[요지] 청구인이 농민이라는 입증을 제시하지 않고 있을 뿐만 아니라 위 사실관계에 나타난 바와 같이 토지는 10년 동안 농지로 사용되지 아니하다가 공공용지로 수용되었으므로 양도당시 농지라고 인정되지 아니하므로 농어촌특별세 비과세를 규정한 농어촌특별세법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에 규정하는 농어촌특별세비과세 요건(농민이 직접 자경한 토지)을 갖추지 못하여 농어촌특별법시행령 제4조 제7항의 적용대상이 아니라고 판단되므로 처분청이 토지에 대한 양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 인정됨
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 85.5.3부터 부산광역시의 쓰레기매립장으로 사용되다가 93.6.16 택지개발사업인정고시된 부산광역시 북구 OO동 OOO지구 택지개발사업시행지역내에 위치한 위 같은동 OOOO 답 377.18㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 부산광역시에 협의양도(수용)하고, 96.2.28 쟁점토지의 양도에 대한 자산양도차익예정신고를 하면서 조세감면규제법상 공공사업용지 등에 대한 양도소득세 면제규정을 적용하여 양도소득세 8,863,110원을 감면하는 것으로 한 나머지 금액의 양도소득세 3,418,630원과 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 1,772,620원을 납부하였다가 97.5.7 위 신고내용에 오류가 있다는 이유로 농어촌특별세 1,772,620원을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이에 대하여 청구인에게 환급가부에 대하여 통지를 하지 아니하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.8.8 심사청구를 거쳐 97.11.28 이 건 심판청구를 하였다. 2 청구주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 농어촌특별세법(94.3.24 법률 제4743호로 제정된 것) 제3조 제1호에서 “조세감면규제법의 규정에 의하여 소득세의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다”고 규정하고 있으며, 부칙 제1조에서는 “이 법은 94.7.1부터 시행한다”고 규정하고, 부칙 제3조 단서에서 양도소득세의 감면의 경우에 부과되는 농어촌특별세는 시행 기간중에 양도하는 분에 대하여 적용한다고 규정하고 있으며, 농어촌특별세법 제4조 제2호는 “농어민(양축가를 포함한다. 이하같다) 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인과 위탁영농회사를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 비과세하는 것”으로 규정하고 같은법시행령 제4조 제1항에서 “법 제4조 제2호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다”고 하고 제1호에서 조세감면규제법 제63조〔조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다〕등의 규정에 의한 감면을 규정하고 있다. 또한 같은법시행령 제4조 제7항은 “이 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동 법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다.
(2) 조세감면규제법(1995.12.29 법률 제5308호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항에서 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 등에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 분에 대하여는 100분 75)에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 같은법부칙(1994.3.24 법률 제4743호로 개정된 것) 제16조 제3항에서 “이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다”고 하고 제1호에서 1992년 12월 31일 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”를, 제2호에서 “제1호 외의 경우로서 1993년 12월 31일 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다”고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법 제57조 제1항에서는 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로서 발생하는 소득은 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다고 하고, 다만 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다 고 규정하고 있다. 또한 양도소득세 면제에 관한 조세감면규제법 제55조 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 말한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 하고 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자”를 규정하고 같은법시행령 제54조 제2항에 “법 제55조 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 거주자를 말한다 고 하고 제1호에서 “농지가 소재하는 시·구(특별시와 직할시의 구를 말한다. 이하에서 같다)·읍·면 안의 지역”을, 제2호에서 “제1호의 지역과 연접한 시·구·읍·면 안의 지역”을, 제3호에서 “농지로부터 농지임대차관리법시행령 제23조 제2항 제2호에 규정된 거리(20㎞) 이내에 있는 지역”을 규정하고 있다.
(1) 먼저 이건 청구가 적법한 청구인지를 보면 청구인이 96.2.28 쟁점토지 양도당시(95.12.30)의 조세감면규제법과 농어촌특별세법을 적용하여 양도소득세 감면세액 8,863,110원을 제외한 나머지 양도소득세 3,418,630원과 농어촌특별세 1,772,620원을 납부세액으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였다가 97.5.7 택지개발사업인정고시 당시의 조세감면규제법을 적용하여 농어촌특별세를 비과세하여 환급하여 줄 것을 경정청구한데 대해 처분청은 아무런 처분을 하지 아니한 사실이 자산양도차익예정신고서 및 경정청구서 등 관련자료에 의하여 확인되는 바, 국세기본법 제45조의2 제3항에 “결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액 등을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다”고 규정하고 있어 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 이를 조사·통지하고 경정할 사항이 있으면 경정할 법률상 의무가 있음에도 불구하고 부작위 상태로 계속 방치하고 있었으므로 청구인은 처분청의 부작위로 인하여 위법·부당한 상태가 존속하고 있어 그 불복청구기간에 제한을 받지 않고 심사청구를 할 수 있다 할 것(같은 뜻: 국심 97중 597, 98.3.24)이므로 이 건 청구는 적법한 청구라고 인정된다.
