사실과 다른 세금계산서로 보아 환급을 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 1997.8.17. 일반사업자로 사업자등록증을 신청·교부(사업자등록번호: ○○○)받아 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○에 연건평 1,394㎡(지하1층, 지상5층)의 상가건물(이하 "쟁점사업장"이라 한다)을 신축하였다. 쟁점사업장 신축과 관련하여 청구인은 용역제공법인인 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○에 소재하는 ○○○종합건설주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 교부받은 매입세금계산서 7매(발행일자: 1997.9.2.∼1997.12.24, 공급가액: 127,272,720원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 1997년 제2기 부가가치세 확정신고 기한까지 제출하지 아니하고, 1998.4.10 경정청구를 하면서 쟁점세금계산서상의 매입세액 12,727,270원에 대한 환급신청을 하였다. 처분청은 쟁점세금계산서가 용역의 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 부가가치세를 경정(환급)할 수 없음을 1998.5.20 청구인에게 통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.6.11. 이의신청, 1998.7.30. 심사청구를 거쳐 1998.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점사업장에 임대용 건물을 신축하기 위해 청구외법인의 대표자 ○○○와 건물신축 도급계약을 체결하면서 부가가치세 신고 등 세무관계는 청구외법인에서 대행해 주기로 약속한 바 있어 청구인은 부가가치세 신고서가 세무서에 접수되면 당연히 환급이 되는 줄 알고 있었으나, 건물완공 무렵 1998.1.25.까지 제출되어야 할 쟁점세금계산서가 미제출된 사실을 알고 1998.4.10. 경정청구서를 제출하게 되었다. 청구외법인은 건축공사 착공 이후 청구인으로부터 공사대금 수령시마다 매출세금계산서를 발행하였으나, 청구외법인의 경리담당 여직원이 1997.12.26. 퇴사하면서 쟁점세금계산서를 책상서랍에 넣어둔 채 후임자에게 인계하지 아니하였다. 청구외법인의 부가가치세 환급조사와 관련하여 처분청은 청구외법인이 쟁점사업장 시설공사대금을 청구인으로부터 수령하고서도 매출세금계산서를 발행하지 아니하고 매출누락신고 하였다는 내용의 확인서를 대표자의 확인·날인없이 징취하고 이를 근거로 청구인이 경정청구시 제출한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 간주하여 청구인에게 당해 부가가치세 매입세액을 환급하지 아니하는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구외법인이 쟁점사업장에 건설용역을 제공하고 공사대금을 수령하고서도 세금계산서를 미발행하여 부가가치세 신고를 누락한 사실이 있으며, 이 부분에 대하여 처분청이 부가가치세를 경정결정한 사실이 부가가치세 환급조사서 및 부가가치세 경정결의서, 조사확인서에 의하여 확인되고, 같은 확인서의 서명·날인란에 대표이사의 업무대행자인 ○○○이사와 경리책임자 ○○○가 날인을 거부하였음이 확인된다. 먼저 처분청의 조사확인서에 대표자의 날인을 받지 아니한 사실은 신의칙에 위배된다는 청구인의 주장에 대하여 살펴보면, 세금계산서를 미발행하여 부가가치세 신고가 누락된 사실이 관련증빙에 의하여 명확하게 확인되었다면 회사대표자가 서명날인을 아니하였다고 하여 확인서의 효력에 영향을 미친다고 볼 수 없고, 또 신의칙에 위배되었다고도 볼 수 없다. 다음 정상적으로 교부받은 세금계산서를 세법지식이 부족하여 정기신고시 제출하지 못하였다는 주장에 대하여 살펴보면, 청구인은 쟁점사업장과 관련된 매입세액을 환급받을 목적으로 개업전에 일반과세자로 미리 사업자등록증을 교부받았고, 또 청구인이 용역을 공급받을 때 정상적으로 공급가액 이외에 별도로 10%의 부가가치세를 거래징수 당하였다면 이를 조기에 환급받기 위한 방법을 문의하였을 것이라는 점에 비추어 세법지식이 부족하다는 주장은 신뢰하기 어렵다. 또 청구인과 청구외법인 모두 법정신고기한 내에 부가가치세 신고서를 제출하면서 유독 쟁점세금계산서만 제출하지 아니하였고, 특히 청구인은 쟁점세금계산서를 제출하면 조기에 부가가치세를 환급받을 수 있는데도 불구하고 이를 포기하였으며, 이와 같은 사실에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점세금계산서를 사후에 교부된 세금계산서로 인정하여 부가가치세 환급을 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다

• 가. 쟁점 청구인의 임대용 부동산 신축과 관련하여 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 허용하지 않고 부가가치세 환급을 거부한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제9조 【거래시기】 제2항은『용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제22조【용역의 공급시기】 본문과 제1호 및 제2호는『법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항은 {다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액(단서규정 생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.} 규정하고 있고, 같은법시행령 제60조【매입세액의 범위】 제1항 본문과 같은항 제1호 및 제1의2호는『법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우}라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점사업장의 신축과 관련한 쟁점세금계산서를 1997년 2기 부가가치세 확정신고기한내에 제출하지 아니하고 1998.4.10. 경정청구서와 함께 제출하여 매입세액 12,727,270원의 공제 환급을 신청하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서가 용역의 공급시기 후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 부가가치세를 경정할 수 없다고 1998.5.20 청구인에게 통보하였다.

