조세심판원 심판청구 법인세

매각한 체비지양도가액의 적정 여부

사건번호 국심-1998-구-0264 선고일 1999.09.28

지급받은 체비지 중 매각한 토지의 양도가액 및 취득가액이 청구법인의 증빙자료에 의하여 확인되므로 이를 인정하여야 함

주 문

1. ○○○세무서장이 1997.8.1 청구법인에게 결정고지한 1993.1 기분 부가가치세 731,972,230원의 부과처분(청구법인이 사무관리비 등의 명목으로 토지구획정리조합에 대여하였다가 공사대금에 포함하여 체비지로 받은 금액은 용역의 공급에 해당되지 않는다 하여 1997.11.7 직권으로 부가가치세 1993.1기분 24,772,230원을 감액결정함)은 청구법인이 토지구획정리조합에 대여한 금액중 350,398,855원을 과세표준에서 차감 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 동일자로 청구법인에게 결정고지한 1993 사업연도 법인세 및 특별부가세 657,627,600원에 대하여는 청구법인이 공사대금조로 수령한 ○○○지구 토지구획정리조합 체비지 ○○○블럭, ○○○블럭, ○○○블럭, ○○○블럭, ○○○블럭, ○○○블럭 15,753㎡ 및 위 각 블럭사이의 폐도로 3,061.40㎡에 대한 양도가액을 3,813,204,500원으로 하고 취득가액을 3,698,003,607원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 청구는 기각한다.

1. 원처분의 개요

청구법인은 1992.6.19 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○ 소재 ○○○지구 토지구획정리조합(이하 "토지구획정리조합"이라 한다)과 도급계약(도급금액: 16,595,750,000원, 부가가치세 포함)을 체결하여 토목공사용역을 제공하고 그 대가로 1993.4.30 체비지(1차분) 21필지 34,379.9㎡(6,577,960,450원, 부가가치세 포함)와 1994.7.18 체비지(2차분) 2필지 1,118.2㎡(184,967,350원, 부가가치세 포함)를 지급받고, 1993.1기분은 부가가치세 과세표준으로 350,398,855원만 신고하였고, 1994.2기분은 부가가치세 과세표준으로 신고한 사실이 없다. 또한, 청구법인은 공사대금조로 수령한 체비지 중 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 ○○○블록 2,675㎡, ○○○블록 2,675㎡, ○○○블록 2,675㎡, ○○○블록 2,576㎡, ○○○블록 2,576㎡, ○○○블록 2,576㎡ 합계 6필지 15,753㎡(이하 "쟁점토지1"이라 한다)와 쟁점토지1 사이의 폐도로 841㎡(이하 "일부폐도로"라 하고 이를 포함하여 이 건 쟁점이 되고 있는 폐도로 전체 3,061.4㎡를 "쟁점폐도로"라 한다)를 1993.7.1과 1993.8.5 청구외 ○○○개발주식회사외 1인에게 3,813,204,500원(쟁점토지1은 3,642,756,500원, 일부폐도로는 170,448,000원)에, 위 같은곳 ○○○ 593.70㎡(이하 "쟁점토지2"라 한다)를 1994.7.18 청구외 ○○○외 1인에게 143,600,000원에 각각 매각하였으나, 이를 청구법인의 1993사업연도(1.1-12.31, 이하 같다)와 1994사업연도의 법인세 및 특별부가세 과세표준으로 신고하지 않았다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 위 공사대가로 지급받은 체비지의 가액 중 공급가액에 상당하는 금액을 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함하여 1997.8.1 청구법인에게 부가가치세 1993.1기분 731,972,230원, 1994.2기분 21,876,340원을 결정고지하였고(청구법인이 사무관리비 등의 명목으로 토지구획정리조합에 대여하였다가 공사대금에 포함하여 체비지로 받은 금액은 용역의 공급에 해당되지 않는다 하여 1997.11.7 직권으로 부가가치세 1993.1기분 24,772,230원, 1994.2기분 21,876,340원을 감액결정하였음), 신고누락된 체비지의 매각금액과 그 취득가액을 익금과 손금에 각각 가산하여 청구법인의 각사업연도 소득금액을 다시 계산하여 1997.8.1 청구법인에게 1993사업연도 법인세 및 특별부가세 657,627,660원과 1994사업연도 법인세 및 특별부가세 56,458,060원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.9.29 심사청구를 거쳐 1998.1.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 공사대금조로 수령한 체비지에는 토지구획정리조합에 사무관리비등으로 대여하였다가 공사대금에 포함하여 반환받은 금액(93.1기분 공급가액 350,398,855원, 당초 540,954,545원에서 직권시정으로 190,555,690원이 과세표준에서 공제됨)이 포함되어 있으므로 동 금액을 1993.1기분 부가가치세 과세표준 경정시 공제하여야 하고,

