등록 전 매입세액이라 하여 매입세액공제하지 않은 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 94.10.11 경상북도 달성군 다사면 ○○○리 ○○○외 3필지 지상 ○○○ 272.121㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)를 주식회사 ○○○주택외 1인으로부터 551,440,000원에 분양받아 94.10.11∼96.6.12 사이에 계약금 및 중도금(4회)으로 441,115,200원을 지급하고, 97.1.10 사업자등록을 신청한 후, 97.1.31 세금계산서 4매(공급가액 502,708,948원, 부가가치세 48,731,052원 합계 551,440,000원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받았으며, 97.2.25 잔금 110,288,000원을 지급하고 쟁점건물에서 ○○○슈퍼마켓을 운영하고 있다. 처분청은 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서에 대하여, 청구인이 사업자등록을 신청한 날이 97.1.10 이고, 쟁점건물은 중간지급조건부로 공급받았으므로 쟁점세금계산서의 매입세액 중 사업자등록신청일 이전에 공급시기가 도래한 계약금 및 중도금(4회)에 대한 매입세액 39,010,227원은 등록전 매입세액에 해당된다 하여 이를 매입세액 불공제하고, 98.4.10 청구인에게 97년 제1기분 부가가치세 42,911,240원을 결정고지 하였다가, 심사결정에 따라 위 등록전 매입세액을 38,984,842원으로 경정하여 98.7.21 청구인에게 동 부가가치세 27,920원을 환급하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.5.22 심사청구를 거쳐 98.9.11 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 사업자등록 신청일을 기준으로 하여 매입세액공제 여부를 결정하는 것은 근본적으로 입법취지에 부합되지 아니하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 중간지급조건부로 재화를 공급받고 사업자등록전에 그 대가의 일부로 계약금·중도금을 지급한 경우, 당해 계약금·중도금에 대한 매입세액은 등록전 매입세액에 해당되어 매입세액을 공제받을 수 없는 것(같은 뜻: 국세청 부가46015-153, 94.1.22)이므로 쟁점세금계산서의 매입세액 중 사업자등록신청일 이전에 공급시기가 도래한 계약금 및 중도금(4회)에 대한 매입세액은 등록전 매입세액으로서 매출세액에서 공제할 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서의 매입세액 중 38,984,842원을 등록전 매입세액이라 하여 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 및 같은 법 제5조 제1호에 의하면, 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일 내에 사업장 관할세무서장에게 등록을 하여야 하고, 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제7항에서는 『법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제21조 제1항 제4호에서 『법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때 』라고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제9조에서는 『영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 쟁점건물의 분양계약서 및 분양대금 지급 명세서에 의하면, 쟁점건물의 계약내역, 입금내역 및 세금계산서 발행내역은 다음과 같고, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 【분양대금 지급 및 세금계산서 발행내역】 (단위: 원) 계약내역 지급내역 세금계산서 발행내역 연월일 구 분 금 액 연월일 구 분 금 액 연월일 공급가액 세 액 합 계 94.10.11 계약금 110,288,000 94.10.11 계약금 110,288,000 97.1.31 243,655,267 24,365,526 268,020,793 95.3.10 중도금 82,716,000 95.3.10 중도금 82,716,000 7,699,207 7,699,207 95.8.10 중도금 82,716,000 95.8.10 중도금 82,716,000 243,655,267 24,365,526 268,020,793 96.1.10 중도금 82,716,000 96.1.10 중도금 82,716,000 7,699,207 7,699,207 96.6.11 중도금 82,754,000 96.6.12 중도금 82,754,000 입점 지정일 잔 금 110,288,000 97.2.25 잔 금 110,288,000 합 계 551,478,000 551,478,000 502,708,948 551,440,000 청구인은 위 표에서 보는 바와 같이 94.10.11 쟁점건물을 551,440,000원에 분양받아 94.10.11∼96.6.12 사이에 계약금 및 중도금(4회)으로 441,115,200원을 지급하였고, 97.1.10 사업자등록을 신청한 후, 97.1.31 쟁점세금계산서를 교부받고 97.2.25 잔금 110,288,000원을 지급하였음이 확인된다. 처분청은 청구인이 97.1.31 교부받은 쟁점세금계산서에 대하여 청구인이 사업자등록을 신청한 날이 97.1.10 이고, 쟁점건물은 중간지급조건부로 공급받았으므로 쟁점세금계산서의 매입세액 중 사업자등록신청일 이전에 공급시기가 도래한 계약금 및 중도금(4회)에 대한 매입세액 39,010,227원은 등록전 매입세액에 해당된다 하여 이를 매입세액 불공제하고, 98.4.10 청구인에게 97년 제1기분 부가가치세 42,911,240원을 결정고지 하였다가, 심사결정에 따라 위 등록전 매입세액을 38,984,842원으로 경정하여 98.7.21 청구인에게 동 부가가치세 27,920원을 환급한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 이 건의 경우와 같이 사업자등록이전에 분양대금의 일부를 4회에 걸쳐 지급하고 사업자등록 이후에 그 대금에 대한 세금계산서를 수취한 경우, 동 거래는 중간지급조건부로서 동 대가의 각 부분을 받기로 한때가 공급시기가 되는 것이므로 쟁점세금계산서의 매입세액 중 사업자등록신청일 이전에 공급시기가 도래한 계약금 및 중도금(4회)에 대한 매입세액 38,984,842원은 등록전 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다. (국심 95경 2404, 96.3.12외 다수, 같은 뜻임)
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.