[요지] 청구인은 93.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안의 토지를 공공사업의 시행자에게 양도하였으므로 양도소득세에 대하여는 공공사업용지로 양도된 토지의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에는 해당된다 하겠으나, 청구인이 농민이라는 입증을 제시하지 않고 있어 처분청이 농어촌특별세를 비과세 하여야 한다는 청구인의 경정청구를 받아 들이지 아니한 처분은 정당함
[요지] 청구인은 93.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안의 토지를 공공사업의 시행자에게 양도하였으므로 양도소득세에 대하여는 공공사업용지로 양도된 토지의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에는 해당된다 하겠으나, 청구인이 농민이라는 입증을 제시하지 않고 있어 처분청이 농어촌특별세를 비과세 하여야 한다는 청구인의 경정청구를 받아 들이지 아니한 처분은 정당함
[참조결정] 국심1995경3723
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 85.5.3부터 부산광역시의 쓰레기매립장으로 사용되다가 93.6.16 택지개발사업 지구로 사업인정고시된 부산광역시 북구 OO동 OOO지구 택지개발사업시행지역내에 위치한 위 같은동 OOOO 답 2,983.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 95.12.30 부산광역시에 협의양도하고, 96.3.21 쟁점토지의 양도에 대한 자산양도차익 예정신고시 감면세액을 1억원으로 하여 양도소득세 91,235,860원과 농어촌특별세 20,000,000원을 신고 납부하였다가 97.5.6 이건 양도소득세 감면세액을 3억원으로 하고 농어촌특별세는 비과세하여야 한다고 경정청구한 바 있으나, 처분청은 청구인의 경정청구가 이유 없다고 하여 97.6.10 청구인에게 통지한 바 있다. 청구인은 이에 불복하여 97.8.8 심사청구를 거쳐 97.11.28 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 조세감면규제법(1995.12.29 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항에서 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로서 발생하는 소득”에 대하여는 “양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 분에 대하여는 100분 75)에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 부칙(법률 제4666호 1993.12.31) 제16조 제3항에서 “이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다”고 규정하고 제1호에서 1992년12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”를, 제2호에서 “제1호 외의 경우로서 1993년12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다”고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항에서는 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로서 발생하는 소득은 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다고 하고, 다만 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받은 분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다 고 규정하고 있다. 또한 조세감면규제법 제119조에서 “개인이 제63조의 규정에 의하여 감면받은 양도세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”고 규정하고 있고, 구조세감면규제법 제88조의 2에서는 “개인이 제57조의 규정에 대하여 감면받는 양도세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”고 규정하고 있다.
(2) 농어촌특별세법(94.3.24 법률 제4743호로 제정된 것) 제3조 제1호에서 조세감면규제법의 규정에 의하여 소득세의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있으며, 부칙 제1조에서는 동법은 94.7.1부터 시행한다고 규정하고, 부칙 제3조 단서에서 양도소득세의 감면의 경우에 부과되는 농어촌특별세는 시행 기간중에 양도하는 분에 대하여 적용한다고 규정하고 있으며, 농어촌특별세 비과세에 관한 농어촌특별세법 제4조 제2호에서 농어민(양축가를 포함한다. 이하같다) 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인과 위탁영농회사를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 비과세하는 것으로 규정하고 같은법시행령 제4조 제1항에서 법 제4조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다고 하고 제1호에서 조세감면규제법 제63조〔조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다〕등의 규정에 의한 감면을 규정하고 있다. 또한 같은법시행령 제4조 제7항에서 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
(3) 소득세법 제27조 및 같은법시행령 제53조 제1항 등에 의하면 양도 또는 취득의 시기는 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 하고 있다.
