[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 산업자원부 산하 생산기술연구원 부설 OOOO정책연구소(정부출연기관)로서 95년 및 96년도에 청구법인소속 연구원에게 체력단련비, 연구상여금, 월동보조비 및 추석상여금(이하 “쟁점급여”라 한다)을 지급하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점급여는 소득세법시행령 제38조 제1항 제8호 가목에서 정한 비과세 연구활동비에 해당되지 않는다 하여 과세대상근로소득으로 보아 97.12.2 원천징수의무자인 청구법인에게 95년도 귀속분 갑종근로소득세24,420,520원 및 96년도 귀속분 갑종근로소득세 36,397,700원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.1.26 심사청구를 거쳐 98.5.16 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 소득세 과세대상에서 제외되는 연구활동비의 범위는 재정경제원장관이 정하는 기준에 의한다고 되어 있으며, 동 기준에서 연구활동비란 “당해연구기관의 연구활동비 지급규정에 따라 받는 연구활동비”라고만 규정하고 있으므로 명칭여하에 불구하고 연구활동비는 비과세소득으로 보아야 함에도 쟁점급여가 연구활동비 성격이 아닌 제수당이므로 비과세대상에서 제외되어야 한다는 처분청의 주장은 관련법률 및 재정경제원 고시기준을 확대 해석한 오류이며, 연구활동비를 고정급과 변동급으로 구분하여 지급하는 것은 연구활동의 의욕고취 및 연구실적에 따른 성과평가에도 부합하는 것이라 할 수 있으므로 이 규정에 따라 연구원이 지급받은 변동급 연구활동비에 대해서 과세한다는 것은 지급기준을 정한 법률 및 근거기준과 상충되는 것이므로 쟁점급여에 대하여 과세한 처분은 취소되어야 한다.
- 나. 국세청장 의견 연구활동비를 근로소득에서 제외토록 한 취지는 연구활동에 소요된 경비를 보전하여 주기 위한 것임에 비추어, 연구활동비 명칭으로 지급되었다 하더라도 그 내용이 일반적인 수당성격의 급여인 체력단력비, 추석상여금등을 기본급과 동일하게 지급하는 것은 연구활동비 성격의 지출액을 보전하기 위한 것이라고 보기 어려우므로 쟁점급여에 대하여 갑종근로소득세를 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 쟁점급여가 비과세대상 연구활동비에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 소득세법 제20조 제1항 제1호 (가)목에서 근로소득에 대하여 『근로제공으로 인하여 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여는 갑종근로소득으로 한다』라고 규정하고 같은법 시행령 제38조 제1항에는 『법 제20조의 규정에 의한 근로소득의 범위에는 다음 각호의 소득이 포함되는 것으로 한다. 1.～7. (생략)
8. 기술수당·보건수당·연구수당 기타 이와 유사한 성질의 급여. 다만, 다음 각목의 1에 의한 금액을 제외한다.
- 가. 대학·전문대학 및 이에 준하는 학교(이하 이호에서 “대학 등”이라 한다)의 교원이 받는 연구보조비와 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 의하여 설립된 정부출연기관에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다)가 받는 연구활동비로서 재정경제원장관이 정하는 기준(교육법에 의한 대학의 경우에는 재정경제원장관이 교육부장관과 협의하여 정하는 기준)에 의한 금액(이하 생략)』이라고 규정하고 있다. 재정경제원장관이 정하는 연구활동비에 대한 96년 소득세 비과세 기준(재정경제원고시 제1996-7호, 96.4.23)에서는, 『소득세법시행령 제38조 제1항 제8호 가목의 규정에 의하여 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관(이하 “연구기관”이라 한다)에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다. 이하 “연구원”이라 한다)가 받는 96년도분 연구활동비로서 소득세 과세대상 급여에서 제외되는 기준금액(이하 “비과세기준”이라 한다)과 증빙서류는 다음 각호의 규정에 의한다.
1. 소득세 과세대상 급여에서 제외되는 연구활동비는 연구기관의 연구원이 당해연구기관으로부터 연구활동비 지급규정에 따라 받는 연구활동비(이하 “연구활동비”라 한다)로 한다.
