[요지] 이자가 원천징수대상소득에 해당되지 아니한다는 청구주장은 타당성이 인정되는 반면, 이와 다른 논지로 동 이자를 원천징수대상소득으로 간주하여 청구법인에게 법인세원천징수세액 및 원천징수불이행가산세를 부과한 당초처분은 사실관계 및 법리해석을 오인한 잘못이 있는 처분으로 판단됨
[요지] 이자가 원천징수대상소득에 해당되지 아니한다는 청구주장은 타당성이 인정되는 반면, 이와 다른 논지로 동 이자를 원천징수대상소득으로 간주하여 청구법인에게 법인세원천징수세액 및 원천징수불이행가산세를 부과한 당초처분은 사실관계 및 법리해석을 오인한 잘못이 있는 처분으로 판단됨
[주 문] 동OO세무서장이 1997.12.3 청구법인에게 한 동 법인이 발행 하고 이를 인수한 청구외 OOOO은행 OO지점에 1996.1.1～12.31 사업연도에 지급한 이자에 대한 원천징수 불 이행가산세 266,257,830원 및 1997.1.1부터 6.30까지의 지급이 자에 대한 원천징수불이행가산세 166,014,245원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 OO교통공단법에 의하여 설립된 공공법인으로 OO지하철 2호선 건설소요자금으로 OOOO채권(이하 “쟁점채권”이라 한다)을 발행하고 이를 인수한 청구외 OOOO은행 OO지점(이하 “OO은행”이라 한다)에 이자를 지급(1996년도 13,312,892,919원, 1997년 1월부터 6월분 8,300,712,323원, 이하 “쟁점이자”라 한다)하였으나 이에 대한 법인세 원천징수를 하지 아니하여, 처분청은 1996년도 지급이자에 대한 원천징수불이행가산세 266,257,830원 및 1997년 1월～ 6월까지의 이자지급액에 대한 원천징수세액 1,826,156,700원(원천징수불이행가산세 166,014,245원을 제외한 나머지1,660,142,460원을 청구법인이 1997.12.19 납부하고 OO은행에서 1998년 3월의 법인세 신고시 1997년 법인세 기납부세액으로 공제되었음)을 1997.12.3 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.2.6 심사청구를 거쳐 1998.4.15 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인은 재정경제부(이하 “재경부”라 한다)에서 운영관리하는 공공자금관리기금(이하 “공공기금”이라 한다)을 조달 받기 위하여 OO지하철 2호선 건설사업과 관련하여 재경부에 자금지원을 요청하면 재경부는 OO은행에서 발행하는 OO금융채권을 인수하여 자금을 OO은행에 배정하며, OO은행은 청구법인이 발행하는 쟁점채권을 인수한 뒤 위의 지원자금을 청구법인에게 지급하고 동 법인은 쟁점채권의 발행조건에 따른 공채의 이율과 상환조건에 의하여 원리금을 OO은행에 지급하고 있으므로 쟁점채권에 대한 이자로 지급한 쟁점이자는 채권의 형식을 빌려 간접 차입한 것으로 대출이자의 일종이므로 원천징수대상에 해당되지 아니하는 것이다.
(2) 한편, 비록 처분청이 쟁점이자를 채권이자로 보더라도 같은 이자를 OO은행에 지급하면 OO은행은 OO금융채권이자에 해당되는 금액을 국가(재경부)에 바로 지급하기 때문에 청구법인이 지급한 쟁점이자는 그 실질귀속자가 국가이므로 관련법령의 규정에 의하여 원천징수대상이 아니므로 이를 원천징수대상으로 보아 과세한 당초처분은 위법·부당하여 취소되어야 한다.
