과학기술처장관 등에게 신고하지 아니한 연구개발실에 지출한 기술ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 배제하고 과세한 처분의 당부(기각)

[참조결정] 국심1998경2214

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 음료 및 식품통조림의 금속포장용 제관을 제조하는 업체로서, 92사업년도 법인세 신고시 기술 및 인력개발비 세액공제 29,072,463원(이하“쟁점세액공제”라 한다)를 적용하여 신고하였다. 처분청은 청구법인의 연구개발실이 과학기술처장관 등에게 신고되지 아니한 연구개발부서라 하여 쟁점세액공제를 배제하고 98.3.14 청구법인에게 92사업년도 법인세 46,867,710원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.5.12 심사청구를 거쳐 98.7.31 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 연구개발실은 쟁점세액공제당시 시행되던 구 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3 제1항에 규정하는 요건을 충족하는 연구개발 전담부서로서, 법령상 강제적으로 연구개발 전담부서를 신청ㆍ인정받도록 규정하고 있지 않음에도 과학기술처장관에게 신고하지 않았다는 사유만으로 청구법인의 쟁점세액공제를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 과학기술처장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 신고하지 아니한 경우에는 조세감면규제법시행령 별표6의 연구개발 전담부서에 해당하지 아니하는 것(재정경제부 조예 46019-139, 98.4.19)인 바, 청구법인의 연구개발실 지출비용에 대한 쟁점세액공제를 배제하여 과세한 처분내용은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 과학기술처장관 등에게 신고하지 아니한 연구개발실에 지출한 쟁점기술ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 배제하고 과세한 처분의 당부에 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법(92.12.8 법률 제4521호로 개정되기 전의 것)제17조 제1항에는 “제조업ㆍ광업ㆍ또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 기술개발비ㆍ기술개발용역비 등 대통령령이 정하는 비용에 대하여는 당해 지출금액의 100분의 10(중소기업이 지출한 금액과 대통령령이 정하는 직업훈련비에 지출한 금액의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.(91.12.27 개정).”라고 규정하고 있고, 같은법 시행령(93.12.31 대통령령 제14084호로 전면개정 되기전의 것) 제14조 제1항에는 “법 제17조 제1항에서 대통령령이 정하는 비용이라 함은 각과세년도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.”라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙(87.4.11 재무부령 제1710호) 제6조 제1항에는 “영 별표 5중 1ㆍ기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 재무부령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3에서 규정하는 기업의 연구개발 전담부서를 말한다.”라고 규정하고 있다. 한 편, 기술개발촉진법 시행규칙(91.1.16 총리령 제374호) 제3조의 3 제1항에는 “ 영 별표 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에 의한 기업의 연구개발 전담부서는 영 제13조의 2 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발 전담부서로 한다.

1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있을 것

2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것

3. 자연계분야의 학사학위 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사1급이상의 기술자격을 가진 자(중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자의 경우에는 전문대학에서 과학기술분야에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사2급이상의 기술자격을 가진 자) 1인이상을 연구전담요원으로 상시 확보되어 있을 것

4. 다른 부서와 사무실이 분리되어 있을 것“라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 ”과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발 전담부서의 요건을 갖춘자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다(신설 91.1.16)”라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인은 음료 및 식품통조림 금속포장용 제관을 제조하는 법인으로서 청구법인이 운영하는 연구개발실에 지출한 쟁점기술ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하여 92사업년도 법인세과세표준 신고를 한 데 대하여 청구법인은 연구개발 전담부서가 구 기술개발촉진법 시행규칙(91.1.16 총리령 제374호) 제3조의 3 제1항에 규정하는 요건만 충족하면 되지 과학기술처장관에게의 신고는 강제사항이 아니므로 쟁점기술ㆍ인력개발비 세액공제는 공제대상임을 주장하고, 처분청은 구 기술개발촉진법 시행규칙 시행규칙(91.1.16 총리령 제374호)제3조의 3 제2항에 의하여 과학기술처장관에게 신고하지 아니하여 조세지원의 대상이 되는 연구개발 전담부서가 아니므로 쟁점세액공제배제는 정당하다고 주장한다.

② 기술 및 인력개발비 세액공제는 구 조세감면규제법 시행규칙(87.4.11 재무부령 제1710호) 제6조 및 구 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3에 규정한 연구개발 전담부서에 지출한 비용중 제한적으로 적용되는 것이고, 같은법 시행규칙 제2항에는 연구개발 전담부서의 요건을 갖춘자로서 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요한 경우에는 연구개발 전담부서의 요건을 갖춘 사실을 신고하도록 규정하고 있다. 연구개발 전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나 조세의 지원이 필요한 경우에는 신고하도록 규정하고 있고, 연구개발 전담부서 신고요령(과학기술처고시 제92-3호, 92.2)에 의하면 과학기술처장관은 전담부서의 신고를 받은 후 확인서를 교부할 수 있으며 매년 신고사항의 변경사항을 보고 받고, 연구개발 전담부서로 신고한 자중 요건에 미달하거나 연구개발 활동실적이 없는 경우에 전담부서 확인을 취소하도록 고시하고 있다. 기술개발촉진법의 소관부처인 과학기술처도 연구개발 전담부서가 조세지원을 받기 위해서는 과학기술처장관의 확인을 받아야 하는 것으로 해석(기지 71313-43, 98.2.4)하고 있다. 위 사실관계 및 관계법령을 종합하여 볼 때 조세지원의 대상이 되는 연구개발 전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3 제2항의 규정에 의거 과학기술처장관 등에게 신고하여 확인받은 연구개발 전담부서만을 의미한다고 할 것이므로 처분청이 쟁점세액공제를 배제하고 과세한 처분은 정당하다고 판단된다(국심 98경2214, 98.11.21 같은 뜻임).

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.