종전토지를 소유한 주택개량조합원이 추가로 청산금을 납부하고 아파트를 취득한 경우 아파트의 취득시기가 언제인지와 국세청장이 최초고시한 기준시가를 취득당시로 환산한 방법의 당부(경정)

[주 문] 반포세무서장이 98.1.12 청구인에게 96년 귀속 양도소득 세24,945,380원을 결정고지하였다가 98.5.6자 5,280,050원으로 경정결정한 과세처분은 서울특별시 동대문구 OO동 O,OOO OOOOOOO OO OOOO 건물 84.84㎡(공유면적 포함103.18㎡임), 대지권 41.56㎡에 대하여 국세청장이 최초고시한 기준시가를 취득당시로 환산한 가액에서 종전토지인 같은동 OOOOO 대지 86㎡의 기준시가 증가분(위 아파트 취득당시의 종전토지 기준시가에서 종전토지 취득당시의 기준시가를 공제한 금액)을 차감한 금액을 위 아파트의 환산취득가액(별첨 제2산식 참조)으로 하여 이를 재경정결정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인이 87.4.1 취득한 서울특별시 동대문구 OO동 OOOOO 대지 86㎡(전체 172㎡중 청구인 지분이며 이하 “종전토지”라 한다)의 소재지역이 주택개량재개발사업이 추진되어 청구인은 청산금 5,317,220원을 추가로 납부하고 같은동 O, OOOOO OOOOOOO OO OOOO 건물 103.18㎡(공유면적 포함), 대지권 41.56㎡(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하여 92.12.5 소유권보존등기를 하였다가 96.12.30 양도하고 취득일을 대지권은 종전토지 취득일인 87.4.1로 하고 건물은 쟁점아파트 준공일인 92.3.11로 하여 97.2.21 양도차익이 없는 것으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 이에 대하여 쟁점아파트의 취득일을 토지부분은 종전토지 취득일로 하고 건물부분은 추가로 납부한 청산금에 해당하는 면적 15.19㎡(청산금 5,317,220원÷350,000원/㎡)는 가사용승인일인 91.10.21로 그외 건물부분은 종전토지 취득일로 보아 양도차익을 계산하여 98.1.12 청구인에게 96년 귀속 양도소득세 24,945,380원을 결정고지하였다가 국세청의 심사결정에 따라 청산금에 해당하는 면적 26.06㎡(청산금 5,317,220원÷204,054원/㎡)를 가사용승인일에 취득한 것으로 하고 나머지 건물부분은 종전토지 취득일에 취득한 것으로 하여 쟁점아파트의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제8항에 의한 환산방법으로 산정하여 98.5.6 청구인에게 양도소득세를 5,280,050원으로 경정결정하였다 청구인은 이에 불복하여 98.2.28 심사청구를 거쳐 98.5.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 쟁점아파트의 건물부분의 취득시기를 청산금지급분에 해당하는 면적 26.06㎡에 대하여는 쟁점아파트의 가사용승인일로 보고 그 외의 면적에 대하여는 종전토지의 취득일로 보아 과세하였으나 이는 전혀 근거가 없는 것이므로 그 외의 면적도 취득시기를 가사용승인일로 보아야 한다. 또한 처분청은 쟁점아파트의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제8항을 적용하여 계산함에 있어서 토지부분과 건물부분의 취득시기가 다름에도 이를 감안하지 아니하여 결과적으로 토지부분과 건물부분을 동일한 날자에 취득한 것으로 계산되어 쟁점아파트의 토지부분의 최초 취득일부터 가사용승인일까지의 지가변동분이 반영되지 아니하였으므로 이를 반영한 가액을 공제한 금액으로 취득가액을 계산하여야 한다. 위와 같이 계산하는 경우 이 건 과세표준은 발생하지 아니하므로 경정결정된 세액은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 OO 제3-1구역 주택개량재개발조합(이하 “재개발조합”이라 한다)이 종전토지는 30,575,430원으로 평가하고 쟁점아파트의 분양가액을 35,892,650원으로 산정하여 청구인에게 청산금 5,317,220원을 징수한 사실이 청구인이 제시한 분양예정지 지정증명서에 의하여 확인되며 이에 대하여 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 청구인은 쟁점아파트의 취득시기에 대하여 토지는 종전토지의 취득시기로 보아야 하며 건물은 