(1) 청구법인은 공공기금을 받기 위하여 쟁점채권(또는 공채가증권)을 발행하고 OO은행과 쟁점채권총액인수계약을 체결하고 있는 바, 총액인수계약서 제5조 제1항 및 제3항에 의하면 청구법인이 공채증권을 발행하여 OO은행이 공급하는 공채인수대전과 상환교부하되 부득이한 경우 공채가증권을 발행교부할 수 있으며 공채가증권발행시 지체없이 공채증권을 발행하여 공채가증권과 상환교부하기로 규정된 것으로 보아, 청구법인이 공채증권대신 공채가증권을 발행함은 쌍방의 합의에 의한 것으로 언제든 본증권을 발행할 수 있으므로 공채가증권은 내용과 효력이 결국 본증권과 다를 바 없으므로 공채가증권도 채권으로 보아야 할 것이며,
(2) 청구법인은 쟁점채권가증권을 발행하고 이를 증권등록원에 등록발행하고 있는 바, 쟁점채권가증권 제6호 및 공사채등록법 제5조에 의하면 공채가증권의 발행자는 지체없이 증권예탁원발행 채권등록필증과 공채가증권을 상환교부하며 등록한 공사채에 대하여는 채권을 발행하지 아니하고 이미 채권이 발행된 공사채는 등록시 회수하기로 규정하여 등록과 발행의 중복을 규제하여 발행의 비용절감과 편의를 꾀하고 등록분에 대한 권익을 보호하고 있으며,
(3) 공사채등록법 제4조 제5항, 제5조 제3항 및 제6조 등에 공사채의 등록을 한 자는 언제든지 등록기관에 대하여 등록말소를 청구할 수 있으며 등록말소시 채권의 발행을 청구할 수 있고 또한 등록한 공사채를 이전하거나 담보권의 목적으로 하거나 신탁재산으로 위탁한 때에는 등록을 하도록 규정하고 있는 점 등으로 보아, 등록된 쟁점채권은 실물채권을 발행하지 아니하고 등록필증만으로 제3자에게 대항할 수 있어 등록분과 발행분의 채권의 효력이 대등하다고 볼 수 있으므로 채권발행조건에 의한 공채이율에 따라 채권인수자인 OO은행에 이자로 지급한 쟁점이자는 채권이자로 봄이 타당하여 처분청이 법인세법 제39조 제1항 및 같은법 시행령 제100조의 4 제1항 제3호 단서조항에 의거 원천징수대상소득으로 판단하여 쟁점이자에 대한 원천징수를 이행하지 아니한 청구법인에게 법인원천징수세액 및 원천징수불이행가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】제1항 내지 제2항에 각 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”, “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있으며, 국세기본법 기본통칙 2-1-5…14【거래의 실질내용 판단기준】에 “거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다.”라고 규정되어 있다.
(2) 소득세법(1994.12.22 법률 제4803호로 전문 개정된 것, 이하 같다) 제127조【원천징수의무】제1항 및 같은항 제1호에 “국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.”, “이자소득금액”이라고 각 규정하고 있으며, 같은조 제2항에 “제1항의 규정에 의한 원천징수를 하여야 할 자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위안에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항의 규정을 적용한다.”라고 규정되어 있고, 같은법 제16조【이자소득】제1항 및 제2호에 각 “이자소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.”, “내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액”이라고 규정하고 있고, 소득세법(1995.12.29 법률 제5031호로 개정된 것) 제46조【채권등에 대한 소득금액의 계산과 원천징수에 대한 특례】제1항에 “제16조 제1항 제1호·제2호·제6호 및 제7호에 규정하는 채권 또는 증권 및 다른 사람에게 양도가 가능한 증권으로서 대통령령이 정하는 것(이하 이 조에서 ‘채권등’이라 한다)에서 발생하는 이자와 할인액(이하 이 조에서 ‘이자등’이라 한다)은 당해 채권등의 상환기간중에 보유한 거주자 또는 비거주자(이하 이 조에서 ‘거주자등’이라 한다)에게 그 보유기간별 이자상당액이 각각 귀속되는 것으로 보아 소득금액을 계산한다.”라고 규정하고 있다. 소득세법 시행령(1995.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것, 이하 같다) 제102조【채권등의 범위등】제1항에 “법 제46조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 이자 또는 할인액을 발생시키는 유가증권(다음 각호의 증권을 포함하는 것으로 하되, 법률의 규정에 의하여 소득세가 면제된 채권등을 제외한다)을 말한다.”라고 규정하고, 같은항 제1호에 “금융기관이 발행한 예금증서 및 이와 유사한 증서. 다만, 총리령이 정하는 것을 제외한다.(1996.12.31 단서신설)”라고 규정되어 있다. 소득세법 시행규칙(1996.3.30 총리령 제562호로 개정된 것, 이하 같다) 제53조의 2【채권등의 범위】제1항에 “영 제102조 제1항 제1호의 규정에 의한 금융기관이 발행한 예금증서 및 이와 유사한 증서에는 법인세법시행규칙 제50조의 규정에 의한 금융보험업을 영위하는 법인이 당해 증서의 발행일부터 만기까지 계속하여 보유하는 예금증서(양도성예금증서를 제외한다)는 포함하지 아니하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있다.
