농어촌특별세 비과세대상인 농어민단체의 농지에 해당되는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1994.1.1∼1994.12.31 사업연도에 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○외 215필지의 토지 79,400.9㎡를 양도하였고, 1995.1.1∼1995.12.31 사업연도에 ○○도 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○외 59 필지의 토지 22,485.9㎡를 양도하였으며, 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도에 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○외 70필지의 토지 39,647㎡를 양도하였고, 1997.1.1∼1997.12.31 사업연도에 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○외 169필지의 토지 219,840㎡(이상의 토지를 이하 "쟁점토지"라 한다)를 양도하였다. 청구법인은 쟁점토지의 양도에 따른 특별부가세에 대하여는 공공사업용토지 등에 대한 특별부가세 감면규정을 적용하여 각 사업연도분 법인세신고시 신고를 하였으나, 농어촌특별세는 전액 비과세 대상이라고 판단하여 신고하지 않았다. 처분청은 쟁점토지가 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인이 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 농지에 해당되지 아니하는 것으로 보아 쟁점토지의 양도에 따른 감면세액에 대하여 1998.5.17 청구법인에게 1994 사업연도분 농어촌특별세 232,600,460원, 1995 사업연도분 농어촌특별세 58,475,100원, 1996 사업연도분 농어촌특별세 52,006,260원 및 1997 사업연도분 농어촌특별세 87,865,960원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.7.14 심사청구를 거쳐 1998.11.7 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구 주장

(1) 청구법인은 농지개량조합법에 의하여 설립된 공공법인이고, 조합구역안의 농지개량시설을 설치하거나 유지관리하고 구획정리사업 및 농사개량사업 등을 수행함으로써 조합원의 농업생산력 증대에 기여함을 목적으로 하고 있으며, 농어촌특별세로 모아진 재원에서 지원을 받아 일반경지정리, 기계화경작로 확·포장, 배수개선, 수리시설 개·보수, 대·중규모 용수개발사업 등을 시행하는 사업시행자로서 역할을 하고 있다. 따라서 청구법인에게 농어촌특별세를 부과하는 것은 지원대상자에게서 재원을 확보하여 다시 지원하는 결과가 되어 타당치 않다.

(2) 쟁점토지는 1994.7.1∼1997.12.31 기간중 공공용지로 수용된 토지이고 그 지목이 구거이나 농업용수의 공급과 배수를 위하여 사용된 농지이므로 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 에 의거 조세감면규제법 제63조의 감면중 농어민단체의 농지로 보아 농어촌특별세를 비과세하여야 한다.

(3) 국세청장은 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정에 대해 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치중 농어촌특별세법 또는 같은법시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정한 것과 같은 취지의 감면에 한하여 비과세하는 것이라는 의견이다. 그러나 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정은 농어촌특별세법이 1994.7.1부터 발효된 법이고 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제13조 내지 제19조의 규정은 1993.12.31 이전의 사항들이기 때문에 비과세하도록 한 것이므로 쟁점토지중 1993.12.31 이전에 사업인정 고시된 토지의 공공용지 수용에 따른 특별부가세 감면에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하여야 한다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 조합구역안의 농지개량시설을 설치하거나, 유지·관리하고, 구획정리사업 및 농사개량사업을 수행함으로써 조합원의 농업생산력 증대에 기여함을 목적으로 하는 법인이고, 이 건은 조세감면규제법 제63조에 의하여 특별부가세가 감면되는 경우에 해당하므로 농어촌특갸섰喧쳬釋?제4조 제1항 제1호의 규정에 의거 동 감면세액에 대하여는 농어촌특별세도 비과세하여야 한다는 주장을 하고 있다. 그러나 조세감면규제법 제63조의 규정에 의거 특별부가세를 감면받은 경우에도 그 감면세액에 대한 농어촌특별세는 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 에서 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상이 되는 농지에 한하여 비과세한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 양도에 따른 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 경정고지한 당초처분이 적법하다.

(2) 또한 청구법인은 수용에 의한 감면 중 1993.12.31 이전에 사업인정 고시된 토지 등을 양도한 경우에는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정에 의거 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 주장을 하고 있다. 그러나 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치가 적용되는 경우이면 모두 농어촌특별세가 비과세되는 것이 아니라 동 경과조치 중 농어촌특별세법 또는 같은법시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정한 것과 같은 취지의 감면을 규정한 조세감면규제법 개정법률이 적용되는 경우에 한하여 비과세되는 것이므로 쟁점토지중 1993.12.31 이전에 사업인정 고시된 토지의 양도에 따른 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 과세한 당초처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

(1) 농지개량조합에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 않아야 하는지 여부

(2) 쟁점토지가 농어촌특별세 비과세대상인 농어민단체의 농지에 해당되는지 여부

(3) 농지개량조합이 1993.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정 고시된 사업지역안에 있는 토지를 양도한 경우 농어촌특별세가 비과세되는지 여부

