청구법인은 청구외법인이 폐업일 이후에 발행교부한 매입세금계산서를 받아서 매입세액공제 하였는지 여부(경정)

[참조결정] 국심1990중2556

[주 문] 서부산세무서장이 1998.1.5 청구법인에게 한 1997년 2기분 부가치세 18,609,550원의 과세처분은 1997.9.3자 매입세액 186,095,530원을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 1997.7.31 부산광역시 사하구 OO동 OOOOO 청구외 주식회사 OO염직(이하 “청구외법인”이라 한다)의 공장부지 및 공장건물과 기계장치를 부산지방법원으로부터 2,805,200,000원에 낙찰허가결정을 받아 1997.9.3 경락대금을 완납하고 취득하였다. 청구법인은 1997.9.3일자로 작성된 건물 및 기계장치 부분에 대한 매입세금계산서(공급가액: 1,860,955,318원, 부가가치세: 186,095,530원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 청구외법인으로부터 교부받아 1997년 2기 부가가치세 예정신고시 쟁점세금계산서와 기타 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 186,190,600원을 조기환급신고 하였다. 처분청은 쟁점세금계산서가 청구외법인의 폐업일 이후에 발행되었다하여 매입세액을 불공제하고, 청구법인이 부가가치세를 초과환급신고한 것에 대하여 1998.1.5일 청구법인에게 1997년 2기분 부가가치세(신고납부불성실가산세) 18,609,550원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.2.21 심사청구를 거쳐 1998.5.22 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 당시 청구외법인에 확인해 본 바, 아직 폐업하지 않았고 회사의 회생을 위해 재고처분 및 은행채무연장 등 제반노력을 강구중이며 이건 세금계산서는 법원에 발급의뢰하거나 직접 발급할 수도 있다고 동 법인에서 통보를 해 옴에 따라 경매재산 취득직전인 1997.8.27 경매실시기관인 부산지방법원에 서면으로 세금계산서 발급을 의뢰하였으나 거부당함에 따라 경락잔대금 납부일인 1997.9.3 청구외법인이 폐업처리되지 않았고 사업자등록이 되어 있는 사실을 서부산세무서장이 발급한 사업자등록확인원에 의해 확인하여 동일 오후 청구외법인으로부터 이 건 세금계산서를 교부받은 것이다. 또한 경매낙찰허가 결정(1997.7.31)후 청구외법인의 공장을 방문하였을 때에도 직원 및 경비원이 근무하고 있었고 당시 관할세무서로부터 수차례에 걸쳐 부가가치세 신고 등을 안내 또는 독촉받았다고 들은 사실이 있으며, 그외 1997사업연도 법인세 중간예납에 대한 안내문을 받은 사실 및 부가가치세 신고 및 법인세 중간예납신고 등이 이루어진 사실이 확인되므로 당시 청구외법인은 폐업상태가 아니었고, 설령 실질적인 폐업이었다고 하더라도 당시 청구법인이 이러한 실질적인 폐업을 확인할 수도 없었다. 특히 국세청장은 의견서에서 청구외법인이 1997.9.3 발행한 매출세금계산서의 합계표 등을 1997년 2기분 부가가치세 예정신고시 제출하지 아니하였다고 하였으나 관할세무서의 확인과 같이 청구외법인은 1997.10.25자로 1997년 2기분 부가가치세 예정신고시 동 세금계산서 합계표를 제출한 사실이 있는 것으로 확인되고 있으므로 국세청장의 의견은 사실과 다른 것으로 확인된다. 이상과 같이 청구법인은 정당한 세금계산서를 수령하여 부가가치세 환급신고를 한 것이므로 이 건 부과처분을 취소하고 1997년 2기분 부가가치세 예정환급세액을 환급하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구외법인은 1996.10.28일 부도 발생하였고, 부산·경남염색공업협동조합의 회신에 의하면 증기사용료 미납으로 인하여 1996.10.31 19:00부로 증기공급이 중단된 것으로 확인되며, 청구외법인은 사실상의 폐업일 이후 종업원의 급여를 지급한 사실이 없다. 청구법인의 설립당시 대표이사 OOO는 1997. 9월(일자미상) 저녁에 부산광역시 동구 OO동 소재 OO커피숍에서 청구외법인의 대표이사 OOO으로부터 작성년월일을 1997.9.3일로 기재한 쟁점세금계산서를 수취하였다고 확인하였으나 처분청의 조사서를 보면 쟁점세금계산서는 청구외법인의 대표이사 OOO의 자 청구외 OOO이 교부한 것으로 조사되어 있고 또한 청구외법인은 쟁점세금계산서를 기재한 매출처별 세금계산서 합계표를 처분청에 제출한 사실이 없다. 그외에 처분청의 조사서에 의하면 청구외법인은 1996.10월 부도폐업된 것으로 조사되어 있고, 조사담당공무원은 청구외법인의 자산이 그 가액을 초과하여 금융기관에 담보제공되어 있으므로, 수시부과를 유보하고 비록 사실상 폐업되었다 하더라도 납세편의를 위하여 장부 및 증빙에 의한 신고를 권장하겠다고 보고한 사실을 알 수 있다. 위 사실관계에 의하여 볼 때 청구외법인의 경우 비록 폐업되었다 하더라도 법인세 납세의무는 존속하므로, 처분청이 동 법인의 자진신고를 권장하고자 추계과세에 의한 수시부과를 유보하였다 하여 청구외법인이 정상적인 사업자라고 하는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 1996.10.31일에 실질적으로 폐업하였다고 보는 것이 타당하며, 폐업한 사업자가 재화를 공급하는 경우에는 미등록 사업자에 해당하고 미등록사업자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로(국심 90중2556, 1991.3.12, 심사 대전97-34, 1998.3.27, 국세청예규 부가22601-1882, 1986.9.13), 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 신고납부불성실가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 본 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인은 청구외법인이 폐업일 이후에 발행교부한 매입세금계산서를 받아서 매입세액공제 하였는지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 본문은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 그 제5호는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액을 규정하고 있으며, 같은법 제22조 제5항 본문은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(…생략…), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(…생략…)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액에 대하여 이를 적용한다고 규정하고 있고, 그 제1호는 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때를 규정하고 있다. 한편, 같은법 제5조 제5항은 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제12조는 법 제5조 제5항의 규정에 의하여 등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하여야 하며 이를 회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 공시하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 쟁점세금계산서가 폐업일후 발행교부된 세금계산서인지 여부

