처분청이 법인세경정결정시 추가로 공제하여 준 임시특별세액감면액에 대하여 청구법인은 동액에 상당하는 기업합리화적립금을 법인세경정결정일이 속하는 사업년도의 법정신고기한 내에 적립하지 못하고 수정신고기한 내에 추가 적립하여 수정신고한 데 대하여 처분청이 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립 사항은 수정신고 대상이 아니라 하여 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부(취소)

[참조결정] 국심1996부1249

[주 문] 강남세무서장이 97.9.18 청구법인에게 결정고지한 96.1.1～ 96.12.31 사업년도분 법인세 20,120,040원의 과세처분은 이를

[이 유]

1. 처분개요 처분청이 주식회사 OOOO(이하 “청구법인”이라 한다)에 대하여 94.1.1～94.12.31 사업년도(이하 “94사업년도”라 한다) 및 95.1.1～95.12.31 사업년도(이하 “95사업년도”라 한다)의 법인세조사를 하여 소득금액이 증가·감소함에 따라 법인세의 감면세액이 94사업년도는 18,290,950원이 증가하였고 95사업년도는 4,581,509원이 감소하였다. 청구법인은 94, 95사업년도의 법인세의 감면세액의 증감에 따라 법인세 경정일이 속하는 96.1.1～96.12.31사업년도(이하 “96사업년도”라 한다)의 법인세 과세표준신고시의 부속서류인 이익잉여금 처분계산서에 96사업년도분의 중소제조업에 대한 특별감면세액 상당액인 129,293,339원을 기업합리화적립금으로 적립하였으나, 94, 95사업년도분 법인세감면액의 증감에 따른 감면요건에 해당하는 추가로 적립하여야 할 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 97.7.25 94사업년도분 기업합리화적립금 18,290,950원을 추가로 적립하여 97.8.27에 96사업년도분 법인세 과세표준수정신고를 하였다. 처분청은 기업합리화적립금의 추가적립은 법인세 과세표준신고 대상이지 수정신고 대상이 아니라 하여 청구법인이 신고한 96사업년도분 법인세 과세표준수정신고서상의 추가로 적립된 기업합리화적립금 18,290,950원을 인정하지 아니하고 법인세조사에 따른 소득금액 증가분에 대한 94사업년도분 법인세감면액 18,290,950원의 감면을 배제하고 97.9.18 청구법인에게 96사업년도분 법인세 20,120,040원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 대한 불복으로 97.11.13 심사청구를 거쳐 98.2.4 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 조세감면규제법상의 기업합리화적립금의 적립은 세액감면을 받기 위한 사전 요건이 아니고 감면받은 후 이익금 처분시 이행하여야 할 사후 요건으로서 당초 94, 95사업년도분 법인세 신고시에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우 국세기본법에서 정한 수정신고 기한내에 미적립액을 추가로 적립하고 관계서류를 첨부하여 수정신고를 하는 경우에는 적법한 것으로서 이에 대하여는 수많은 국세청예규, 국세심판결정례, 대법원판례가 있는 데도 불구하고 청구법인이 기업합리화적립금을 추가로 적립하여 신고한 96사업년도분 법인세 수정신고를 인정하지 아니하고 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다는 이유로 94사업년도분 법인세감면을 배제하고 추징한 것은 부당하므로 이를 취소하여야 한다. 이 건 경정일이 속하는 96사업년도에 추가 적립하여야 할 기업합리화적립금은 증가된 94사업년도분 18,290,950원과 감소된 95사업년도분 4,581,509원으로 이를 가감한 13,709,441원이 경정일이 속하는 96사업년도에 추가로 적립할 금액이지만 청구법인은 96사업년도분 법인세 수정신고를 하면서 94사업년도분 18,290,950원은 96사업년도에 추가로 적립하였고 감액된 95사업년도분 4,581,509원은 감액적립하지 아니한 결과로 95사업년도 및 96사업년도에 각각 4,581,509원을 초과하여 기업합리화적립금을 적립하였지만 초과분은 임의적립금에 해당하는 것으로 청구법인이 추가 적립한 기업합리화적립금은 관련 법령의 규정에 의한 금액보다 적게 적립한 것이 아니므로 기업합리화적립금에 상당하는 법인세감면액이 사외에 유출될 수 없는 것으로 추징사유에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 처분청은 청구법인의 94, 95사업년도분 법인세를 96.10월 경정결정하면서 94사업년도분의 중소제조업에 대한 임시특별세액감면액 18,290,950원을 추가 공제하였으나 청구법인이 법인세신고기한 내에는 동 감면세액 상당액을 96사업년도분 이익잉여금처분시 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였으나 97.7.25 임시주주총회에서 96사업년도분의 미처분이익잉여금중 18,290,950원을 기업합리화적립금으로 추가 적립한다는 의결을 거쳐 97.8.27 법인세 수정신고를 한 사실이 처분청에 접수된 수정신고서에 의거 확인되고 있고, 95사업년도분에 대하여 중소제조업에 대한 특별세액감면 4,581,509원이 감소되었음이 결정결의서에 의거 확인된다. 기업합리화적립금의 추가적립사항이 수정신고 대상인지 여부에 대하여 보면 재정경제원의 예규(기법 46019-125, 97.4.2)에 “세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립사항은 수정신고의 대상이 아님”이라고 규정하고 있어 기업합리화적립금을 추가 적립하여 수정신고한 청구법인의 수정신고는 적법한 수정신고로 볼 수 없고, 또한 기업합리화적립금의 과소적립액을 다음 사업년도의 과다적립액과 상계처리가 가능한지 여부에 대하여 살펴보면, 조세감면규제법 기본통칙 123-0…2에 “법 제123조 규정에 의하여 적립하여야 할 금액을 초과하여 적립한 기업합리화적립금은 임의적립금으로 본다. 다만, 법 제121조의 규정에 의하여 다음 사업년도에 공제세액을 이월하여 적용 받는 경우에 당해 임의적립금을 주주총회에서 기업합리화적립금으로 재처분한 때에는 적법한 기업합리화적립금으로 본다”라고 규정하고 있어 95사업년도의 중소제조업 특별세액감면액의 감소로 인하여 과다계상된 기업합리화적립금은 임의적립금으로 보아야 하므로 과소계상된 94사업년도의 기업합리화적립금과 상계한 차액이 기업합리화적립금 적립대상이라는 청구주장은 인정할 수 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 처분청이 법인세경정결정시 추가로 공제하여 준 임시특별세액감면액에 대하여 청구법인은 동액에 상당하는 기업합리화적립금을 법인세경정결정일이 속하는 사업년도의 법정신고기한 내에 적립하지 못하고 수정신고기한 내에 추가 적립하여 수정신고한 데 대하여 처분청이 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립 사항은 수정신고 대상이 아니라 하여 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제91조 제1항에서 제15조의3(중소제조업에 대한 임시특별세액감면) 등의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제 받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고, 제2항에서 “제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제65조 제1항은 “법 제91조 제2항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 경우’라 함은 다음의 경우를 말한다”고 하고 그 제1호에서 “기업회계상 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우”를, 그 제2호에서 “내국법인이 당해 과세년도에 결산확정일(법인세법 제26조 제3항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우”를 규정하고 있고, 제2항은 “제1항 제1호에서 처분가능이익이라 함은 당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해 과세년도의 이익준비금을 공제한 금액을 말한다”라고 규정하고 있고, 제3항은 “제1항의 규정에 있어서는 그 다음 사업년도의 이익금처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다”라고 규정하고 있다.

