유상 취득한 영업권은 자산으로 하여 감가상각함이 타당함
유상 취득한 영업권은 자산으로 하여 감가상각함이 타당함
ㅇㅇㅇ세무서장이 청구법인에게 1998.2.23 결정고지한 1992사업연도 법인세 1,424,776,870원과 1998.3.18 결정고지한 1993사업연도 법인세723,189,930원, 1994사업연도 법인세 964,909,700원 및 농어촌특별세 34,511,270원, 1995사업연도 법인세 636,850,350원 및 농어촌특별세 35,043,740원, 1996사업연도 법인세 1,565,096,290원의 부과처분은
1. 1992∼1996사업연도에 영업권으로 균등상각한 2,285,720,185원을 손금산입하고,
2. 1992사업연도 가지급금과 관련된 인정이자를 계산함에 있어 청구법인의 주주인 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○의 가지급금적수에서 가수금적수를 각각 차감하여 인정이자 및 지급이자 손금불산입액을 재계산하고
3. 경기도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○외 2필지 토지 15,395㎡와 위 지상건물 3,532.86㎡(사내직업훈련시설)와 관련된 1994사업연도 지급이자 749,654,276원, 1995사업연도 지급이자 723,706,787원에 대하여 각 사업연도에 손금산입 하고,
4. 1994사업연도 ○○○종합기술연구소가 지출한 비용중 연구보조요원 ○○○외 12명의 급여 92,804,602원, ○○○공단 기자재임차료 38,668,812원, 견본비 942,000원, 경상개발비(실험용자재) 6,989,520원, 실험용공구 3,438,500원 총 142,843,524원에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제 대상비용으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.
청구법인은 건강보조식품·화장품·세제·선박부품등의 제조업을 영위하는 법인으로서 1990.9 한강수해로 인해 청구외 (주)○○○소유의 바지선이 떠내려와 청구법인의 선박과 충돌하여 선박이 침몰함에 따라 발생한 재해손실 자산가액 2,285,720,186원을 1990사업연도에 손금산입하였다. 처분청은 1992.6월 청구법인의 1990사업연도 법인세조사시 위 재해손실 금액이 1990년말까지 확정되지 아니하였다 하여 이를 손금불산입처분하였고, 청구법인은 위 재해손실금액을 영업권으로 계상하고 1992∼1996사업연도에 균등상각액을 손금에 산입하였다. 처분청은 1997.11.3∼12.15까지 청구법인의 각 사업연도 법인세를 조사하면서 위 영업권상당액을 유상으로 취득한 것이 아니라는 이유로 손금불산입 유보처분하고, 유상증자시 증자대금을 주주에게 가지급한 것으로 보아 1992사업연도의 가지급금 인정이자 884,705,421원 및 지급이자 555,666,719원을 익금산입 및 손금불산입하며, 경기도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 외 2 대지 15,395㎡, 건물(직업훈련시설) 3,532.86㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 차입금과다법인이 보유한 비업무용부동산에 준하는 부동산으로 보아 관련 지급이자 1992사업연도 403,247,807원, 1993사업연도 723,355,752원, 1994사업연도 749,654,276원, 1995사업연도 723,706,787원을 각각 익금산입 및 손금불산입하고, 기술 및 인력개발비세액공제액 중 1993사업연도 5,486,985원, 1994사업연도 152,482,094원, 1995사업연도 △20,055,865원(추가 공제), 1996사업연도 5,225,717원을 불공제하여 1998.2.23 청구법인에게 1992사업연도 법인세 1,424,776,870원을 결정고지하고 1998.3.18 청구법인에게 1993사업연도 법인세 723,189,930원, 1994사업연도 법인세 964,909,700원 및 농어촌특별세 34,511,270원, 1995사업연도 법인세 636,850,350원 및 농어촌특별세 35,043,740원, 1996사업연도 법인세 