[요지] 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에 토지에 대해서는 확인된 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 산정하고 건물에 대해서는 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 아니한다 하여 기준시가에 의해 그 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다할 것임
[요지] 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에 토지에 대해서는 확인된 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 산정하고 건물에 대해서는 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 아니한다 하여 기준시가에 의해 그 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다할 것임
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 94.10.11 경상북도 경산시 하양읍 OO리 OOO 대지 304㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 95.2.27 위 지상에 독서실 및 주택 460.53㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 양도하고 95.6.12 실지거래가액에 의해 자산양도차익 예정 신고한 바 있다. 처분청은 이 건 신고에 대하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 조사하여 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 1,909,720원을 부과 처분하였다가 양수인 OOO의 진정서 처리과정에서 쟁점부동산의 양도가액이 420,000,000원으로 확인되어 98.1.5 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 49,618,910원을 부과처분한 바 있다. 청구인은 이에 불복하여 98.2.27 심사청구를 거쳐 98.5.20 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장 및 국세청장 의견
(1) 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 95.6.12 실지거래가액으로 자산양도차익 예정신고를 함에 있어 취득가액은 대지분 55,200,000원, 건물분 65,898,500원 합계 121,098,500원, 양도가액은 대지, 건물을 합하여 112,000,000원으로 하여 양도소득금액이 발생하지 아니한 것으로 신고한 사실이 양도소득세 계산명세서에 의거 확인되고 있으며 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 달리 다툼이 없다.
(2) 처분청은 위 신고에 대한 1차 조사결과 양도가액 255,000,000원, 대지분 취득가액 119,600,000원으로 각각 확인되었으나 건물분 취득가액이 확인되지 아니하여 토지는 실지거래가액에 의하고, 건물은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 1,909,720원을 결정고지한 사실과 추후 진정서 처리과정에서 쟁점부동산의 실지 양도가액이 420,000,000원임을 확인하고 위와 같은 방법으로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 추가로 부과한 사실이 제시된 심리자료에 의거 확인되고 있다.
(3) 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 과세가 원칙이나 예외적으로 납세자가 실지거래가액으로 신고한 경우에는 확인된 실지거래가액에 의하여 과세하는 것이므로 당초의 신고가 세법에 정한 바에 의한 적법한 신고인 이 건의 경우에는 실지거래가액에 의한 과세가 타당하다 할 것이다. 따라서 실지거래가액이 확인되는 쟁점부동산의 대지분에 대하여는 확인된 실지거래가액에 의하여, 실지거래가액이 확인되지 아니하는 건물분에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구인은 94.10.11 취득한 쟁점토지 지상에 95.2.27 쟁점건물을 신축하여 95.5.9 쟁점부동산을 양도하고 취득가액을 121,098,500원(쟁점토지: 55,200,000원, 쟁점건물: 65,898,500원), 양도가액을 토지와 건물을 합하여 112,000,000원으로 하여 이 건 관련 자산양도차익 예정신고를 하였는 바, 처분청은 청구인의 신고내용을 조사하여 쟁점부동산의 실지 양도가액이 255,000,000원, 쟁점토지의 실지 취득가액은 119,600,000원으로 확인되나, 쟁점건물의 실지 취득가액은 관련증빙등의 제시가 없어 확인되지 아니한다 하여 쟁점토지는 실지거래가액에 의하고 쟁점건물은 기준시가에 의하여 그 양도차익을 산정하여 95년귀속 양도소득세 1,909,720원을 결정고지하였다가, 그 후 쟁점부동산 양수자 청구외 OOO이 97.11.11 쟁점부동산을 420,000,000원에 취득하였다는 진정서를 처분청에 제출하여 처분청 공무원이 청구인과의 문답서등을 통해 쟁점부동산의 실지 양도가액이 420,000,000원(양도자 및 양수자가 모두 인정함), 쟁점토지 취득가액이 119,600,000원임을 확인하고, 쟁점부동산의 실지 양도가액을 기준시가로 안분계산한 196,000,350원을 쟁점토지 양도가액으로 하고, 취득가액을 119,600,000원(쟁점토지의 취득가액에 대하여는 다툼이 없음)으로 하여 쟁점토지는 실지거래가액에 의하고 쟁점건물은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 98.1.5 이 건 양도소득세 49,618,910원을 과세한 사실이 확인된다.
(2) 전시 관련법령에 의하면 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 과세가 원칙이나 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 과세하는 것인 바, 처분청이 조사·확인한 실지거래가액이 청구인의 신고내용과 다를 경우 처분청이 조사를 통하여 확인한 실지거래가액에 의하여 과세하여야 하는 것이고(국심 96서 4084,97.4.16), 또한 전시 법령에서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있으며, 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되어 토지와 건물을 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것이므로(대법원판례 97누11829, 97.12.26), 처분청이 쟁점토지에 대해서는 확인된 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 산정하고 쟁점건물에 대해서는 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 아니한다 하여 기준시가에 의해 그 양도차익을 산정하여 이건 과세한 처분은 달리 잘못이 없다할 것이다.