가사용승인일인 91.10.21로 보아 양도소득세를 계산하여야 한다고 주장하고 있으나 도시개발지역내의 토지와 건물을 도시재개발사업 시행자에게 양도하고 도시재개발법 제35조의 규정에 의한 관리처분계획에 따라 취득한 토지 또는 건축시설은 같은법 제39조 제2항의 규정에 의거 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보도록 하고 있어, 취득시기 및 취득가액은 환지전의 최초의 취득일 및 취득가액으로 하는 것이므로 쟁점아파트의 취득시기는 환지되기 전의 종전토지 취득일인 87.4.1로 보아야 하고, 환지청산금의 납부로 건물면적의 증가부분은 환지전 토지와는 별도로 환지시에 새로이 취득한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점아파트의 취득당시의 기준시가를 소득세법시행령 제164조 제8항에서 규정하는 산식에 의하여 계산하여 적용한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이고, 청구인이 납부한 환지청산금 5,317,220원에 대하여 쟁점아파트의 건축비가 관리처분예정조서에서 ㎡당 204,054원이므로 이를 적용하여 산출된 면적을 가사용승인시 취득한 것으로 하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 종전토지를 소유한 주택개량조합원이 추가로 청산금을 납부하고 쟁점아파트를 취득한 경우 쟁점아파트의 취득시기가 언제인지와 국세청장이 최초고시한 기준시가를 취득당시로 환산한 방법의 당부를 가리는 데 있다
• 나. 관계법령 소득세법시행령(95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제162조 제1항은 “법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다”고 규정하고 그 제4호에 “자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다”고 규정하고, 같은조 제3항에 “토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다”고 규정하고 있다. 또한 도시재개발법 제39조 제1항은 “대지 또는 건축시설을 분양받은 자는 제38조 제4항의 규정에 의한 분양처분의 고시가 있는 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축시설에 대한 소유권을 취득한다. 이 경우 종전의 대지 또는 건축물에 관한 지상권·전세권·저당권 또는 등기된 임차권과 주택임대차보호법 제3조 제1항의 요건을 갖춘 임차권은 분양받은 대지 또는 건축시설에 설정된 것으로 본다”고 규정하고 제2항은 “제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보며 제34조 제9항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 보류지 등으로 본다”고 규정하고 있다.
• 다. 심리 및 판단 청구인이 쟁점아파트를 양도한 데 대하여 처분청은 청산금에 상당하는 건축면적은 쟁점아파트 가사용승인일에 취득한 것으로, 나머지 건물부분과 대지권은 종전토지 취득일에 취득한 것으로 보아 취득가액을 산정하여 과세하였는 바, 청구인은 쟁점아파트의 건물부분 전체를 가사용승인일에 취득한 것으로 하여 산정된 쟁점아파트 취득시의 기준시가에서 종전토지 취득일로부터 쟁점아파트 가사용승인일까지의 지가상승분을 공제한 금액을 취득가액으로 하여 과세하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인이 87.4.1 취득한 종전토지(86㎡) 소재지역에 재개발사업(OO 제3-1구역 주택개량재개발사업지구)이 실시되어 청구인은 쟁점아파트를 92.12.5 취득(소유권보존등기)하여 96.12.30 양도하였음이 관련 등기부등본에 의해 확인되고, 종전토지는 30,575,430원으로 평가되었고 쟁점아파트의 분양가액은 35,892,650원임으로 청구인은 청산금 5,317,220원을 납부하였음이 재개발조합에서 발행한 분양예정지 지정증명서에 나타나 있고, 쟁점아파트의 건축허가일은 88.1.13이고, 91.10.21 가사용승인을 받았으며 92.3.11 준공되었음이 건축물관리대장에 나타나 있고, 국세청장은 92.1.1 쟁점아파트의 기준시가를 105,000,000원으로 최초고시하였음이 결의서 등 심리자료에 의하여 알 수 있다.

