[요지] 건물의 대지로 하여 .3.24 건축허가를 받아 .8.25 준공한 사실이 확인되며, 청구인은 건물이 준공된 후 토지③을 취득하였고 토지③은 건물의 대지가 아닐 뿐만 아니라 청구인이 취득한 시기도 건물이 준공된 후이므로 토지③도 건물의 부속토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없음
[요지] 건물의 대지로 하여 .3.24 건축허가를 받아 .8.25 준공한 사실이 확인되며, 청구인은 건물이 준공된 후 토지③을 취득하였고 토지③은 건물의 대지가 아닐 뿐만 아니라 청구인이 취득한 시기도 건물이 준공된 후이므로 토지③도 건물의 부속토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없음
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 사실 및 처분개요 청구인은 86.10.15 경기도 군포시 OO동 OOOOO 전 2,886㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 같은동 OOOOOO 전 2,354㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다)를 취득하고, 87.9.14 같은동 OOOOOO 답 416㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다)를 취득하여 94.9.29 위 쟁점토지들 전부를 청구외 OOO에게 양도하였다. 처분청은 94.6.30 고시된 쟁점토지들의 개별공시지가에 의하여 96.3.15 청구인에게 94년 귀속 양도소득세 548,614,480원을 결정고지하였다. 그후 청구인은 97.4.9 쟁점토지들의 실지거래가액에 관한 증빙을 처분청에제출하였다. 처분청은 쟁점토지②의 94년 개별공시지가 95.9.22 경정(183,000원/㎡ -▶337,000원/㎡)된 사실을 확인하고 그 경정된 개별공시지가에 의하여 97.10.23 같은 양도소득세 144,045,910원을 추가 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.10.31 심사청구를 거쳐 98.2.12 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장
3. 국세청장 의견
4. 심리 및 판단
(1) 기준시가에 의하여 양도소득세를 경정결정한 처분의 당부
(2) 95.9.22 경정된 94년 개별공시지가를 적용한 처분의 당부
(3) 쟁점토지③이 장기보유특별공제 대상인지 여부
(1) 소득세법시행령(95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제166조 (양도차익의 산정) 제4항 제3호는 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있으며, 같은 영 부칙 제1조는 “이 영은 96.1.1부터 시행한다”고 규정하고 있고, 그 제8조(양도소득에 관한 적용례) 제2항은 “제166조의 개정규정은 이 영 시행후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용한다”고 규정하고 있다.
(2) 소득세법시행령(94.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제115조(기준시가의 결정) 제1항 제1호 가목은 토지의 경우에는 개별공시지가를 기준시가로 규정하고 있고, 그 제6항은 제1항 제1호를 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있다.
(3) 같은 영 제46조의 3(장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지)은 나대지에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구인은 처분청이 96.3.15 기준시가에 의하여 쟁점토지들에 대한 양도소득세를 결정할 때까지 증빙을 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 처분청에 신고한 바 없으므로 처분청이 96.3.15 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정고지한 데에는 달리 잘못이 없다 할 것이다. (나) 한편 청구인은 그후 97.4.9 실지거래가액에 관한 증빙을 처분청에 제출하였으나, 그 제출은 이미 처분청이 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정고지한 후이므로 효력이 없는 것이라 할 것이다. (다) 그리고 처분청이 당초 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정한 것이 정당한 이상 그 다음에 기준시가 적용상의 오류를 수정하여 경정결정을 함에 있어서도 그 양도차익의 산정방법은 마찬가지로 기준시가에 의하는 것이며, 이는 청구인이 적법한 제출기한이 경과한 후에 실지거래가액에 관한 증빙을 제출하였다하여 달리할 것이 아니다. 따라서 처분청이 96.3.15 당초 결정시 확정된 기준시가에 의한 양도차익의 산정방법으로 쟁점토지②의 개별공시지가 적용상의 오류만을 수정하여 97.10.23 경정결정을 한 처분에는 잘못이 없다 할 것이다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 쟁점토지②의 94년 개별공시지가는 당초 94.6.30 결정고시(183,000원/㎡)되었다가 95.9.22 경정(337,000원/㎡)되었다(경정사유: 군포시의 개별공시지가 회시공문 및 과년도 경정필지 심의조서에 의하면, 인근지가와 균형이 맞게 조정하기 위하여 경정한 것임. 93년 개별공시지는 355,000원/㎡이었음). (나) 9도 9.22 경정한 지가는 새로운 개별공시지가가 아니라 당초 94.6.30 고시한 94년 개별공시지가를 수정한 것이므로, 그 경정으로 인하여 경정전의 개별공시지가는 소급하여 그 효력을 상실하고 경정후의 개별공시지가가 소급하여 그 효력을 발생하는 것이라 할 것이다(국심 95구 666, 95.5.29, 대법원 93누 16925, 93.12.7 같은 뜻임). (다) 따라서 처분청이 그 경정된 쟁점토지②의 94년 개별공시지가에 의하여 양도소득세를 경정한 처분은 정당하다 할 것이다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 쟁점건물의 건축물대장에 의하면 쟁점건물은 청구외 (주)OO산업이 청구인 소유인 군포시 OO동 OOOOO 전 272㎡(쟁점외 토지, 92.4.2 OOOO공사 수용), 쟁점토지① 및 쟁점토지②를 쟁점건물의 대지(쟁점토지③은 쟁점건물의 대지 아님)로 하여 87.3.24 건축허가를 받아 87.8.25 준공한 사실이 확인되며, 청구인은 쟁점건물이 준공된 후인 87.9.14 쟁점토지③을 취득하였다. (나) 따라서 쟁점토지③은 쟁점건물의 대지가 아닐 뿐만 아니라 청구인이 취득한 시기도 쟁점건물이 준공된 후이므로 쟁점토지③도 쟁점건물의 부속토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없다 할 것이다.