기술 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 공업용 씰제품을 제조하는 중소기업으로 조세감면규제법(1993년도 이전의 법률) 제17조(1994년 이후에는 조세감면규제법 제9조에서 규정)에 의하여 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받은바 있는 바, 처분청은 청구법인이 기술개발촉진법 시행규칙에서 규정하는 "연구개발 전담부서"의 요건을 갖추고 있지 아니하였다 하여 청구법인이 "○○협회"에 신고하여 기업부설연구소로 인정받은 1995.9.26 이전에 청구법인이 지출한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액 37,534,470원(1993년도분 9,878,124원, 1994년도분 15,177,366원, 1995년도분 12,478,980원, 이하 "쟁점세액"이라 한다)을 부인하여 1993사업연도 법인세 15,112,540원, 1994사업연도 법인세 21,557,930원, 1995사업연도 법인세 16,362,430원 합계 53,032,600원)을 1998.6.2 청구법인에게 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.7.27 심사청구를 거쳐 1998.11.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 기술 및 인력개발비 세액공제는 1982년 이후 시행된 것으로 1998.3.21 조세감면규제법 시행규칙 제7조의 개정으로 연구개발 전담부서를 과학기술부장관에게 신고하는 것으로 개정하였으나, 동 부칙 제2조에서 법인세법에 관한 개정규정은 1998.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다라고 하고 있으므로 십수년동안 전담부서의 신고여부를 법 적용의 기준으로 삼은바 없다가 위 규정을 소급하여 적용하여 쟁점세액을 공제하지 아니함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에서 규정하는 전담부서의 요건을 갖춘 경우에 적용하는 것이며, 과학기술부장관(위임받은 한국산업진흥기술협회장 포함)에게 전담부서를 신고하지 아니한 경우에는 기술 및 인력개발비 세액 공제대상 전담부서에 해당하지 아니하는 것으로 해석(재경부 조예 46019-139, 1998.4.19 법인 46012-474, 1995.2.22)하고 있으므로 청구인 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 과학기술부장관 등에게 신고하지 아니한 연구개발부서에서 지출한 비용이 기술 및 인력개발비 세액공제 대상인지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1993년도 이전에는 조세감면규제법 제17조, 같은법 시행령 제14조 및 같은법 시행규칙 제6조에서 "기술 및 인력개발비에 대한 세액공제"를 규정하고 있었으나, 1994년도 이후에는 조세감면규제법 제9조(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항 및 제2항에서 {제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하"기술 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비 지출액이 당해 과세연도의 개시일로부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균 지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다}라고 규정하고, 같은법 시행령 제9조(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제2항에서 {법 제9조 제1항에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표4의 비용을 말한다}라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제7조(기술 및 인력개발비 및 시험연구용 시설의 범위) 제1항에서 {영 별표3의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 "총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5에 규정하는 기업의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다}라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 별표4(기술·인력배라 세액공제를 받는 비용)구분란 1. 기술개발란 가. 자체기술개발에서 {①전담부서에서 근무하는 연구요원으로서 총리령이 정하는 자의 인건비 ② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 시험연구비 ③전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구용물품·기자재·장비·시설의 임차에 필요한 비용 ④(생략)}이라고 규정하고 있고, 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 에서 {영 별표1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 "총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각 호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다. 1∼3호(생략)}라고 규정하고, 제2항에서 {과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.}라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○○동 ○○○에서 "○○○화학(주)"라는 상호로 공업용 씰 제품을 제조하는 법인으로서 청구법인이 운영하는 연구개발실에 지출한 쟁점기술·인력개발비에 대하여 세액공제를 적용하고 1993∼1995사업연도 법인세를 신고한데 대하여 처분청은 청구법인의 연구개발실이 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 의 규정에 의해 과학기술부장관(위임받은 ○○협회장 포함)에게 신고하지 아니한 연구개발전담부서라 하여 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 결정고지하였음이 법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서 등에 의하여 확인된다. 기술 및 인력개발비 세액공제는 조세감면규제법 시행규칙 제7조 및 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에 규정한 연구개발전담부서에 지출한 경비 중 제한된 부분에 한하여 적용되는 것이며, 기술개발촉진법 제5조 제2항 에서는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 자에게는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 사실을 신고하도록 규정하고 있으므로 연구개발전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나 조세의 지원이 필요한 경우에는 신고하도록 규정하고 있고, 연구개발전담부서 신고 요령(과학기술부 고시 제1994-16호, 1994.11.30)에 의하면, 과학기술부장관(○○협회장)은 요건충족 여부를 확인한 후 매년 신고사항의 변경, 전년도 실적 및 당년도 사업계획을 보고 받으며 요건에 미달하거나 연구실적이 없는 경우 확인을 취소하고 있으며, 기술개발촉진법의 소관부처인 과학기술부도 연구개발전담부서가 조세지원을 받기 위해서는 과학기술부 장관의 확인을 받아야 하는 것으로 해석하고 있는 점등을 종합하여 볼 때, 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 의 규정에 의해 과학기술부장관에게 신고하고 확인받은 연구개발전담부서만을 의미한다고 할 것이므로 처분청이 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.