청구법인이 당초 물류센타 전체를 과세사업과 면세사업에 사용하기로 계획하였다가 과세사업(부동산임대업)에만 사용하는 것으로 변경한 날이 농협중앙회 회장의 결재일(1997.6.20)인지, 이사회의결일(1998.8.27)인지, 농림부장관의 운영주체 변경승인일(1997.10.11)인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 직영(과세사업 및 면세사업 겸영)할 계획으로 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO외 2필지 대지 20,420평에 지하1층 및 지상3층 건물 17,932평(이하 “쟁점물류센타”라 한다)을 1996.2.14 착공하고 1996.12.6 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받아 96년 제2기 확정신고 및 97년 제1기 예정신고시 당초 과세사업과 면세사업의 예정사용면적의 비율(과세 40%, 면세 60%)을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 동 과세기간의 부가가치세 매입세액을 환급 받았으나, 97년 제1기 확정신고시에는 1997.6.20 청구법인이 쟁점물류센타 전체를 자회사인 청구외 (주)OO유통에 임대하여 운영하는 것을 내용으로 하는 쟁점물류센타 운영방안에 관한 회장의 결재에 따라 동 과세기간 중 청구법인이 감각상각자산을 취득함에 따라 발생한 매입세액 1,024,730,647원(이하“쟁점환급세액”이라 한다) 전액을 환급신고하였다. 처분청은 쟁점환급세액에 대하여 청구법인이 97년 제1기 확정신고기한내에 쟁점물류센타 운영방안에 대한 이사회결의를 거치지 아니하였을 뿐만 아니라 농림부장관의 승인도 받지 아니하였으므로 과세사업과 면세사업을 겸영하기로 한 당초 사업계획의 변경이 없었던 것으로 보아 97년 제1기 예정신고 당시의 총예정사용면적 중 과세사업과 면세사업의 예정사용면적의 비율(과세41.6%, 면세58.4%)에 따라 97년 제1기 확정신고 과세기간의 면세사업에 관련된 매입세액 600,288,000원과 청구법인이 신고한 쟁점환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하였다 하여 그 초과한 환급세액에 대한 100분의 10에 상당하는 신고불성실가산세 60,028,800원을 쟁점환급세액에서 각각 공제한 후 1997.10.6 청구법인에게 364,413,840원을 환급하였다가, 1998.1.25 청구법인이 부가가치세법 시행령 제61조의2의 규정에 의하여 97년 제2기 확정신고시 공통매입세액의 정산을 처분청에 경정청구(96년 제2기 확정분 598,819,140원, 97년 제1기 예정분 82,578,900원, 97년 제2기 확정분 660,316,800원 환급)함에 따라 1998.4.1 처분청은 97년 제2기 확정분의 신고불성실가산세 60,028,800원을 제외한 나머지 금액을 청구법인에게 추가로 환급하였다. 청구법인은 이에 불복하고 1997.11.10 심사청구를 거쳐 1998.3.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인이 직영할 계획(과세, 면세 겸영)으로 쟁점물류센타를 건축하던 중에 97년 제1기 확정신고시 쟁점물류센타 전체를 자회사인 청구외 (주)OO유통에 임대하는 것으로 쟁점물류센타 운영계획을 변경하였으므로 97년 제1기 확정신고 과세기간 중에 청구법인이 신고한 쟁점환급세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 해당하고, 따라서 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과한 것으로 보아 신고불성실가산세를 쟁점환급세액에서 공제함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점환급세액 관련 97년 제1기 확정신고 과세기간 내에 쟁점물류센타의 운영주체의 변경에 관하여 청구법인의 이사회결의나 농림부장관의 승인을 거친 사실이 없으므로 동 과세기간 중에 쟁점물류센타의 임대가 확정된 것으로는 볼 수 없고, 따라서 총예정사용면적 중 과세사업과 면세사업에 사용할 당초 예정사용면적의 비율은 그 변동이 없다 할 것이므로 청구법인은 공통매입세액의 정산절차와는 관계없이 97년 제1기 확정신고 당시에는 97년 제1기 예정신고시 적용한 예정사용면적의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하여 환급신고하여야 함에도 쟁점물류센타 전체가 과세사업에 사용되는 것으로 보아 쟁점매입세액을 환급신고함에 따라 신고한 환급세액이 세법상 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고하였으므로 그 초과하여 신고한 환급세액에 대하여 신고불성실가산세를 부과한 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 당초 쟁점물류센타 전체를 과세사업과 면세사업에 사용하기로 계획하였다가 과세사업(부동산임대업)에만 사용하는 것으로 변경한 날이 OO중앙회 회장의 결재일(1997.6.20)인지, 이사회의결일(1998.8.27)인지, 농림부장관의 운영주체 변경승인일(1997.10.11)인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

(1) 부가가치세법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항, 제4항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 원칙적으로 그 공급가액의 비율에 의하여 안분계산하며, 당해 과세기간 중 공급가액이 없거나 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 우선 적용하여 안분계산한다고 규정하면서 같은법시행령 제61조의2(공통매입세액의 정산)에서는 사업자가 예정사용면적의 비율에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 산식에 의하여 정산하고 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다고 규정하고 있다.

