공장은 88.5.11 개업한 기존공장으로서 94사업연도의 결산서상 유형고정자산 명세서에 의하면 ㅇㅇㅇ공장의 건물은 94사업연도 당기중 증가가 없는 것으로 나타나고 또한 ㅇㅇㅇ공장에의 기계장치의 설치가액에 대하여는 막연하게 기계장치를 추가로 설치하였다고 주장만 할 뿐 아무런 증빙서류의 제출이 없는 점 등을 볼 때 ㅇㅇㅇ공장에 신규로 투자한 금액을 신공장가액으로 보아 공장이전에 따른 감면세액을 재계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 대도시 공장의 지방이전에 따른 공장양도차익 감면비율계산시 청구법인의 ㅇㅇㅇ공장에 대한 투자금액을 신공장가액에 포함할 수 있는 것인지 여부
• 나. 관련법령 1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 이전의 조세감면규제법 제42조 【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】제1항에서 『대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다』라고 규정하고 제2항에서 『대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제36조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】제1항에서 『법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장(이하 "신공장"이라 한다)의 가액이 이전 전의 공장(이하 "구공장"이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다』라고 규정하고 있고, 제3항에서 세액을 면제받고자 하는 법인은 공장양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 이전완료 보고서와 사업자등록증 또는 재무부령이 정하는 이전계획서를 제출하도록 규정하고 제4항 및 제5항에서는 선이전 후양도하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년이내에 구공장을 양도하여야 하며, 선양도 후이전의 경우에 지방에서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 3년이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일로부터 1년이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 하도록 규정하고 있다. 한편, 1993.12.31 개정법률 제4666호에서 법 제42조를 법 제43조로 개정하면서 감면범위를 축소하였으나 동 부칙 제16조 제2항 제1호 및 제7항에서 『내국인이 1995.12.31까지 종전의 제42조 규정에 적합하게 구공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시하거나 1995.12.31까지 구공장을 양도하는 경우에는 종전의 제42조의 규정에 의한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

(1) 처분청은 영등포공장(구공장)의 양도차익에 대한 감면세액을 계산하면서 지방이전(ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ)한 공장의 투자가액 중 쟁점ㅇㅇㅇ공장의 투자가액은 기존공장에의 증설투자라는 이유로 신공장투자가액으로 보지 아니하고 투자이행비율(감면비율)을 계산하여 이건 법인세를 고지하였다.

(2) 청구법인이 취득하기전의 ㅇㅇㅇ공장은 청구법인의 계열사인 청구외 ○○○전자주식회사에서 인쇄회로기판제조업의 공장을 신축하여 87년도 및 88년도에 각각 140,956,957원 및 497,402,154원의 제품 판매실적이 있었던 것으로 ○○○전자주식회사의 법인세과세표준 신고서 등에 의하여 확인되고 있으며, 1988.5월 청구법인은 위 ○○○전자주식회사로부터 ㅇㅇㅇ공장을 취득하기로 매매계약하고 1990.6.14 취득등기를 하였다. 위 ㅇㅇㅇ공장을 청구법인이 취득하고 난 이후의 제품생산현황을 보면 다음과 같다. (금액단위: 천원) 년 도 생산품명 생산금액 비 고 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 전자회로기판 전자회로기판 접착테이프 의약품 접착테이프 의약품 접착테이프 의약품 의약품 의약품 538,510 592,854 148,441 2,647,193 699,251 2,337,892 65,939 4,283,810 5,780,568 6,255,984 의약품생산개시(91년도) 구공장양도일(94.10.11) (주) 위 연도별 생산실적은 제품수부불부에 의하여 확인된 금액임.

(3) 위 ㅇㅇㅇ공장의 사업자등록내용을 보면, 개업일을 1988.5.10로 하고, 업태 및 종목을 제조, 약품 및 인쇄회로기판으로 하여 1991.11.8 ㅇㅇㅇ세무서장으로부터 사업자등록증(등록번호: ○○○)을 발급 받았다.

(4) 청구법인이 주장하고 있는 KGMP시설공사에 대한 투자내용 등을 보면 1992.10월부터 투자를 시작하여 1994.6.21 보건사회부장관으로부터 우수의약품제조 및 품질관리기준(KGMP) 실시업소증명서를 발급 받은 사실이 있으며, 1992.10월∼1995년말까지 KGMP시설공사비 및 시설부대경비, 기계장치투자금액 (영등포공장기계장치 이전금액 포함)은 1,195,093,647원인 사실이 공사계약서, 세금계산서, 장부 및 결산서 등에 의하여 확인되고 있다.

• 라. 판단 위 관계법령에서 본바와 같이 구조세감면규제법시행령 제36조 제4항 및 제5항의 규정에 의하면, 공장을 이전하여 사업을 개시하고 구공장을 양도하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년이내에 구공장을 양도하여야 하고, 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에는 구공장의 양도일로부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일로부터 1년이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야만 공장지방이전감면 대상이 되는 것으로 규정하고 있다. 청구법인은 영등포공장을 1994.10.11 양도하고 지방의 공장을 신설하여 사업을 개시한 ㅇㅇㅇ공장 및 ㅇㅇㅇ공장의 투자금액에 대하여는 이미 감면을 받은바 있으며, 이 건 ㅇㅇㅇ공장의 경우는 청구법인이 1988.5월 청구외 ○○○전자주식회사로부터 취득할 당시에는 전자회로기판 제조공장이었으나, 앞의 사실관계에서 본 바와 같이 1991년도부터는 의약품을 생산하기 시작하였는바 청구법인이 감면대상투자금액이라고 주장하는 KGMP시설공사 및 동부대공사와 기계장치 등은 1992.10월부터 투자가 개시된 것으로 이는 새로운 공장을 신설하거나 또는 그 전에 취득한 공장의 제조품목을 변경하기 위한 투자로는 볼 수 없고 기존의 의약품제조공장을 증설한 것이라고 판단되고, 또한 영등포공장은 ㅇㅇㅇ공장의 의약품 생산개시일(1991년도)로부터 2년을 경과하여 1994.10.11 양도하였으므로 청구법인이 주장하는 이 건 ㅇㅇㅇ공장투자금액은 공장지방이전감면대상이 되지 않는 것으로 판단된다.
• 마. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.