[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 제주도 서귀포시 OO동 OOOOO에서 오렌지·감귤을 수입하여 판매(이하 “쟁점수익사업”이라 한다)하는 OOOO농업협동조합으로서 1996.1.1～12.31사업3연도에 대한 법인세신고시 쟁점수익사업에서 발생한 이익 10,634,776,912원(이하 “쟁점수익금”이라 한다)을 익금산입하여 법인세를 납부하였다가 98.1.26 쟁점수익금은 정부사업을 대행하면서 얻은 익금이라고 하여 다시 익금불산입하여 경정청구를 하면서 기납부세액 1,194,918,750원을 환급신청하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점수익금을 법인세의 과세대상으로 보아 98.2.25 위 환급신청을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.3.5 심사청구를 거쳐 98.5.6 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 1995년부터 2004년까지 오렌지 및 기타 감귤류의 최소시장 접근물량에 대하여는 청구법인이 국가로부터 수입·판매권을 위임받아 행하는 국가사업으로서 수입판매된 이익금은 전액 농림부장관의 승인에 따라 감귤진흥사업에 활용되고 있는 실정으로서 법인세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 법인세가 과세되는 소득이 아니므로 기납부한 법인세를 전액 환급하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점수익사업에서 발생한 쟁점수익금을 익금산입하여 법인세 1,194,918,750원을 신고 및 납부하였다가 청구법인의 쟁점수익사업은 국가사업을 대행한 것이므로 쟁점수익금은 법인세 과세대상이 되지 아니한다는 이유로 다시 익금불산입하여 경정청구를 하면서 기납부세액(1,194,918,750원)을 환급신청하였으나, 쟁점수익금은 국가에 귀속되는 것이 아니라 쟁점수익사업과 관련하여 각종사업에 사용되는 것이며, 재정경제원예규(법인 46012-128, 97.12.12)에서도 쟁점수익금은 법인세가 과세되는 소득으로 보고 있으므로 처분청의 이 건 환급신청거부는 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 쟁점수익사업에서 발생하는 쟁점수익금이 법인세의 과세대상인지의 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 법인세법 제1조【납세의무】제1항에서, “국내에 본점 또는 주사무소를 둔 내국법인은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 비영리내국법인은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.
1. 농업·수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기, 가스 및 수도사업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수·창고 및 통신업, 금융 및 보험업, 부동산·임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것(이하 생략)”이라고 규정하고 있으며, 동 제4항에서는 “국가·지방자치단체에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 법인세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 농협협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 외국으로부터 오렌지 및 기타 감귤류등을 수입판매하여 1996.1.1～12.31사업연도에 대한 법인세신고시 쟁점수익금을 익금에 산입하여 법인세 1,194,918,750원을 납부하였다가 1998.1.26 쟁점수익금은 정부사업을 대행하면서 얻은 수익금으로서 법인세 과세대상이 되지 않는다는 이유로 다시 익금에 불산입하여 국세기본법 제45조의2의 규정에 의하여 과세표준 및 세액의 경정청구하면서 기납부세액을 전액 환급신청하였으며, 이에 대하여 처분청은 쟁점수익금은 법인세가 과세되는 소득이라 하여 동 환급신청을 거부하였는 바, 쟁점수익금이 법인세 과세대상인지의 여부에 대하여 다툼이 있으므로 이를 살펴본다. 청구법인은 1995년～2004년까지 오렌지 및 기타 감귤류의 최소시장 접근물량에 대하여는 청구법인이 국가로부터 수입판매권을 위임받아 이에 따라 수입판매하여 얻은 이익금은 전액 농수산부장관의 승인을 받아 감귤진흥사업에 활용하는 것이 쟁점수익사업이므로 쟁점수익금은 법인세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 법인세가 과세되는 소득이 아니라는 주장이나, 쟁점수익금은 국가에 귀속되는 것이 아니라 쟁점수익사업과 관련하여 각종사업에 사용되는 것이며, 쟁점수익사업의 관계부서인 농림부에서 쟁점수익금이 법인세 과세대상인지의 여부에 대하여 재정경제원에 질의(과하 51251-421, 97.11.17)한 결과 『제주OOOO협동조합의 오렌지·감귤류 수입판매사업에서 생기는 소득에 대하여는 법인세법 제1조 제1항의 규정에 의하여 법인세가 과세되는 것입니다.』라고 회시(법인 46012-128, 97.12.12)한 바 있다. 청구법인은 비영리내국법인으로서 국가나 지방자치단체가 아니며, 다만 농림부에서 쟁점수익사업을 위임받아 국가사업을 대행한다 하더라도 쟁점수익사업으로 벌어들인 쟁점수익금이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 것이 아니고 감귤생산농민을 위한 각종사업에 사용되므로 쟁점수익금이 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장은 이유없다고 판단된다.
- 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.