특별부가세 면제 요건

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 ○○○도 ○○○시 ○○○동 ○○○ 및 ○○○에서 재단법인 ○○○이라는 유아원(이하 "유아원"이라 한다)을 운영하는 재단법인으로서 62.5.21 같은동 ○○○ 임야 3,471㎡를 취득하였으며, 위 임야에서 92.1.20 같은동 ○○○ 대지 776㎡(이하 "쟁점1토지"라 한다)와 같은동 ○○○ 대지 870㎡(이하 "쟁점2토지"라 하며, 쟁점1토지와 쟁점2토지를 합하여 "쟁점토지"라 한다)가 분할되어, 쟁점1토지는 92.2.10 주식회사 ○○○주택건설(이하 "○○○건설"이라 한다)에게, 쟁점2토지는 93.4.24 주식회사 ○○○건설(이하 "○○○건설"이라 한다)에게 소유권이 이전되었으며, 한편 유아원은 91.3.29 3층 486.36㎡가 증축되어 청구법인 명의로 소유권보존등기가 되었다. 처분청은 쟁점1토지의 양도에 대하여 92.1.1∼92.12.31 사업연도 법인세(특별부가세) 55,664,770원, 쟁점2토지의 양도에 대하여 93.1.1∼93.12.31 사업연도 법인세(특별부가세) 51,123,220원을 98.2.21 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.4.8 이의신청 및 98.7.2 심사청구를 거쳐 98.10.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구 주장

(1) 청구법인은 비영리법인의 기본재산인 쟁점토지를 유아원 건물 증축공사비로 양도(교환)하여 교육사업에 사용하였으므로 구 조세감면규제법 제67조의 3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제하여야 한다.

(2) 유아원 3층 증축건물의 실질적인 준공일이 91.1.19이며 이때 교환조건이 성취되었으나, 도시계획법 제4조 제1항 의 형질변경제한으로 쟁점부동산의 분할이 되지 않아 등기이전을 하지 못하고 92.1.20 분할 후 사후에 등기를 하였을 뿐이므로 양도일을 91.1.19로 보아야 하며, 이 경우 부과제척기간 5년이 경과되었으므로 이 건 과세처분은 무효이다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 이사회 회의록(90.8.14)에 의하면 유아원 3층은 90.8.14 이전에 증축된 것으로 보이고, 쟁점토지는 각각 92.1.27, 93.4.21 매매를 원인으로 소유권이 이전된 점을 볼 때 쟁점토지와 유아원 3층 증축공사비를 교환하였다는 청구주장은 받아들일 수 없고, 구 조세감면규제법 제67조의 3의 규정은 기본재산을 선양도 후취득의 경우에 적용하는 것인 바, 청구법인의 경우 유아원 3층을 증축한 후에 쟁점토지를 양도한 것이므로 쟁점토지의 양도는 특별부가세의 감면대상이 아니다.

(2) 청구법인은 쟁점토지의 양도일을 91.1.19로 보아야 한다고 주장하나, 그에 대한 구체적인 입증서류의 제시가 없고, 매매계약서(검인계약서)와 등기부등본을 보아도 각각 92.1.27, 93.4.21에 양도되었음이 확인되므로 소유권이전등기일을 양도시기로 보아 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 쟁점토지를 양도한 것을 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하였다고 보아 특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부와,

(2) 쟁점토지의 양도일을 언제로 볼 것인지를 가리는 데 있다.

• 나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령 구 조세감면규제법(93.12.31 개정전의 것) 제67조의 3【학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세 면제】 제1항에서 「사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각 호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.

