과학기술부장관에게 신고하지 아니한 전담부서의 운영에 지출한 비용이 구 조세감면규제법상의 기술 및 인력개발비세액공제를 적용받는 비용에 해당되는 것임
과학기술부장관에게 신고하지 아니한 전담부서의 운영에 지출한 비용이 구 조세감면규제법상의 기술 및 인력개발비세액공제를 적용받는 비용에 해당되는 것임
○○○세무서장이 1998.5.16 청구법인에게 한 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도분 법인세 118,897,170원의 부과처분은 이를 취소한다.
청구법인은 자동차이외의 오토바이, 자전거 및 중장비 등의 타이어 및 튜브를 생산공급하는 영리내국법인으로 1993사업연도부터 1996사업연도까지 법인세 신고시 공제한 기술 및 인력개발비 세액공제액 합계 92,026,428원(이하 "쟁점세액공제"라 한다)을 세액공제하여 1993.1.1∼1996.12.31 사업연도분 법인세를 신고납부하였다. 이에 처분청은 청구법인이 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 과학기술부장관(또는 한국산업기술진흥협회장)에게 신고하지 아니하여 기업부설연구소인정서가 없음에도 불구하고 법인세 신고시 쟁점세액공제를 적용하는 것은 부당하다고 보아 동 세액공제에 같은 기간동안의 이자상당액 26,870,745원을 추가하여 1998.5.16 청구법인에게 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도분 법인세 118,897,170원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.29 심사청구를 거쳐 1998.9.19 심판청구를 제기하였다.
(1) 구 조세감면규제법시행규칙(1998.3.21 재정경제부령 제14호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 전담부서의 개념을 기술개발촉진법시행규칙(1994.7.18 총리령 제460호로 개정된 것) 제5조의 규정과 일치하도록 규정하였으며, 기술개발촉진법시행규칙에서 제5조 제2항을 신설하여 같은조 제1항의 전담부서의 요건을 갖춘 자는 과학기술부장관에게 신고할 수 있도록 하였는바, 구 조세감면규제법시행규칙은 상기 기술개발촉진법시행규칙이 개정되었음에도 종전 조문을 그대로 유지하다가 1998.3.21 조세감면규제법시행규칙 제7조 제1항 본문에서 "… 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한…"으로 개정하였으며 또한 개정된 조세감면규제법시행규칙은 1998.1.1 이후 과세연도분부터 적용하도록 부칙에서 규정하고 있는바, 그렇다면 법해석의 계속성의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 따라 개정된 조감법시행규칙상의 전담부서의 정의는 1998.1.1 이전 사업연도까지는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 의 규정의 취지에 따라 적용하여야 하는 것이 타당하며, (2) 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제2항 의 규정은 같은조 제1항의 규정에 의한 전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 법제정목적상 과학기술부장관에게 신고할 수 있도록 규정하고 있을 뿐이지, 그 규정에 의하여 신고하지 아니한 경우 기술개발촉진법시행규칙 및 구 조세감면규제법시행규칙상 이를 전담부서로 볼 수 없다고 해석할 수 있는 법적 근거는 어디에도 없는 것이며,
(3) 또한, 구 조세감면규제법(1996.12.30 법률 제5195호로 개정되기 전의 것)이 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제제도를 도입한 근본취지는 위험부담이 큰 기술개발비용을 세액감면등을 통하여 국가가 일부 비용을 부담함으로써 기업의 신제품 또는 신기술개발을 권장하는데 있는 것인바, 기술개발촉진법시행규칙에서 규정하고 있는 구성요건을 모두 충족하고 기술연구개발활동을 하고 있는 청구법인의 전담부서는 1998.3.21 조세감면규제법시행규칙의 개정전까지는 과학기술부장관에게의 신고 여부와 관련없이 입법취지에 맞게 마땅히 조세감면의 혜택이 부여되어야 하는 것이므로, 따라서 관련법령의 규정을 오인하여 법인세를 부과한 당초처분은 취소되는 것이 타당하다.
(4) 한편 전담부서는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 에 기술개발촉진법시행령 제14조 에 의하여 신고를 필수요건으로 하는 기업부설연구소와 신고를 하지 아니하여도 명칭, 업무 및 인적구성의 요건만 갖추면 되는 기업내의 전담부서의 두 가지 종류가 있는바, 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제2항 의 규정은 국가가 통계를 파악하고 지원의 효율성을 높이고자 하는 부가적 규정에 불과한 것이지 같은규칙 같은항의 신고가 없으면 세액공제를 배제한다는 규정은 아닌 것이고 별도로 신고가 없으면 세액공제를 할 수 없다는 관련규정이 따로 없음에도 불구하고 세법상의 기감면세액을 추징하는 것은 부령이 세법에 우선하여 적용되는 논리상의 모순이 발생하여 위법·부당한 것인 한편, 처분청은 청구법인이 전담부서를 과학기술부장관에게 신고하지 아니하여 기업부설연구소인정서가 없으므로 쟁점세액공제를 배제하고 법인세를 부과하였으나 쟁점세액공제는 전담부서에 관한 것이지 기술개발촉진법시행령상 신고의무가 강제되는 기업부설연구소에 해당되는 것이 아니라 당초처분이유는 문제의 핵심을 벗어난 잘못이 있다.