(2) 쟁점토지에 대한 사업인정고시(93.6.16) 후에 농어촌특별세가 시행(94.7.1)되었기 때문에 쟁점토지의 양도(95.12.30)에 대하여 농어촌특별세가 과세되지 아니하는지 여부에 대하여 본다. (가) 쟁점토지의 등기부등본을 보면 청구인은 청구인의 부(父) OOO이 67.4.12 취득한 부산광역시 북구 OO동 OOOO 답 1,603㎡의 청구인 상속지분(4/17) 377.18㎡를 85.11.21 상속으로 취득하여 95.12.30 부산광역시에 공공사업용지로 협의양도(수용)하였음이 확인되고, 청구인이 제시한 심리자료를 보면 부산광역시장과 쟁점토지를 포함한 매립지의 지주대표들은 쟁점토지와 주변지역이 상습침수지역이므로 매립하여 농지로 사용하기로 하고 매립을 위하여 쟁점토지상에 쓰레기를 매립하고(부산시 청소 31820-1163, 85.5.2에 의거 85.5.3부터 쓰레기매립장으로 사용), 85년부터 매립이 완료될때 까지 부산광역시는 지주들에게 매년 작물보상을 하기로 85.2 약정하였고, 87.4 매립이 완료되었으나 지반으로부터 가스가 방출되어 경작을 하지 못하고 있던 중에 88.12 택지개발지구로 지정되었고 93.6.16 사업인정고시(건설부고시 제210호)되었으며, 95.12.30 부산직할시에 수용되었음을 알 수 있다. (나) 청구인은 청구인의 부(父)로부터 85.11.21 상속으로 취득한 쟁점토지가 97.7.1 농어촌특별세법이 시행되기 전인 93.6.16 택지개발 사업인정 고시되었으므로 쟁점토지의 양도소득세 감면분에 대한 농어촌특별세는 소급입법에 의한 과세라고 주장하는 바, 농어촌특별세법 부칙 제1조에서 “이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다”고 규정하고 부칙 제3조에서 “제5조 제1호에 규정된 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 세액에 부과되는 농어촌특별세는 이 법 시행일로부터 2004년 6월 30일까지의 기간(이하 “시행기간”이라 한다)중에 종료되는 과세연도분에 대하여 적용한다”(이하 생략)고 규정하고 있으므로 농어촌특별세법 시행 이후인 95.12.30 양도한 쟁점토지에 대하여 농어촌특별세를 과세한 것은 소급입법에 의한 과세에 해당되지 아니한다고 판단된다. (다) 또한, 청구인은 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의하더라도 이 건 농어촌특별세는 비과세되어야 한다는 주장이나, 동 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세대상(이 건의 경우는 농민이 직접 경작한 토지여야 함)에 해당되고 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세 등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 의한 감면세액에 대하여도 농어촌특별세를 비과세한다는 의미인 바, 청구인은 93.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안의 쟁점토지를 공공사업의 시행자에게 양도하였으므로 양도소득세에 대하여는 전시 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제2호에 의한 공공사업용지로 양도된 토지의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에는 해당된다 하겠으나, 청구인이 농민이라는 입증을 제시하지 않고 있을 뿐만 아니라 위 사실관계에 나타난 바와 같이 쟁점토지는 10년 동안 농지로 사용되지 아니하다가 공공용지로 수용되었으므로 양도당시 농지라고 인정되지 아니하므로 농어촌특별세 비과세를 규정한 농어촌특별세법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에 규정하는 농어촌특별세비과세 요건(농민이 직접 자경한 토지)을 갖추지 못하여 농어촌특별법시행령 제4조 제7항의 적용대상이 아니라고 판단되므로(같은뜻: 국심 95경 3723, 96.2.14) 처분청이 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 인정된다.