2. 연구기관 연구원의 96년도 연구활동비 비과세기준은 당해 연구원의 96년도분 급여 합계액(과세대상이 되는 급여와 연구활동비를 합계한 금액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 35에 상당하는 금액을 한도로 한다. 다만, 96.4.30 이전에 퇴직한 연구원의 경우는 그 비율을 100분의 40으로 한다.
3. 96년도에 신설되는 연구기관의 연구원에 대한 연구활동비 비과세기준은 제1호 및 제2호의 규정을 준용한다(이하 생략)』라고 되어 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 공업 및 에너지기술 기반조성에 관한 법률 제15조(한국생산기술연구원의 설립) 및 동법시행령 제26조(부설기관의 설치운영)에 근거하여 설립된 한국생산기술연구원의 부설 OOOO정책연구소로서 OOOO정책연구등의 업무를 수행하는 법인이며, 소득세법시행령 제38조 제1항 제8호에서 정한 특별법에 의하여 설립된 정부출연 연구기관이므로 쟁점급여가 비과세되는 연구활동비에 해당하는지에 대하여 살펴본다. 청구법인의 급여규칙 제1장 제4조 제1항 제2호 및 제2항 제2호에서, 임원 및 직원의 연구활동비는 기본연구활동비, 능률제고수당 및 성과급으로 규정하고, 급여규칙시행세칙 제4조 제2항에서, 연구활동비중 『임직원의 성과급은 연구상여금, 체력단련비, 추석상여금, 월동보조비 및 특별성과급으로 구분하며, 지급시기, 지급율 및 지급방법은 소장이 정하는 바에 따른다』라고 규정하고 있으므로 쟁점급여가 연구활동비 지급규정에 의하여 지급되었음이 확인된다. 청구법인은 청구법인소속 연구원에게 지급한 쟁점급여는 전시 법령 및 청구법인의 내부규정과 재정경제원 고시에 따라 적정하게 지급되었으므로 청구법인이 지급한 쟁점급여는 비과세연구활동비로서 보아야 한다는 주장이나, 관련법 규정에서 연구활동비를 근로소득에서 제외토록 한 취지는 연구활동에 소요된 경비를 보전하기 위한 것이므로 소득세가 비과세되는 연구활동비는 연구기관의 연구활동비 지급규정에 의하여 지급되는 것으로서 연구활동에 직접 소요되는 비용에 대한 보조비인 연구활동비 및 연구원에 대한 직접 보상비용으로 지급되는 성과급·능률급 등의 연구활동비는 포함되는 것이나, 일반적인 수당성격의 급여인 자가운전비, 효도휴가비, 통근비, 월동보조비 등은 연구활동비로 볼 수 없다고 할 것(재경경제원 소득 46073-121, 96.8.27 같은뜻임)이므로 청구법인이 연구원에게 지급한 체력단련비, 월동보조비, 추석상여금 등 쟁점급여는 연구활동에 대한 직접 보상비용으로 지급하였다고 보기 어렵고 일반적인 수당성격의 급여에 해당된다고 보아야 할 것이다. 또한 쟁점급여중 연구상여금은 청구법인이 95년도까지는 연구활동비가 아닌 수당(인세티브)으로 지급하다가 96년도부터 연구활동비 지급규정에 따라 연구상여금 명목으로 지급한 것으로서 동 연구상여금이 성과급이라면 연구성과 또는 실적에 따라 차등지급하여야 함에도 일률적으로 기본급 20%를 지급하여 명칭만 연구상여금이지 연구활동에 따른 직접 보상비용으로 볼 수 없으므로 이 또한 일반적인 수당성격의 급여에 해당된다고 보아야 할 것이다. 위와 사실을 종합해 볼 때, 쟁점급여는 연구활동비 지급규정상 성과급으로 지급되었지만 연구성과에 대한 직접보상비용으로 지급되는 연구활동비가 아닌 일반적인 수당성격의 급여로 봄이 타당할 것이므로 소득세법 시행령 제38조 제1항 제8호에서 정한 비과세되는 연구활동비에서 제외하고 과세되는 근로소득으로 보아 과세한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
- 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.