(2) 청구인은 청구외법인이 공사대금 수령시마다 세금계산서를 발행하였으나, 청구외법인의 경리담당 여직원이 책상서랍에 넣어둔 채 후임자에게 인계하지 아니하였던 것일 뿐이며 쟁점세금계산서가 용역의 공급시기에 교부된 정상적인 세금계산서인데도 불구하고, 대표자의 확인·날인도 없는 확인서에 의거 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 부당하다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 청구외법인이 세금계산서를 미발행하고 부가가치세 신고를 누락한 사실이 명확하게 확인되므로 쟁점세금계산서는 사후에 교부된 세금계산서로서 부가가치세 환급을 거부한 처분에 잘못이 없고 대표자의 서명·날인이 없더라도 확인서의 효력에는 영향이 없다는 입장이므로 이에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구외법인에 대한 1997년 제2기 부가가치세 환급 현지확인조사시 청구인의 쟁점사업장 신축건에 대한 계약과 대금수수사실을 확인하고 세금계산서 미발행으로 매출누락한 사실을 적출하였다. 이와 관련하여 처분청은 청구외법인의 대표이사 청구외 ○○○가 당시 구속중에 있어 업무대행자인 ○○○이사 및 경리책임자인 ○○○에게 세금계산서 미발행에 대한 확인을 요구하였으나, 동 ○○○이사와 경리책임자는 세금계산서 미발행을 인정하면서도 책임을 질 수 없다는 이유로 확인서에 날인을 거부한 사실이 1998.2.10자 확인서에 나타나고 있다. (나) 청구외법인에 대한 1997년 제2기 부가가치세 환급 현지확인을 담당하였던 처분청의 직세과장은 1998.3.26 "청구외법인이 조사일 이후 세금계산서를 임의 작성하여 거래처(청구인)에 교부하여 매입세액공제 신고할 우려가 있으므로 거래상대방(청구인)의 매입세액 불공제 처리가 요망"된다는 과세자료를 처분청의 부가가치세과장에게 통보하였다. (다) 청구인은 청구외법인의 당시 경리담당 여직원인 청구외 ○○○의 확인서를 제시하며, 쟁점세금계산서는 동 여직원이 책상서랍에 넣어둔 채로 있다가 1997.12.26. 퇴사시 후임자에게 인계하지 아니한 것일 뿐이라고 주장하나, 앞에서 살펴본 바와 같이 청구외법인의 이사와 경리책임자가 세금계산서 미발행을 인정하였으면서도 날인만 거부하였다는 처분청 조사자의 보고내용과 처분청의 담당과장이 특별히 공문으로 통보하였다는 사실에 비추어 볼 때, 세금계산서를 기발행하였다는 청구인의 주장은 인정되기 어렵다 하겠다. (라) 또한, 청구인은 청구외법인이 부가가치세 신고 등 세무관련 업무를 대행해 주기로 약속한 바 있어 청구인은 부가가치세 신고서가 세무서에 접수되면 당연히 환급이 되는 줄 알고 있었다고 하나, 납세자의 세무관련 업무를 거래상대방이 대행해 주기로 하고 이를 이행하지 않았다 하더라도 이는 납세자와 거래상대방간의 문제에 불과할 뿐 그로 인해 납세자의 신고의무가 면제되는 것은 아니라고 하겠으며, 당해 법인의 업무책임자가 서명·날인을 거부하였다 하더라도 조사담당공무원이 현장에 임하여 사실을 확인하고 작성한 확인서의 경우에는 그 효력에 영향이 없다 할 것이다. (마) 이상의 제사실을 종합해 볼 때, 청구인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 용역의 공급시기에 정상적으로 발행된 것으로 보기는 어렵다고 할 것이고, 처분청이 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세의 환급을 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.