자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자인 청구법인의 사업용 고정자산인 건물의 매각에 따라 납부할 부가가치세 세액도 조세감면규제법 제100조의 2 규정이 적용되어 100분의 50이 경감되는지 여부(취소)

[주 문] 북부산세무서장이 ’97.8.12 청구법인에게 결정고지한 ’95년 제2기분부가가치세 20,429,010원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 부산광역시 북구 OO동 OOOOOO에서 (주)OO이라는 상호로 자동차운수사업법상 일반택시운송업을 영위하던 법인으로서, '95년 제2기 부가가치세 과세기간동안에 청구법인의 소유로서 사업장으로 사용하던 부산광역시 북구 OO동 OOOOOO 건물 930.56㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)가 청구외 부산광역시 OO개발공사에 수용되어 보상금 299,332,791원(부가가치세 제외금액)을 수령하였는 바, 청구법인은 ’95년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점건물의 매각과 관련하여 조세감면규제법 제100조의 2 규정을 적용하여 납부할 부가가치세 50%에 상당하는 세액을 감면신고하였다.
• 나. 처분청은 위 쟁점건물의 매각에 대하여는 고정자산의 매각에 해당되어 조세감면규제법 제100조의 2 규정이 적용되지 않는다 하여 ’97.8.12 청구법인에게 ’95년 제2기분 부가가치세 20,429,010원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 ’97.10.8 심사청구를 거쳐 ’97.12.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 조세감면규제법 제100조의 2 규정에서 “자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다”라고 규정한 것은 당해 사업자가 신고납부하는 부가가치세 전부를 포괄적으로 규정한 것이며, 어떤 부분의 성질의 것을 가려서 그 세액만을 경감한다는 뜻이 아닌 것이 명백한 성문법의 표현으로서 달리 해석할 여지가 없는 바, 처분청이 국세청 예규(부가 46015-973, ’96.5.20)에 따라 법을 떠난 자의적인 해석을 하여 쟁점건물 매각과 관련한 부가가치세 납부상당세액의 감면을 배제한 처분은 부당하다. 더구나 쟁점건물의 매각은 청구법인의 필요에 의한 것이 아니라 당국의 일방적 수용에 의하여 본의 아니게 사업용자산을 수용당하여 많은 불이익이 있는 경우로서 이 건 과세는 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제100조의 2 규정은 자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자의 운송용역 제공분에 대한 납부세액의 100분의 50을 경감하는 것으로, 당해 사업에 사용하던 고정자산 매각분에 대하여는 적용하지 않는 것(국세청 부가 46015-973, ’96.5.20)으로 해석되고 있으므로 청구법인의 쟁점건물이 수용된 것과 관련하여 부가가치세 납부상당세액의 100분의 50을 경감하지 아니한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자인 청구법인의 사업용 고정자산인 쟁점건물의 매각에 따라 납부할 부가가치세 세액도 조세감면규제법 제100조의 2 규정이 적용되어 100분의 50이 경감되는지 여부
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제100조의 2에서 자동차운수사업법상 일반택시운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다('95. 8. 4 신설)고 규정하면서, 같은 법 부칙(’95.8.4 법률 제4952호) 제1조에서 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제15조의 2의 개정규정은 1996년 1월 1일부터 시행하고, 제99조 제4호의 개정규정은 1995년 10월 1일부터 시행한다고 규정하고, 제5조에서 제100조의 2 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 1997년 12월 31까지 종료하는 과세기간분까지 적용한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 전술한 조세감면규제법 제100조의 2에서 규정하고 있는 자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자라는 점과 청구법인의 소유이면서 사업장으로 사용되고 있던 쟁점건물이 수용되어 청구법인이 보상금을 수령하였다는 데에는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다.

(2) 처분청은 국세청 예규(부가 46015-973, ’96.5.20)를 처분근거로 하여 “조세감면규제법 제100조의 2 규정은 자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자의 운송용역 제공분에 대한 납부세액의 100분의 50을 경감하는 것으로, 당해 사업에 사용하던 고정자산 매각분에 대하여는 적용되지 아니하는 것”이라고 보아 쟁점건물의 매각과 관련하여 이 건 부가가치세를 과세하였음이 관련자료에서 확인된다.

(3) ’95.8.4 신설된 조세감면규제법 제100조의 2 규정의 신설취지는 “지하철공사 등으로 인한 교통난 가중으로 택시운영이 어렵고 택시기사의 처우가 열악한 실정에 있어, 회사택시의 납부세액 경감분은 전액 운전기사 처우개선에 활용토록 유도하기 위함”에 있다(재정경제원 ’96년 1월 발간 - ’95년 개정세법 주요내용 참조)고 할 것인 바, 이에 따라 '95. 8. 4 신설된 조세감면규제법 제100조의 2 규정 및 같은 법 부칙 제1조와 제5조 제1항의 규정은 ’95.8.4～’97.12.31간 자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다고 규정되어 있을 뿐 일반택시 운송사업자의 운송용역 제공분에 대하여만 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다고 규정한 바가 없다. 즉 ’95.8.4 신설된 조세감면규제법 제100조의 2 규정은 ’95.8.4～’97.12.31 기간 동안 자동차운수사업법상 일반택시운송사업자가 신고납부하는 납부세액의 100분의 50을 경감하도록 규정함으로서 납부세액을 기준으로 한 경감세액을 정하고 있을 뿐 납부세액의 기초가 되는 내용에 대하여는 아무런 제한을 두고 있지 아니하다. 다만, 전술한 조세감면규제법 제100조의 2에서 “자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여”만 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감하도록 제한하고 있으므로 일반택시 운송사업을 계속적으로 영위하는 자가 그 사업용으로 사용하던 건물을 매각하고 다른 사업장에서 종전사업장에서와 동일한 사업을 영위하는 경우와 같이 당해 운송사업에 직접 제공된 사업용 자산을 매각한 후에 당해 운송사업을 폐업정리하지 아니하고 계속하여 영위하는 경우에는 동 사업용 자산의 매각에 따른 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다고 해석하는 것이 타당하다고 판단된다. 그러므로 처분청이 조세감면규제법 제100조의 2 규정을 축소해석하여 청구법인의 쟁점건물 매각분에 대하여 동 규정이 적용되지 않는다고 본 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 결 론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.