1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득」이라고 규정하고, 제4항에서 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제55조의 3에서 제67조의 3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 또한 사립학교법 제3조 【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교 등】 제1항에서 「학교법인이 아닌 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사립학교를 설치·경영할 수 없다. 다만, 교육법 제103조 의 4 제2항 또는 제107조의 4 제2항의 규정에 의하여 산업체가 그 고용근로청소년의 교육을 위하여 중학교 또는 고등학교를 설치·경영하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 초등학교·중학교·고등학교·대학

4. 대학·개방대학·기술대학 또는 전문대학에 준하는 각종학교」라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인은 유아원을 운영하는 재단법인으로서 쟁점토지가 분할되기 전 임야 3,471㎡를 62.5.21 취득하여 92.1.20 쟁점1,2토지가 분할된 후, 쟁점1토지를 92.2.10, 쟁점2토지를 93.4.24 양도하였음이 등기부등본에 의하여 확인되고, 청구법인은 쟁점토지를 유아원 건물 증축공사대금으로 양도(교환)하여 교육사업에 사용하였으므로 구 조세감면규제법 제67조의 3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제하여야 한다는 주장이다. 살피건대, 학교법인에 대하여 특별부가세의 면제를 규정하고 있는 구 조세감면규제법 제67조의 3 제1항에서 말하는 학교법인은 법률요건상 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로 한정하고 있고, 사립학교법 제3조 를 보면 사립학교법의 적용은 초등학교, 중학교, 고등학교, 대학 등을 대상으로 하고 있어 유아원은 사립학교법 적용대상이 아닌 것으로 확인되고, 청구법인은 법인등기부등본의 목적란에서 유아교육진흥법에 의한 유아교육과 보육을 진흥한다고 밝히고 있고, 청구법인의 정관 제4조(사업)에서 사업범위를 1.유아교육, 2.장학사업, 3.학술사업, 4.문화사업으로 한정하고 있으며, 사업자등록증을 보면 사업의 종류를 유아원으로 등록하고 있어, 청구법인은 유아교육진흥법의 적용을 받는 재단법인이지 사립학교법의 적용을 받는 학교법인이 아닌 것이 확인되므로 구 조세감면규제법 제67조의 3의 적용대상이 아니라 할 것이다. 가사 청구법인이 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이라 하더라도 구 조세감면규제법 제67조의 3의 규정에 의한 특별부가세를 면제받으려면 같은법 시행령 제55조의 3 제4항에 따라 면제신청서를 제출하여야 하나, 청구법인은 특별부가세 면제신청서를 제출한 사실이 없으므로 특별부가세의 면제가 불가하다 할 것이다.(대법원 89누 7351, 90.4.27, 국심 96구 3613, 97.1.24 외 다수 같은 뜻) 따라서 쟁점토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도하여 특별부가세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 관련법령 법인세법 제59조 의 2 제4항에서 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제124조의 2 제13항에서는 법 제59조의 2 제4항의 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법 시행령 제53조 의 규정을 준용한다고 규정하고 있다. 한편, 구 소득세법 시행령 제53조 제1항 에서는 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 규정을 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다」고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 쟁점토지는 유아원 증축공사 대금으로 양도(교환)한 것으로 유아원 증축공사 준공일이 91.1.19이고 쟁점토지에 ○○○건설이 아파트를 신축분양하여 91.4.1 입주가 되었으므로 쟁점토지의 양도시기는 최소한 91.4.1 이전이라 할 수 있으며, 쟁점토지는 분할이 되지 않아 등기이전이 지연되다가 92.1.20 분할된 후 사후에 등기를 하였을 뿐이므로 쟁점토지의 양도일은 유아원 증축공사 준공일인 91.1.19로 보아야 한다고 주장하고 있다. (나) 쟁점토지의 양도 및 유아원 증축 경위에 대하여 살펴본다.

① 등기부등본에 의하면 청구법인은 62.5.21 쟁점토지의 분할전 임야 3,741㎡를 취득하였으며, 92.1.20 위 임야 중에서 쟁점1,2토지가 분할된 후 쟁점1토지 776㎡는 92.2.10 ○○○건설에, 쟁점2토지 870㎡는 93.4.24 ○○○건설에 소유권이 이전되었음이 확인되며, 건축물관리대장에 의하면 유아원의 3층 486.36㎡는 89.9.6 건축허가를 받아 91.1.19 준공한 것으로 확인되고 등기부등본에는 91.3.29 소유권보존등기가 되었음이 확인된다.