1,565,096,290원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.4.22 이의신청과 1998.6.24 심사청구를 거쳐 1998.10.21 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점(1)에 대하여 (가) 청구법인이 영업권명목으로 계상하여 상각한 2,285,720,185원은 수해당시 청구외 법인의 바지선에 의해 발생한 손실이므로 어떤 형태로든 법인의 소득금액 계산상 손금으로 계상되어야 할 것이고, 청구법인이 당초에 1990사업연도의 손금으로 계상한 것을 처분청에서 1990사업연도의 법인세조사시 1991사업연도의 귀속 손금이라 하여 손금불산입하여 유보처분한 것이므로 처분청에 의해 손금 귀속연도가 확정된 1991사업연도에 자동 손금추인되어야 하고 청구법인이 1992∼1996사업연도에 손금에 산입한 것을 부인만 하는 것은 부당하며, (나) 만약 청구법인이 영업권의 명목으로 상각한 재해손실액을 부인하고자 할 경우에는 먼저 전액 1991사업연도의 손금으로 인정한 후 상각한 각 사업연도의 손금을 부인하여야 한다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 (가) 청구법인의 대표이사 ○○○의 개인 가수금을 재원으로 하여 증자를 하였으므로 여타 주주는 ○○○ 개인자금에 의하여 증자된 주식에 해당하는 재산가치를 얻었거나 또 다른 채권 채무가 성립하는 사실상의 거래를 한 것인 바 여타 각 주주가 얻은 주식의 재산가치에 대해서는 ○○○을 증여자로 여타주주를 수증자로 하여 증여세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 청구법인이 대표자를 제외한 여타주주에게 가지급한 것(1993∼1996사업연도의 회사신고분 포함)으로 보아서는 아니되며, (나) 사채차입금은 위 ○○○의 책임하에 있는 개인자금이 ○○○을 채권자, 청구법인을 채무자로 하여 청구법인내에 가수금으로 입금된 것이고, 청구법인이 가수금을 변제할 때에 ○○○에 대한 개인 채무를 상환한 것이며 (다) 설령, 처분내용대로 업무와 관련 없는 가지급금으로 볼 경우에도 인정이자상당액을 계산함에 있어서 각 인별 가지급금 적수에서 동일인에 대하여 발생한 가수금적수를 차감하여 인정이자 상당액을 계산하여야 할 것이므로 과다계상된 가지급금적수 162,867,439,168원에 상당하는 인정이자 94,671,403원 상당액이 과다 익금산입 되었고, 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서도 59,452,551원 상당액의 지급이자가 더 손금불산입되었다.
(3) 쟁점(3)대하여 (가) 처분청은 쟁점부동산을 법인세법 시행규칙 제18조 제21항 제3호 에 해당되는 자산으로 보아 지급이자를 손금불산입함에 있어서, 위 제3호 단서인 "다만 직업훈련기본법에 의한 사내직업훈련을 위한 시설을 제외한다"라는 규정을 축소해석하여 관련기관(노동부)에서 훈련계획승인을 통보해준 연도인 1996사업연도만 한정해서 직업훈련시설로 인정하고 있으나 (나) 쟁점부동산은 직업훈련기본법 제24조 제1항 제4호 에 의해 의무적으로 설치한 자산(처분청 및 국세청도 같은 의견)이고, 직업훈련법 제26조 제1항 단서규정은 같은법에 의한 직업훈련을 실시할 때에 적용되어야 할 규정이며, 노동부장관의 승인(직업훈련기본법 제26조 제1항 단서)여부가 법인세법시행규칙 제18조 제21항 제3호 단서에 해당되는지 여부를 확정짓는 것이 아니므로 단순히 해당기관의 승인통보가 없음을 이유로 위의 제3호 단서규정의 적용을 배제함은 실질과세원칙에 위배되는 처분이고 (다) 또 국가기관의 부작위행위를 청구법인의 과실로 귀책시켜 과세하는 것은 부당하며 법인세법 시행규칙 제18조 제21항 제3호 의 단서 및 부칙 제2조(94.3.12 재무부령 제1968호)에 의해 1994.1.1 이후에는 직업훈련기본법에 의한 사내직업훈련시설은 지급이자손금불산입 대상 부동산이 아니므로 1994년도 및 1995년도의 지급이자를 손금불산입한 것은 부당한 것이고, (라) 또한 쟁점부동산은 그 토지매입이 1990.5.11이고 동 토지상의 건물을 1991.4월 착공하여 1993.12.30 준공한 후 사내직업훈련을 위한 시설로 사용한 것이므로 1992사업연도와 1993사업연도에 지급이자를 손금부인함은 부당하다.