(2) 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제92조 제1항에서는 제91조 제1항에 규정하는 소득공제·세액공제·세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 면제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제 받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다고 규정하고 각호 중 제1호에서는 법 제91조의 기업합리화적립금을 동조 제3항에 규정된 방법(이월결손금의 보전, 자본에의 전입)에 의하지 아니하고 처분한 때를 규정하고 있다.

(3) 한편 국세기본법(1994.12.22 법률 제4810호로 개정된 것) 제45조 제1항에서 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다”고 규정하고 그 제1호에서 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때”를 규정하고 있으며, 같은법 부칙 제1조에서 “이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하고 제5조에서 “제45조 및 제49조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 청구법인(자동제어장치를 제조하는 중소제조업체로서 법인세에 대한 임시특별세액 감면대상업체임)은 96년도중 법인세조사시 94사업년도 법인세감면액이 18,290,950원(당초 법인세감면액 97,376,206원이며 동액의 기업합리화적립금을 적립하였음) 증액되었고 95사업년도에는 4,581,509원(당초 법인세감면액 110,035,614이며 동액의 기업합리화적립금을 적립하였음)이 감소되었는 바, 청구법인은 96사업년도 이익잉여금 처분계산서상 96사업년도분 법인세감면액 129,293,339원만을 기업합리화적립금으로 적립하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가 97.7.25 임시주주총회 의결을 거쳐 94사업년도분으로 증액된 감면세액 18,290,950원을 기업합리화적립금으로 추가적립하고 97.8.27 수정신고하였음이 확인된다.

