환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일에 대한 당부

1. ㅇㅇㅇ세무서장은 청구법인의 1994.4.1­1995.3.31 사업년도분 법인세 환급금 중 청구법인이 1995.6.24 신고납부한 409,389,740원 및 1996.3.30 수정신고 추가납부한 69,758,120원 에 대하여 국세기본법 제52조 제1호 및 같은법 시행령 제30 조의 규정에 의한 국세환급가산금을 결정하여 청구법인에게 지급한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구법인은 중소기업투자준비금 잔액 352,790,000원과 기술개발준비금 잔액 950,000,000원 합계 1,302,790,000원(이하 "쟁점준비금"이라 함)을 청구법인의 1994.4.1-95.3.31 사업년도(이하 "1994사업년도"라 함)에 익금산입하여 1995.6.24 법인세 409,389,740원을 신고납부한 후 1996.3.30 감가상각비 등을 수정하여 법인세 69,758,120원을 수정신고 추가납부하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점준비금 관련 사업을 1994.1.24 사실상 폐지하였으므로 쟁점준비금은 1994사업년도에 익금산입할 것이 아니라 1993.4.1-1994.3.31 사업년도(이하 "1993사업년도"라 함)에 익금산입할 것이라 하여, 1997.6.16 청구법인의 1993사업년도분 법인세 689,020,640원을 증액경정고지하는 한편, 청구법인의 1994사업년도분 법인세 614,232,670원(이하 "쟁점환급금"이라 한다)을 환급결정(감액경정)한 다음, 1997.6.27 쟁점환급금을 1993사업년도분 고지세액에 충당하였다. 1993사업년도 및 1994사업년도 법인세의 신고, 수정신고 및 경정결정 내용은 별지 【표 1】 및 【표 2】기재와 같다. 처분청은 1993사업년도분 법인세를 경정고지함에 있어서는 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제113조의3의 규정에 의하여 미납부가산세를 가산하였으며, 쟁점환급금을 충당함에 있어서는 국세기본법 제52조 제1항 제6호 의 규정을 적용하여 국세환급가산금을 가산하지 아니하였다. 청구법인은 1997.8.13 이의신청 및 1997.11.11 심사청구를 거쳐 1998.2.18 이 건 심판청구를 하였다.

• 가. 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금 쟁점환급금에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정에 의하여 청구법인이 1994사업년도 법인세를 납부한 다음 날부터 충당한 날까지의 기간에 대한 국세환급가산금을 가산하여야 한다.
• 나. 1993사업년도 법인세에 대한 미납부가산세 만약 그렇지 않다면, 청구법인은 쟁점준비금을 1993사업년도에 익금산입하지는 아니하였으나 1994사업년도에 익금산입하여 1995.6.24 법인세를 신고납부하였으므로 1993사업년도 법인세에 대한 미납부가산세를 부과함에 있어서 청구법인이 쟁점준비금을 익금산입하여 1994사업년도의 법인세로서 납부한 금액에 대하여는 그 납부일 전일까지의 기간에 대하여만 미납부가산세를 부과하여야 한다.

• 가. 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금 국세기본법 제52조 제1호 에서 "경정결정"이라 함은 당초 결정된 내용과 관련하여 감액경정된 재경정을 말하는 것이고, 신고납부하는 세목의 경정결정으로 인하여 발생한 국세환급가산금의 기산일은 같은조 제6호에서 규정하고 있는 바와 같이 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때인 바, 처분청이 청구법인의 1994사업년도 법인세를 1997.6.16 경정결정하고 그로부터 30일 이내인 1997.6.27 충당하였으므로 환급가산금을 가산하지 아니한 처분은 정당하다.
• 나. 93사업년도 법인세에 대한 미납부가산세 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제113조의3의 규정에 의하여 1993사업년도 법인세신고납부기한의 다음 날부터 이 건 고지일까지의 일수에 대하여 미납부가산세를 부과한 처분 또한 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일