• 나. 관계법령 (1) 농어촌특별세법 제4조 【비과세】본문은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.고 규정하고 있고, 그 제1호는 국가(외국정부를 포함한다)·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 대한 감면을 규정하고 있으며, 그 제2호는 농어민(…생략…) 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인과 위탁영농회사를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있다. 같은법시행령 제4조【비과세】제1항 본문은 법 제4조 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.고 규정하고 있고, 그 제1호는 조세감면규제법…·제63조〔조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다.〕·…의 규정에 의한 감면을 말한다.고 규정하고 있으며, 같은조 제7항은 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.고 규정하고 있다. 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제63조 제1항 본문은 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(…생략…)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(…생략…)에 상당하는 세액을 감면한다.고 규정하고 있고, 그 제1호는 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득을 규정하고 있으며, 같은법 제55조 제1항 본문은 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다.)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.고 규정하고 있고, 그 제2호는 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인 또는 영농조합법인을 규정하고 있으며, 같은법시행령 제54조 제3항은 법 제55조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 농업을 주업으로 하는 법인을 말하되, 농업과 다른 사업을 겸영하는 경우에는 당해 농지의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 농업생산수입금액이 당해법인의 총수입금액의 100분의 50이상인 법인을 말한다.고 규정하고 있다.

(2) 한편, 조세감면규제법(1993.12.31 개정법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항 본문은 이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.고 규정하고 있으며, 그 제1호는 1992년 12월 31일 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.고 규정하고 있고, 그 제2호는 제1호 외의 경우로서 1993년 12월 31일 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다.고 규정하고 있다. 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 본문은 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(…생략…)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(…생략…)에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략)고 규정하고 있고, 그 제1호는 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득을 규정하고 있다.

• 다. 쟁점(1)에 대하여 청구법인은 농민의 농업생산력 증대에 기여함을 사업목적으로 하고 농어촌특별세 수입에 의해 조성되는 정부의 농어촌구조개선특별회계로부터 지원을 받아 사업을 시행하고 있는 농어민단체임에도 청구법인에게 농어촌특별세를 부과하는 것은 지원대상자에게서 재원을 마련하는 것이 되어서 타당치 않다는 주장이다. 살피건대, 농어촌특별세 비과세대상에 대하여는 농어촌특별세법 제4조 에 규정하고 있는바, 청구법인과 같이 농민을 조합원으로 하는 단체의 경우에는 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인이 직접 경작한 농지에 대하여만 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있을 뿐이고 청구법인이 농업생산을 주된 사업으로 영위하지 아니하는 법인인 점은 다툼이 없으므로 청구법인이 비록 농민의 농업생산력 증대에 기여하는 사업을 수행한다 하더라도 농어촌특별세 납세의무자에 해당된다고 본다.
• 라. 쟁점(2)에 대하여 청구법인은 쟁점토지가 공공사업용 토지로 수용되었고 지목은 구거이지만 농업용수의 공급과 배수를 위해 사용하는 농지이므로 이를 농어민단체의 농지로 보아 농어촌특별세를 비과세해야 한다는 주장이다. 살피건대, 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 의 규정에 의하면 조세감면규제법 제63조 [공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면]에 해당되는 감면의 경우에도 그중 농지소재지 거주자나 영농을 주업으로 하는 법인 또는 영농조합법인이 직접 경작하는 농지에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 명시하고 있다. 그런데 청구법인의 경우 위에서도 살펴본 바와 같이 영농을 주업으로 하는 법인이 아니고 쟁점토지가 청구법인이 직접 경작한 농지에 해당되지 아니하므로 쟁점토지의 양도에 따른 감면세액에 대하여는 농어촌특별세를 과세함이 타당한 것으로 판단된다.
• 마. 쟁점(3)에 대하여 청구법인은 쟁점토지의 일부가 1993.12.31 이전에 사업인정 고시된 토지이므로 이에 대하여는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 및 1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의거 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 주장이다. 살피건대, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 등의 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세대상에 해당되고, 1993.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세 등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 대하여 농어촌특별세를 비과세한다는 의미이고, 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 에서는 공공사업용 토지 등으로 양도하여 특별부가세의 감면을 받는 경우에도 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인이 직접 경작한 농지에 해당하는 경우에 한하여 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있다. 따라서, 위 부칙 제16조 제3항에 규정하고 있는 내용인 1993년 12월 31일 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에 해당(즉, 종전 규정의 양도소득세 감면비율을 적용받는 경우)되어도, 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세 요건을 갖추어야만 농어촌특별세가 비과세되는데, 청구법인의 경우에는 앞에서도 살펴본 바와 같이 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 쟁점토지중 1993.12.31 이전에 사업인정 고시된 토지가 청구법인이 직접 경작한 농지에도 해당되지 아니하므로 처분청의 당초 과세처분이 타당한 것으로 판단된다.
• 바. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.