매입세액 인정 여부

심판청구를 기각합니다.

부산광역시 수영구 ○○○동 ○○○에 소 재하는 ○○○개발 (주) (대표이사 ○○○, 이하 "청구법인"이라 한다)는 ○○○ 회센타(부산시 수영구 ○○○동 ○○○ 대지 1,126㎡ 건물 6,743㎡, 이하 "쟁점건물"이라 한다)를 건축하여 분양하기로 하고 경남 통영시 ○○○동 ○○○에 소재하는 ○○○종합건설(주) (공동대표이사 ○○○와 ○○○, 이하 "청구외 법인"이라 한다)와 도급액을 6,710,000,000원으로 하여 도급계약을 체결하고 건축하여 오던중 아래표와 같이 97.7.25 97년 1기 부가가치세확정신고를 하였고, 97.11.13 97년 1기분에 대한 수정신고를 한 바 있다. 〈아래표〉 청구법인의 97년 1기 확정 및 수정 부가가치세 신고내역 신고구분 신고일자 매출과표 매입과표 납부(환급)세액 97년1기 확정 97.7.25 327,277,300 3,150,000,000 -282,272,730 97년1기 수정 97.11.13 327,277,300 327,277,300 282,272,730 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세경정조사 결과에 따라 97.12.16 97년 1기분의 경우 매출과표를 1,196,000,000원으로 하고 매입과표는 청구법인이 수정신고한 금액인 327,277,300원으로 확정하여 97년 1기 부가가치세 143,632,720원을 결정고지하고 97년 2기분의 경우 매출과표를 1,303,818,181원으로 하여 부가가치세 169,496,360원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.2.20 심사청구를 거쳐 98.5.8 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 97년 1기 부가가치세신고시에 쟁점건물의 분양에 따른 매출세액이 실제 119,600,000원임에도 불구하고 32,727,730원으로 과소신고하였으며 매입세액은 도급계약을 맺은 청구외 법인으로부터 받은 세금계산서상의 금액인 315,000,000원으로 신고하여 282,272,730원을 환급받은 사실이 있다. 그런데, 청구외 법인의 대표이사인 청구외 ○○○가 청구법인의 실질경영자인 청구외 ○○○를 조세포탈범 및 부정대출혐의로 고발하여 검찰조사를 받던중 정상참작에 따른 형의 감경을 받기위해 97년 1기 매입세액을 매출세액과 맞추어 32,727,270원으로 수정신고하여 당초환급금 282,272,730원을 다시 납부하였다. 처분청은 청구법인에 대한 조사결과 97년 1기 부가가치세신고에 대하여 매출세액은 실제 매출세액인 119,600,000원으로 하고 매입세액은 수정신고한 금액인 32,272,730원으로 하여 부가가치세를 과세하였으나 청구법인이 당초에 청구외 법인으로부터 세금계산서 6매를 교부받아 부가가치세신고를 하였고 청구외 법인이 96년 8월부터 97년 6월말까지 금3,055,429,472원의 원가를 투입하여 쟁점건물을 신축하였음이 청구외 법인의 장부와 법인세신고에 의하여 확인되고 청구외 법인에 대한 관할세무서인 ○○○세무서의 경정조사결과에서도 청구법인에게 3,150,000,000원의 쟁점건물신축용역을 공급한 사실을 인정하여 청구외 법인에게 부가가치세 315,000,000원을 추징한 사실이 있으며 수정신고서상의 매입세액은 세금계산서 자체가 교부된 사실이 없이 매입세액을 매출세액에 맞추기 위해 부득이하게 허위로 작성되었음이 명백하다 할 것이므로 청구법인이 당초 97년 1기 부가가치세 확정신고시에 신고한 매입세액인 315,000,000원을 실제매입세액으로 하여 처분청이 매입세액으로 기공제한 32,727,270원을 차감한 금액인 282,272,730원을 추가로 매입세액공제하여 97년 1기 부가가치세를 감액경정결정하여야 한다. 또한, 청구법인은 97년 2기 부가가치세신고를 하지 않았으며 이에 대해 처분청은 97년 2기에 쟁점건물의 분양에 따른 부가가치세 매출세액 24,200,000원과 쟁점건물을 청구외 (유)○○○건설에 공급함으로 인하여 발생한 매출세액 106,181,818원을 무신고한 사실을 적출하여 부가가치세를 과세하였으나 이는 청구외 ○○○가 97년 8월경 청구법인의 자금사정이 어려운 사실을 알고 쟁점건물을 청구외 (유)○○○건설에게 양도한 것처럼 세금계산서를 허위로 교부하여주면 청구외 ○○○건설의 명의로 3,000,000,000원을 빌려준다는 말을 믿고 실제 재화의 공급없이 공급가액이 3,000,000,000원인 허위세금계산서를 교부하여 준 것이고 청구외 ○○○는 동 세금계산서를 관할세무서에 제출하여 매입세액공제를 신청하였으나 실제 쟁점건물을 공급받았는지 여부가 불투명하다하여 아직까지 환급을 받지 못하고 있으며 청구법인의 인감도장을 도용하여 허위의 유체동산양도계약서까지 작성하였으므로 이에 대해 청구법인이 청구외 ○○○를 사기혐의로 ○○○광역시 ○○○경찰서장에게 고발한 사실이 있는 점등을 보면 청구법인이 청구외 (유)○○○건설에게 쟁점건물을 공급한 사실이 없음이 분명하므로 97년 2기분 부가가치세 매출세액에서 금106,181,818원을 감액경정결정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 당초 신고시의 매입금액 3,150,000,000원에 대한 매입세액을 공제하여 줄 것을 요구하고 있으나 관련 법규정을 보면 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 에서 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정함을 알 수 있다. 위 사실을 모두어 보건데 청구법인이 적법하게 제출한 수정신고서 내용을 기초로 부가가치세 경정조사한 바 매입세금계산서의 내용이 사실과 다르게 기재되었음을 알 수 있으므로 처분청이 매입세액을 추가공제하지 아니함은 적법한 처분으로 판단된다. 부가가치세는 신고납부 확정결정주의적 세목으로서 경정결정사유외는 본인 신고납부로서 납세의무 확정적인 의미로 판단할 수 있으며 처분청이 경정결정한 매출누락 사유외 청구법인이 감액수정신고한 내용의 진위여부에 관하여는 과세관청의 조사 또는 결정사유에 해당되지 아니하며 또한 매입세액공제 정당성여부의 사실판단에 있어서도 청구외 이해관계자인 ○○○의 법원판결내용에 명시된 바 실제 거래내용과는 달리 작성 및 신고된 매입세액으로서 부가가치세법 제21조 제1항 제3호 에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액 불공제 대상에 해당되므로 본 건 97년 1기분 부가가치세 확정신고 및 수정신고한 내용에 대한 당초 경정결정 처분한 내용은 정당하다.