(4) 쟁점(4)에 대하여 청구법인은 기술개발촉진법에 의하여 1982.3.14 과학기술처장관에 의해 ○○○종합기술연구소라는 명칭의 기업부설연구소를 인정받은 후 그 연구소에서 주로 화장품과 전자매트, 자동차부품을 위한 연구 및 개발비를 투입하여 개발한 제품을 매출하고 있는 바, 처분청이 세액공제를 배제한 위 개발비의 발생내용중 1994사업연도에 발생한 연구보조원급여 92,804,692원과 종합기술연구소 및 개발실의 기자재 임차료 38,668,812원, 견본비 942,000원, 경상개발비 6,989,520원, 소모성공구비 3,438,500원 총합계 142,843,524원은 조세감면규제법시행령 별표 4의 제1호 가목의 규정에 의한 기술개발비에 해당하므로 세액공제를 하여야 한다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 (가) 일반적으로 기업등의 순자산가액을 초과하는 무형의 가치를 평가하여 유상으로 인수시 합리적으로 계산된 가액의 범위내에서 영업권으로 계상하고 법인세법 시행령 제48조 및 같은법 시행규칙 제27조에 따라 무형고정자산으로서 내용연수 5년동안 상각액을 손금으로 산입하는 것이나 무상으로 취득한 경우에는 영업권으로 계상할 수 없는 것인 바, (나) 위 재해손실은 유상취득에 해당하지 아니하여 영업권으로 볼 수 없으므로 청구법인의 영업권상각액을 손금불산입한 처분은 정당하며 1991사업연도는 이 건 처분내용과 관련이 없을 뿐만 아니라 청구일 현재 국세기본법 제26조 의 2의 규정에 의하여 국세부과제척기간의 경과로 부과권이 소멸하여 경정결정이 불가능하고 "재해손실을 1990사업연도의 손금으로 인정하여야 한다"는 취지의 행정소송을 제기하여 진행중(현재 계류중)임이 확인되므로 청구주장은 인정할 수 없다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 (가) 처분청 청구법인이 1987∼1991사업연도중 자본금 유상증자시 주주등 특수관계인의 주식인수대금 4,198,710,000원을 회사자금으로 대납하였음을 확인하고 1992사업연도의 가지급금 인정이자 884,705,421원을 익금산입하고 관련지급이자 555,666,719원을 손금불산입 하였다. (나) 청구법인은 주주임원종업원 단기채무 장부사본을 제시하면서 대납한 증자대금은 주주등으로부터 받을 의사가 없어 장부상 채권으로 계상하지 아니하였으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 거래행위가 존재하지 아니하는 것이고 따라서 인정이자등을 계산하여 익금산입한 처분은 부당하며 또한, 위 주주등 특수관계인 중 청구외 ○○○외 4인은 동일 사업연도에 가수금이 존재하므로 이를 차감하여 경정하여야 한다는 주장이다. (다) 법인이 특수관계인에게 법인의 업무와 직접 관련이 없이 무상으로 자금을 지급·대여한 경우에는 명칭여하에 불구하고 가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하도록 법령상 규정하고 있는 바, 처분청이 가지급금으로 보아 과세한 증자대금은 1990∼1991사업연도로부터 이월된 것으로서, 1990∼1991사업연도 과세분에 대한 법인세 부과취소소송에서 과세가 정당한 것으로 확정(대법원 98두1604, 1998.5.26)되었으며, 청구법인이 대납한 증자대금이 위 주주등 특수관계인으로부터 1992사업연도에 회수되지 않은 것으로 확인되므로 처분내용은 정당하며, 동일인으로서 가지급금과 가수금이 상존하는 경우 계정과목등의 회계 처리에 불구하고 상계하여 계산하는 것이나 ○○○외 4인의 가지급금과 상계를 주장하는 가수금도 그 존부에 대한 다툼에서 허위로 입증되었음이 위 판결에 의하여 확인되므로 청구주장은 인정할 수 없다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 (가) 관련법령에 의하면 청구법인과 같은 차입금 과다보유법인이 연수원용부동산을 보유하는 경우에는 업무용으로 사용하더라도 비업무용부동산에 준하여 관련지급이자 손금불산입규정이 적용되는 것으로 되어있고 1994.1.1이후 개시하는 사업연도부터는 직업훈련기본법에 의한 사내직업훈련을 위한 시설은 제외하도록 규정하고 있는 바, (나) 직업훈련기본법 제24조 제1항 및 제2항과 같은법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 직업훈련을 실시하고 훈련시설의 설치를 하여야 하는 사업주는 사업내 직업훈련의 경우 같은법 제26조 제1항의 규정에 따라 매년 직업훈련(관련사업)계획을 수립하여 노동부장관에게 신고하고 승인을 얻도록 규정되어 있으나 청구법인은 이를 이행하지 아니하였음이 확인되어 쟁점부동산을 직업훈련기본법에 의한 사내직업훈련시설로 볼 수 없으므로 처분내용은 정당하다.
