과세표준안분계산의 당부

심판청구를 기각합니다.

○○○과 ○○○(이하 "청구인들"이라 한다)은 1992.11.12 부동산 임대업을 영위하기 위한 사업자등록을 한 후 인천광역시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재 근린생활시설(지하1층 지상5층으로 연면적은 1,526.07㎡이며 이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하여 1993.11.22 임대를 개시한 후 1993년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점건물 신축공사와 관련된 세금계산서 3매(공급가액 599,999,999원 부가가치세 60,000,001원이며, 이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)를 교부받아 매입세액 전액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구인들에 대한 부가가치세 경정조사를 실시한 결과 청구인들이 쟁점건물 중 일부를 면세사업(쟁점건물에서 청구인들 중 1인인 ○○○이 정형외과를 1994.3.18부터 운영하고 있음)에 전용하였다 하여, 부가가치세법시행령 제49조 제2항 의 규정에 의거하여 쟁점건물 중 1994년 제1기분중 면세사업에 전용된 부분의 과세표준(공급의제)을 494,099,999원으로 결정하여 1998.5.1 청구인들에게 1994년 제1기분 부가가치세 54,350,990원을 결정고지(심사결정에 의하여 과세표준 및 세액이 각각 447,480,881원, 49,502,540원으로 감액경정됨) 하였다.

2. 청구인들 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인들 주장 쟁점건물은 청구인들이 2분의1씩 공동으로 소유하고 있는 재산으로서 청구인들중 ○○○은 부동산임대업을 목적으로 하고 ○○○은 의원개업을 목적으로 하여 쟁점건물을 신축한 것으로서 청구인들이 1993년 제2기 부가가치세 확정신고시 면적비율로 안분계산한 금액을 매입세액 공제하여야 하였음에도 세법에 대한 무지로 전액을 환급받았는 바, 청구인들 중 ○○○ 지분에 상당하는 면적은 당초부터 부동산임대업에 공한 바 없고 공할 의사도 없었으므로 부가가치세법시행령 제63조 제1항 및 제2항에 의거하여 면적비율로 납부세액을 재계산하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인들은 쟁점건물을 신축하면서 사업자를 청구인들로 하여 부동산임대업으로 사업자 등록된 상태에서 쟁점건물 신축과 관련된 부가가치세 매입세액 전액을 공제받고 쟁점건물 준공후 1993.11.12부터 일부 건물을 임대하다가 1994.3.14부터 청구인들중 ○○○이 의료업을 개시한 사실이 처분청 및 청구인이 제시한 증빙에 의하여 확인되고, 위 ○○○은 쟁점건물중 2분의1 지분은 쟁점건물 신축시부터 ○○○이 의료업을 영위하기 위한 것이라고 주장하고 있으나, 청구인들중 ○○○이 위 ○○○을 피고로하여 인천지방법원 제3민사부에 제기한 부당이득금반환청구소송(○○○, ○○○)에서 청구인들의 부(○○○)가 쟁점건물의 신축과 관련하여 모든 실무적인 문제를 행하고 쟁점건물 신축후 ○○○이 단독으로 건물전체를 점유하여 의료업에 사용하였는 바, ○○○은 법률상 원인없이 건물 및 대지 중 ○○○ 지분인 2분의 1을 사용수익하여 얻은 이익을 반환하라고 주장하고 있는 점으로 보아 쟁점건물을 실질적으로는 ○○○이 단독으로 사용하여 부동산임대 및 의료업을 영위하는데 공하였던 것으로 판단된다. 그러므로 쟁점건물은 ○○○이 단독으로 부동산임대에 공하다가 1993.3.18부터 건물의 일부를 면세(의료업)에 공한 것으로 알 수 있어 의료업에 사용한 건물부분을 면세전용으로 보아 부가가치세를 경정한 처분청의 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물중 일부를 면세사업에 자가공급한 것으로 보아 그 과세표준을 재계산하여 과세한 처분이 정당한지에 그 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제6조 (재화의 공급) 제2항에서 "사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다"고 규정하고, 같은법 시행령 제15조(자가공급의 범위) 제1항 제1호에서는 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화"를 자가공급으로 규정하고 있다. 한편 같은법 시행령 제49조(자가공급 등에 대한 과세표준의 계산) 제2항에서는 "과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

당해 재화의 취득가액×(1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수) × 면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액 = 과세표준 면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액

2. (생략)"이라고 규정하고 있다.

• 다. 심리 및 판단 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인들은 부동산임대업을 사업목적으로 하여 사업자등록을 한 후 쟁점건물을 1993.11.12 준공하여 청구외 (주)○○○건설로부터 건물신축공사에 따른 세금계산서를 교부받아 1993년 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세액을 전액 공제한 사실과, 청구인들중 1인인 ○○○이 쟁점건물중 일부를 면세사업(정형외과)으로 1994.3.18부터 사용한 사실 및 처분청이 이에 대하여 쟁점건물의 과세표준을 1994년 연간 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 다음과 같이 안분계산한 사실이 확인된다. <면세사업에 전용된 쟁점건물의 과세표준> 쟁점건물의 취득가액(6억원) × [1-10/100×경과된 과세기간의 수(1)× {94년{} 1기{} 면세공급가액(135,252,000원)} over {94년{} 1기{} 총{} 공급가액(163,216,382원) {}{}} ] = 과세표준(447,480,881원) 청구인들은 1993년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점건물의 예정사용 면적비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산한 사실이 없고 매입세액 전액을 환급받았는 바, 쟁점건물을 1993.11.12 준공하여 과세사업에 사용하다가 1994.3.18 청구인들중 ○○○(임대공동사업자이며 정형외과 의사)이 쟁점건물 일부에서 의료업을 운영하고 있으므로, 이는 부가가치세법 제6조 제2항 및 같은법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 자가공급(면세전용)에 해당하고, 과세사업에 공한 감가상각 자산을 면세사업에 일부 사용한 경우에는 당해과세기간의 과세표준을 같은법 시행령 제49조(자가공급 등에 대한 과세표준의 계산) 제2항의 규정에 의하여 계산하여 이미 공제받은 매입세액을 배제하는 것인 바, 따라서 처분청이 위 규정에 의하여 청구인들의 과세표준을 재계산하여 이 건 부가가치세를 고지하였음은 적법하고 달리 잘못이 없다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.