비영리법인의 수익사업

○○세무서장이 청구법인의 연구용역수입금액을 수익사업으로 보아 1998.6.14 청구법인에게 결정고지한 1995.1.1∼1995.12.31 사업연도분 법인세 1,077,664,540원 및 농어촌특별세 52,884,990원, 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도분 법인세 441,950,990원, 1997.1.1∼1997.12.31 사업연도분 법인세 187,136,560원의 과세처분은 해당 사업연도분의 연구용역수입금액을 각각 수익사업에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 민법 제32조 및 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제4조의 규정에 의하여 설립된 비영리법인으로 ○○○종합제철주식회사 등 외부기업체와 계약에 의하여 기술연구용역을 제공하고 연구비를 지급받고 있다. 처분청은 청구법인이 연구용역을 제공하고 연구비를 받는 사업을 수익사업으로 보아 1998.6.14 청구법인에게 1995.1.1∼1995.12.31사업연도(이하 "1995사업연도"라 한다)분 법인세 1,077,664,540원 및 농어촌특별세 52,884,990원, 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도(이하 "1996사업연도"라 한다)분 법인세 441,950,990원, 1997.1.1∼1997.12.31 사업연도(이하 "1997사업연도"라 한다)분 법인세 187,136,560원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.23 심사청구를 거쳐 1998.10.2 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장

(1) 청구법인이 제공한 연구용역은 한국표준산업분류표상 연구 및 개발업중 자연과학 연구개발업에 속하는 바, 한국표준산업분류표에 의하면 연구 및 개발업중에서 인문 및 사회과학 연구개발업은 상업적 연구개발업과 비상업적 연구개발업으로 구분하고 있으나, 자연과학 연구개발업에 대해서는 이와 같이 구분하고 있지 아니하므로 자연과학분야의 연구용역수입은 법인세과세대상 수익사업에 해당되지 아니한다. 그럼에도 처분청이 자연과학분야의 연구용역수입도 상업적 연구개발업에 해당한다고 확대해석하여 청구법인의 연구용역수입에 대해 과세한 처분은 부당하다.

(2) 설령 청구법인의 연구용역수입을 수익사업으로 보는 경우에도 1994사업연도 말 현재의 퇴직급여충당금은 비수익사업에서 발생한 것이므로 이를 1995사업연도분 이후의 수익사업부분의 퇴직급여충당금을 계산함에 있어서는 당연히 제외하여야 한다.

• 나. 국세청장 의견 청구법인이 ○○○종합제철주식회사와 약정한 연구용역계약서의 계약과제를 보면 코크스로 장수명화기술 개발, 형광X선을 이용한 강판중의 표면부착량 측량기술 개발, ○○○제철소 중금속 배출 오염원 조사 및 대응방안 연구, 반도체 사업용 스테인리스강 개발등인 점으로 보아 청구법인의 연구사업수익이 자연과학분야에 대한 연구용역을 제공하고 지급받은 수입임을 알 수가 있으며, 이에 대해서 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없음을 알 수 있다. 법인세법시행령 제2조 제1항 에서 비영리법인의 수익사업을 한국표준산업분류표에 의한 사업중 수익이 발생하는 것으로 규정하면서 연구 및 개발업중 상업적연구개발업을 이에 포함시키고 있는바, 여기서 상업적연구개발업이란 특정인으로부터 수수료 또는 계약에 의하여 연구개발을 하고 대가를 받는 사업을 말하므로 청구법인이 ○○○종합제철주식회사에 연구개발용역을 제공하고 지급받은 연구사업수익은 수익사업의 수입에 해당된다 하겠으며, 법인세법시행령의 상업적 연구개발업을 상업적 인문 및 사회과학 연구개발업에 한정하여야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 주장이라 판단된다.

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 연구용역을 제공하고 얻는 수입이 과세대상인 수익사업(상업적 연구개발업)에 해당하는지 여부와