(4) 쟁점(4)에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제 대상비용으로 열거된 조세감면규제법 별표4의 기술·인력개발비중 자체기술개발을 위하여 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비는 1996.12.31 이전 개시사업연도의 경우 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원에 한하고 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자는 1997.4.14 개정시 추가되어 1997.1.1이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 조세감면규제법시행규칙 제7조 제3항에서 규정하고 있으므로 이 건 1993∼1996사업연도의 경우 연구업무지원자인 연구보조원, 관리직의 급료는 기술·인력개발비에서 제외되는 것이고 (국세청 법인 46012-216, 96.1.22)사내기술대학비용은 과학기술분야의 교육훈련이 아닌 회계·영업 관련 교육비용으로 확인되므로 같은 법 시행규칙 제7조 제10항 및 제11항의 규정에 의하여 기술·인력개발비에서 제외(국세청 소득 46011-742, 97.3.13)되는 것이며, 구조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16에서는 인건비라 함은 명칭여하에 불구하고 근로소득의 성격을 지닌 비용을 말하며 소득세법상 퇴직소득에 해당하는 금액, 단체퇴직급여충당금 전입액은 포함하지 아니한다고 하고 있고, 또 자체기술개발시에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다고 해석하고 있으며, 전담부서의 사무실 임차료도 위 별표4에 열거되지 아니한 비용이어서 기술·인력개발비에서 제외(법인22601-771, 90.4.2)함이 타당하므로 처분내용은 정당하다.
(1) 청구법인이 수해당시 청구외 (주)○○○의 바지선에 의해 발생한 손실액에 대한 대가로 청구외 법인의 사업을 양수하면서 순자산가액초과액을 영업권으로 계상하고 1992∼1996년도까지 5년간 균등상각한 것에 대하여 유상으로 취득한 영업권이 아니라는 이유로 손금으로 인정하지 아니한 처분의 당부
(2) 대표자 1인의 가수금 입금액을 재원으로 증자대금 총액을 납입한 사실에 대하여 처분청이 각 주주에 대한 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하여 익금산입하고, 관련지급이자를 손금불산입한 처분의 당부
(3) 차입금과다법인이 보유한 쟁점부동산을 직업훈련기본법상의 사내직업훈련시설로 보지 아니하고 관련지급이자를 손금불산입한 처분의 당부
(4) 연구보조원급여 및 연구소임차료등이 기술 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부
2. 무형고정자산에 대하여는 정액법 3.∼4.(생략)"이라고 규정하고, 법인세법기본통칙 2-10-38…16 【영업권의 범위】에서 "규칙 별표 4에서 규정하는 영업권에는 다음 각호에 게기하는 것이 포함되는 것으로 한다. 1.∼2.(생 략)
3. 등록된 관광사업용 버스와 이에 따른 제권리 등을 함께 양수함에 있어서 버스자체의 대가외에 관광사업에 따른 권리금을 별도로 평가하여 지급한 경우 그 가액. 4.∼6(생 략)
7. 사업의 양수도 과정에서 양수도자산과는 별도로 양도사업에서 소유하고 있는 허가·인가 등 법률상의 특권, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액"이라고 규정하고 있고, 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】에서는 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』고 규정하고, 같은법 시행령 제46조 제2항에서는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 제7호에서 『출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제47조 【인정이자등의 계산】제1항에서는 『출자자등에게 무상 또는 총리령이 정하는 당좌대월이자율보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당좌대월이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다』고 규정하고 있다. 