(1) 관련규정의 내용을 보면, 구 조세감면규제법 제9조 제1항은 "대통령령이 정하는 비용(이하 "기술·인력개발비"라 한다)"을 지출한 경우에 세액공제를 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제9조 제2항은 위의 "대통령령이 정하는 비용"이란 "별표 4"의 비용을 말한다고 규정하고 있으며, "별표 4"의 "1." 나목은 국내외 기업의 전담부서에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등을 규정하고 있다. 한편, 같은법시행령 "별표 4"보다 앞서 규정되어 있는 "별표 3"의 "1." 가목은 "총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)"를 규정하고 있고, 이에 따른 같은법시행규칙 제7조 제1항은 별표 3의 1. 가목의 "총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다고 규정하고 있다. 기술개발촉진법시행규칙 제5조 는 제1항에서 연구개발전담부서의 요건을 규정하고 있고, 제2항에서 과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 신고하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 그러나 조세의 경우에 있어서 조세법률주의원칙상 과세대상과 과세요건을 법률로 명확하게 정할 것을 요구하고 있으므로 여기에서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우란 기술개발을 위한 장기저리 자금지원 기타 기술개발장려시책강구 등을 말하는 것으로 해석하여야 할 것이고 조세에 관한 사항까지 과학기술부장관에게 신고하도록 한 것은 아니라고 보아야 할 것이다. 따라서, 조세감면규제법시행규칙 제7조에서 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서라고 규정한 것은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 에 규정된 요건을 갖춘 전담부서를 말하는 것이라고 보아야 할 것이다.
(2) 조세감면의 신청과 관련하여 대법원에서는, 조세감면규제법 제55조의 "자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제"를 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 되어있는 규정에 대하여, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 그 면세요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니며, 그 면제신청은 양도인의 협력의무에 불과하다는 입장(대법원 97누10628, 1997.10.24)이고, 구 조세감면규제법(1991.12.27 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제62조(현행 제66조)의 "국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면"의 경우 주택건설등록업자가 감면신청을 한 경우에 한하여 이를 적용한다고 되어있는 규정에 대하여, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세 등을 면제받을 수 없다는 입장(대법원 95누9822, 1997.7.8)을 취하고 있다. 위 판례의 사례에서 알 수 있는 바와 같이 감면신청을 한 경우에 한하여 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하다고 하여 감면을 허용(당연감면)하고 있으며, 이러한 대법원 판례의 내용에 따라 이와같은 해석방법은 현재 조세감면신청여부에 따른 감면적용의 일반화된 해석기준으로 통용되고 있다. 이처럼 감면신청을 필수적 감면요건으로 법령에 명시한 경우에 한하여 감면신청이 없는 경우에 대해 감면을 배제한다는 해석기준은 연구개발전담부서의 신고에 따른 감면적용여부의 판단에 있어서도 적용되어야 할 것이다.
(3) 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하는 것이 판례 등에 의하여 확립된 해석기준임에도, 처분청에서는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에서 연구개발전담부서를 일정한 경우에 신고하게 할 수 있다고 한 규정을 근거로 하여 신고하지 아니한 연구개발전담부서에 지출한 기술·인력개발비를 세액공제대상에서 제외하였다. 그러나 기술개발촉진법시행규칙을 보면 기업부설연구소에 대하여는 그 제6조에서 한국산업기술진흥협회장에게 신고서를 제출하도록 규정하고 있는 반면에 연구개발전담부서에 대하여는 그와 같은 명문의 규정이 없고, 그 제5조에 단지 신고하게 할 수 있다고 규정하여 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 아니하며, 또한 인력개발비세액공제 신청시 과세표준신고서와 함께 기술 및 인력개발비 지출에 관한 명세서를 소관세무서장에게 제출하도록 규정하고 있을 뿐 과학기술처장관등으로부터 발급받은 확인서등의 첨부를 요건으로 규정하고 있지 아니하다. 이처럼 조세감면에 관한 내용을 규정한 조세법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있지 않으며, 또한 조세감면규제법시행규칙에서 인용한 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에서도 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 않은 이상 이를 신고하지 않은 것을 이유로 들어 조세감면을 배제하여서는 안된다고 본다(국심 99경 756, 1999.12.27 합동회의, 같은뜻). 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시 종전의 " 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발 전담부서"를 " 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서"로 개정하여 이 규정은 1998년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하고 있다. 이러한 조세감면규제법시행규칙의 개정취지는 과학기술부장관에의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지의 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것으로 보이는 바 법령에서 명확하게 규정하지 아니한 경우에는 정책목적이나 집행과정상의 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 그 동안 일반적으로 받아들여온 해석기준에 따르는 것이 타당하다고 판단된다.
(4) 따라서 청구법인이 연구개발 전담부서를 설치운영하고 있는 사실과 기술 및 인력개발비를 실제 지출한 사실 등에 다툼이 없는 이 건의 경우 한국산업기술진흥협회장에게 신고한 연구개발전담부서가 아니라는 이유로 쟁점세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.