사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

○○○세무서장이 1998.7.20. 청구인에게 결정고지한 1998년 제1기분 부가가치세 4,090,000원의 부과처분은 매입세액 40,900,000원을 매출세액에서 추가로 공제하여 세액을 경정한다.

청구인은 청구외 ○○○선박 ○○○로부터 기선 ○○○, 부선 ○○○를 매입하고 1998.1.5.자로 작성된 세금계산서(공급가액 153,000,000원, 세액 15,300,000원)와 기선 ○○○(이하 ○○○ 및 부선 ○○○를 포함하여 "쟁점선박"이라 한다)를 매입하고 1998.1.7.자로 작성된 세금계산서(공급가액 256,000,000원,세액 25,600,000원, 이상2건의 세금계산서를 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 1998년 제1기 부가가치세 예정신고시 환급신고하였다. 처분청은 이 건 신고에 대하여 쟁점선박의 거래시기를 소유권이전등기일인 1997.12.15.로 보아 소유권이전등기후에 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 1998.7.20. 청구인에게 1998년 제1기 부가가치세 4,090,000원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.9.9. 심사청구를 거쳐 1998.11.12. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 청구외 ○○○에 대하여 300,000,000원의 채권이 있어 이를 확보할 목적으로 쟁점선박에 대하여 소유권이전등기를 하였고 이는 양도담보에 해당하는 것으로 부가가치세법상의 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 단순히 소유권등기 이전일자만으로 공급시기를 판단하는 것은 부당하다. 쟁점선박의 공급시기는 재화가 인도되는 때로서 청구외 ○○○이 쟁점선박을 1997.12.31. 및 1998.2.12.까지 운영수익하였음이 입출항계출증명원과 매출세금계산서에 입증되고 청구인이 1998년 제1기에 쟁점선박을 인도받았으므로 세금계산서의 작성일자와 인도받은 공급시기가 다를 지라도 동일 과세기간에 해당하므로 이건 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 잔금청산일이전에 소유권이전등기를 한 경우 쟁점선박의 공급시기는 전시한 부가가치세법 제9조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 쟁점선박을 이용가능하게 되는 때인 것이고, 이 경우 이용 가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일로 하되, 소유권이전등기일과 실제인도일이 다른 경우에는 실제인도일을 이용 가능하게 되는 때로 볼 수 있는 것(같은 뜻: 부가 00000-0000,1995.10.26.)이나, 이 건의 경우 청구인이 쟁점선박을 취득함에 있어 제시한 매매계약서상 잔금일에 대하여 구체적이고 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되지 아니하며, 쟁점선박을 매매를 원인으로 1997.12.15. 소유권이전등기한 사실이 확인되는 반면에 쟁점선박을 양도담보목적으로 청구인 명의로 소유권이전등기하였다는 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙서류를 전혀 제시하지 못하고 있어 부가가치세법상 제6조 제6항이 규정하는 양도담보로 소유권이전이 제공되었다고 볼 수 없다 할 것이다. 그렇다면 쟁점선박의 공급시기는 청구인과 청구외 ○○○이 거래당사자간의 매매를 원인으로 쟁점선박을 취득하여 실제적으로 이용가능하게 되는 때인 소유권이전등기일(1997.12.15.)로 봄이 타당하다 판단되므로 처분청이 쟁점선박의 공급시기를 과세기간을 달리하여 1998.1.5., 1998.1.7.자로 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제6조 제1항 에서 "재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다"고 규정하고 제6항에서 "재화를 담보로서 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다"라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제17조 제1항에서 "법 제6조 제6항에 규정하는 담보의 제공은 질권·저당권 또는 양도담보의 목적으로 동산·부동산 및 부동산의 권리를 제공하는 것을 말한다"'라고 규정하고 있다. 같은법 제9조 제1항에서 "재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때"라고 규정하고 있고, 제3항에서 " 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다"고 규정하고 있다. 같은법 제16조 제1항에서 "납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 때에는 같은법 제9조에 규정하는 시기에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성년월일 등을 기재한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부"하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제1의2에서는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다"고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제60조제2항 제2호에서 "당해 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때는 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다"고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점선박의 공급시기를 소유권이전등기일인 1997.12.15.로 보아 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 청구인은 쟁점선박을 1998년 제1기에 인도받았으므로 세금계산서 작성일자와 인도받은 공급시기가 다를지라도 동일 과세기간에 해당하므로 이건 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인은 1997.12.15. 기선 ○○○와 기선 ○○○를 청구외 ○○○로부터 매매를 원인으로 취득하였음이 등기부등본에 나타나고 1998.2.16. 부선 ○○○를 청구외 ○○○로부터 취득하였음이 부선등록원부에 나타나 있다. 그리고 기선 ○○○에는 1998.2.21. 청구인을 채무자로 하여 채권최고액을 180,000,000원(근저당권자 ○○○)과 50,000,000원(근저당권자 ○○○)으로한 근저당권이 설정되었음이 등기부등본에 나타나 있다.