법인세법 제18조 의 3 【지급이자의 손금불산입】제1항 및 제2항, 같은법시행령 제43조의 2 제2항 및 제11항에서는 『특수관계있는 자에게 업무와 관련없이 지급한 자금의 대여액 즉 가지급금등과 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 임야·농경지·목장용부동산·연수원 또는 휴양소용 부동산 기타 재무부령이 정하는 부동산을 보유하고 있는 경우에는 각사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』라고 규정하고, 같은법시행규칙 제18조 제21항 제3호에서 『연수원용 또는 휴양소용 부동산으로서 직업훈련기본법에 의한 사업내 직업훈련을 위한 시설은 제외하는 것으로 1994.3.12 단서가 신설되어 1994.1.1 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다』고 규정하고 있다. 조세감면규제법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항과 같은법 시행령 제9조 제1항 및 제2항에서는 『제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 기술개발비·기술개발용역비 등 대통령령이 정하는 별표4의 기술 및 인력개발비에 대하여는 당해 지출금액에 대하여 세액공제를 적용받을 수 있다』고 규정하고 있다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 (가) 청구법인은 1990.9.11 한강홍수 당시 청구외 (주)○○○의 선박(바지선)에 의해 청구법인의 선박이 침몰하여 재해손실이 발생하였으나, 1990.12.31현재 재해발생의 원인제공자인 청구외 (주)○○○에 대한 손해배상 청구소송이 계류중이었고, 1991.4.22에 이르러 손해배상청구권을 포기하는 조건으로 청구외 (주)○○○으로부터 자산(선박 6척과 관련시설등) 5,253,540,197원(운항권 2,699,880,728원 포함)과 부채2,253,540,197원 등 순자산을 30억원으로 평가하여 양수도 하기로 하고 선박침몰의 원인 제공자인 청구외 (주)○○○과 사업양수도 매매계약서를 체결하였다. (나) 중부지방국세청장은 청구법인의 1990.1∼12 사업연도의 법인세 경정조사시, 청구법인이 청구외 (주)○○○으로부터 손해를 당한 재해손실액이 2,285,720,186원인 점에 대하여는 다툼이 없으나, 청구법인이 위 재해손실을 1990사업연도에 손금처리한데 대하여 청구법인의 (주)○○○에 대한 손해배상청구권리가 1990.1∼12사업연도말 현재(1990.12.31) 존재하고는 있었으나 확정되지 않은 상태였고 청구법인이 청구외 (주)○○○에 대한 손해배상청구권을 포기하고 청구외 (주)○○○의 순자산을 인수하기로 약정한 날짜인 1991.4.11이 속하는 1991사업연도에 손해배상합의에 따라 재해손실액이 확정되었으므로 1990사업연도에는 손금불산입하고 유보처분한 사실이 과세기록에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 동 재해손실액(2,285,720,186원)이 세무조사시 유보로 처분된 점과 매매계약 성립전 합의내용 및 사업양수도매매계약내용을 참고하여 이를 영업권으로 계상하고 감가상각비는 그 내용연수에 따라 중부청 조사고지일(1992.6.8)이 속하는 1992년부터 1996사업연도에 걸쳐 5년간 균등액을 손금에 산입한 사실이 법인세신고서 등에 의하여 확인된다. (라) 청구외 (주)○○○이 청구법인에게 입힌 손실액 2,285,720,186원에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고, 재해손실에 따른 청구법인의 청구외 (주)○○○에 대한 손해배상 청구권은 1991.4.11에 이루어진 사실이 양사간의 합의에 의하여 확정되었으므로 1991사업연도에 손해배상청구권이라는 채권이 확정되었다 할 것이다(서울고법 93누9837, 98.9.3 같은뜻). (마) 또한, 