(2) 1993사업년도 법인세에 대한 미납부가산세의 적용기간

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제51조 (국세환급금의 충당과 환급) 제1항은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과 납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있다. 같은법 제52조(국세환급가산금)는 "세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다"고 규정하고, 그 제1호에서는 "착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 최소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다"고 규정하고 있으며, 그 제6호에서는 "소득세법(양도소득세를 제외한다)·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때(94.12.22 개정)"를 규정하고 있다. 같은법 시행령 제30조(국세환급가산금의 결정) 제1항은 세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 그 제2항은 제1항의 국세환급가산금의 이율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제3항은 제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액·원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다고 규정하고 있다. (2) 법인세법 제41조 (가산세) 제1항은 "정부는 제38조의 규정에 의하여 각사업년도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다"고 규정하고, 그 제3호에서 "제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(이하 "미납부세액"이라 한다)에 대하여 금융기관의 대출이 자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다(94.12.22 개정)"고 규정하고 있다.
• 다. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 쟁점환금금에 대한 국세환급가산금의 기산일에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 의 규정을 적용하여야 한다는 주장인 반면, 청구법인은 그 제1호의 규정을 적용하여야 한다는 주장이다.

(2) 국세기본법상의 국세환금금은 ① 납부 또는 징수의 기초가 된 부과처분이 존재하지 않거나 당연무효임에도 납부 또는 징수된 오납액, ② 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니지만 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 초과납부액, ③ 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 세법에서 환부하기로 정한 환급세액으로 구분할 수 있으며(대법원 91다6689, 1991.7.23, 88누6436, 1989.6.15 등), 국세기본법 제51조 에서도 이러한 개념을 사용하고 있음을 알 수 있다. (3) 국세기본법 제52조 제6호 의 규정을 보면, 그 본문은 법인세법 등에 의한 환급세액으로서 납세자가 신고한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이고, 그 단서는 같은 환급세액으로서 정부가 결정 또는 경정결정한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이라 할 것이므로, 그 본문에서 규정하고 있는 환급세액과 그 단서에서 규정하고 있는 환급세액은 납세자가 신고한 것이지 정부가 (경정)결정한 것인지에 따른 구별일 뿐 그 대상은 같은 것이라 할 것이다. 즉, 국세기본법 제52조 제6호 의 적용대상은 법인세의 경우 당해 사업년도의 총부담세액을 초과하는 기납부세액(중간예납세액, 원천징수세액 등), 부가가치세의 경우 당해 과세기간의 매출세액을 초과하는 매입세액 등 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나, 각 세법에 따라 일정 기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액으로서 위 (2)에서 구분한 ③의 환급세액에 해당하는 것이고, 이는 원칙적으로 납세자가 각 세법에 따라 환급세액으로 신고하는 것이며, 신고를 한 경우에는 국세기본법 제52조 제6호 분문의 규정이 적용되는데, 다만, 납세자가 신고를 하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가(경정)결정하는 경우에는 그 단서의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다. (4) 국세기본법 제52조 제1호 는 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 관하여 규정하고 있는 바, 신고납세의 경우의 신고는 부과납세의 경우의 부과처분에 상응하는 개념이며, 위 (2)에서 본 바와 같이 ②의 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하는 것이므로, 국세기본법 제52조 제1호 에서 "… 그 부과의 취소·경정결정…"이라 함은 부과과세의 경우만을 가리키는 것으로 해석하여서는 안될 것이다(대법원 91다6689, 1991.7.23 같은뜻임).

(5) 따라서 신고납부하는 세목이라 하여 모두 국세기본법 제52조 제6호 의 규정이 적용(국세기본법 제52조 제6호 에 열거된 세목은 신고납부세목중 증권거래세·교육세가 제외된 것으로 보아 신고납부세목중 과세기간이 있어 정산이 필요한 세목을 열거한 것으로 보임)되는 것이 아니라, 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나 그후 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액(위 ③)에 대하여는 그 규정이 적용되고, 당초 납부시부터 마땅히 납부할 세액이 아님에도 납부(위①)하였거나 마땅히 납부하여야 할 금액을 초과하여 납부한 초과납부액(위②)에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다.

