적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립사항의 수정신고의 대상 여부

○○○ 세무서장이 1998.4.17 청구법인에 한 1995사업연도분 법인세 68,183,770원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○○시 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○에서 레미콘을 제조하는 업체인데 1995.4 ○○○지방국세청으로부터 1993∼1994 사업연도분 법인세조사를 받았고, 처분청은 위 세무조사의 결과통보에 따라 1995.6.16 법인세 과세표준 및 세액을 경정하면서 산출세액의 증가로 중소제조업특별세액감면액 52,566,318원(1993사업연도: 4,569,971원, 1994사업연도: 47,996,347원, 이하 "쟁점감면세액"이라 한다)을 직권으로 감면하였으나, 청구법인이 추가로 공제 받은 감면세액에 대하여 기업합리화적립금으로 1995 사업연도분 이익금 처분시 추가 적립하지 아니하였다 하여 처분청은 추가감면한 중소제조업특별세액감면액을 배제하여 1998.4.17 청구법인에게 1995사업연도분 법인세 68,183,770원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.5.18 심사청구를 거쳐 1998.9.3 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인주장 첫째, 조세감면규제법 제123조와 같은 법 시행령 제108조에서는 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하도록 규정하고 있는바, 세무조정은 기업이 주체가 되어 스스로 조정(자기조정)하거나 외부전문인에게 의뢰하여 조정(외부조정)하는 경우만을 말하며 세무서장의 경정조사는 세무조정이 아니므로 경정조사에 의하여 증액된 감면세액에 대하여 구체적으로 기업합리화적립금을 적립하라는 규정이 명시된 바 없으며 오직 조세감면규제법 기본통칙에 신고의무와 신고기한을 명시하였으나 이는 국세청 내부규정이므로 그 영향은 외부에 미치지 못하고 둘째, 청구법인은 경정조사를 받은 1995.5에 법인세등 결정전 조사내용통지서를 받았고 동년 6월에 소득금액변동통지서(1) 및 납세고지서를 받은바 있는데 3차에 걸친 통지서 중 어디에도 감면세액이 증액되었다는 내용이 명기되어 있지 않았고, 1997.5월경 처분청으로부터 법인세경정시 추가감면에 대한 기업합리화적립금 적립여부 소명자료 제출이라는 전언문을 받기전까지 감면세액이 증액된 사실을 전혀 알지 못하였으므로 납세의무자에게 중대한 영향을 미치는 사항은 구체적으로 명시하여 오해가 없도록 알려줄 국가의 의무를 소홀히 하였으므로 본건은 국세기본법 제15조 에서 규정하는 신의성실원칙을 위배한 과세처분이며 셋째, 본건과 유사한 사건에 대하여 다수의 대법원의 판례에서는 "법인세 수정신고기간이 지난 후에야 기업합리화 적립금을 적립하지 아니한 사실을 발견하여 감면세액공제에 따른 세액을 추징하는 과세처분이 있기 전에 그 감면세액을 기업합리화 적립금으로 적립하였다면 조세감면규제법에 규정한 기업합리화적립금을 적립하였다고 할 것이어서 과세관청은 공제받은 세액을 추징할 수 없다"고 판시하고 있으나, 국세청에서는 "세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립사항은 수정신고의 대상이 아님(재경부 기법 46019-125, 1997.4.2)으로 청구법인이 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 경정일이 속하는 사업연도의 이익금처분시에 적립하지 아니하자 감면세액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다"라고 대법원의 판례와 배치되는 판단을 한 것은 잘못이다.
• 나. 국세청장 의견 첫째, 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하도록 하고 있는 규정과 관련하여 세무조정은 기업이 주체가 되어 스스로 조정(자기조정)하거나 외부전문인에게 의뢰하여 조정(외부조정)하는 경우만을 말하며 세무서장의 경정조사는 세무조정이 아니므로 경정조사에 의하여 증액된 감면세액에 대하여 구체적으로 기업합리화적립금을 적립할 법적 근거가 없다는 주장이나, 세무서장이 세무조정을 할 수 없다면 납세자가 신고한 과세표준 및 세액을 변경할 수 없다고 할 것인바, 세무서장이 납세자에 대한 과세소득과 세액을 계산하는 일련의 절차도 세무조정에 해당되는 것이며 처분청이 청구법인의 1993사업연도 및 1994사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정하면서 추가감면세액의 계산도 세무서장의 세무조정을 통하여 이루어졌다할 것이므로 경정조사에 의하여 증액된 감면세액에 대해서 기업합리화적립금을 적립할 근거가 있다. 둘째, 처분청이 청구법인에 대한 법인세과세표준과 세액을 경정하고 감면세액이 증가된 사실을 통지한 사실이 없다는 주장이나, 처분청이 청구법인에게 쟁점감면세액을 납세고지서 세액산출근거의 각종 공제란에 기재하여 통지하였으므로 청구법인의 주장은 사실과 다르다. 셋째, 과세표준의 경정으로 감면세액이 증액되는 경우 당해 경정일이 속하는 사업연도의 이익금처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하여야 하는 것(조감법 기본통칙 123-108…2)이며, 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립사항은 수정신고의 대상이 아님(재경부 기법 46019-125, 1997.4.2)으로 청구법인이 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 경정일이 속하는 사업연도의 이익금처분시에 적립하지 아니하자 처분청이 감면세액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 처분청이 직권으로 감면하여준 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 과세처분전에 임시주주총회의 의결을 거쳐 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고한 경우에 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립사항은 수정신고의 대상이 아니라는 논지로 감면세액을 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제7조【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】제1항에서 『제조업과 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 "제조업소득 등"이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 1994년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 각 과세연도에 있어서 다음 각 호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니하다(이하생략)』라고 규정하고 있으며 같은 법 제123조【기업합리화적립금의 적립】에서 『① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제20조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제108조【기업합리화적립금의 적립 등】에서 『① 법 제123조 제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항 의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우

