청구인이 주장하는 토지의 양도시기가 확인되는지와 토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 과세한 처분이 정당한지 여부(경정)

[주 문]

1. OO세무서장이 ’97.12.11 청구인에게 한 ’96년도 귀속분 양도소득세 5,509,330원의 처분은 경상남도 OO군 가북면 OO리 OOOO 공장용지 2,532㎡ 및 같은 곳 OOOOOO도로 2㎡의 양도시기를 ’94.8.12로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인 소유 경상남도 OO군 가북면 OO리 OOOO 공장용지 2,532㎡ 및 같은 곳 OOOOOO 도로 2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 ’96.10.2 청구외 OOO에게 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기 되었다. 처분청은 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 ’97.12.11 청구인에게 96년도 귀속분 양도소득세 5,509,330원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’98.1.7 이의신청과 ’98.3.11 심사청구를 거쳐 ’98.6.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 청구인 아버지가 청구인 명의로 1990년경에 4,500천원에 매입하였는데, ’94.8월경 같은 동네에 거주하는 사촌형 청구외 OOO이 간장제조공장 용지로 사용하기 위해 매수요청을 하였고, 이에 양도계약서의 작성없이 6,300천원에 양도하였다. 양도후 OOO은 필요시마다 청구인에게 서류를 보내 달라고 하였고, 청구인은 이에 응하였으나 등기가 지연된다는 사실은 알지 못하였는데, 쟁점토지는 ’94.9월 농지에서 공장용지로 전용되었고, ’96.9월에 소유권이전등기가 이루어 졌다. 청구인으로서도 청구주장을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시할 수 없다는 점은 인정하지만 처분청으로서는 쟁점토지의 공부상 등기시기와 실제 양도시기가 다른 점과 처분청에서 계산한 양도차익(20,945,538원)과 실제 양도차익(1,800,000원)이 차이가 나며 청구외 OOO이 쟁점토지에 20백만원이나 투자하여 농지를 공장용지로 전용한 점 등을 감안하여 실지거래가액으로 과세하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지를 ’90.4.21 청구외 OOO으로부터 4,500천원에 취득하여 ’94.8월 청구외 OOO에게 6,300천원에 양도하였다고 주장하면서 취득당시 계약서 및 양도당시 매수자인 OOO의 확인서를 제시하고 있다. 그러나 취득당시 계약서는 입회인(중개인) 등이 없이 사인간에 작성된 계약서로서 취득가액을 확인할 수 있는 거래증빙(영수증, 거래상대방 확인서, 대금거래내역 등)을 청구인이 제시하지 못하고 있고, 또한 등기부 등본 등에 의하여 청구인이 쟁점토지를 ’96.9.30 매매를 원인으로 소유권이전등기한 사실이 확인되며, 양도당시 거래일자 및 양도가액 등의 사실을 확인할 수 있는 전시 객관적인 증빙자료 등이 없으므로 청구주장은 신빙성이 없다고 판단된다. 또한 청구인은 쟁점토지를 양도하고 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 하지 아니하였고, 양도소득세 결정일인 ’97.12.11 이전에 양도 및 취득당시의 실지거래가액에 대한 증빙서류를 갖추어 신고한 사실이 없음이 확인된다. 그런데 자산을 양도한 경우에 그 양도차익은 기준시가에 의하여 계산함이 원칙이고, 예외적으로 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 하면서 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 때에는 실지양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 소득세법에서 규정하고 있다. 그러므로 위와 같은 신고가 없거나 신고를 하였더라도 증빙서류의 제출이 없는 경우나 제출한 증빙서류가 신빙성이 없어 실지거래가액이 확인되지 아니한다고 인정될 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것이다(대법원 97누14187, ’97.11.14도 같은 뜻임). 따라서 청구인이 양도소득세 결정일전까지 취득 및 양도시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 갖추어 양도소득세 신고를 하지 아니한 이 건의 경우 처분청이 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구인이 주장하는 쟁점토지의 양도시기가 확인되는지와 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법(’94.12.22 법률 제4803호로 전면개정된 것) 제96조 제1호와 제97조 제1항 제1호 (가)목 및 같은법시행령(’94.12.31 대통령령 제14467호로 전면개정된 것) 제166조 제4항 제3호에 의하면 토지의 양도차익은 기준시가에 의하여 산정하되 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 실지거래가액에 의하여 산정한다고 규정하고 있다. 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있는데, 같은법시행령 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 1990년경에 4,500천원에 매입하여 ’94.8월경 같은 동네에 거주하는 사촌형 청구외 OOO에게 양도계약서의 작성없이 6,300천원에 양도하였다고 주장하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 실지거래가액과 관련하여 ’90.4.10 청구인이 쟁점토지를 매수할 당시 청구외 OOO과 작성하였다는 부동산매매계약서와 쟁점토지를 청구인으로부터 매수한 청구외 OOO의 ’98.2.1자 확인서를 제시하고 있다. 그러나 위 매수당시 계약서가 거래당시 작성된 실지거래에 따른 매매계약서로 볼만한 거증이 있지 아니한 점으로 보아 동 매매계약서는 신빙성이 있다하기 어렵다. 그리고 청구인이 제시하는 증빙외에는 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 영수증 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점과 청구인이 쟁점토지의 양도와 관련한 이 건 세액결정전까지 쟁점토지의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙을 갖추어 처분청에 신고하지도 아니한 점으로 볼 때 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정한 것은 정당하다고 하겠다.