(6) 쟁점환급금의 내용을 살펴보면, 쟁점환급금 중 135,084,802원은 당초 납부시는 적법하게 납부되었던 기납부세액(중간예납 등) 151,722,930원이 청구법인의 1994사업년도의 총부담세액 16,638,128원을 초과함으로 인하여 발생한 법인세법에 의한 환급세액(위 ③에 해당)으로서, 이는 청구법인이 법인세법에 따라 1994사업년도 법인세신고시 환급세액으로 신고하였어야 할 것이나, 청구법인이 잘못 신고하여 정부가 경정결정한 것이므로, 이에 대하여는 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정이 적용된다 할 것인데, 처분청이 그 규정에 의한 국세환급가산금의 기산일(경정결정일로부터 30일이 경과하는 때) 전에 충당하였으므로 이에 대하여 국세환급가산금을 가산하지 아니한 처분에는 달리 잘못이 없다 할 것이다. 그러나 쟁점환급금 중 479,147,860원은 청구법인이 1994사업년도 법인세 신고시(1995.6.24) 납부한 409,389,740원 및 1994사업년도 법인세 수정신고시(1996.3.30) 추가납부한 69,758,120원으로서, 이는 청구법인이 납부시 마땅히 납부할 것이 아니었는데 납부한 초과납부액(위 ②에 해당)이므로, 이에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 적용된다 할 것인데, 처분청이 이에 대하여도 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여 국세환급가산금을 가산하지 아니한 것은 잘못이라 할 것이다.

• 라. 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점준비금을 1993사업년도에 익금산입하지는 아니하였으나 1994사업년도에 익금산입하여 1995.6.24 법인세를 신고납부하였으므로 1993사업년도 법인세에 대한 미납부가산세를 부과함에 있어서 청구법인이 쟁점준비금을 익금산입하여 1994사업년도의 법인세로서 납부한 금액에 대하여는 그 납부일 전일까지의 기간에 대하여만 미납부가산세를 부과하여야 한다고 주장하나, 법인세는 각 사업년도별로 과세하는 것으로서 앞 사업년도의 미납부세액과 뒤 사업년도의 초과납부세액을 곧바고 상계하여 그 차액만을 징수결정하거나 환급결정하는 것이 아니라 앞 사업년도의 미납부세액에 대하여는 법인세법 소정의 가산세를 포함하여 별도로 징수결정(고지)하고 뒤 사업년도의 초과납부세액에 대하여는 국세기본법 소정의 국세환급가산금을 가산하여 별도로 환급결정한 다음 이를 충당하는 것이므로 위 청구주장은 이유없다 할 것이다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 일부 이유 있으므로 국세심판관 합동회의의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. (별 지) 【표 1】 1993.4.1-1994.3.31 사업년도 신고, 수정신고 및 처분청 경정결정 요약 (단위: 원) 구 분 정기신고 (1994.6.28) 수정신고 (1996.3.30) 경정결정 (1997.6.16) 차액(경정증) 과 세 표 준 2,136,491,015 2,185,042,539 3,487,832,539 1,302,790,000 산 출 세 액 712,406,945 728,914,463 1,171,863,062 442,948,599 총부담 세액 765,405,361 787,751,843 1,476,772,487 689,020,644 기납부 세액 737,839,140 737,839,140 737,839,140 0 신고납부세액 27,566,221 49,912,703 49,912,703 0 고 지 세 액 689,020,644 689,020,644 【표 2】 1994.4.1-1995.3.31 사업년도 신고, 수정신고 및 처분청 경정결정 요약 (단위: 원) 구 분 정기신고 (1995.6.24) 수정신고 (1996.3.30) 경정결정 (1997.6.16) 차액(경정감) 과 세 표 준 1,206,129,668 1,386,820,953 84,030,953 1,302,790,000 산 출 세 액 371,961,493 429,782,704 15,125,571 414,657,133 총부담 세액 561,112,673 630,870,800 16,638,128 614,232,672 기납부 세액 151,722,930 151,722,930 151,722,930 0 신고납부세액 409,389,743 479,147,870 479,147,870 0 고 지 세 액 614,232,672 614,232,672