(2) 처분청은 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가 적립사항은 수정신고대상이 아니라는 재경원 예규(기법46019-125, 97.4.2)에 의하여 청구법인이 처분청의 조사에 의하여 94, 95사업년도분 법인세 감면액 증가분에 대하여 94사업년도분 당해 감면세액 증가분상당액의 기업합리화적립금을 적립하지 아니하고 법인세를 신고하였다가 주주총회의 의결로서 해당 기업합리화적립금을 추가로 설정하여 수정신고한 것은 적법하게 기업합리화적립금을 설정한 것이 아니라 하여 이 건 법인세를 과세하였다.

(3) 전시 조세감면규제법 제92조에서 공제·감면세액의 추징은 같은법 제91조의 기업합리화적립금을 이월결손금의 보전이나, 자본에의 전입 등의 방법에 의하지 아니하고 처분한 때 등을 규정하고 있는 바, 이는 관련세법에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립취지가 동 감면세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해 기업의 재무구조의 개선과 건실화를 도모하기 위한 것(국심 96부1249, 97.4.14 외 다수)이라고 할 것이므로 내국법인이 공제·감면을 받은 세액에 상당하는 금액을 당해 사업년도에 기업합리화적립금으로 적립하지는 않았으나 그 공제·감면세액에 상당하는 금액을 사외로 유출하지 않은 상태에서 그 다음 사업년도에 기업합리화적립금을 적립한 경우에는 당해 사업년도에 적립하지 아니하였다 하여 공제·감면세액을 추징할 수는 없다고 할 것이다(국심 94서 2222, 94.11.28: 같은 뜻임).

(4) 청구법인의 96사업년도 이익잉여금처분계산서를 보면, 당기순이익이 1,835,654,866원이고 이익잉여금 처분액을 569,293,339원(이익준비금 40,000,000원, 96사업년도 법인세 감면세액에 대한 기업합리화적립금 129,293,339원 및 현금배당 400,000,000원)으로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가 97.4.2 임시주주총회를 개최하여 현금배당 400,000,000원을 취소하였고, 처분청이 96년도중 법인세조사시 직권으로 공제하여 준 94사업년도분 감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 96사업년도 법인세 신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 사실을 알고 이를 바로 잡기 위하여 97.7.25 임시주주총회를 개최하여 당초 96사업년도분 이익잉여금처분중 이익준비금으로 처분했던 40,000,000원을 취소하고 94사업년도분 감면세액에 상당하는 기업합리화적립금 18,290,950원을 추가로 이익잉여금처분액으로 수정하여 결국 96사업연도분 기업합리화적립금으로 147,584,289원만을 적립하여 조세감면규제법 제108조에 의한 처분가능이익[당기순이익 - (이월결손금 + 이익준비금)]을 사외에 유출함이 없이 94사업년도분 추가감면세액 18,290,950원만을 기업합리화적립금으로 추가 적립한 사실이 확인되고 있다.

(5) 처분청은 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 추가적립사항은 수정신고 대상이 아니고 94사업년도분 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 추가로 설정하여 수정신고한 것은 적법하게 기업합리화적립금을 설정한 것이 아니라 하여 법인세를 추징하였는 바, 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 처분가능이익을 사외에 유출하지 아니하고 정당한 절차에 따라 기업합리화적립금을 적립하였다 할 것이고, 기업합리화적립금을 적립하여 한 수정신고가 국세기본법 제45조와 제45조의 2 및 전시 재경원 예규와 같이 과세표준이나 세액의 증감사항이 아니어서 수정신고나 경정청구 등의 대상이 아니라 할지라도 과세처분 전에 이미 공제·감면 받은 세액 등의 추징을 면하기 위하여 부득이 수정신고의 형태로 처분청에 이와 같은 사실을 알린 것이어서 과세관청은 이미 공제 받은 세액을 추징할 수 없다고 할 것(대법원 95누 17014, 96.2.23, 국심 98중 504, 98.10.1 같은 뜻임)이므로 처분청이 전시 재경원 예규의 내용에서 기업합리화적립금의 추가적립이 수정신고대상이 아니다라는 의미를 내국법인이 기업합리화적립금을 당해 사업년도에 적립하지 아니하면 이를 추징하는 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 관계법령을 오해한 처분으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.