청구법인이 손해배상청구소송중 인천지방해난심판원에서 선박침몰사고의 가해자가 청구외 (주)○○○이라는 재결을 받음에 따라 청구법인은 위 청구외 법인으로부터 재해손실금을 받을 채권이 있음이 확실하다고 할 수 있고, 손해배상 상당액을 영업권으로 계상하여 이를 양수한 사실이 합의서등 관련서류에 의해 확인되므로 이는 결과적으로 재해손실금에 상당하는 영업권을 유상취득한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 청구법인이 청구외 (주)○○○이 입힌 재해로 인한 재해손실금에 대한 청구권을 포기하는 대가로 청구외 (주)○○○이 운영하던 한강유람선운항사업을 독점적으로 영위함에 따른 영업권을 청구외 법인으로부터 유상으로 취득한 것으로 보아야 할 것이므로 처분청에서 유상취득한 영업권이 아니라고 보아 감가상각비를 부인한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 (가) 처분청은 청구법인의 자본금 유상증자 (1987.1.12∼91.6.15에 걸쳐 합계금액 95억6천만원)시 위 증자주식대금의 일부인 4,198,710,000원을 신주인수 주주들이 납입하지 않고 청구법인이 차입하여 증자대금을 납입한 것으로 보고 청구법인이 동 금액을 신주인수 주주들에게 대여한 것으로 보아 동 가지급금의 인정이자 상당액 884,705,421원을 익금에 산입하여 법인세를 부과처분하였고, 동 금액이 법인세법 제18조의3 제2항 제2호 의 업무무관 가지급금에 해당되는 것으로 보고 관련 지급이자 555,666,719원을 손금불산입하여 법인세를 부과한 사실이 과세기록에 의하여 확인된다. (나) 이에 대하여 청구법인은 위 증자대금은 청구법인이 주주들에게 대여한 것이 아니라 대표이사 ○○○이 주주들에게 대여 또는 증여한 것이므로 청구법인에게 인정이자 및 지급이자를 계산하여 과세하는 것은 부당하고, 설령, 가지급금으로 보아 인정이자 및 지급이자를 계산하더라도 동일인에 대한 가수금이 있는 경우에는 이를 상계(법인세법 시행규칙 제18조 제3항 등)하여야 한다는 주장이다. (다) 그러나 청구법인의 1991사업연도에 대한 처분청의 인정이자계산처분에 대하여 서울고등법원의 판결(95구19302, 1997.11.28)과 대법원의 확정판결(대법원98두1604, 1998.5.26)에서 처분청의 당초 처분이 정당하다고 판결한 바 있고, 설령, 대표자가수금이라 하더라도 회사에 입금된 이상 회사의 자금으로 되는 것이고 회사가 특수관계자인 주주의 증자대금을 지급해 주었다면 법인이 주주등에게 대여한 것이므로 이는 곧 업무무관 가지급금에 해당되는 것인 바, 이 건의 경우 전시한 법인세법 제20조 및 같은법 시행령 제47조와 같은법 제18조의3에 의하여 계산한 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다 하겠다. (라) 다만, 처분내용대로 업무와 관련 없는 가지급금으로 볼 경우에도 인정이자상당액 및 관련 지급이자를 계산함에 있어서 각 인별 가지급금 적수에서 동일인에 대한 가수금적수를 차감하여 인정이자 상당액을 계산하는 것이 타당하므로 청구법인의 주주 중 청구외 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○에 대하여는 각인별 증자관련 가지급금적수에서 가수금적수를 차감한 나머지 금액에 대하여 인정이자 및 관련 지급이자를 계산하여야 할 것으로 판단된다. (3)쟁점(3)에 대하여 (가) 처분청은 쟁점부동산을 직업훈련기본법에 의한 사업내직업훈련 시설로 보지 아니하고 차입금과다법인이 보유하는 연수원용부동산으로 보아 1992∼1995사업연도의 관련지급이자를 손금불산입하였고, 1996사업연도에는 청구법인이 직업훈련계획 및 시설에 대하여 관련기관(노동부)으로부터 승인받았다 하여 관련지급이자를 손금산입 하였다. (나) 이에 대하여 청구법인은 노동부장관의 승인여부가 법인세법시행규칙 제18조 제21항 제3호 의 자산여부를 확정짓는 것이 아니므로 단순히 해당기관의 승인통보가 없음을 이유로 위의 제3호 단서규정의 적용을 배제함은 실질과세원칙에 위배되는 처분이라는 주장이다. (다) 쟁점부동산중 토지는 1990.5.11 취득하여 그 지상에 1993.12.30 숙박시설용 건물을 준공하였으나 1994.12.22 