(2) 청구인이 제시한 쟁점선박의 매매계약서(1998.1.3.)를 보면 ○○○는 매매대금이 256,000,000원이고 잔금지급일이 1998.1.7.이며, ○○○와 ○○○(부선)는 매매대금이 153,000000원이고 잔금지급일이 1998.1.7.이며, 선박은 잔금지불시 인도인수 하기로 계약한 것으로 나타나 있다

(3) 한편, ○○○지방해양수산청장이 1999.1.19. 발행한 선박원부에는 1998.2.16. ○○○와 ○○○가 청구외 ○○○로부터 청구인으로 소유자가 변경되었고 부선등록원부에는 1998.2.16. 부선 ○○○가 ○○○로부터 청구인으로 소유자가 변경되었음이 나타나 있다.

(4) 또한 ○○○지방해운항만청장은 청구인이 ○○○선박(대표 ○○○)으로부터 모래 및 골재 운송용 예선2척(○○○ 및 ○○○)과 부선1척(○○○)을 인수하여 국내 연안에 신규투입코자 하는 양수신고에 대하여 1998.4.3. 수리(선박 91531-296)하고 해상화물 운송사업 면허증(면허번호 ○○○)을 교부하였음이 ○○○해양수산청장의 양수신고수리 및 해상화물운송사업 면허증에 나타난다.

(5) 그리고 ○○○지방해운항만청장이 1998.5.19. 발행한 선박입출항계출증명원에는 청구외 ○○○선박 ○○○ 소유 ○○○가 1998.2.12. ○○○항에 입항한 것으로 나타나 있으나 1998.4.8.에는 ○○○해운 청구인 소유 ○○○가 ○○○항에 입항한 것으로 되어 있고 1998.4.29.에는 ○○○해운 청구인 소유 제101대성호가 ○○○항에 입항한 것으로 나타나 있다.

(6) 청구외 ○○○선박 ○○○은 1998.2.9. ○○○ 사용료로 청구외 ○○○산업주식회사에게 교부하여준 세금계산서(공급가액 18,000,000원)와 1997.12.31. ○○○ 사용료로 청구외 ○○○와 ○○○에 교부하여준 세금계산서(공급가액 26,040,000원)를 관할세무서인 ○○○세무서장에게 부가가치세 매출신고한 바 있어 청구외 ○○○이 쟁점선박을 1998.2월까지도 운행하였음을 알 수 있다.

(7) 위 사실관계에 나타난 바와 같이 쟁점선박의 전 소유자인 청구외 ○○○이 ○○○를 1998.2.12.까지 운행한 것으로 인정되고 또한 선박원부 및 부선등록원부에 ○○○와 ○○○의 소유권이 1998.2.16. 청구외 ○○○로부터 청구인에게 이전된 것으로 등재되어 있는 점을 감안하면 ○○○와 ○○○의 등기부상 소유권이 1997.12.15. 청구인에게로 이전되었으나 당초 소유자인 청구외 ○○○이 등기부상 소유권이 이전된 후에도 1998.2.12.까지 쟁점선박을 계속 운행하다가 1998.2.16. 청구인에게 인도한 것으로 인정된다 할 것이다. 한편 쟁점선박은 물권변동의 공시방법등 법률적으로는 부동산으로 다루어지나 그 실질은 동산으로서 그 공급시기는 위에서 본 바와 같이 당해 선박의 인도일(1998.2.16.)이라 할 것이다

(8) 전시법령에서 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 공급시기로 본다고 규정하고 있는 바, 쟁점세금계산서중 ○○○의 세금계산서 교부일은 1998.1.5., ○○○와 ○○○의 세금계산서 교부일은 1998.1.7.로서 위 관련규정에 따라 쟁점선박의 본래의 공급시기보다 먼저 교부받은 정당한 세금계산서이므로 관련 매입세액은 공제되어야 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 결론 이건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.