② 유아원 증축 공사계약서(90.12)에 의하면, 유아원 3층 486.36㎡를 90.12월에 총 공사금 73,690,000원에 ○○○건설이 시공하는 것으로 하면서, 제10조에서 공사기성에 따라 ○○○건설이 공사금을 요구할 시 당연히 지불하여야 한다고 약정하고, 제13조에서는 준공검사필후 공사잔금을 지불하여야 하고 만약 하자로 인하여 준공검사가 안될 때는 지불하지 못한다고 약정하고 있으며, 유아원 증축공사대와 쟁점토지를 교환한다는 약정은 확인되지 아니한다.

③ 청구법인의 이사회 회의록을 보면, 90.8.14 이사회(재단재산 대체건)에서 ○○○ 이사가 강당마련을 위해 3층 건물 486.36㎡를 본인이 증축하여 현재 사용하고 있으므로, 임야 3,471㎡ 149,435,000원과 본인 소유 대지 800㎡ 80,000,000원 및 본인이 증축한 3층 건물 486.36㎡ 73,690,000원, 합계 153,690,000원과 대체코자 하며, 주무관청의 허가를 얻는 즉시 대체재산을 청구법인에게 등기이전할 것이다라고 발언하고,

○○○ 이사는 91.2.19 이사회(재단재산 대체건)에서 임야 3,471㎡를 처분하고, ○○○동 ○○○ 대지 800㎡와 유아원 3층 건물 486.36㎡를 신축하여 대체자산으로 취득하고자 한다고 임야를 처분하여 유아원 3층 건물을 신축하는 것으로 발언내용을 변경하고 있으나, 재산의 소유권자, 증축시기, 재산가액 등이 구체적으로 언급된 전자의 이사회 회의록이 더 신빙성이 있는 것으로 판단되고, 그 내용에 의하면 유아원 3층은 청구법인이 증축한 것이 아니라 청구법인의 이사인 ○○○이 증축하여 사용하고 있었으며, 그 증축시기도 90.8.14 이전인 것으로 보이므로 90.12월 유아원 증축 공사계약을 체결하였다는 위 공사계약서의 계약일자는 신빙성을 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

④ ○○○시 교육장의 기본재산 대체허가서(91.2.28)에 의하면, 임야 3,471㎡의 처분과 ○○○동 ○○○ 대지 800㎡ 및 유아원 3층 건물 486.36㎡의 대체취득을 승인하고 있음이 확인되고, 등기부등본에 의하면 대지 800㎡는 청구법인이 91.3.13 증여를 원인으로 ○○○으로부터 취득하고, 유아원 3층 건물 486.36㎡는 91.3.29 소유권보존등기를 하였음이 확인된다.

⑤ 청구법인의 대지사용승낙서(89.9.1)에 의하면 청구법인이 ○○○동 ○○○ 임야 3,471㎡를 ○○○건설의 주택건설 사업부지로 사용할 것을 승낙하고 있고, 또 다른 대지사용승낙서(91.7월)에서는 청구법인이 ○○○동 ○○○ 임야 865.0㎡를 ○○○건설이 신축하는 ○○○빌라에 편입되는 부지로 사용할 것을 승낙하고 있으며,

○○○시장의 민영주택 건설사업계획 승인공문(89.11.17)에 의하면, ○○○건설이 ○○○동 ○○○외 1필지 3,047㎡에 89.11월∼90.12월까지 5층 아파트 2개동 50세대를 건설하는 사업계획을 승인하였음이 확인되고,