• 가. 쟁점 수정신고한 매입세액에 의하여 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 당초 신고한 매입세액을 실제 매입세액으로 인정할 수 있는지 여부와 실제 재화의 공급이 없이 교부한 세금계산서를 매출누락으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제45조 제1항 에는 "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1 에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다"고 하고 제2호에서는 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때"라고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법 제17조 제1항 은 "사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 '납부세액'이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 '매출세액'이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 '매입세액'이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 '환급세액'이라 한다)으로 한다"고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 하고 제1호에서 "제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다"라고 규정하고 있다.
• 다. 심리 및 판단 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세경정조사 결과에 따라 97년 1기분의 경우 청구법인의 매출누락분과 수정신고한 매입세액을 근거로 과세한데 대하여 청구법인은 수정신고한 매입세액은 검찰수사과정에서 형의 감경을 받기 위해 당초 매출세액과 맞추어 신고한 것이므로 당초 신고한 매입세액을 실제 매입세액으로 인정하여 경정결정하여야 하며, 97년 2기분의 경우 처분청은 신축중인 쟁점건물을 청구외 (유)○○○건설에 양도하고 세금계산서를 교부한 것에 대해 매출누락으로 부가가치세를 과세하였으나 실제로는 재화의 공급없이 허위로 세금계산서만을 교부한 것이므로 이를 매출세액에서 제외하여 경정결정하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구법인의 97년 1기분 부가가치세 신고내용을 보면, 청구법인은 97.7.25 97년 1기 확정신고시에 매출과표는 327,277,300원으로 매입과표는 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서 6매 3,150,000,000원으로 부가가치세신고를 하여 282,272,730원을 환급받았으며, 97.11.13 97년 1기분에 대한 수정신고에서 매입처별 세금계산서합계표상의 매입과표를 327,277,300원으로 수정하여 신고하면서 당초 환급받은 세액 282,272,730원을 납부하였고, 97년 2기에는 부가가치세 신고를 하지 아니하였음이 확인된다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료중 청구법인에 대한 부가가치세경정조사결과와 이에 따른 결정내용을 보면, 97년 1기의 경우 매출과표는 당초 신고한 매출과표와 쟁점건물 분양분중 중도금 수령액 누락분을 합한 1,196,000,000원으로 하고 매입과표는 청구법인이 수정신고한 금액인 327,277,300원을 그대로 인정하여 부가가치세 143,632,720원으로 경정결정하였으며, 97년 2기의 경우 청구법인이 무신고 하였으므로 쟁점건물 분양분중 중도금 수령액 누락분 242,000,000원과 청구외 (유)○○○건설과의 유체동산양도계약서에 따른 매도대금 누락분(3,300,000,000원)중 인수부채를 제외한 나머지 금액 1,061,818,181원 합계 1,303,818,181원을 매출과표로 하여 부가가치세를 169,469,360원으로 경정결정하였음이 확인된다.