(2) 쟁점토지1 및 쟁점폐도로 3,061.4㎡를 청구법인의 이 건 과세기간(1993∼1994 사업년도)의 당시 공동대표이사인 ○○○이 3,708,054,900원에 양도하였음이 관련계약서에 의하여 확인되고 있음에도 이 건 처분청의 조사시 청구법인의 현 대표이사가 확인한 가액 3,813,204,500원을 양도가액으로 본 것과 폐도로의 취득원가 610,415,607원을 인정하지 않은 것은 부당하며,

(3) 쟁점토지2는 그 양도가액이 125,000,000원인 것이 토지구획정리조합에 제출한 매매계약서에 의하여 확인되고 있음에도 이 건 처분청의 조사시 현 대표이사가 확인한 가액 143,600,000원을 양도가액으로 보고 법인세 및 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 국세청장 의견

(1) 청구주장(1)(청구법인이 토지구획정리조합에 사무관리비 등으로 대여한 금액을 부가가치세 과세표준에서 공제하여야 한다는 주장)에 대하여는 직권으로 시정하였으므로 이에 대한 심리를 생략하고,

(2) 청구법인의 현 대표이사인 청구외 ○○○가 1997.5.9자로 작성한 확인서를 보면, 쟁점토지1과 일부폐도로를 1993.7.1과 1993.8.5 청구외 ○○○개발주식회사외 1인에게 각각 3,642,756,500원 및 170,448,000원 합계 3,813,204,500원에 양도한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점토지1과 일부폐도로의 매각금액이 사실과 다르다는 주장은 받아들이기 어렵고, 또한 쟁점폐도로의 취득원가는 달리 확인되지도 아니하고 적법하게 취득하였는지 여부도 불분명할 뿐만 아니라 청구법인 역시 취득원가가 얼마인지 밝히지 못하고 있으므로 동 취득원가를 손금에 산입하지 아니한 처분은 정당하며,

(3) 청구법인의 현 대표이사인 청구외 ○○○가 1997.5.9 작성한 확인서에 의하면 쟁점토지2를 143,600,000원에 매각한 사실이 확인되고 있는 반면, 청구법인이 제시한 매매계약서는 중개인도 없고, 계약금 및 중도금의 지급약정도 없이 계약과 동시에 잔금을 지급하기로 한 형식적인 계약서로 인정되어 신빙성이 희박하므로 쟁점토지2의 양도가액을 143,600,000원으로 한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 이 건의 다툼은 (1) 1993.1기분 부가가치세 경정과세표준에 청구법인이 토지구획정리조합에 사무비등으로 대여한 금액 350,398,855원이 포함되어 있는지 여부, (2) 청구법인이 지급받은 체비지 중 매각한 쟁점토지1과 쟁점폐도로의 양도가액 및 취득가액이 적정한지 여부 및 (3) 청구법인이 지급받은 체비지 중 청구법인이 매각한 쟁점토지2의 양도가액이 적정한지 여부를 가리는데 있다.
  • 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제21조 (경정) 제1항은 『정부는 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.
1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. (생략) 4. (생략)』이라고 규정하고 있고, (2) 법인세법 제9조 (각 사업년도의 소득) 제1항은 『내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.』고 규정하고 있고, 같은조 제3항에 『제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.』고 규정하고 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 당초 공사대금조로 수령한 체비지에는 토지구획정리조합에 사무관리비등으로 대여하였다가 공사대금에 포함하여 반환받은 금액(1993.1기분 공급가액 350,398,855원, 당초 540,954,545원에서 직권시정으로 190,555,690원이 과세표준에서 공제됨)이 포함되어 있으므로 동 금액을 1993.1기분 부가가치세 과세표준 경정시 공제하여야 한다고 주장하고 있다.