(1) 쟁점세금계산서의 발행교부 경위를 살펴보면, 청구외법인의 공장부지 및 공장건물과 기계장치가 경매에 의하여 청구법인에게 경락되자 청구법인은 잔금일(1997.9.3) 이전인 1997.8.27 부산지방법원에 세금계산서 발급신청서를 제출하여 세금계산서 발급을 요청하였는데, 이에 대해 부산지방법원에서는 세금계산서 발급에 관한 규정이나 전례가 없다는 이유로 발급을 거부하였으나 이 사실을 서면으로 통지하지는 않은 것으로 되어있다. 청구법인은 이에 따라 청구외법인의 관할세무서에서 사업자등록증명원을 받아 청구외 법인이 아직 폐업처리되지 않은 것으로 확인하고 청구외법인으로부터 세금계산서를 발행교부(공증사무소로부터 1997.9.3 확정일자 날인받음)받은 것으로 확인되고 있다. 한편, 청구외법인에서는 1997.10.25 1997년 2기 예정분 부가가치세 신고서를 관할세무서에 제출하여 쟁점세금계산서 발행에 따른 매출액을 신고하였고 이러한 사실은 동 신고서 사본 및 관할세무서장이 1998.5.13 발행한 부가가치세 과세표준증명에 의하여 확인되고 있다.

(2) 처분청에서는 청구외법인이 부도 및 조업중단 등의 사실에 비추어 1996.10.31 현재 실질적인 폐업상태이었으므로 쟁점세금계산서는 폐업후 발행한 세금계산서라는 것이나, 법인이 공장가동을 중단·정지하였거나 회사정리중에 있다고 하여 그 사실만으로 폐업한 것이라고 단정할 수는 없는 것이고 또한 회사정리 및 청산절차에 있는 법인도 정리 및 청산절차를 종료하고 해산신고를 할 때까지는 법인격이 유지되는 것이며, 만약 처분청 주장과 같이 실질적으로 1996.10.31 완전폐업상태이었다면 그 당시에 사업자등록을 직권말소 시켰어야지 쟁점세금계산서 발행교부일인 1997.9.3까지도 청구외법인의 사업자등록을 말소시키지 않았을 뿐만 아니라 사업자등록사실을 확인해 주는 사업자등록증명원을 발급하였고 청구외법인의 1997년 2기 부가가치세 신고서를 접수하였으면서 특별히 청구법인의 쟁점세금계산서 관계에 있어서만 폐업사실을 주장하여 매입세액불공제 하고 과세하는 것은 서로 논리가 맞지 않고 일관성이 없는 조치라 하겠다.

(3) 일반적인 경우에 있어서 세금계산서 발행법인의 측면에서 보면, 법인의 전재산이 경매에 의하여 처분된 경우 당해 법인이 페업신고한 바도 없고 관할세무서에서 사업자등록을 직권말소시킨 바도 없다면 단순히 부도발생 및 조업중단 상태라는 이유로 경매에 의한 재산의 양도를 폐업법인의 잔존재화의 처분이라고 단정하여 부가가치세 과세대상에서 제외할 수 없는 것과 마찬가지 이치로 당해 재산을 경락받은 거래상대방이 경락재산과 관련하여 정상적으로 매입세금계산서를 수취하였다면 동 매입세액공제를 인정하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(4) 이상에서 살펴본 바와 같이 쟁점세금계산서의 경우, 폐업자가 폐업후 발행한 세금계산서가 아니라 폐업이전에 발행한 정당한 세금계산서로서 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하는데도 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 보아 청구법인에게 신고납부불성실가산세를 부과하였으므로 이 건 과세처분은 부당한 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.