(3) 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정된 것) 제1조【납세의무】제1항에 “국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 ‘내국법인’이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다.(이하생략)”라고 규정되어 있으며, 같은조 제4항에 “국가·지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 법인세(제59조의 2의 규정에 의한 특별부가세를 포함한다)를 부과하지 아니한다.(1974.12.21 개정)”라고 규정되어 있고, 같은법 제3조【실질과세】제1항 내지 제2항에 각 “자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 다른 경우에는 그것이 실질상 귀속되는 법인에게 이 법을 적용하여 법인세를 부과한다.”, “법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다.”라고 규정되어 있으며, 또한 법인세법(1995.12.29 법률 제5033호로 개정된 것) 제39조【원천징수】제1항에 “소득세법 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다), 동 법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 ‘원천징수의무자’라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산 한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서장에게 납부하여야 한다. 이 경우 이자소득의 지급시기등에 관하여는 대통령령으로 정한다.(후단개정)”라고 규정되어 있으며, 법인세법 시행령(1995.12.30 대통령령 제14861호로 개정된 것, 이하 같다) 제100조의 4【원천징수대상소득의 범위】제1항에 “법 제39조에 규정하는 이자소득금액, 증권투자신탁수익의 분배금에는 다음 각호의 소득은 포함하지 아니하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은항 제1호 및 제3호에 각 “법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득”, “총리령이 정하는 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액. 다만, 제91조의 3 제4항의 채권등의 이자와 할인액으로서 법 제39조의 규정에 의하여 원천징수되는 소득을 제외한다.”라고 규정되어 있고, 같은영 제91조의 3【채권등의 보유기간이자상당액에 대한 원천징수대상금액등】제1항 및 제4항에 각 “법 제39조의 규정을 적용함에 있어서 채권등의 이자소득금액(채권등의 이자와 할인액을 지급받기 전에 매도하는 경우에는 채권등을 매도하는 경우의 이자등을 말한다)에 대한 원천징수대상소득은 법인이 채권등을 취득하여 보유한 기간에 발생한 소득을 말한다.”, “제1항 및 법 제39조 제6항의 규정을 적용받는 채권등은 소득세법 제46조 제1항에서 규정하는 채권등으로 하되, 법인세가 비과세 또는 면제되는 것을 제외한다.”라고 규정되어 있으며, 또한 법인세법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정된 것) 제19조【대손충당금의 범위】제3항 제2호에 “OOOO은행법에 의하여 설립된 OOOO은행”이 규정되어 있다. 법인세법 시행규칙(1995.3.30 총리령 제492호로 개정된 것) 제50조【금융보험업의 범위】본문 및 제1호에 각 “영 제100조의 4 제1항 제3호에서 ‘총리령이 정하는 금융보험업을 영위하는 법인’이라 함은 다음 각호의 법인을 말한다.”, “영 제19조 제3항 각호에 규정하는 법인”이라고 규정하고 있으며, 한편법인세법 기본통칙(1997.4.1 개정) 4-5-1…39【원천징수대상이 되는 이자소득의 범위】제1항에 “법 제39조의 규정에 의하여 법인세 원천징수대상이 되는 이자소득은 소득세법 제16조에 게기하는 이자소득으로 한다. 다만, 영 제100조의 4에 규정하는 금액을 제외한다.”라고 규정되어 있다.