• 다 음 - 제61조 제4항 제3의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우 가산 또는 공제되는 세액 = [ 총 공통매입세액 ×

(2) 한편, 부가가치세법 제22조(가산세) 제5항은 사업자가 부가가치세 예정 및 확정신고시 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있으며, 농업협동조합법 제148조의 2 제2항 및 농업협동조합정관 제47조 제1항에서는 이사회의결사항으로 기구 및 조직에 관한 사항, 총회로부터 위임된 사항, 기타 회장이 필요하다고 인정하는 사항등을 규정하고 있고, 농업협동조합법 제148조 제4항 및 농업협동조합법정관 제50조 제2항에서 회장은 총회가 건의한 사항을 이사회에 부의하여 처리하여야 하며 중앙회의 경영목표설정, 중·장기사업계획, 독립사업부간의 업무조정 등 중앙회 운영전반에 관한 기본적인 사항으로서 이사회의 의결을 거친 사항을 처리하도록 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

(1) 먼저 사실관계를 본다. (가) 1994.12.8 청구법인은 쟁점물류센타를 직영(과세사업 및 면세사업 겸영)하는 것으로 그 운영방안을 내부적으로 확정하고 쟁점물류센타를 신축하는 중인 1996.12.4 처분청으로부터 도소매 및 부동산임대를 업종으로 하여 사업자등록증을 교부받아 96년 제2기 확정신고 및 97년 제2기 예정신고시 총예정사용면적 중 과세 및 면세에 관련된 당초 예정사용면적의 비율(과세41.6%, 면세 58.4%)에 따라 공통매입세액을 안분계산하여 과세사업에 관련된 매입세액을 환급신청하자 처분청은 청구법인의 신청대로 환급하였으며 (나) 청구법인이 쟁점물류센타 전체를 직영하는 당초의 운영방안을 자회사인 청구외 (주)OO유통에 임대(쟁점물류센타 전체를 과세사업에만 사용)하여 청구외 (주)OO유통이 전담운영하는 것으로 변경하는 쟁점물류센타 운영방안에 관한 1997.6.20자 회장의 결재(제177호)에 근거하여 97년 제1기 확정신고시 쟁점매입세액을 환급신청하자, 처분청은 쟁점물류센타 운영방안 변경에 관한 1997.6.20자 회장의 결재(제177호)를 청구법인이 쟁점물류센타 전체를 과세사업에 사용하기로 확정한 근거로 볼 수 없다 하여 97년 제1기 예정신고 당시의 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 청구법인에게 매입세액을 환급하였고 (다) 97년 제2기 확정신고시 청구법인이 부가가치세법시행령 제61조의2의 규정에 의하여 공통매입세액의 정산을 경정청구(96년 제2기 확정분 598,819,140원, 97년 제1기 예정분 82,578,900원, 97년 제2기 확정분 660,316,800원 환급청구)함에 따라 1998.4.1 처분청은 97년 제2기 확정분의 신고불성실가산세 60,028,800원을 제외한 매입세액 전액을 정산하여 청구법인에게 추가로 환급하였으며 (라) 1997.8.27 청구법인은 쟁점물류센타 임대운영방안을 이사회에 부의하여 그 의결을 받은 후 1997.10.11 농림부장관으로부터 쟁점물류센타 운영주체 변경승인을 받은 사실이 부가가치세 환급신고서, 쟁점물류센타 운영방안에 관한 청구법인 회장의 결재서류(제177호), 이사회 회의록, 농림부의 공문(유정51160-409, 97.10.11) 등 관련기록에 의하여 각각 확인된다.

(2) 97년 제1기 확정신고시 청구법인이 신고한 쟁점환급세액에 대하여 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 본다. (가) 전시한 농업협동조합법과 정관을 보면 청구법인의 회장은 청구법인의 운영전반에 관한 기본적인 사항에 대하여는 이사회의 의결을 거쳐 처리를 하도록 규정하고 있고, 이사회의 의결을 받아야 할 사항에는 회장이 필요하다고 인정하는 사항도 규정하고 있는바, 위 사실관계에서 본 바와 같이 1997.6.20 청구법인의 회장이 결재한 쟁점물류센타 임대운영에 관한 안이 이사회에 부의되어 1997.8.27 그 의결을 받은 사실이 있는바, 그 임대운영방안에 대한 회장의 결재는 업무집행기관이 이사회의 의결을 받기 위하여 안을 마련한 것으로 보는 것이 타당하고 (나) 청구법인이 국고보조금으로 건설한 쟁점물류센타를 누가 운영할 것이냐 하는 것은 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에서 정하고 있는 쟁점물류센타 설치목적의 달성에 관련된 중요한 사항이므로 청구법인의 회장이 이사회로부터 위임받아 독자적으로 의사결정할 수 있는 일상적인 업무로 보기는 어렵고 관련규정에 의하여 이사회의 의결을 받아야 할 기본적인 사항으로 인정된다 할 것이므로, (다) 쟁점물류센타의 임대운영방안은 청구법인의 업무집행에 관한 의사결정기관인 이사회의 의결에 의하여 비로소 확정되고, 따라서 쟁점물류센타의 총예정사용면적 중 과세사업과 면세사업에 각각 사용될 면적은 이사회의 의결일인 1997.8.27에 확정된다고 봄이 타당하다 할 것이다. (라) 위와 같이 청구법인이 쟁점물류센타 전체를 자회사인 청구외 (주)OO유통에 임대하여 과세사업에만 사용하기로 그 운영계획을 변경한 날을 이사회의 의결일인 1997.8.27(이 날은 1997년 제2기 예정신고 과세기간이다)로 보는 경우에는 청구법인이 1997년 제1기 확정신고시 쟁점물류센타의 총예정사용면적을 과세사업에만 사용하는 것으로 하여 신청한 쟁점환급세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고한 것이므로 이에 대하여 청구법인에게 신고불성실가산세를 적용한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.