○○○시장이 입주자 모집공고를 승인(90.9.6)한 청구법인의 입주자 모집공고문에 의하면, ○○○동 ○○○외 2필지상의 아파트 3개동 56세대의 입주자를 모집하면서 입주예정일을 91.2월로 예정하고 있음이 확인되며, 건축물 관리대장에 의하면 위 아파트는 90.12.10 건축허가를 받아 91.12.13 준공되었음이 확인되고, 위 아파트 ○○○를 분양받은 청구외 ○○○는 91.11.22 위 아파트에 입주하였음이 인감증명서상의 주소이동사항란에 의하여 확인되는 것으로 볼 때, ○○○건설이 청구법인 소유의 임야 3,471㎡의 사용승낙을 받아 그 일부의 부지위에 아파트를 건설하였으며, 동 아파트는 91년도에 분양·입주된 사실이 확인된다.

⑥ 쟁점토지의 매매계약서(검인계약서)에 의하면 청구법인은 쟁점1토지를 92.1.27 ○○○건설에 매매대금 116,400,000원에 양도하는 계약을 체결하고 동일자에 위 대금을 전액 지급하는 것으로 되어 있으며, 또 다른 매매계약서(검인계약서)에서는 청구법인이 93.4.21 쟁점2토지를 ○○○건설에 매매대금 115,710,000원에 양도하는 계약을 체결하고 역시 동일자에 위 대금 전액을 지급하는 것으로 되어 있음이 확인되며,

○○○건설대표 ○○○은 확인서(98.6.20)에서 청구법인 소유의 쟁점토지와 ○○○건설이 공사한 유아원 3층 건물의 공사대를 교환하기로 89.9월초 합의한 바 있다고 확인하고 있다. (다) 위 사실관계를 종합하여 판단하건대, 청구법인은 유아원 3층 증축공사대금으로 쟁점토지를 양도(교환)하였다고 주장하나, 유아원 증축 공사계약서에는 유아원 증축공사대와 쟁점토지를 교환한다는 약정이 확인되지 아니하며, 쟁점토지의 양도계약서(검인계약서)에서는 계약체결과 동시에 대금전액을 지불하는 것으로만 되어 있을 뿐 유아원 증축 공사대금에 가름하여 쟁점토지를 양도한다는 내용이 확인되지 아니하고, 청구법인의 이사회 회의록 및 ○○○시 교육장의 기본재산 대체허가서를 보면 청구법인이 유아원 증축 공사대금으로 쟁점토지를 양도한 것이 아니라, 청구법인 소유의 임야 3,471㎡와 이사 ○○○ 소유의 대지 800㎡ 및 ○○○이 증축한 유아원 3층 건물 486.36㎡가 대체되었음을 알 수 있고, 청구법인은 쟁점토지상에 ○○○건설이 건설한 아파트가 91년도에 분양·입주된 사실을 들어 쟁점토지의 양도가 91년에 일어났음을 시사하고 있으나, 어떤 연유인지는 확인되지 않으나 청구법인은 ○○○건설의 아파트 부지로 쟁점토지의 분할전 임야의 사용을 승낙하였을 뿐 당시에 쟁점토지를 양도한 사실은 확인되지 아니하므로, 청구법인이 사용승낙한 임야상에 건설된 아파트의 입주가 91년도에 있었다 하여 쟁점토지가 91년도에 양도되었다고 보기는 어려우며, 그렇다면 쟁점토지와 유아원 증축 공사대금이 교환되었다는 사실을 입증하는 자료로는 ○○○건설 대표 ○○○의 확인서만이 유일한 증빙이라 할 수 있으나, 위 확인서는 사인이 작성한 문서로서 객관적인 증거능력이 미약하므로 달리 객관적인 증빙에 의해 위 교환사실이 뒷받침되지 아니하는 한 위 확인서만으로는 위 교환사실을 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서 쟁점토지의 양도시기는 위 교환사실이 확인되지 아니하고 달리 잔금청산일이나 잔금지급약정일이 확인되지 아니하므로 전시법령의 규정에 따라 등기접수일로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청에서 쟁점토지의 양도에 대하여 등기접수일을 양도시기로 보아 특별부가세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.