(3) 청구외 법인의 대표이사인 청구외 ○○○가 청구법인의 실질경영자인 청구외 ○○○를 조세포탈범 및 부정대출혐의로 고발한데 대하여 부산지방법원 제3형사부에서 판결(97고합 668, 97.12.30)한 내용에 의하면, 청구법인은 쟁점건물 신축공사의 기성고에 따른 매입액이 1,333,219,655원임에도 매입액을 3,150,000,000원으로 과다계상하고, 분양실적에 따른 매출액이 3,650,000,000원임에도 매출액을 327,272,730원으로 축소한 부가가치세 환급청구서를 처분청에 제출하여 부가가치세 282,272,730원을 청구법인 예금구좌로 환급받음으로써 부정한 방법으로 부가가치세 282,272,730원을 환급받았다고 되어있고, 피고인 ○○○는 별다른 실형전과가 없고 환급받은 금원을 다시 수정신고를 통하여 세무서에 납부한 점등을 참작하여 작량감경한다고 결정한 바 있다.

(4) 먼저, 97년 1기에 대하여 보면, 청구법인은 청구외 법인이 96년 8월부터 97년 6월말까지 3,055,429,472원의 원가를 투입하여 쟁점건물을 신축하였음을 청구외 법인의 장부와 당좌예금거래명세서, 수입금액조정명세서, 작업진행률에 의한 수익금계산 등에 의하여 확인할 수 있고, 청구외 법인의 관할세무서인 ○○○세무서의 경정조사결과에서도 청구법인에게 3,150,000,000원의 쟁점건물신축용역을 공급한 사실을 인정하여 청구외 법인에게 부가가치세 315,000,000원을 추징한 사실이 있다고 하면서 청구법인이 당초 신고한 매입세액을 실제 매입세액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구외 법인에 관한 자료만 제출하고 있을 뿐 청구법인의 매입과 관련된 장부와 대금지급사실을 알 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 않고 있으므로 청구주장을 사실로 인정할 수 없다 할 것이다. 또한, 청구법인은 97년 1기 수정신고서상의 매입세액은 세금계산서 자체가 교부된 사실이 없이 매입세금계산서합계표에 매입세액을 매출세액과 똑같은 금액으로 기재하여 제출하였으므로 당초 신고한 매입세액이 실제 매입세액이라고 주장하나, 청구법인은 97년 1기 당초 신고시 제출한 세금계산서 6매만을 제시하고 있을 뿐 위와 같이 실제매입사실을 확인할 수 있는 다른 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구법인의 실질경영자인 청구외 ○○○에 대한 부산지방법원 제3형사부 판결에서도 청구법인의 매입액이 1,333,219,655원임에도 3,150,000,000원으로 과다계상하였다고 하고 있는 점으로 보아 청구법인이 당초 신고한 매입금액을 사실로 인정할 수 없다 할 것이고, 부가가치세는 신고주의국세이므로 세액은 신고에 의하여 확정된다 할 것이므로 이 건의 경우 청구법인이 스스로 당초 신고한 것에 대하여 수정신고한 내용을 부인할 특별한 사유가 없다고 판단된다.

(5) 다음으로, 97년 2기에 대하여 보면, 처분청은 청구법인이 신축중인 쟁점건물을 청구외 (유)○○○건설에 양도하고 세금계산서를 교부한 것에 대해 매출누락으로 부가가치세를 과세하였으나 청구법인은 실제로는 재화의 공급없이 허위로 세금계산서만을 교부한 것이므로 이를 매출세액에서 제외하여 부가가치세를 경정결정하여야 한다고 주장하면서 청구외 ○○○가 청구법인의 인감도장을 도용하여 허위의 유체동산양도계약서까지 작성한데대해 청구법인이 청구외 ○○○를 사기혐의로 98.3.30 부산광역시 동부경찰서장에게 고발한 사실이 있다고 하고 있으나, 청구법인은 심판청구일이후 청구외 ○○○와 상호간의 합의로 고발을 취하하였다고 하고 있고, 청구외 (유)○○○건설이 청구법인으로부터 교부받은 본 건 세금계산서를 부가가치세 신고시 관할세무서에 제출하여 매입세액을 공제받은 사실이 있는 점등으로 보아 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(6) 위 사실을 종합해 보면, 97년 1기의 경우 청구법인은 97.7.25 부가가치세 확정신고를 한 후 97.11.13 수정신고한 사실이 있고, 당초 신고한 매입세액을 실제매입세액으로 인정할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 청구법인이 수정신고한 매입세액을 근거로 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단되고, 97년 2기의 경우 청구법인이 실제 재화의 공급없이 허위로 세금계산서만을 교부하였다는 주장은 사실로 인정할 수 없다 할 것이므로 처분청이 청구법인이 신축중인 쟁점건물을 청구외 (유)○○○건설에 양도하고 세금계산서를 교부한 것에 대해 매출누락으로 보아 부가가치세를 과세한 처분도 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.