(1) 원천징수관련 전시법령을 정리하여 보면, 법인세가 부과되지 아니하는 국가·지방자치단체(지방자치단체조합을 포함)에 귀속되는 전소득〔이 경우 공공기금(국민연금관리기금: 재무부법인 22631-17, 1992.1.21 / 서울특별시 세입에 귀속되는 에너지관리공단의 수입이자: 법인 22601-340, 1990.2.1)을 관리·운용함에 따라 발생하는 소득도 실질적으로 국가등에 귀속되는 것이면 역시 비과세되는 것임〕은 원천징수대상소득에 해당되지 아니하며, 또한 총리령이 정하는 금융보험업을 영위하는 법인(OO은행도 포함됨, 이하 “금융보험업자”라 한다)의 수입금액(금융보험업자에게 귀속되는 이자소득은 사업소득으로 여기에 포함되는 것임)중 법인세법 제91조의 3 제4항에 규정된 채권등의 이자와 할인액에 대해서만큼은 원천징수를 하도록 규정하고 있음이 확인된다.
(2) 이 건 관련자료를 토대로 먼저 쟁점채권의 발행경위 및 그에 대한 원리금 상환절차에 대하여 살펴보면, (가) 우선 재경부가 운용·관리하는 공공기금을 정부투자기관이 아닌 청구법인이 지원받기 위하여 공공기금의 배정을 재경부에 신청(1996년도 공공기금 지원요구 건의문: 재무 431-2452, 1995.7.31 공공기금 소요판단 및 내역자료 / 1996년 공공기금 운용자료 제출: 재무 431-4217, 1995.12.11 / 1996년도 공공기금 인수계획의 통보, 월별인수계획 및 수입지출전망, 부채상환계획-OO은행: 재무 490-3972, 1995.11.25 각 참조)하면 재경부가 공공기금의 배정을 통보(1996년 공공기금 지출계획통보 및 자료요청: 재투 45125-765, 1995.11.7 / 1996년 공공기금 원별 국공채인수계획 통보: 재투 45125-35, 1996.1.25 등 참조)하고 그 절차로 OOOO은행(OO은행의 본점)이 재경부에 OO금융채권 인수신청서〔산수개(부부) 5223-447, 1996.5.6. / 발행목적: OO지하철건설지원, 이율: 인수당시 공공기금의 예탁기간 5년 예탁금에 대한 금리- 단, 예탁금리의 변동 가능, 이자지급 3·6·9월말 및 12월 20일〕를 제출하여 재경부와 1996년 공공기금 OO금융채권(2종)인수약정서〔발행목적: OO지하철건설지원자금의 조성을 위한 산금채등, 이자율: 신청서와 동일, 만기: 5년, 상환방법: 만기일에 원금을 일시상환, 자금의 용도:OO은행은 조달되는 자금을 반드시 발행목적에 부합되도록 사용하여야 함, OO은행은 조달되는 자금을 공채 또는 사채인수방식으로 실수요자(여기서는 청구법인)에게 지원함, 실수요자가 발행하는 공채이자율은 위의 이자율에 일반관리업무비용 0.1%p와 교육세 0.05%p만을 가산하여 적용하며 만기는 쟁점채권의 발행일로부터 5년으로 함〕를 체결하여 OOOO은행은 OO금융채권(2종)을 발행하고 이에 재경부는 공공기금을 송금하게 된다. (나) 다음으로 청구법인은 OOOO은행에 공공기금인수를 위한 쟁점채권의 총액인수계약체결 및 쟁점채권의 발행을 건의(쟁점채권 총액인수계약관련: 재무 490-1685, 1996.5.3 / 쟁점채권발행관련: 재무 490-1755, 1996.5.7 / 기타: 1996. 