(2) 수익사업에 해당할 경우 퇴직급여충당금 한도 초과액을 잘못 계산하여 과세하였는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정된 것) 제1조 제1항에서 "국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 "내국법인"이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 "비영리내국법인"이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다(94.12.22 개정)"고 규정하고 그 제1호에서 "농업·수렵업 및 어업, 광업, 제조업, ……… 사업서비스업과 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것(94.12.22 개정)"을 규정하고, 같은법시행령(1994.12.31 대통령령 제14470호로 개정된 것) 제2조 제1항에서 "법 제1조 제1항 제1호에서 '대통령령이 정하는 것'이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 '한국표준산업분류표'라 한다)에 의한 사업중 수익이 발생하는 것으로 하되, 다음 각호의 사업을 포함하지 아니하는 것으로 한다(94.12.31 개정)"고 규정하고 그 제2호에서 "사업서비스업중 연구 및 개발업(상업적 연구개발업을 제외하되, 내국법인이 외국에서 영위하는 기술용역사업에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 외국법인이 국내에서 영위하는 기술용역사업을 포함한다)"고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다. 처분청은 청구법인이 연구용역을 제공하고 얻는 수입을 법인세가 과세되는 수익사업으로 본 데 대하여 청구법인은 자연과학 연구용역수입이므로 수익사업에 해당하지 아니한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 민법 제32조 및 공익법인의 설립 운영에 관한 법률 제4조 의 규정에 의하여 설립된 비영리법인으로서 종합연구기관임이 청구법인의 등기부등본, 정관 등에 나타나 있고, 청구법인은 법인 및 단체(주로 ○○○종합제철주식회사)에 연구용역을 제공하고 대가를 지급받고 있다. (나) 청구법인이 제공하는 연구용역은 내부연구사업으로 공정개발, 기술개발, 응용기술개발, 제조기술개발, 시스템개발 등이 있고, 외부연구사업으로는 기술개발, 제철기술개발, 제조기술개발, 시스템개발 등으로 한국표준산업분류표상 자연과학 연구개발업에 해당한다는 데에는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다. (다) 비영리법인의 연구 및 개발업에 대한 법인세법시행령 개정연혁을 보면, 구법인세법시행령(1993.12.31 대통령령 제14080호) 제2조 제3항 제7호에서는 비영리법인의 기술연구용역을 수익사업범위에서 제외한다고 규정하고 있었던 것이 동시행령이 개정(1994.12.31 대통령령 제14470호)되면서 사업서비스업중 연구개발업은 과세대상인 수익사업에서 제외하되 상업적연구개발업은 과세대상에 포함시키도록 하였다. (라) 법인세법 제1조 제1항 및 같은법시행령 제2조 제1항은 법인세가 과세되는 비영리법인의 수익사업의 범위를 한국표준산업분류표에 의한 사업중 수익이 발생하는 것으로 규정하면서 사업서비스업중 연구개발업은 수익사업에서 제외하되 연구개발업이라 하더라도 상업적 연구개발업은 과세대상인 수익사업에 포함시키고 있다. (마) 한국표준산업분류표상 연구 및 개발업(분류번호 73, 이하 분류번호라는 용어는 생략함)은 자연과학 연구개발업(731)과 인문 및 사회과학 연구개발업(732)으로 나누어지고, 자연과학 연구개발업은 다시 물리 및 화학연구개발업(73101), 생명과학·농학 및 수의학 연구개발업(73102), 의학 및 약학 연구개발업(73102), 공학 및 기술 연구개발업(74104), 달리 분류되지 않는 자연과학 연구개발업(73109)으로, 인문 및 사회과학 연구개발업(732)은 상업적 인문 및 사회과학 연구개발업(73201)과 비상업적 인문 및 사회과학 연구개발업(73202)으로 나누어져 있음을 알 수 있다. (바) 처분청은 법인세법시행령 제2조 제2호 에서 규정하고 있는 "상업적연구개발업"을 "특정인으로부터 수수료 또는 계약에 의하여 연구개발을 하고 대가를 받는 사업"으로 해석하고 있다. 그러나 법인세법시행령 제2조 본문에서 비영리법인의 수익사업은 한국표준산업분류표에 의하도록 하고 있으므로 법인세과세대상이 되는 수익사업에 해당되는지 여부는 한국표준산업분류표상의 사업분류에 따라 판단되어야 할 것인 바, 한국표준산업분류표에서는 전시한 바와 같이 자연과학 연구개발업에서는 상업적·비상업적의 구분을 두지 아니하고 인문 및 사회과학연구개발에서만 상업적·비상업적인 것의 구분을 두어 상업적인문 및 사회과학개발업과 비상업적 인문 및 사회과학연구개발업으로 나누고 있다. (사) 세법은 문리에 따라 엄격하게 해석하여야 하며, 유추·확대해석하므로서 법적안정성과 예측가능성을 저해하여서는 아니된다 할 것인 바, 1994.12월 법인세법 및 동법시행령의 개정은 종래 비과세되던 기술연구용역을 과세로 전환하기 위한 것이라기 보다는 법인세가 과세되는 비영리법인의 수익사업의 분류를 한국표준산업분류표에 맞추어 조정하는 과정에서 한국표준산업분류표상에는 기술연구용역이라는 사업이 별도로 구분되어 있지 아니하고 자연과학연구개발업과 인문·사회과학연구개발업으로만 구분되어 있어 종래와 같은 범위에서 기술연구용역을 비과세하기 위하여 "상업적 인문 및 사회과학연구개발법"을 입법기술상 압축하여 표현한 것으로 보는 것이 보다 타당하다고 판단된다. (아) 비영리법인인 청구법인이 제공하는 연구용역은 자연과학 연구개발에 해당되므로 전시 법령에 의해 법인세가 과세되는 수익사업에서 제외하는 것이 타당하다고 인정되므로 처분청이 청구법인이 기술용역을 제공하고 받는 대가를 수익사업으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

(2) 쟁점2는 청구법인이 제공한 연구용역수입이 쟁점1에서 본 바와 같이 수익사업이 아니므로 심리의 실익이 없으므로 이 부분 심리를 생략한다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.