(2) 처분청은 청산금을 쟁점아파트 건축비 단가(204,054원/㎡)로 나누어 계산된 26.06㎡는 가사용승인일에 취득한 것으로 보고 나머지 건물부분과 대지권은 종전토지 취득일에 취득한 것으로 보아 취득가액을 산정하여 양도차익을 환산하여 과세하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타나 있다.

(3) 먼저 쟁점아파트의 건물부분의 취득시기가 언제인지에 대하여 본다. 전시 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 이에 따라 같은법시행령 제162조 제1항은 법 제98조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서, 그 제4호(95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된것)는 “자기가 건설한 건축물에 있어서는 준공검사필증교부일. 다만, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다”로 규정하고 그 제3항은 “토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다”고 규정하고 있다. 또한 도시재개발법 제39조 제1항은 관리처분계획에 따라 대지 또는 건축시설을 분양받은 자는 분양처분의 고시가 있는 다음 날에 그 소유권을 취득한다고 규정하면서, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 본다고 규정하고 있고, 토지구획정리사업법 제62조 제1항은 환지처분의 공고가 있는 경우에는 환지계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분의 공고가 있은 날의 익일부터 종전의 토지로 본다고 규정하고 있다. 위 각 규정취지를 새겨보면 도시재개발법 제39조 제2항이 분양처분으로 인하여 취득한 대지뿐만 아니라 건축시설도 토지구획정리사업법상의 환지로 보도록 되어 있다 하더라도 토지구획정리사업법상 건축시설을 환지로 보는 규정이 없고, 또 양도자산의 취득시기 등에 관한 소득세법시행령 제162조 제3항이 토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지에 관하여서만 그 취득시기를 환지 전의 토지의 취득일로 본다고 되어 있을 뿐 건물에 관하여는 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로 건물에 관하여는 이 사건 재개발조합의 조합원인 청구인이 종전의 대지 위에 그가 출자한 구건물을 헐고 신건물을 취득한 경우와 실질적으로 동일하다고 할 것이므로 이에 관한 원칙규정인 소득세법시행령 제162조 제1항 제4호에 의하여 쟁점아파트의 건물에 관하여는 준공검사필증교부일(대법원 91누 11087, 92.6.12: 같은 뜻임) 또는 사용승인일을 그 취득시기로 보아야 할 것이므로 이 건 가사용승인일인 91.10.21 쟁점아파트의 건물전체를 취득한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 있다고 인정된다.