5월～6월 자금수급계획, 관리기금 지출요청서)하여 OOOO은행과 쟁점채권총액인수계약(쟁점채권가증권)〔발행조건(발행총액: 10,000,000,000원, 공채의 이율: 분기변동금리, 발행일자: 1996.5.15, 원리금 지급장소: OO은행) / 상환조건(원금은 공채발행일로부터 5년만기 일시상환, 약정이자는 매년 3.31, 6.30, 9.30, 12.20 및 만기일에 납입기일까지의 이자를 지급, 원리금의 연체시 연 17%의 연체이자를 지급 / 공채증권의 발행: 발행자는 지체없이 증권예탁원 발행 채권등록필증과 공채가증권을 상환교부함〕을 체결하고 공공기금을 수령한 뒤, 증권예탁원에 쟁점채권의 발행내역을 통지(쟁점채권 발행내역통지: 재무 490-1888, 1996.5.15 참조)하여 증권예탁원으로부터 공사채 등록통지서를 송부 받으며 또한 OOOO은행(OO은행의 본점)은 증권예탁원에 쟁점채권을 등록청구한 후 등록필증 및 채권자 통지명세서를 교부받으며, 재경부는 다시 원리금 지급통지서를 OO은행에 발송하여 이에 OO은행은 청구법인에게 원리금 상환자금을 청구(공공기금 1997. 1/4분기 국공채 이자납입고지: 재투 41333-182, 1997.3.21 / 대출원리금 납입통지서 / 1997. 1/4분기 공공자금관리기금 이자지급: 재무 430-1201, 1997.3.31 / 1997년 공공자금관리기금 BS-재경부 등의 참조)하여 원리금을 전도 받은 뒤 업무관리비용 0.1%와 교육세 0.05%를 제외한 나머지 원리금을 재경부에 당일자로 귀속시키게 되는 것으로 쟁점채권의 발행 및 상환구조가 이루어져 있음이 확인된다. (다) 한편 쟁점채권 총액인수계약서, 쟁점채권 가증권, 공사채등록법, 공사채등록업무규정 등을 근거로 쟁점채권과 일반채권의 차이점을 보면, 두 채권은 별지 표1과 같이 현물발행여부·양도가능성·원리금 지급방법·원리금 납부장소·분할상환의 가능여부·자금용도 및 권종 등의 여러가지 면에서 서로 다른 점이 있음이 나타난다.
(3) 위의 쟁점채권의 발행 및 상환과 전시법령의 규정을 모두어 살펴보면, (가) 쟁점이자는 그 실질이 정부투자기관이 아닌 청구법인이 고유목적사업을 위하여 재경부가 관리하는 공공기금을 OOOO은행을 통하여 간접차입하여 사용한 뒤 동 기금에 대하여 사전약정된 만기에 원리금을 OO은행에 상환하여 업무관리비용 및 교육세를 제외한 나머지 원리금이 상환당일자로 재경부에 귀속되는 구조임이 확인되고 있는 이상, 그렇다면 일반채권과 차이점이 명백히 인식되는 쟁점채권은 그 형식명칭에 불구하고 실질내용은 차입금에 해당된다고 해석하는 것이 타당하며 따라서 쟁점이자 또한 청구법인이 차입한(재경부가 대출한) 공공기금의 사용에 대한 차입금이자로 처음부터 원천징수대상소득에 해당되지 아니한다고 봄이 상당하고, (나) 또한, 비록 처분청의 의견과 같이 쟁점이자가 관련법령에 규정된 원천징수대상이 되는 금융보험업자에게 귀속되는 채권이자소득이라 하더라도 위에서 본 바와 같이 청구법인이 약정이자는 각 지정된 기일에 또한 원금은 만기에 일시 상환하여 사실상 중도양도가 불가능하여 소득세법 시행령 제102조 제1항 제1호 및 같은법 시행규칙 제53조의 2 제1항의 규정에 의하여 원천징수대상소득에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 한편 쟁점이자는 그 형식상의 귀속자에 불구하고 그 실질귀속(위탁)자 및 관리·운영의 주체가 명의상의 귀속(수탁)자인 OOOO은행이 아니라 원천징수납세의무가 없는 재경부임이 밝혀진 이상 재경부를 납세의무자로 하여 세법을 적용하게 되므로 여기서도 쟁점이자를 원천징수대상소득에서 제외시키는 것의 타당성은 인정된다고 하겠다.
(4) 그러므로 쟁점이자가 원천징수대상소득에 해당되지 아니한다는 청구주장은 타당성이 인정되는 반면, 이와 다른 논지로 동 이자를 원천징수대상소득으로 간주하여 청구법인에게 법인세원천징수세액 및 원천징수불이행가산세를 부과한 당초처분은 사실관계 및 법리해석을 오인한 잘못이 있는 처분으로 판단된다.