위 숙박시설을 교육연구시설(직업훈련소)로 용도변경하고 1996.10.16 직업훈련기본법 제26조 의 규정에 의거 의정부 지방 노동사무소로부터 사업내직업훈련계획을 승인받은 사실이 관련 공문(의정부지방노동사무소 관리 68550-1453)에 의하여 확인된다. (라) 청구법인이 쟁점부동산에서 실시한 직업훈련내용을 살펴보면 ① 1993∼1995년도 중 ○○○협회의 위탁교육(1993년도중 251명, 1994년중 423명, 1995년중 533명)을 실시하고 ② 1994∼1996년중 자체교육(고객만족경영교육, 신규자양성교육, 방문판매원 양성훈련, 관리자 및 감독자과정등 사내직업훈련)을 실시한 사실이 직업훈련계획 및 신고서와 교육과정 결과보고서 등에 의하여 확인되며 이에 대하여 처분청도 다툼이 없다. (마) 위와 같이 쟁점부동산은 청구법인이 1993.12.30 숙박시설로 준공하여 현재까지 청구법인의 고용근로자의 교육훈련, 방문판매원의 교육, 신규직원교육장소 등으로 사용하다가 1994.12.22 위 숙박시설을 교육연구시설로 용도변경 하였으나 용도변경전인 1993년부터 실질적인 고용근로자 전문교육시설로 사용하여 현재까지도 계속하여 사용하고 있는 것으로 확인되는 바, 단지 1996년 이전에는 관련기관으로부터 승인을 받지 아니하였다 하여 관련 지급이자를 손금불산입 하는 것은 부당(국심99경756, 1999.12.27. 합동회의, 같은 뜻)하다 하겠다. 다만, 차입금과다법인이 보유한 연수원용부동산중 사업내 직업훈련시설을 비업무용에 준하는 부동산에서 제외하도록 한 전시 법인세법시행규칙 제18조 제21항 제3호 단서의 규정이 1994.3.13 신설되었고 그 부칙에서 1994사업연도부터 이를 적용하도록 규정되어 있으므로 청구법인의 사내직업훈련시설과 관련, 1994∼1995사업연도 지급이자에 대하여만 각 사업연도의 손금에 산입하도록 하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(4) 쟁점(4)에 대하여 (가) 처분청이 청구법인의 기술개발과 관련된 비용중 1994사업연도에 지출한 406,913,853원(급여 92,804,692원, 퇴직급여충당금 등 314,109,161원)에 대하여 세액공제를 배제하였는 바, 청구법인은 위 세액공제를 배제한 개발비중 1994사업연도에 발생한 연구보조원급여 92,804,692원과 종합기술연구소 및 개발실의 기자재임차료 38,668,812원, 견본비 942,000원, 경상개발비 6,989,520원, 소모성공구비 3,438,500원 총합계 142,843,524원은 조세감면규제법 시행령 별표4의 제1호 가목의 규정에 의한 기술개발비에 해당하므로 세액공제대상이라는 주장이다. (나) 청구법인은 기술개발촉진법에 의하여 1982.3.14 과학기술처장관으로부터 ○○○종합기술연구소(소재지: 인천 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○)를 기업부설연구소로 인정을 받은 사실이 기업부설연구소인정서(제○○○호)에 의하여 확인되고 그 조직구조는 연구관리부(특허출연), 연구1부(화장품, 화학), 연구2부(식품류), 연구3부(전기, 전자), 연구4부(자동차부품), 연구5부(조선설계)로 구성되어 있는 사실이 위 연구소의 조직도표 등에 의하여 확인된다. (다) 처분청은 위 연구소의 종사자중 청구외 ○○○외 12명은 연구보조자에 불과하다는 이유로 세액공제를 배제하였으나 기술 및 인력개발 세액공제 대상인 연구요원의 범위는 학위 등 자격요건과 관계없이 과학 기술분야에 종사하는 연구요원이면 해당된다 할 것이므로 위 ○○○외 12명의 급여 92,804,692원에 대하여 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 있다 하겠다. (라) 또한, 연구기자재 임차료(○○○공단기자재) 38,668,812원, 견본비 942,000원, 경상개발비(시험용자재) 6,989,520원, 소모성공구(시험용공구) 3,438,500원 합계 50,038,832은 조세감면규제법 제9조, 같은법시행령 제9조 및 별표4의 제1호 가목의 ②∼③에 해당된다고 판단되므로 이에 대하여 세액공제를 배제한 처분청의 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.