(4) 다음으로 쟁점아파트에 대하여 국세청장이 최초고시한 기준시가를 취득당시로 환산하는 방법에 대하여 본다. (가) 처분청은 쟁점아파트 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제8항에 의하여 국세청장이 지정한 지역에 있는 자산으로서 취득당시에는 그 지역에 해당하지 아니하는 경우 국세청장이 고시한 가액을 취득당시로 환산하는 산식(별첨 제1산식)에 의하여 취득당시의 기준시가를 산정하였는 바, 국세청장이 고시한 가액을 취득당시로 환산함에 있어 토지는 종전토지(86㎡)의 취득당시의 가액을 90.1.1기준 개별공시지가로 환산한 가액으로 하고 건물은 청산금에 해당하는 26.06㎡(5,317,220원÷204,054원)를 과세시가표준액으로 산정하여 그 토지와 건물가액을 합하여 쟁점아파트 취득당시의 기준시가(이하 “취득당시의 가액”이라 한다)로 하고 92.1.1 국세청장이 최초고시 당시의 쟁점아파트의 토지·건물의 기준시가의 산정은 토지가액을 쟁점아파트 대지권(41.56㎡)의 개별공시지가로 산정하고 쟁점아파트 전체건물면적(공유지분 포함 103.18㎡)을 과세시가 표준액으로 산출하여 토지와 건물가액을 합한 가액을 국세청장이 최초고시 당시의 쟁점아파트가액(이하 “고시당시가액”이라 한다)으로 산정하여 쟁점아파트의 최초고시가액(105,000,000원)에 ‘취득당시의 가액’이 ‘고시당시의 가액’에서 차지하는 비율을 곱하여 환산한 가액을 쟁점아파트의 취득당시의 고시가액으로 환산하였음이 처분청의 과세자료에 나타나 있다. (나) 한편, 국세청장은 토지를 먼저 취득하고 건물을 나중에 취득하는 조합아파트를 최초로 취득하여 양도하는 경우에 양도당시에는 지정지역에 해당하나 취득당시에는 지정지역에 해당하지 아니하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가를 준공당시로 환산하고 또다시 그 환산가액을 토지·건물의 기준시가에 안분하는 등 계산이 복잡하고 또한 준공당시로 안분계산한 토지·건물가액이 비현실적인 문제점이 있다 하여 이를 개선하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가를 취득당시로 환산한 가액에서 토지의 기준시가 상승분(아파트 취득당시의 종전토지 기준시가에서 토지취득당시의 기준시가를 공제한 금액)을 공제한 금액으로 국세청장이 고시한 쟁점아파트 취득당시의 기준시가로 환산하도록 개선(국세청 재일 46014-103, 97.1.21, 별첨 제2산식)하여 97.1.1 이후 결정 또는 경정하는 분부터 적용하고 있는 사실이 국세청 예규에 나타나 있다. (다) 청구인은 종전토지를 소유하다가 주택개량재개발조합원으로 쟁점아파트인 대지권 41.56㎡와 공용면적을 포함한 건물 103.18㎡를 가사용승인일인 91.10.21 취득하였으므로 이 건 양도소득세를 과세하기 위한 취득당시의 기준시가의 환산은 국세청장이 최초로 고시한 기준시가를 아파트 취득당시로 환산한 가액에서 종전토지의 기준시가 상승분〔쟁점아파트의 취득당시의 종전토지 (86㎡)의 기준시가에서 종전토지(86㎡) 취득당시의 기준시가를 공제한 금액〕을 차감하여 산정하는 것이 합리적이라고 할 것인 바, 처분청이 쟁점아파트 취득당시의 기준시가를 산정하면서 소득세법시행령 제164조 제8항에 의한 산식을 적용하여 청산금에 해당하는 26.06㎡만을 가사용승인일에 취득한 것으로 보아 그 과세시가표준액과 종전토지의 취득당시의 가액을 90.1.1.기준 개별공시지가로 기준시가로 환산한 가액을 합한 가액을 ‘취득당시의 가액’(별첨 제1산식의 분모에 해당)으로 하여 쟁점아파트의 환산취득가액을 산정한 것은 부당하다 할 것이다. 위에서 살펴본 내용을 종합해 보면 청구인은 토지와 건물의 취득시기가 다른 조합아파트인 쟁점아파트를 91.10.21 취득하여 96.12.30 양도하였으므로 쟁점아파트 양도에 대하여 양도소득세를 과세하기 위한 취득당시의 기준시가 산정은 국세청장이 최초 고시한 기준시가를 아파트 취득당시로 환산한 가액에서 종전토지의 기준시가 상승분을 차감한 금액으로 하여야 한다는 청구주장은 타당하다고 인정된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별첨> 지정지역내 공동주택의 취득가액 환산방법 〈제 1 산식〉 O 건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 공동주택의 경우(국세청장이 지정한 지역이나 취득당시에는 지정지역에 해당하지 아니한 경우) 취득가액 산정방법 O 95.12.30. 대통령령 제14860호 개정 O 96.1.1.부터 시행 국세청장이 당해 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 가액 자산에 대하여 최초로× 고시한 기준시가 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 가액 (취득당시의 가액과 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 가액이 동일한 경우에는 제7항의 규정을 준용한다) 〈제 2 산식〉 O 지정지역내 공동주택으로서 토지·건물의 취득시기가 다른 경우 O 97.1.1. 이후 결정 및 경정하는 분부터 적용 O 국세청 재일 46014-103, 1997.1.21. 〔1996.1.1. 이후 양도〕

① 국세청장이 최초로 건물취득(토지+건물) 기준시가합계액 고시한 기준시가 × 최초 고시 당시(토지+건물) 기준시가합계액

② 건물 취득당시 토지의 기준시가 - 토지 취득당시의 토지의 기준시가

③ 환산취득가액 = ① - ②