(2) 청구법인의 1993.1기분 부가가치세 신고서 및 세금계산서에 의하면, 체비지로 지급받은 금액 중 350,398,855원에 대하여 1993.6.30 토지구획정리조합에 세금계산서를 교부하고 1993.1기분 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고한 사실이 확인되고 있고, 이에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

(3) 한편, 국세청장(감사관)은 1997.10.20 감사○○○호 "감사처분지시사항 변경통보" 공문으로 1993.1기분 190,555,690원, 1994.2기분 168,279,590원을 부가가치세 과세표준에서 감액토록 지시한 사실(청구법인의 심사청구 내용을 검토한 결과 청구법인이 토지구획정리조합에 사무관리비등으로 대여한 금액은 부가가치세 과세대상이 아니라 하여 부가가치세 과세표준에서 공제하는 것이 타당한 것으로 판단함)이 확인되고 있고, 청구법인이 토지구획정리조합에 기성고 신청한 내용에 의하면, 공사비 중 사무관리비등은 1993.1기분에 595,050,000원(공급가액 540,954,545원), 1994.2기분에 185,107,550원(공급가액 168,279,590원)임이 확인되고 있으며 이에 대하여도 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

(4) 그렇다면, 처분청이 당초 경정결정시 1993.1기분 부가가치세 과세표준에 포함한 사무관리비등 토지구획정리조합에 대여한 금액 540,954,595원(공급가액)은 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급대가가 아니므로 이를 전액 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 할 것임에도, 국세청장(감사관)이 착오로 190,555,690원만 부가가치세 과세표준에서 제외하도록 처분청에 지시함에 따라 처분청이 위 금액만 부가가치세 과세표준에서 제외하였음을 알 수 있는바(국세청장(감사관)이 사무관리비등 토지구획정리조합에 대여한 금액 540,954,595원에서 대여금액과는 아무런 관련이 없는 청구법인의 공사기성고 신고금액 350,398,855원을 차감한 190,255,690원을 부가가치세 과세표준에서 공제토록 한 사실에서 착오에 의한 것임을 알 수 있다), 청구법인이 토지구획정리조합에 대여한 금액은 전액을 부가가치세 과세표준에서 제외(기 공제한 190,255,690원 이외에 350,398,855원을 추가 공제)하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 쟁점토지1은 토지구획정리조합으로부터 3,087,588,000원에 취득하여 같은 금액으로 양도하였고 쟁점폐도로는 610,415,607원에 취득하여 620,466,900원에 양도하였으므로 쟁점토지1 및 쟁점폐도로의 취득가액은 3,698,003,607원이고 그 양도가액은 3,708,054,900원으로 양도차익은 10,051,293원이라고 주장하는 바 이에 대하여 살펴본다.

(2) 먼저 쟁점토지1 및 쟁점폐도로의 양도가액에 대하여 본다.

① 처분청은 청구법인의 현 대표이사 청구외 ○○○의 1997.5.9자 확인서를 근거로 쟁점토지1(15,753㎡)의 양도가액은 3,642,756,500원이고 일부폐도로(841㎡)의 양도가액은 170,448,000원으로 보아 전체양도가액을 3,813,204,500원으로 하고 있다.

② 이와 관련하여 당 심판소에서 매수인인 ○○○개발주식회사의 장부(토지대현황)에 의하여 확인한 양도가액도 쟁점토지1은 3,642,756,500원이고, 일부폐도로는 170,448,000원으로 합계 3,813,204,500원인 것이 확인되고 있어 쟁점토지1과 쟁점폐도로의 양도가액은 3,813,204,500원으로 인정되는 반면, 청구법인은 그 신빙성이 희박한 매매계약서이외에 금융자료등 구체적이고 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있으므로 위 청구법인 제시 매매계약서상의 양도가액을 쟁점토지1과 쟁점폐도로의 양도가액으로 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점토지1 및 쟁점폐도로 3,061.40㎡의 취득가액에 대하여 보면 처분청은 쟁점토지1 및 쟁점폐도로 취득가액을 3,087,588,000원(이 금액은 청구법인이 1993.4.20 토지구획정리조합에 1차 기성고신청시의 쟁점토지1에 대한 기성신청금액으로 이 금액속에 폐도로 취득원가도 포함되어 있다고 보고 있다)이라고 보고 있는데 대하여, 청구법인은 3,698,003,607원(쟁점토지 3,087,588,000원+쟁점폐도로 610,415,607원)이라고 주장하는바 쟁점폐도로 3,061.4㎡의 취득가액을 인정할 수 있는지 및 인정한다면 그 금액은 얼마인지에 대하여 본다.(쟁점토지1의 취득가액에 대하여는 다툼이 없다)