② (생략)

③ 제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법(1994.12.22 개정된 것) 제45조【수정신고】제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때』라고 규정하고 같은 법 제45조의 2【경정 등의 청구】제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』라고 규정하고 있다. 같은 법 부칙 제4조에서 위 법 제45조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용하고 같은 부칙 제5조에서는 위 법 제45조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시되는 과세기간부터 적용한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 ○○○지방국세청의 청구법인에 대한 1993∼1994사업연도분 법인세 조사로 인하여 납부할 세액이 증액됨에 따라 증가된 중소제조업특별감면세액을 직권으로 감면하여 청구법인에 대한 법인세를 결정하였고 청구법인은 직권 감면된 세액 상당액을 경정일이 속하는 1995 사업연도의 법인세 신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 않았다가 1997.5 처분청에서 적립금의 적립여부에 대한 소명자료를 제출하라는 내용의 공문을 받고난 후인 1997.7.3 임시주주총회를 개최하여 감면받은 세액을 추가로 적립하고 1997.7.29 이에 대한 수정신고를 하였는 바 이에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가 적립사항은 수정신고대상이 아니라는 재정경제원 예규(기법 46019-125, 1997.4.2)에 의하여, 처분청이 1995.6.16 법인세 결정시 직권감면 하여준 중소제조업특별세액감면액 52,566,318원(1993사업년도: 4,569,971원, 1994사업년도: 47,996,347원)을 청구법인이 1995사업연도 법인세 신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다 하여 이를 추징, 과세하였다.

(3) 먼저, 청구법인이 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 경정일이 속하는 사업연도의 이익금 처분시에 적립하지 않아 처분청이 감면세액을 추징한 처분이 위법 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴보면, (가) 조세감면규제법에서 규정하는 기업합리화적립금제도는 감면액이 주주배당 등으로 사외유출되는 경우 감면의 취지가 상실되므로 감면세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조의 개선과 건실화를 도모하기 위한 것(국심 96부 1249, 1997.4.14외 다수 같은 뜻임)이고, 전시 조세감면규제법 제123조에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립은 이 건과 같은 세액공제를 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 그 공제를 받은 후에 공제받은 자가 공제받은 사업연도의 이익금처분시 혹은 대통령령이 정하는 적립시기에 이행하여야 할 사후의 요건이고 공제된 세액 상당의 추징을 면할 요건에 불과한 것(대법 95누 17755, 1996.10.26 같은 뜻임)으로 해석된다. (나) 위와 같은 조세감면규제법상의 기업합리화적립금제도의 입법 취지와 감면배제의 구조는 법 소정의 시기에 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다 하더라도 적립금의 추가적립시까지의 기간에 적립하여야 할 감면세액의 사외유출이 없다면 가능한 한 그 기회를 보장하여야 할 것인 바, 법인세 수정신고 기간이 지난 후라 하더라도 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실을 발견하여 감면세액을 추징하는 과세처분이 있기 전에 그 공제액을 기업합리화적립금으로 적립하였다면 조세감면규제법 제123조 제1항 및 같은 법 시행령 제108조에서 규정한 기업합리화적립금을 적립하였다할 것(대법95누 17014, 1996.2.23같은 뜻임)이다. (다) 또한, 1997.12.13 법률 제5417호로 조세감면규제법 제123조 제2항의 규정이 신설되면서 기업합리화적립금을 당해 사업연도에 적립하지 아니하는 경우 당해 사업연도후 최초로 처분가능이익(당기순이익+이월이익잉여금-이월결손금-이익준비금)이 발생하는 사업연도의 이익금 처분시까지 적립할 수 있다고 규정하면서 같은 조 제3항에서 위 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수토록 규정함으로써 공제·감면 자체를 배제하기보다는 절차 불이행에 따른 가산세를 부과하도록 하여 납세자의 권익증진 차원에서 기업합리화적립금제도를 합리적으로 보완하였음을 알 수 있다. (라) 이 건 청구법인의 경우 1993사업연도부터 1997사업연도까지 이익잉여금을 배당금 등의 형태로 사외유출한 사실이 없었음을 청구법인의 이익잉여금처분계산서를 통하여 알 수 있고, 경정일이 속하는 사업연도에 적립하지 못한 기업합리화적립금을 임시 주주총회를 통하여 적립하여 처분청이 직권으로 감면하여준 세액 상당액을 사외유출하지 않았으며 동 감면세액을 추징하기 전에 수정신고를 통하여 처분청에 이와 같은 사실을 알렸으므로 위의 사실관계 및 관련 법규의 취지를 종합할 때 청구법인은 조세감면규제법 제123조 제1항 및 같은 법 시행령 제108조에서 규정한 기업합리화적립금을 적립하였다 할 것인 바, 이미 감면받은 세액을 추징하는 처분청의 법인세 부과처분은 잘못된 것으로 판단된다.

(4) 위와 같이, 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 경정일이 속하는 사업연도의 이익금 처분시에 적립하지 않았다는 이유로 처분청이 감면세액을 추징한 처분이 부당하다는 청구주장이 타당한 바, 나머지 쟁점들은 심리를 생략한다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.