부동산의 양도가 부가가치세가 면제되는 사업의 포괄적인 양도·양수에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 88.11.23 OO도 수원시 OO동 OOOOO외 2필지 대지 411.4㎡ 및 건물 1,940.82㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 부동산 임대업을 영위하다가 94.12.13청구외 OOOOOOO사업조합과 매매계약을 체결하고 94.12.28 위 조합명의로 소유권 이전등기를 하였다. 처분청은 쟁점부동산의 양도가 부가가치세법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 포괄적 양도에 해당되지 아니하는 것으로 보아 건물의 공급가액 358,183,792원에 대하여 98.1.5 청구인에게 94년2기분 부가가치세 44,967,970원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.2.13 심사청구를 거쳐 98.5.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점부동산을 88.11.23 취득하여 부동산 임대업을 영위하다가 94.12.28 청구외 OOOOOOO사업조합에 양도하였고, 매수자가 청구인의 부동산 임대업을 포괄적으로 양수받아 동일한 내용의 임대사업을 영위하면서 부가가치세 신고·납부를 하는 등 사업의 포괄적 양도에 해당되므로 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 94.12.13 쟁점부동산을 청구외 OOOOOOO사업조합에 매매하기로 매매계약을 체결하고 94.12.28 소유권 이전등기를 하였으나, 매매대금을 청구외 OOOO공제조합 OO지부가 지급한 사실이 확인되므로 실제 소유자는 청구외 OOOO공제조합 OO지부임이 확인된다. 한편, OOOO공제조합 OO지부는 93.5.4 청구인으로부터 쟁점부동산의 3층 147평을 임차하여 사용하고 있었고 쟁점부동산을 매수한 이후에도 3층 147평을 사무실로 직접 사용하였으며, 나머지는 임대업을 영위하였으나 사업자등록증을 발급받은 사실이 없을 뿐 아니라 부동산임대에 대한 부가가치세를 신고한 사실이 없는 등 사업의 동질성이 상실되어 사업에 관한 모든 권리와 의무가 승계된 포괄적인 양도에 해당되지 아니하므로 당초 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도가 부가가치세가 면제되는 사업의 포괄적인 양도·양수에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서 “재화를 담보로서 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제17조 제2항에서는 “법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인의 쟁점부동산 양도가 부가가치세법 제6조 제6항 및 같은법시행령 제17조 제2항의 규정에 의한 사업의 포괄적 양도에 해당되는지에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점부동산의 양도당시 매매계약서를 보면 매도인인 청구인과 청구외 OOO은 쟁점부동산을 1,950백만원(청구인지분 1,090백만원, 청구외 OOO지분 850백만원)에 매매하기로 94.12.13 청구외 OOOOOOO사업조합과 매매계약을 체결하였음이 확인되고, 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면 94.12.28 OOOOOOO사업조합에 소유권이 이전되었고 다시 95.12.27 OOOOOOOO조합연합회로 소유권이 이전되었음이 확인된다.

(2) 쟁점부동산의 매매대금 지급영수증에 의하면 매매대금의 지급인은 매매계약당사자이며 등기부등본상의 소유권자인 OOOOOOO사업조합이 아닌 청구외 OOOOOO조합 OO지부로 94.12.13 계약금 3억원, 94.12.16 중도금 8억원, 94.12.30 잔금 7억원(실제잔금 8억5천만원중 1억5천만원은 OOOOOO조합 OO지부 임차보증금 5천만원 및 기타 임차보증금 1억원과 상계함)을 지급하였음을 알 수 있고 청구인도 이 사실을 인정하고 있는 것으로 보아 쟁점부동산의 실제 소유주는 청구외 OOOOOO조합 OO지부로 확인된다.

(3) 쟁점부동산의 매매대금 지급인인 OOOOOO조합 OO지부는 93.5.4부터 쟁점부동산의 3층 487.2㎡를 전세보증금 5천만원, 월세 2백만원에 임차해 사용하여 오던 중 쟁점부동산을 매수한 후에는 3층 487.2㎡를 비롯하여 2층 487.65㎡ 중 487.2㎡와 1층 481.68㎡ 중 164.1㎡를 직접 사용하게 되었고 95.4.20에는 3층 487.2㎡를 전세보증금 4천만원에 OOOOOOO사업조합에 임대하였음이 확인되고, 당 심판소에서 OOOOOOOO조합연합회와 OOOOOOO사업조합 및 OOOOOO조합 OO지부에 직접 확인한 바, 실제 자금출처 및 운영권은 OOOOOOOO조합연합회에 있으며 위 연합회에서 여객자동차운수사업법의 규정에 의거 공제사업을 위하여 버스공제조합을 별도로 결성·운영하고 있고 OOOOOOO사업조합과 OOOOOO조합 OO지부의 조합장이 모두 청구외 OOO으로서 운영편의상 OOOOOOO사업조합 명의로 쟁점부동산의 매매계약과 소유권 이전등기를 하였으나 실제로는 94.12.8 교통부로부터 OOOOOO조합 OO지부의 사옥구입자금 운용계획을 승인받아 쟁점부동산을 취득하게 된 것이며, 부동산실명제 실시에 따라 건설교통부로부터 OOOOOO조합의 자산관리 철저 지시가 있어 95.12.27 쟁점부동산을 OOOOOOOO조합연합회 명의로 명의신탁해지에 의한 소유권 이전등기한 사실이 확인되고 있다.

(4) 또한, 사업장 관할인 동수원세무서에 확인한 바, OOOOOOO사업조합은 쟁점부동산소재지에 비영리법인으로 사업자등록이 되어 있고(사업자등록번호:OOOOOOOOOOOO), OOOOOO조합 OO지부도 쟁점부동산소재지에 비영리법인으로 사업자등록이 되어 있음(사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO)이 확인되며, OOOOOO조합 OO지부는 95년도분에 대한 부가가치세를 신고한 사실이 없고 96년 1기예정분(96.1.1～96.3.31)에 대한 부가가치세(공급가액 12,257,580원, 납부세액 1,225,758)를 신고한 사실이 확인되며, OOOOOOO사업조합은 95년 1기분 부가가치세 2,460,970원과 95년 2기분 부가가치세 2,527,051원을 신고·납부하였고, 청구인은 94년 2기분 부가가치세 1,012,481원을 신고·납부하였음이 확인된다. 위의 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산의 실제 양수인인 OOOOOO조합 OO지부는 비영리법인으로서 쟁점부동산을 영리사업 목적이 아닌 자기 사무실로 사용하기 위하여 취득하였고, 취득전에는 청구인이 건물을 직접 사용함이 없이 임대에 공하였으나 취득후에는 건물 1층 일부와 2·3층 전부를 OOOOOO조합 OO지부와 OOOOOOO사업조합이 직접 사용함으로써 양도전후의 임대범위가 바뀌어 사업의 동질성이 상실되었으므로 모든 권리와 의무가 그대로 승계된 사업의 포괄적 양도로 보기에는 어렵다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.