① 청구법인이 쟁점폐도로 결정일(1993.8.16) 이전인 1993.4.20 토지구획정리조합에 이 건과 관련한 공사대금으로 6,579,050,000원의 1차 기성고를 신청한 사실이 제1회 기성부분내역서에 의하여 확인되고 있고, 이에 대하여 토지구획정리조합이 1993.4.30 공사대가로 체비지 21필지 34,379.9㎡를 6,577,960,450원에 지급한 사실이 지급내역서에 의하여 확인되고 있으며, 위 체비지(공사비)내역에는 쟁점토지1(○○○블럭외 5필지)의 가격 3,087,588,000원이 포함되어 있으나 쟁점폐도로 3,061.4㎡ 및 그 가격은 포함되지 않은 사실이 확인되는바, 청구법인은 1차기성고신청 당시는 쟁점폐도로에 대한 폐도승인이 나지 않은 상태였으므로 기성고신청을 할 수 없어 쟁점폐도로의 폐도승인일인 1993.8.16 신청외 기성고로 하여 610,415,607원을 체비지로 지급받은 것이라고 주장한다.

② 이와 관련 토지구획정리조합은 쟁점폐도로의 폐도를 위하여 "…환지계획인가되어 사업시행중인 ○○○도시계획○○○지구 토지구획정리사업지구내에 무주택시민 및 공단근로자의 주택난을 해소하고자 공동주택(아파트) 건립을 위한 집단부지확보를 위하여 지구내 계획된 도로를 변경(일부폐지) 결정코자합니다"라는 변경결정사유서를 첨부하여 1993.7.13 ○○○군수에게 폐도신청한 사실이 "세부시설(도로) 변경결정신청" 공문(○○○호, 1993.7.13)에서 확인되며, 폐도신청에 앞서 1993.4.28 조합원회의를 개최, 쟁점토지1사이의 도로를 폐도키로 의결한 사실이 34명의 대의원중 ○○○외 25명이 참석한 회의록에서 확인된다.

③ 위 폐도 신청공문에 대하여 ○○○군수는 1993.8.16 "○○○도시계획 ○○○지구토지구획정리사업 세부시설결정(변경) 및 지적승인" 공문(도시 ○○○, 1993.8.16)에 의하여 이를 승인한 사실이 확인되고, 토지구획정리조합은 1993.8.16 쟁점폐도로 3,061.4㎡를 ○○○블록으로 하여 체비지대장에 등재(소유자 ○○○건설(주) 대표이사 ○○○)한 사실 및 이를 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재 ○○○개발주식회사외 1인에게 1993.8.20 매각한 사실이 체비지대장에 의하여 확인되며, 토지구획정리조합은 1993.10.13 쟁점토지1 및 쟁점폐도로를 ○○○개발주식회사외 1인에게 사용 승인한 사실이 체비지사용승인서에 의하여 확인된다.

④ 청구법인과 ○○○개발주식회사간의 체결된 1993.7.1자 부동산매매계약서 제6항에 따르면 쟁점토지1의 각 블록사이에 도로에 대한 폐도는 양도인인 청구법인이 책임지고 이행하도록 약정하고 있는 사실이 확인된다.

⑤ 토지구획정리조합장 청구외 ○○○는 1998.8.11자 확인서에서 쟁점폐도로부분 공사대금을 610,415,607원으로 계산하여 체비지를 지급하였으며 앞으로 지급할 체비지(공사대금)는 전체공사대금 16,595,750,000원에서 폐도부분을 포함한 기지급체비지금액 7,373,343,407원(1차기성고 6,577,960,450원+쟁점폐도로 610,415,607원+2차기성고 184,967,350원)을 제외한 나머지를 지급하면 되므로 미지급 공사대금은 9,222,406,593원이 되며 조합측은 향후 공사대금 정산시 이 금액만을 청구법인에 지급하면 된다는 사실을 확인하고 있다.