(1) 이 건 양도세 감면세액 한도가 얼마인지 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점토지를 84.10.15 매매를 원인으로 취득하여 95.12.30 부산광역시에 협의 양도하였음이 등기부등본에 나타나고 있고, 부산광역시장은 택지개발촉진법 제8조에 의하여 93.6.16 사업인정고시(OOO지구 택지개발사업)하였으며, 청구인은 이건 관련 보상금을 96.1.4 수령하였음이 토지수용(협의매수)확인서에 나타나고 있다. (나) 청구인은 쟁점토지의 사업인정고시는 헌법이 보장한 재산권보장의 예외적 침해이며 사업인정고시되면 본인 의사와 상관없이 강제수용의 절차가 시작되어 손실보상이 이루어질 때까지 사실상의 재산권 행사가 불가능하므로 사업인정고시일(93.6.16)당시의 법률에 의해 양도소득세 감면 종합한도 3억원을 적용하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다. 관련법령에 의하면 자산의 양도에 있어서 대금을 청산하기 전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 등기접수일을 양도시기로 한다고 하고 있는 바, 이건의 경우 보상금은 96.1.4 수령하였으나 소유권은 95.12.30 부산광역시에 이전되었으므로 쟁점토지의 양도시기는 소유권이 이전된 95.12.30이라 할 것이다. 자산의 양도시기는 자산의 양도차익을 계산하기 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 및 면제요건에 해당하는지 여부를 가리는 기준시기도 되고 나아가 법령적용의 기준시기가 된다고 할 것이므로(대법원 판례 94누 2480, 94.8.26 같은뜻임), 이건은 1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법(94.1.1부터 시행)의 적용대상이라 할 것인 바, 다만 동법 부칙 제16조 제3항 제2호에 의해 1993년 12월31일 이전에 사업인정고시된 지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 제57조(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의한다고 하고 있어, 이 건의 경우 양도소득세 감면율은 종전규정을 적용하여야 하나 감면한도액은 쟁점토지 양도당시의 조세감면규제법 제119조에 의하여 1억원을 한도로 하여야 할 것이므로 처분청이 이건 감면 한도를 3억원으로 하여야 한다는 청구인의 경정청구를 받아들이지 아니한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.
(2) 다음으로 쟁점토지가 농어촌특별세 비과세대상에 해당되는지에 대하여 본다. (가) 청구인이 제시한 심리자료를 보면 부산광역시장과 쟁점토지를 포함한 매립지의 지주대표들은 쟁점토지와 주변지역이 상습침수지역이므로 매립하여 농지로 사용하기로 하고 매립을 위하여 쟁점토지상에 쓰레기를 매립하고(부산시 청소 31820-1163, 85.5.2에 의거 85.5.3부터 쓰레기매립장으로 사용), 85년부터 매립이 완료될 때까지 부산직할시는 지주들에게 매년 작물보상을 하기로 85.2 약정하였고, 87.4 매립이 완료되었으나 지반으로부터 가스가 방출되어 경작을 하지 못하고 있던 중에 88.12 택지개발지구로 지정되었고 93.6.16 사업인정고시(건설부고시 제210호)되었으며, 95.12.30 부산광역시에 협의양도되었음을 알 수 있다. (나) 청구인은 84.10.15 취득한 쟁점토지가 농어촌특별세법이 94.7.1 시행되기 전인 93.6.16 택지개발사업지구로 사업인정고시되었으므로 쟁점토지의 양도소득세 감면분에 대한 농어촌특별세는 소급입법에 의한 과세라고 주장하는 바, 농어촌특별세법 부칙 제1조에서 “이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다”고 규정하고 부칙 제3조에서 “제5조 제1호에 규정된 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 세액에 부과되는 농어촌특별세는 이 법 시행일로부터 2004년 6월30일까지의 기간(이하 “시행기간”이라 한다)중에 종료되는 과세연도분에 대하여 적용한다”(이하 생략)고 규정하고 있으므로 농어촌특별세법 시행 이후인 95.12.30 양도한 쟁점토지에 대하여 농어촌특별세를 과세한 것은 소급입법에 의한 과세에 해당되지 아니한다고 판단된다. (다) 또한, 청구인은 농어촌특별세법 제4조 제7항의 규정에 의하더라도 이 건 농어촌특별세는 비과세되어야 한다는 주장이나, 동 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세대상(이건의 경우는 농민이 직접 경작한 토지여야 함)에 해당되고 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세 등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 의한 감면세액에 대하여도 농어촌특별세를 비과세한다는 의미인 바, 청구인은 93.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안의 쟁점토지를 공공사업의 시행자에게 양도하였으므로 양도소득세에 대하여는 전시 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제2호에 의한 공공사업용지로 양도된 토지의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에는 해당된다 하겠으나, 청구인이 농민이라는 입증을 제시하지 않고 있을 뿐만 아니라 위 사실관계에 나타난 바와 같이 쟁점토지는 10년 동안 농지로 사용되지 않다가 공공용지로 수용되었는 바, 양도당시 농지라고 인정되지 아니하므로 농어촌특별세법상 비과세규정인 제4조 제1호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에 규정하는 농어촌특별세비과세 요건(농민이 직접 자경한 토지)을 갖추지 못하여 농어촌특별법시행령 제4조 제7항의 적용대상이 아니라고 판단된다(같은뜻: 국심 95경3723, 96.2.14) 따라서 처분청이 이건 농어촌특별세를 비과세 하여야 한다는 청구인의 경정청구를 받아 들이지 아니한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.