(3) 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기접수시의 매매원인일인 ’96.9.30으로 보아 과세한 반면 청구인은 쟁점토지를 청구외 OOO에게 ’94.8월경에 양도하였다고 주장하면서 OOO의 쟁점토지 관련 농지전용허가신청서 등을 제시하고 있다. 이하 청구인이 제시하는 증빙을 살펴본다. (가) OOO의 농지전용허가신청서 및 ’94.9.17자 OO군수의 농지전용협의사항 통보등을 보면 OOO은 전통식품개발사업부지(재래식 장류 제조시설)로 사용하기 위하여 쟁점토지외 2필지에 대한 농지전용허가신청을 ’94.9월 OO군수에게 하였는데 OO군수는 대체농지조성비 19,346,400원을 납부하는 등의 조건으로 이를 허가하였고, OOO은 ’94.9.28 동 금액을 납부하였다. (나) 청구인은 청구외 OOO에게 ’94.5월 쟁점토지의 사용승락서를 작성하여 주었다고 하면서 동 사용승락서를 제시하고 있다. 그런데 농지전용허가신청서 상의 구비서류로 전용하고자 하는 농지에 대한 소유권을 증명하는 서류 또는 사용승락서를 제출하도록 하고 있는 점과 청구인이 등기상의 소유자로 되어 있을 당시 청구외 OOO이 농지전용허가신청서를 제출한 점으로 보아 청구인이 제시하는 쟁점토지 사용승락서는 청구외 OOO이 ’94.9월 OO군수에게 농지전용허가신청을 하면서 제출한 서류라는 청구인의 주장은 신빙성이 있다. (다) 쟁점토지의 토지대장을 보면 쟁점토지는 ’96.3.7 지목이 답에서 공장용지로 변경(등기부에는 ’96.9.30 변경되었음)되었는데 이에 따라 ㎡당 개별공시지가는 ’95년도에 3,000원에서 ’97년도에는 9,820원으로 상향조정되었다. (라) 쟁점토지의 등기부 등본을 보면 청구인은 ’90.4.26 쟁점토지에 OOOO협동조합의 채권최고액 18백만원의 근저당권을 설정하였는데 동 근저당권은 ’94.8.12 해지되었고, ’94.12.30에는 청구외 OOO이 채권최고액 47백만원의 근저당권을 OO협동조합중앙회 OO군지부에 설정하였다. 그러하다면 비록 청구인이 쟁점토지를 청구외 OOO에게 양도할 당시의 잔금청산일자가 확인되지는 아니하나 쟁점토지가 ’94.9.17 OOO의 전통식품개발사업부지로 전용되었음이 확인되고 있음에 비추어 볼 때 청구인으로부터 쟁점토지를 취득한 청구외 OOO이 그의 앞으로 이전등기를 하지 아니하고 청구인 명의로 되어 있는 쟁점토지에 전통식품제조 가공공장의 설치를 위한 농지전용허가를 받아 공장을 설치하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 있다. 청구인을 채무자로 하여 쟁점토지에 ’90.4.26 설정된 OOOO협동조합의 채권최고액 18백만원의 근저당권이 ’94.8.12 해지된 사실로 보아 청구인이 청구외 OOO으로부터 쟁점토지의 대금으로 채무를 변제하고 근저당권을 말소하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 있다. 또한 쟁점토지가 OOO에게 소유권이전등기되기 전인 ’94.12.30 채무자를 OOO으로 하고 채권최고액 47백만원의 근저당권을 OO협동조합중앙회 OO군지부가 설정한 점 및 OOO이 쟁점토지를 청구인으로부터 ’94.8월에 6,300천원에 매수하였다는 확인서를 볼 때 쟁점토지는 적어도 OOOO협동조합에서 설정하였던 근저당권이 해지된 ’94.8.12 이전에 잔금이 청산되었다는 청구인의 주장 또한 신빙성이 있다 하겠다. 그러하다면 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기접수시의 매매원인일인 ’96.9.30으로 보아 과세한 것은 부당하다고 할 것이므로 쟁점토지의 양도시기를 ’94.8.12로 보아 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다고 판단된다.

• 라. 결론 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.