기업합리화적립금을 추가 적립하지 않았다고 보아 그 세액공제를 배제한 처분의 당부

○○○세무서장이 1997.10.21 청구법인에게 한 1993.1.1∼1993.12.31 사업연도분 법인세 53,389,800원의 부과처분은 이 를 취소한다.

청구법인은 부산광역시 ○○○구 ○○○동 ○○○에서 단조제품을 생산하는 중소제조업체로서 구 조세감면규제법 제72조(임시투자세액공제)의 규정에 의하여 1993.1.1∼1993.12.31사업년도(이하 "1993사업년도"라 한다) 법인세 과세표준 및 세액신고시 37,963,104원을, 1994.1.1∼1994.12.31사업년도(이하 "94사업년도"라 한다) 법인세 과세표준 및 세액신고시 177,000,000원을 각각 공제감면세액으로 하여 산출세액에서 이를 차감하고 1993·1994사업년도 법인세를 신고납부하였으나, 1995.8월경 청구법인의 1993·1994사업년도에 대한 처분청의 법인세 경정조사결과 각 사업년도 법인세과세표준 및 세액계산시 산출세액에서 차감될 임시투자세액이 1993사업년도 경우 102,462,562원으로, 1994사업년도 경우 149,036,357원으로 각각 경정됨에 따라 1993사업년도의 경우 청구법인이 추가로 공제받아야 할 임시투자세액이 36,535,825원(이하 "쟁점공제세액"이라 한다)으로 증가하였다. 처분청은 청구법인이 구 조세감면규제법 제123조 제1항의 규정에 의하여 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 법인세경정일이 속하는 1995사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 이를 적립하지 아니하였다는 이유로 조세감면규제법 제123조 제2항의 규정에 의거 세액공제를 배제하고 미납부가산세를 적용하여 1997.10.21 청구법인에게 1993사업년도 법인세 53,389,800원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하고 1997.11.27 심사청구를 거쳐 1998.3.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 조세감면규제법 제123조의 규정은 공제감면세액에 상당하는 금액을 사내유보함으로써 재무구조의 건실화를 도모하고 아울러 공제감면에 대한 사후관리를 위한 방법으로 공제감면세액에 상당하는 금액을 그 공제감면받은 사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립할 것을 의무화하고 있는 것으로 사료되는바, 청구법인은 처분청의 1993·1994사업년도 법인세경정조사와 관련하여 증가된 쟁점공제세액 상당액을 1995사업연도 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하지 않았으나 당해 이익잉여금이 배당 등으로 사외유출되지 않았고, 또 청구법인이 1997.6.20 임시주주총회를 개최하여 쟁점공제세액을 기업합리화적립금으로 적립하고 이를 장부에 반영하였으므로 법인세경정일이 속하는 1995사업년도의 이익금처분시 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 추가적립하지 아니하였다 하여 세액공제규정의 적용을 배제함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 조세감면규제법 제72조의 규정에 의하여 추가로 공제받은 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 법인세경정일이 속하는 1995사업년도의 이익금 처분시 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 이를 적립하지 아니하였으므로 구 조세감면규제법 제123조 제2항의 규정에 의하여 세액공제를 배제하고 미납부 가산세를 적용하여 청구법인에게 1993사업년도 법인세를 결정고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인에 대한 법인세경정조사결과 기업합리화적립금의 적립대상이 되는 공제감면세액(쟁점공제세액)이 증액된 경우 청구법인이 처분청에서 그 세액공제를 배제하는 과세처분을 하기 전에 임시주총을 개최하여 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 추가적립한 경우 청구법인이 이 건 법인세경정일이 속하는 1995사업년도의 이익금처분시 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 추가적립하지 아니하였다 하여 그 세액공제를 배제하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

(1) 조세감면규제법 제72조(임시투자세액공제) 제1항은 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자를 한 경우에는 그 투자금액의 100분의 10)을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제24조 제1항 제1호에서 제조업을 영위하는 중소기업이 당해 사업에 직접 사용하는 기계장치를 새로 취득하기 위하여 1992년 1월 1일부터 1994년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당해 과세연도에 국산기자재를 사용하여 투자한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 과세연도의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있다.

(2) 조세감면규제법 제123조(기업합리화적립금) 제1항은 법 제72조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제2항에서는 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제108조 제1항은 법 제123조 제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"로서 기업회계상처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로서 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못하는 경우와 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항 의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우를 규정하고 있으며 같은조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업년도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업년도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계

(1) 청구법인은 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 이 건 법인세경정일이 속하는 1995사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 추가적립하지 아니하였으나,

(2) 1997.10.21 처분청이 세액공제의 적용을 배제하는 과세처분을 하기 전인 1997.6.20 청구법인이 임시주총을 개최하여 이익금처분을 한 후 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 청구법인의 기업합리화적립금계정에 계상하고 추가적립한 사실과 1993∼1997사업년도까지 청구법인의 미처분 이익잉여금이 기업합리화적립금 및 기타 준비금만으로만 처분되었을 뿐 배당 등으로 사외유출되지 않은 사실이 1997사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고서상 기업합리화적립금명세서와 이익잉여금처분계산서, 임시주주총회 의사록 및 그 인증서, 1997사업년도의 대차대조표, 기업합리화적립금계정에 의하여 각각 확인된다.

• 라. 판단

(1) 조세감면규제법 제123조 제1항에서 조세감면규제법 제27조의 규정에 의하여 임시투자세액공제를 적용받은 내국법인이 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 하는 취지는 그 공제받은 임시투자세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 기업합리화적립금으로 적립하였다가 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해 기업의 재무구조를 개선하고 견실화를 기하기 위한 것으로 해석되므로(국심94서2222, 1994.11.28, 같은뜻), 내국법인이 법인세 수정신고기한이 경과한 후에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실을 발견하고 그 세액공제를 배제하는 과세처분이 있기 전에 그 공제감면세액을 기업합리화적립금으로 적립하였다면 기공제감면세액을 추징할 수 없다 할 것이다(대법원 95누17014, 1996.2.23, 같은뜻).

(2) 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 1993·1994사업년도에 대한 처분청의 법인세경정으로 인하여 증액된 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 당해 법인세경정일이 속하는 1995사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 추가적립하지는 아니하였으나, 청구법인이 1993∼1997사업년도까지 미처분 이익잉여금을 처분하여 배당 등으로 사외유출시키지 않고 기세액공제를 배제하는 처분청의 과세처분이 있기 전에 임시주총을 개최하여 이익잉여금의 처분결의를 한 후 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 추가적립하였다면 조세감면규제법 제123조 제1항의 규정에 의하여 공제감면세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 하는 취지에 부합되는 것으로 볼 수 있어 조세감면규제법 제27조 제1항에서 규정하고 있는 세액공제의 적용을 배제할 수 없다 할 것임에도 청구법인이 이 건 법인세경정일이 속하는 사업년도의 이익금처분시 쟁점공제세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 추가적립하지 아니하였다 하여 세액공제의 적용을 배제함은 부당한 것으로 판단된다.(국심98구2289, 1999.12.29 합동회의 같은 뜻임)

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.