⑥ 한편 토지구획정리조합은 1998.1월 "당조합에서 1993.8.16 공사비로 지급된 체비지가 문서상으로 누락되어 별첨 내역(○○○블록, 면적 3,061.4㎡, 단가 199,391원, 금액 610,415,607원, 폐도)과 같이 통보"한다는 내용의 "○○○지구공사비(체비지)지급" 공문(○○○, 1998.1)을 청구법인에게 발송한 사실이 확인되고, 위 쟁점폐도로의 단가 199,391원은 1차기성고 신청단가(토지구획정리사업법에 의한 감정가액으로 조성원가) 191,363원(6,579,050,000원÷34,379.9㎡)과 유사한 수준임을 알 수 있다.

⑦ 나아가 청구법인은 쟁점폐도로에 대한 매출누락분 610,415,607원에 대하여 1993년 2기분 부가가치세예정신고 수정신고서를 1998.8.20 처분청에 제출하여 자진납부코자한 사실이 확인된다. 이상과 같은 사실들을 모두어 살피건대 토지구획정리조합측이 기지급공사비중에 쟁점폐도로 공사대금 610,415,607원이 포함되어 있으며 향후 공사대금정산시 쟁점폐도로 공사대금은 제외하여 지급한다는 사실을 확인하고 있는 점, 청구법인이 쟁점폐도로공사비(매출누락분)를 수령하였다는 부가가치세예정신고수정신고서를 제출하고 있고 이를 굳이 부인할 이유가 없는 점, 토지구획정리조합측의 쟁점폐도로는 폐도신청 및 ○○○군수의 승인과정을 거쳐 이건 과세처분일(1997.8.1) 훨씬 이전인 1993.8.16 체비지대장에 등재된 점, 체비지대장에 등재된 3,061.4㎡(927.69평)에 상당하는 거액의 택지를 토지구획정리조합이 무상으로 증여했다고 보는 것은 상거래관행과 사회통념에 비추어 볼 때 타당하지 않는 점등을 종합하여 판단컨대 쟁점토지1의 취득가액은 3,087,588,000원이고 쟁점폐도로의 취득가액은 610,415,607원으로 전체취득가액은 3,698,003,607원이라는 청구법인의 주장은 이유있다 할 것이다. 쟁점(3)에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 청구법인이 토지구획정리조합에 제출한 매매계약서에 의하여 쟁점토지2의 양도가액이 125,000,000원으로 확인되고 있으므로 동 가격을 쟁점토지2의 양도가액으로 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 청구법인의 현 대표이사 ○○○의 확인서에 의하면, 쟁점토지2의 양도가액은 143,600,000원인 것으로 확인되고 있으므로 동 가격을 양도가액으로 하여야 한다는 의견이다. 청구법인은 2차 기성고의 대가로 1994.7.18 쟁점토지2와 체비지 ○○○ 524.5㎡(이하 "관련토지"라 한다)를 함께 지급받았고, 관련토지는 1994.7.19에 111,000,000원(취득가액 80,773,000원)에 매각하였는바, 그 매수인은 주식회사 ○○○주택건설이며(쟁점토지2의 매수인은 개인임), 그 취득가액 대비 매매이익률은 37.4%로 확인되고 있고, 쟁점토지2의 양도가액을 청구법인의 주장대로125,000,000원으로 하면 그 취득가액 대비 매매이익율은 약 19.9%이고, 처분청의 의견대로 143,600,000원으로 하는 경우 그 취득가액 대비 매매이익률은 37.8%로 나타나고 있다.

(3) 한편 청구법인이 증빙을 제시한 매매계약서는 중개인도 없고, 계약금 및 중도금의 지급약정도 없이 계약과 동시에 잔금을 지급하는 것으로 되어 있는바, 이는 사회통념에 비추어 볼 때 정상적으로 작성된 매매계약서로 보기는 어려워 그 진실성에 의문이 간다 하겠고, 더구나 청구법인은 신빙성이 희박한 동 매매계약서 이외에 구체적이고 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있다.

(4) 위의 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인이 증빙으로 제시하는 매매계약서는 그 신빙성이 희박한 것으로 보인다 하겠고, 더구나 쟁점토지2는 관련토지와 같이 취득한 후 관련토지와 하루 간격을 두고 매각하면서 특별한 사정도 없이 관련토지에 비하여 현저히 낮은 가격으로 매각하였다는 것도 사회통념상 받아들이기 어려우며, 또한 현 대표이사 ○○○가 청구법인이 양도한 가액을 사실과 달리 높게 확인할 이유도 없다 하겠으므로 처분청이 쟁점토지2의 양도가액을 143,600,000원으로 하여 청구법인의 각사업년도 소득을 계산한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  • 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)